BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-339P15
Chromosome8 (Build37)
Map Location 89,413,170 - 89,580,970
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC004022, LOC666960, EG625298
Upstream genePhkb, LOC671665, LOC100040165, Abcc12, Lonp2, Siah1a, ENSMUSG00000074178
Downstream geneEG330819, Cbln1, LOC100040294, 4933402J07Rik, Zfp423, LOC100040328
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-339P15.bB6Ng01-339P15.g
ACCGA123823GA123824
length1,1481,100
definitionB6Ng01-339P15.b B6Ng01-339P15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,580,224 - 89,580,970)(89,413,170 - 89,414,268)
sequence
gaattccaagaggctccaaataaccacattggtctttaaaaataaaaaga
gaaacagatgtggaggactcattctttctgactttcactttactacaaat
tctgataaacactataatttaagtgtaaaaaatatatacattccattatc
taatgggatacatacatgtatgcatatatacacacactcgcacatggtaa
gaaatagaattgagactctataaataagcctacatagcgtaacaaagcta
ttcaatgacataagaatagacttcaacagtgttaggatcactggataatc
acacgccgaagaatgagattaaatcccctatgtcacagcacatagaaacc
tactcaaagtggctcaaaagcttaaatataaaaccacacagtgtgaaata
cctagaagtgacttggtgtaaatcttagtggccttggatgaaccagtcat
ttcttagatgtgatagcaaaagcataaatggaaaacttgggctccatcaa
aattaaaagcttttgttcctttaaaggtacatagctgagaaaatatccca
actcgtatatctgataaagagcttgtatctacaatatctacagaactgct
atagggccgagtgtagctcatggcagaacacatggcgtagcatatccaag
accctgagttcaatatctgctcatggggaaggggggtactgcacgtgagc
taattaaatggtagaactgtatagtatagaaatgatatttaagtaagtat
gggttattgttttactaagatttactaaaggactcgtaatccatgaaact
aattattacacagacaagagagcttctgaagttgttggtcccttggtggg
ttaggacatctacatacaaatcaaaagtctatcttgtcccttccctctcc
ccttgagctatagacaagcaagtatttctgcatttgaccaccacttttct
ccacaactaaaccacacttctttttgtttgttgtttgttttgttttgttt
tttcagatttctctgtgtagtcctggctgcctagacttcacttctggtag
accagcttggacctcaactcaaattgctgactcctgctccagtgctggga
ttaaggcgtaactcacaaccggcttctatactgctttcactcttcaac
gaattcaatttccagcaaccacgtggtggctcacaaccgtctgtaatggg
atcttgatgccctcttctgtgtctgaagacagctacagtgtactcatata
aataaaagataaatatcataaacaatgctgtagaggctggagagacggct
cagacagtaacagcactggctcttgaagaggacccggtttgattcccagt
tatccacatgccctgctcatgtgtatgctttgagttccaggggatctgat
gccttccttggggaccacacctggtgcacatacatacattcaggcaaagc
acccatacacataaaagtagctaagttaaaactttatcttaaattatgtt
atatgtgcatgtgagggtaggtaatcttggaggtaatcagagatgctaga
tcccctgagctggattacagccagttagcaacttttgaacatgcatgctg
ggaaccaaacttggatcccaaacagtacacactccaagctatctagaact
gctgctgctgctgctgttggtagtgtggattaagtgtagacagggactca
acccaagctctcaccacaccaggtaagtattttaccactgagctacatct
ctggcttctgcccatttgcttttaattcttagcttgtaagttagaagcat
cagaatggatgttcattgttcactgacctcttgaacttcccttaaagata
aagatggagaagacatcaactgtctttctacacttgagctagcacaagca
agaagagatgatgtaggatggaaagatggctcggcatgtaagtgcagtgt
gcagttctaacagaggacctgagttccgttcctagcacccatgcctggta
gctcacttggatataacttcaggttgtggggtgtccaagacttctggtct
ctgtgagcatcctgtatcatgtgtgggcacacaccagtacacatacttta
aaaatatggaaagtaaatctaattaaaaaaaaggaaaagatatgtactat
catggaacaattctctcattctggctgtatttgccttgggatgttttcca
aaatagacttgcactgggaatgttcgctccccttgccatcaatctgattt

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_89580224_89580970
seq2: B6Ng01-339P15.b_460_1196 (reverse)

seq1  GTTG-AGAGTG-AAGCAGATATAAGAAGCCGGGTGTGGTGGTGTACGCCT  48
      |||| |||||| |||||| ||| ||||||||| ||||   || |||||| 
seq2  GTTGAAGAGTGAAAGCAG-TAT-AGAAGCCGGTTGTG--AGT-TACGCC-  44

seq1  TTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAAATTTTTGAGTTTGAGG  98
      ||||||||||||||  ||||   ||| || ||||   |||||| ||||||
seq2  TTAATCCCAGCACT--GGAGCAGGAGTCA-GCAA---TTTGAG-TTGAGG  87

seq1  -CCAGCCTGGTCTA-CAG-AGTGAGTTCTAGGCAGCCAGGACTACACAGA  145
       |||  |||||||| ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGCTGGTCTACCAGAAGTGAAGTCTAGGCAGCCAGGACTACACAGA  137

seq1  GAAATCTTGAAAAAACAAAACAAAACAAACAAACAAACAAAAAAGAAGTG  195
      |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
seq2  GAAATC-TGAAAAAACAAAACAAAACAAAC-AACAAAC-AAAAAGAAGTG  184

seq1  TGGTTTAGTTGTGGAG-AAAGTGGTGGTCAAAATGCAGAAATACTTGCTT  244
      |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTAGTTGTGGAGAAAAGTGGTGGTC-AAATGCAGAAATACTTGCTT  233

seq1  GTCTATAGCTCAAGGGGAGAGGGAAGGGACAAGATAGACTTTTGATTTGT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATAGCTCAAGGGGAGAGGGAAGGGACAAGATAGACTTTTGATTTGT  283

seq1  ATGTAGATGTCCTAACCCACCAAGGGACCAACAACTTCAGAAGCTCTCTT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGATGTCCTAACCCACCAAGGGACCAACAACTTCAGAAGCTCTCTT  333

seq1  GTCTGTGTAATAATTAGTTTCATGGATTACGAGTCC-TTAGTAAATCTTA  393
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTCTGTGTAATAATTAGTTTCATGGATTACGAGTCCTTTAGTAAATCTTA  383

seq1  GTAAAACAATAACCCATACTTACTTAAATATCATTTCTATACTATACAGT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAACAATAACCCATACTTACTTAAATATCATTTCTATACTATACAGT  433

seq1  TCTACCATTTAATTAGCTCACGTGCAGTACCCCCCTTCCCCATGAGCAGA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCATTTAATTAGCTCACGTGCAGTACCCCCCTTCCCCATGAGCAGA  483

seq1  TATTGAACTCAGGGTCTTGGATATGCTACGCCATGTGTTCTGCCATGAGC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAACTCAGGGTCTTGGATATGCTACGCCATGTGTTCTGCCATGAGC  533

seq1  TACACTCGGCCCTATAGCAGTTCTGTAGATATTGTAGATACAAGCTCTTT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTCGGCCCTATAGCAGTTCTGTAGATATTGTAGATACAAGCTCTTT  583

seq1  ATCAGATATACGAGTTGGGATATTTTCTCAGCTATGTACCTTTAAAGGAA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGATATACGAGTTGGGATATTTTCTCAGCTATGTACCTTTAAAGGAA  633

seq1  CAAAAGCTTTTAATTTTGATGGAGCCCAAGTTTTCCATTTATGCTTTTGC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGCTTTTAATTTTGATGGAGCCCAAGTTTTCCATTTATGCTTTTGC  683

seq1  TATCACATCTAAGAAATGACTGGTTCATCCAAGGCCACTAAGATTTACAC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACATCTAAGAAATGACTGGTTCATCCAAGGCCACTAAGATTTACAC  733

seq1  CAAG  747
      ||||
seq2  CAAG  737

seq1: chr8_89413170_89414268
seq2: B6Ng01-339P15.g_66_1165

seq1  GAATTCAATTTCCAGCAACCACGTGGTGGCTCACAACCGTCTGTAATGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTTCCAGCAACCACGTGGTGGCTCACAACCGTCTGTAATGGG  50

seq1  ATCTTGATGCCCTCTTCTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTCATATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGATGCCCTCTTCTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTCATATA  100

seq1  AATAAAAGATAAATATCATAAACAATGCTGTAGAGGCTGGAGAGACGGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAGATAAATATCATAAACAATGCTGTAGAGGCTGGAGAGACGGCT  150

seq1  CAGACAGTAACAGCACTGGCTCTTGAAGAGGACCCGGTTTGATTCCCAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAGTAACAGCACTGGCTCTTGAAGAGGACCCGGTTTGATTCCCAGT  200

seq1  TATCCACATGCCCTGCTCATGTGTATGCTTTGAGTTCCAGGGGATCTGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCACATGCCCTGCTCATGTGTATGCTTTGAGTTCCAGGGGATCTGAT  250

seq1  GCCTTCCTTGGGGACCACACCTGGTGCACATACATACATTCAGGCAAAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCCTTGGGGACCACACCTGGTGCACATACATACATTCAGGCAAAGC  300

seq1  ACCCATACACATAAAAGTAGCTAAGTTAAAACTTTATCTTAAATTATGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATACACATAAAAGTAGCTAAGTTAAAACTTTATCTTAAATTATGTT  350

seq1  ATATGTGCATGTGAGGGTAGGTAATCTTGGAGGTAATCAGAGATGCTAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTGCATGTGAGGGTAGGTAATCTTGGAGGTAATCAGAGATGCTAGA  400

seq1  TCCCCTGAGCTGGATTACAGCCAGTTAGCAACTTTTGAACATGCATGCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTGAGCTGGATTACAGCCAGTTAGCAACTTTTGAACATGCATGCTG  450

seq1  GGAACCAAACTTGGATCCCAAACAGTACACACTCCAAGCTATCTAGAACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCAAACTTGGATCCCAAACAGTACACACTCCAAGCTATCTAGAACT  500

seq1  GCTGCTGCTGCTGCTGTTGGTAGTGTGGATTAAGTGTAGACAGGGACTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTGCTGCTGCTGTTGGTAGTGTGGATTAAGTGTAGACAGGGACTCA  550

seq1  ACCCAAGCTCTCACCACACCAGGTAAGTATTTTACCACTGAGCTACATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAAGCTCTCACCACACCAGGTAAGTATTTTACCACTGAGCTACATCT  600

seq1  CTGGCTTCTGCCCATTTGCTTTTAATTCTTAGCTTGTAAGTTAGAAGCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTTCTGCCCATTTGCTTTTAATTCTTAGCTTGTAAGTTAGAAGCAT  650

seq1  CAGAATGGATGTTCATTGTTCACTGACCTCTTGAACTTCCCTTAAAGATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATGGATGTTCATTGTTCACTGACCTCTTGAACTTCCCTTAAAGATA  700

seq1  AAGATGGAGAAGACATCAACTGTCTTTCTACACTTGAGCTAGCACAAGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGGAGAAGACATCAACTGTCTTTCTACACTTGAGCTAGCACAAGCA  750

seq1  AGAAGAGATGATGTAGGATGGAAAGATGGCTCGGCATGTAAGTGCAGTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAGATGATGTAGGATGGAAAGATGGCTCGGCATGTAAGTGCAGTGT  800

seq1  GCAGTTCTAACAGAGGACCTGAGTTCCGTTCCTAGCACCCATGCCTGGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTCTAACAGAGGACCTGAGTTCCGTTCCTAGCACCCATGCCTGGTA  850

seq1  GCTCACTTGGATATAACTTCAGGTTGTGGGGTGTCCAAGACTTCTGGTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACTTGGATATAACTTCAGGTTGTGGGGTGTCCAAGACTTCTGGTCT  900

seq1  CTGTGAGCA-CCTGTATCATGTGTGGGCACACACCAGTACACATAC-TTA  948
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CTGTGAGCATCCTGTATCATGTGTGGGCACACACCAGTACACATACTTTA  950

seq1  AAAATAATGAAAGTAAATCTAAATTAAAAAAAAAGGAAAAGATAATGTAC  998
      ||||||  ||||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||
seq2  AAAATATGGAAAGTAAATCTAA--TTAAAAAAAAGGAAAAGAT-ATGTAC  997

seq1  TATCATGG-ACAAATCTCTCATTCTTGGGCTGTATTTGCCTT-GGATGTT  1046
      |||||||| |||| |||||||||||  ||||||||||||||| |||||||
seq2  TATCATGGAACAATTCTCTCATTCT--GGCTGTATTTGCCTTGGGATGTT  1045

seq1  TT-CAAAATAGAACTGCACTTGGGATG-TCGCTCCCCTGCCAATCAATCT  1094
      || |||||||||  |||||| || ||| ||||||||||  | ||||||||
seq2  TTCCAAAATAGACTTGCACTGGGAATGTTCGCTCCCCTTGCCATCAATCT  1095

seq1  AATTT  1099
       ||||
seq2  GATTT  1100