BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-347P14
Chromosome8 (Build37)
Map Location 16,307,254 - 16,409,644
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCsmd1
Upstream geneEG234097, EG665619, LOC634008
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-347P14.bB6Ng01-347P14.g
ACCGA129414GA129415
length1,1841,071
definitionB6Ng01-347P14.b B6Ng01-347P14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,307,254 - 16,308,438)(16,408,579 - 16,409,644)
sequence
gaattccaaatgtcacacaatcacaaaggcatgccttgcatgaggaaaat
tgtagtcagctgtggggacagttcaaagcagccccatatcccacacccgg
gactgaagtaaaaatacattcctataatatttctgagtttttcaaagata
atcaaactccaaaattactactatagtaataccctttttttcttttggat
gtttgccaaagcctaacttgtttttcttgacagcttgggcatcttgaact
ttctttgaagtcattcctttctcccttgtcccaaccttcctacttacaaa
tagtcctcctcctcctctcccccctcctcttcctccttctcattcttctt
ctccaccttcctgctccatgcagccactaaacgttacaacttgcctgctc
ttgagtttttcttttaaactctaataaaattgtcctggagatttcctctg
agttggtgtttaaattcttttacttagtgacaccaaggatcccaagaagc
aaccccaatatccaacttaacatggcagaacccaggtggttctccctgat
atttgctgtaacactgctataaaataagcatatgctaaattgtaactaga
gataagtatctacacaagacaaaacaaataaaatagtaaaatgatgtatg
acaaagttatgaactaatgactatttttcttttttggtattcttactttt
taaaatgtgtatgaatatatgtatatatacatacatataatttaaaatta
aagaattaattttaagtaagcttatttgacccagagtaaccccgtggagc
tcacatgcaaaacatttcaatgttatgaagcaggaaatcaccatctaatt
tccagcacttacttcgatgaggatgaatgataacacaaatgacacacaca
gaagcaacatcactgtccttaaatatcactgacagacctgagaacaggat
cagaaagtgactcaaaggatctatacgcttttatgtaatactaatactaa
taatacgatactaatagtaatactactaataataaatgagcacaacagcc
acatatgggaaagttagggtggtgaggactctgaattccaaaataacctg
ggagagagctgagtatgttaggttatcaaaataaaaaggaagaaaataac
tgaacaacgagaaataatcattcatgccagagta
gaattcattcacagctatagaatcaatggtatctgtgcctaacccggggc
tccaagctgccagttggcacttcaaggaaaggaaggagtggtccctggtg
tttttttttttttttaatattggtctgtttgatggttaaccttgactgtt
agcttgacagacttgaaataagcctgaaaacaaaccatcaggtataggat
gaattgtgtcgaataggttaattgaggagggaagacaccataaatatggg
tagcacaagtctgtgggttgtgagccttactgagtacggcaggggaaagt
tagctgagcacagcattcatctgcctttctctattatggacgaaatgtta
ccagccacctgccttctccttcttccaccacatgctccctgcctggagag
ttggtagcacctggaaccatcagccagagtaaaccctttcttccttaact
taatgtgtgtcagatatttggtcacagcaataaagcaagcagctaataca
gtctaccgcacagaaacagcttatctgcagaccaaaggattttttccccc
agacttcaagttttgaaggcaaattgatatttcaggtcactaattaactt
taattagacttaagcagaatctcaacccacctcagcacaaatcacagggg
cactttgtttaattaattgcagcacactatactttgcatgaagaattctt
cgagcctctagtctctggacttttgtattttcacccaaagttgacttttt
aacattactacaggtccctcgtgtggcaaaccaaatgaaagatttctcac
atagacctgacatttttgcatcctctccagcacgttgcaactctttttat
ctcgaaaagtcctcttatttgggcctctctacaatgcacatctcctaact
gccttctccttttcagacgcttaacagtgtgctacaaaacctcaccttct
tcctgctttgactttgggtttgggtgaattcgtgtcagctcagacatggt
gggtgaccgcagtgtagtactcgcagcacaagcttctggtgggtgggtta
ggaaaaagggaaggaggtaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_16307254_16308438
seq2: B6Ng01-347P14.b_51_1234

seq1  GAATTCCAAATGTCACACAATCACAAAGGCATGCCTTGCATGAGGAAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAATGTCACACAATCACAAAGGCATGCCTTGCATGAGGAAAAT  50

seq1  TGTAGTCAGCTGTGGGGACAGTTCAAAGCAGCCCCATATCCCACACCCGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTCAGCTGTGGGGACAGTTCAAAGCAGCCCCATATCCCACACCCGG  100

seq1  GACTGAAGTAAAAATACATTCCTATAATATTTCTGAGTTTTTCAAAGATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAAGTAAAAATACATTCCTATAATATTTCTGAGTTTTTCAAAGATA  150

seq1  ATCAAACTCCAAAATTACTACTATAGTAATACCCTTTTTTTCTTTTGGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAACTCCAAAATTACTACTATAGTAATACCCTTTTTTTCTTTTGGAT  200

seq1  GTTTGCCAAAGCCTAACTTGTTTTTCTTGACAGCTTGGGCATCTTGAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCCAAAGCCTAACTTGTTTTTCTTGACAGCTTGGGCATCTTGAACT  250

seq1  TTCTTTGAAGTCATTCCTTTCTCCCTTGTCCCAACCTTCCTACTTACAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGAAGTCATTCCTTTCTCCCTTGTCCCAACCTTCCTACTTACAAA  300

seq1  TAGTCCTCCTCCTCCTCTCCCCCCTCCTCTTCCTCCTTCTCATTCTTCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCTCCTCCTCCTCTCCCCCCTCCTCTTCCTCCTTCTCATTCTTCTT  350

seq1  CTCCACCTTCCTGCTCCATGCAGCCACTAAACGTTACAACTTGCCTGCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACCTTCCTGCTCCATGCAGCCACTAAACGTTACAACTTGCCTGCTC  400

seq1  TTGAGTTTTTCTTTTAAACTCTAATAAAATTGTCCTGGAGATTTCCTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTTTTTCTTTTAAACTCTAATAAAATTGTCCTGGAGATTTCCTCTG  450

seq1  AGTTGGTGTTTAAATTCTTTTACTTAGTGACACCAAGGATCCCAAGAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGTGTTTAAATTCTTTTACTTAGTGACACCAAGGATCCCAAGAAGC  500

seq1  AACCCCAATATCCAACTTAACATGGCAGAACCCAGGTGGTTCTCCCTGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCAATATCCAACTTAACATGGCAGAACCCAGGTGGTTCTCCCTGAT  550

seq1  ATTTGCTGTAACACTGCTATAAAATAAGCATATGCTAAATTGTAACTAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCTGTAACACTGCTATAAAATAAGCATATGCTAAATTGTAACTAGA  600

seq1  GATAAGTATCTACACAAGACAAAACAAATAAAATAGTAAAATGATGTATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGTATCTACACAAGACAAAACAAATAAAATAGTAAAATGATGTATG  650

seq1  ACAAAGTTATGAACTAATGACTATTTTTCTTTTTTGGTATTCTTACTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTTATGAACTAATGACTATTTTTCTTTTTTGGTATTCTTACTTTT  700

seq1  TAAAATGTGTATGAATATATGTATATATACATACATATAATTTAAAATTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATGTGTATGAATATATGTATATATACATACATATAATTTAAAATTA  750

seq1  AAGAATTAATTTTAAGTAAGCTTATTTGACCCAGAGTAACCCCGTGGAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATTAATTTTAAGTAAGCTTATTTGACCCAGAGTAACCCCGTGGAGC  800

seq1  TCACATGCAAAACATTTCAATGTTATGAAGCAGGAAATCACCATCTAATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATGCAAAACATTTCAATGTTATGAAGCAGGAAATCACCATCTAATT  850

seq1  TCCAGCACTTACTTCGATGAGGATGAATGATAACACAAATGACACACACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCACTTACTTCGATGAGGATGAATGATAACACAAATGACACACACA  900

seq1  GAAGCAACATCACTGTCCTTAAATATCACTGACAGACCTGAG-ACAGGAT  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GAAGCAACATCACTGTCCTTAAATATCACTGACAGACCTGAGAACAGGAT  950

seq1  CAGAAAGTGACTCAAAGGATCTATACGC-TTTATGTAATACTAATACTAA  998
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGTGACTCAAAGGATCTATACGCTTTTATGTAATACTAATACTAA  1000

seq1  TAATACGAATACTAATAGTAATACTACTAATAATAAATGAAGCACAACAG  1048
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TAATACG-ATACTAATAGTAATACTACTAATAATAAATG-AGCACAACAG  1048

seq1  CCACATATGGGAAAGTTAGGGT-GTGAGGACTCTGAATTCCAAAATAA-C  1096
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CCACATATGGGAAAGTTAGGGTGGTGAGGACTCTGAATTCCAAAATAACC  1098

seq1  TGG--GAGAGCTGAGTTAATG-TAGGGTATCAAAATAAAAAGGA--GAAA  1141
      |||  |||||||||||  ||| |||| |||||||||||||||||   |||
seq2  TGGGAGAGAGCTGAGT--ATGTTAGGTTATCAAAATAAAAAGGAAGAAAA  1146

seq1  TAAATGAAACAAACGAGAAATAAATAATCATGCCCCAAAGAGTA  1185
      ||| ||||   ||||||||||||  | |||||||    ||||||
seq2  TAACTGAA--CAACGAGAAATAATCATTCATGCC----AGAGTA  1184

seq1: chr8_16408579_16409644
seq2: B6Ng01-347P14.g_66_1136 (reverse)

seq1  TCTACCTCCTTCCCTTTT--CTACCCCACCCA-CAGAAGC-TGTGCTGCG  46
      ||||||||||||||||||  ||| |||||||| ||||||| |||||||||
seq2  TCTACCTCCTTCCCTTTTTCCTAACCCACCCACCAGAAGCTTGTGCTGCG  50

seq1  AGTAACCTACACTGCGGTCACC--ACATGTCTGAGCTGACAACGAATTCA  94
      ||||  ||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGTA--CTACACTGCGGTCACCCACCATGTCTGAGCTGAC-ACGAATTCA  97

seq1  ACCAAACCCAAAGTCAAAGCAGG-AGAAGGTGAGG-TTTGTAGCACACTG  142
       |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| 
seq2  CCCAAACCCAAAGTCAAAGCAGGAAGAAGGTGAGGTTTTGTAGCACACT-  146

seq1  GTAAAGCGTCTGAAAAGGAGAAGGCAGTTAGGAGATGTGCATTGTAGAGA  192
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGCGTCTGAAAAGGAGAAGGCAGTTAGGAGATGTGCATTGTAGAGA  196

seq1  GGCCCAAATAAGAGGACTTTTCGAGATAAAAAGAGTTGCAACGTGCTGGA  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCAAATAAGAGGACTTTTCGAGATAAAAAGAGTTGCAACGTGCTGGA  246

seq1  GAGGATGCAAAAATGTCAGGTCTATGTGAGAAATCTTTCA-TTGGTTTGC  291
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GAGGATGCAAAAATGTCAGGTCTATGTGAGAAATCTTTCATTTGGTTTGC  296

seq1  CACACGAGGGACCTGTAGTAATGTTAAAAAGTCAACTTTGGGTGAAAATA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACGAGGGACCTGTAGTAATGTTAAAAAGTCAACTTTGGGTGAAAATA  346

seq1  CAAAAGTCCAGAGACTAGAGGCTCGAAGAATTCTTCATGCAAAGTATAGT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGTCCAGAGACTAGAGGCTCGAAGAATTCTTCATGCAAAGTATAGT  396

seq1  GTGCTGCAATTAATTAAACAAAGTGCCCCTGTGATTTGTGCTGAGGTGGG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGCAATTAATTAAACAAAGTGCCCCTGTGATTTGTGCTGAGGTGGG  446

seq1  TTGAGATTCTGCTTAAGTCTAATTAAAGTTAATTAGTGACCTGAAATATC  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGATTCTGCTTAAGTCTAATTAAAGTTAATTAGTGACCTGAAATATC  496

seq1  AATTTGCCTTCAAAACTTGAAGTCTGGGGGAAAAAATCCTTTGGTCTGCA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGCCTTCAAAACTTGAAGTCTGGGGGAAAAAATCCTTTGGTCTGCA  546

seq1  GATAAGCTGTTTCTGTGCGGTAGACTGTATTAGCTGCTTGCTTTATTGCT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGCTGTTTCTGTGCGGTAGACTGTATTAGCTGCTTGCTTTATTGCT  596

seq1  GTGACCAAATATCTGACACACATTAAGTTAAGGAAGAAAGGGTTTACTCT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCAAATATCTGACACACATTAAGTTAAGGAAGAAAGGGTTTACTCT  646

seq1  GGCTGATGGTTCCAGGTGCTACCAACTCTCCAGGCAGGGAGCATGTGGTG  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGATGGTTCCAGGTGCTACCAACTCTCCAGGCAGGGAGCATGTGGTG  696

seq1  GAAGAAGGAGAAGGCAGGTGGCTGGTAACATTTCGTCCATAATAGAGAAA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAGGAGAAGGCAGGTGGCTGGTAACATTTCGTCCATAATAGAGAAA  746

seq1  GGCAGATGAATGCTGTGCTCAGCTAACTTTCCCCTGCCGTACTCAGTAAG  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGATGAATGCTGTGCTCAGCTAACTTTCCCCTGCCGTACTCAGTAAG  796

seq1  GCTCACAACCCACAGACTTGTGCTACCCATATTTATGGTGTCTTCCCTCC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACAACCCACAGACTTGTGCTACCCATATTTATGGTGTCTTCCCTCC  846

seq1  TCAATTAACCTATTCGACACAATTCATCCTATACCTGATGGTTTGTTTTC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTAACCTATTCGACACAATTCATCCTATACCTGATGGTTTGTTTTC  896

seq1  AGGCTTATTTCAAGTCTGTCAAGCTAACAGTCAAGGTTAACCATCAAACA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTATTTCAAGTCTGTCAAGCTAACAGTCAAGGTTAACCATCAAACA  946

seq1  GACCAATATTAAAAAAAAAAAAAAACACCAGGGACCACTCCTTCCTTTCC  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAATATTAAAAAAAAAAAAAAACACCAGGGACCACTCCTTCCTTTCC  996

seq1  TTGAAGTGCCAACTGGCAGCTTGGAGCCCCGGGTTAGGCACAGATACCAT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGTGCCAACTGGCAGCTTGGAGCCCCGGGTTAGGCACAGATACCAT  1046

seq1  TGATTCTATAGCTGTGAATGAATTC  1066
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCTATAGCTGTGAATGAATTC  1071