BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-333L11
Chromosome8 (Build37)
Map Location 7,409,746 - 7,534,099
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG665127, EG546032
Downstream geneLOC100039836
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-333L11.bB6Ng01-333L11.g
ACCGA119418GA119419
length1,1511,113
definitionB6Ng01-333L11.b B6Ng01-333L11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,532,932 - 7,534,099)(7,409,746 - 7,410,857)
sequence
gaattctgtttttctttagtagagattgatgatatctattaatcacaaga
ttaaatatatttagaggtaagatgaaaatcagttaattctaaaaaaataa
agtcattgattttccttatagctcagaattccatttggcactgcttgttt
tcttttcatactcagagctctcgtctaaggagctggggcaagggaagagt
gtgggctaccaaacaggtccaagtcttctatgggattacttttgagtaag
taaagcataatatcaacctagagtttttacactaataaggatggtggaga
aatcaaaaacattagtttgttgccacttcaaaactctttactacagaaaa
tatctatcccttaatctatctattaggaatttataaatatttcaccaaag
gaataccatggcatttatacttattcatttattgctgtgagtttggtgag
tggatgactgtaggaaattataagctacaaaggactaggtaatgtaaatt
tttctatgcattttccataattttccatatcatccatattattcaatgat
gccttaataaaacatgacagcacagaagcaaagcaggaaaaacacatcac
tgaaggggaaagaatgcagatatgaacaacaagatgtatcatagatttta
aggttaagtaaatagtggtatgggaatggatatcactgcccttgaactat
catgcacatatttcttcttacagcagcattcttattggacatatcaagtg
ctcagatagagaaatgggatgataaatctcttctatgtatcgaagatgta
agcactttacctatttcttcatgcatgcttgtatgtgtgctgaatcacat
tggcatttgttgtttccctacttgtacagatgtttttaatgtcaggcttt
gtctgatgaaaatatgtgttggaaacagttctgttctttatcctttttat
tattcaggcatctgcacagctatcaagatgacacagaaataaatctgtat
gagatctctctctctcttccctttggatgtctggtttcttttcatttatc
acattatattatactatttatgtatgcacaaagtagagacatgtctgaag
gaacactgttcagatgtcatcgttagaagaacaattactatttgcaatgc
a

gaattcactagagaaagcttctgttgaaagcatgtgctgctgctgcttct
gttagtgttatacatattgttatcaaaataagaaccgtaagaagtcaacc
agtgcatgggtcacaaatagagatatttgaagctagtgccatgatgcaag
ccattacaaaaccctgaagcttatgagaagagtattgttataccttattg
tacaaggaaatgtttctagctaattacaatgaagaaaaaacttttttatt
ttaattataagattttctttatgttggctaatacaacagttttttttctg
aatcaaatcaaatagttttgttccaaacttaaagacgtttataatgctca
tcagctgctataataaatagtatattgatggaattaagacacatgcagat
ttatcaaacttgccatttatatcattgtaaaatatatatttttttatttt
tttctaagttgcattgagttgacagtgtgcccaatgcaacaatgaatgct
ttaatggacacaatatatttttaaaatttatttttagtacatgtatatat
atggatgatatgtgcatgtgagtgacgttgaatgtgtgagacatttgtgg
gtgtggcatccctcagagttggactgaaaggcagtgtttcccagccaaac
atcaattacaggcactacactaaggacctctggaagagcaataaatgctc
ttaatcactgagctatctctccacccctggatgtcacattttgcccacaa
cataagatagttgccatcctatgttgccaatggtgatatgagtgatacgt
aatggctcttgcctttttgtttgtgaggaagattaagacaaacatgtaca
gacagggtggaaatttacttttttttcttttgactcaagcttcattgact
ttaactgagtaaatggccatagtcaccattagtgccctcattttaagatg
tttttaatttgcttctctctactctacagctatcttaactaaagtatgat
ttttttagagaaagagagtgagaagcagagagagagagagagagagagaa
gagaggaagagagagactatatttactcatcaaaatgtttcaatgctttt
taacaatcacttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_7532932_7534099
seq2: B6Ng01-333L11.b_50_1200 (reverse)

seq1  TGCAATGCAAATAGGTTTATTG-TCTTCTAACGATGACCATTCCTTGGAA  49
      |||| |||||||||  | |||| |||||||||||||| |||  ||  |||
seq2  TGCATTGCAAATAG--TAATTGTTCTTCTAACGATGA-CAT--CT--GAA  43

seq1  CAGTGTTCCCTTCAGACATTTGTCTCTACTTTGTGGCATTACAATAAATA  99
      ||||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||| ||| |||||||
seq2  CAGTGTT-CCTTCAGACA--TGTCTCTACTTTGT-GCA-TAC-ATAAATA  87

seq1  GTATTAATATAATTGTGAATAAATGAAAAGAAACCAGACATCCAAAGGGA  149
      ||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTA-TAATATAA-TGTG-ATAAATGAAAAGAAACCAGACATCCAAAGGGA  134

seq1  AGAGAGAGAGAGATCTCATACAGATTTATTTCTTGTGTTCATCTTGATAG  199
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGATCTCATACAGATTTATTTC-TGTG-TCATCTTGATAG  182

seq1  CTGTGCAGATGCCTGAATAATAAAAAGGATAAAGAACAGAACTGTTTCCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCAGATGCCTGAATAATAAAAAGGATAAAGAACAGAACTGTTTCCA  232

seq1  ACACATATTTTCATCAGACAAAGCCTGACATTAAAAACATCTGTACAAGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATATTTTCATCAGACAAAGCCTGACATTAAAAACATCTGTACAAGT  282

seq1  AGGGAAACAACAAATGCCAATGTGATTCAGCACACATACAAGCATGCATG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAACAACAAATGCCAATGTGATTCAGCACACATACAAGCATGCATG  332

seq1  AAGAAATAGGTAAAGTGCTTACATCTTCGATACATAGAAGAGATTTATCA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATAGGTAAAGTGCTTACATCTTCGATACATAGAAGAGATTTATCA  382

seq1  TCCCATTTCTCTATCTGAGCACTTGATATGTCCAATAAGAATGCTGCTGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATTTCTCTATCTGAGCACTTGATATGTCCAATAAGAATGCTGCTGT  432

seq1  AAGAAGAAATATGTGCATGATAGTTCAAGGGCAGTGATATCCATTCCCAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGAAATATGTGCATGATAGTTCAAGGGCAGTGATATCCATTCCCAT  482

seq1  ACCACTATTTACTTAACCTTAAAATCTATGATACATCTTGTTGTTCATAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTATTTACTTAACCTTAAAATCTATGATACATCTTGTTGTTCATAT  532

seq1  CTGCATTCTTTCCCCTTCAGTGATGTGTTTTTCCTGCTTTGCTTCTGTGC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATTCTTTCCCCTTCAGTGATGTGTTTTTCCTGCTTTGCTTCTGTGC  582

seq1  TGTCATGTTTTATTAAGGCATCATTGAATAATATGGATGATATGGAAAAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATGTTTTATTAAGGCATCATTGAATAATATGGATGATATGGAAAAT  632

seq1  TATGGAAAATGCATAGAAAAATTTACATTACCTAGTCCTTTGTAGCTTAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAAAATGCATAGAAAAATTTACATTACCTAGTCCTTTGTAGCTTAT  682

seq1  AATTTCCTACAGTCATCCACTCACCAAACTCACAGCAATAAATGAATAAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCCTACAGTCATCCACTCACCAAACTCACAGCAATAAATGAATAAG  732

seq1  TATAAATGCCATGGTATTCCTTTGGTGAAATATTTATAAATTCCTAATAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAATGCCATGGTATTCCTTTGGTGAAATATTTATAAATTCCTAATAG  782

seq1  ATAGATTAAGGGATAGATATTTTCTGTAGTAAAGAGTTTTGAAGTGGCAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATTAAGGGATAGATATTTTCTGTAGTAAAGAGTTTTGAAGTGGCAA  832

seq1  CAAACTAATGTTTTTGATTTCTCCACCATCCTTATTAGTGTAAAAACTCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTAATGTTTTTGATTTCTCCACCATCCTTATTAGTGTAAAAACTCT  882

seq1  AGGTTGATATTATGCTTTACTTACTCAAAAGTAATCCCATAGAAGACTTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGATATTATGCTTTACTTACTCAAAAGTAATCCCATAGAAGACTTG  932

seq1  GACCTGTTTGGTAGCCCACACTCTTCCCTTGCCCCAGCTCCTTAGACGAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGTTTGGTAGCCCACACTCTTCCCTTGCCCCAGCTCCTTAGACGAG  982

seq1  AGCTCTGAGTATGAAAAGAAAACAAGCAGTGCCAAATGGAATTCTGAGCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTGAGTATGAAAAGAAAACAAGCAGTGCCAAATGGAATTCTGAGCT  1032

seq1  ATAAGGAAAATCAATGACTTTATTTTTTTAGAATTAACTGATTTTCATCT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGAAAATCAATGACTTTATTTTTTTAGAATTAACTGATTTTCATCT  1082

seq1  TACCTCTAAATATATTTAATCTTGTGATTAATAGATATCATCAATCTCTA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCTAAATATATTTAATCTTGTGATTAATAGATATCATCAATCTCTA  1132

seq1  CTAAAGAAAAACAGAATTC  1168
      |||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGAAAAACAGAATTC  1151


seq1: chr8_7409746_7410857
seq2: B6Ng01-333L11.g_67_1179

seq1  GAATTCACTAGAGAAAGCTTCTGTTGAAAGCATGTGCTGCTGCTGCTTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTAGAGAAAGCTTCTGTTGAAAGCATGTGCTGCTGCTGCTTCT  50

seq1  GTTAGTGTTATACATATTGTTATCAAAATAAGAACCGTAAGAAGTCAACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTGTTATACATATTGTTATCAAAATAAGAACCGTAAGAAGTCAACC  100

seq1  AGTGCATGGGTCACAAATAGAGATATTTGAAGCTAGTGCCATGATGCAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCATGGGTCACAAATAGAGATATTTGAAGCTAGTGCCATGATGCAAG  150

seq1  CCATTACAAAACCCTGAAGCTTATGAGAAGAGTATTGTTATACCTTATTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTACAAAACCCTGAAGCTTATGAGAAGAGTATTGTTATACCTTATTG  200

seq1  TACAAGGAAATGTTTCTAGCTAATTACAATGAAGAAAAAACTTTTTTATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGGAAATGTTTCTAGCTAATTACAATGAAGAAAAAACTTTTTTATT  250

seq1  TTAATTATAAGATTTTCTTTATGTTGGCTAATACAACAGTTTTTTTTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTATAAGATTTTCTTTATGTTGGCTAATACAACAGTTTTTTTTCTG  300

seq1  AATCAAATCAAATAGTTTTGTTCCAAACTTAAAGACGTTTATAATGCTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAATCAAATAGTTTTGTTCCAAACTTAAAGACGTTTATAATGCTCA  350

seq1  TCAGCTGCTATAATAAATAGTATATTGATGGAATTAAGACACATGCAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTGCTATAATAAATAGTATATTGATGGAATTAAGACACATGCAGAT  400

seq1  TTATCAAACTTGCCATTTATATCATTGTAAAATATATATTTTTTTATTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAAACTTGCCATTTATATCATTGTAAAATATATATTTTTTTATTTT  450

seq1  TTTCTAAGTTGCATTGAGTTGACAGTGTGCCCAATGCAACAATGAATGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAAGTTGCATTGAGTTGACAGTGTGCCCAATGCAACAATGAATGCT  500

seq1  TTAATGGACACAATATATTTTTAAAATTTATTTTTAGTACATGTATATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGGACACAATATATTTTTAAAATTTATTTTTAGTACATGTATATAT  550

seq1  ATGGATGATATGTGCATGTGAGTGACGTTGAATGTGTGAGACATTTGTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATGATATGTGCATGTGAGTGACGTTGAATGTGTGAGACATTTGTGG  600

seq1  GTGTGGCATCCCTCAGAGTTGGACTGAAAGGCAGTGTTTCCCAGCCAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGCATCCCTCAGAGTTGGACTGAAAGGCAGTGTTTCCCAGCCAAAC  650

seq1  ATCAATTACAGGCACTACACTAAGGACCTCTGGAAGAGCAATAAATGCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATTACAGGCACTACACTAAGGACCTCTGGAAGAGCAATAAATGCTC  700

seq1  TTAATCACTGAGCTATCTCTCCACCCCTGGATGTCACATTTTGCCCACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCACTGAGCTATCTCTCCACCCCTGGATGTCACATTTTGCCCACAA  750

seq1  CATAAGATAGTTGCCATCCTATGTTGCCAATGGTGATATGAGTGATACGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGATAGTTGCCATCCTATGTTGCCAATGGTGATATGAGTGATACGT  800

seq1  AATGGCTCTTGCCTTTTTGTTTGTGAGGAAGATTAAGACAAACATGTACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCTCTTGCCTTTTTGTTTGTGAGGAAGATTAAGACAAACATGTACA  850

seq1  GACAGGGTGGAAATTTACTTTTTTTTCTTTTGACTCAAGCTTCATTGACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGGTGGAAATTTACTTTTTTTTCTTTTGACTCAAGCTTCATTGACT  900

seq1  TTAACTGAGTAAATGGCCATAGTCA-CATTAGTGCCCTCATTTTAAGATG  949
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTGAGTAAATGGCCATAGTCACCATTAGTGCCCTCATTTTAAGATG  950

seq1  TTTTTTAATTTGCTTCTCT-TACT---CAGCTATCTTAACTAAAGTATGA  995
       |||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||||||||||||
seq2  -TTTTTAATTTGCTTCTCTCTACTCTACAGCTATCTTAACTAAAGTATGA  999

seq1  -TTTTTTAGAGAAAGAGAGTGAGAGGCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  1044
       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTAGAGAAAGAGAGTGAGAAGCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  1049

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGACTATATTTACTCATCAAAAAATGTTTCAATGC  1094
       ||||||  ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||
seq2  -AGAGAGGAAGAGAGAGACTATATTTACTCATC--AAAATGTTTCAATGC  1096

seq1  TTTTTAAACAATCACTTT  1112
      ||||| ||||||||||||
seq2  TTTTT-AACAATCACTTT  1113


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |