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MSMg01no510_h01.b1 PHD_FILE: MSMg01no510_h01.b1.phd.1 CHEM: term DYE:
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(540 letters)
>mm_chr8_112625997_112626941
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Strand = Plus / Plus
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 265 gaaaggagagcgccttgtgtgagaggcgatcaccatcatcacgcttgtctgaaaggaggc 324
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 325 ccgataaggcttggagaattgaaagttccccagtgacatcaaaggaccagatgaatatgg 384
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Sbjct: 385 aggagatgaatagtgagaagggacctggcccattgccgtcccttccttctggaaggaccc 444
Query: 245 tattgtacactgctcagagcaaaagtcacctctcttttgtgtctcctccccgaccccccc 304
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Sbjct: 445 tattgtacactgctcagagcaaaagtcacctctcttttgtgtctcctccccgaccccccc 504
Query: 305 cc-----acccccgattctgtgacctcagcttactctttaccgccctctgctctttggac 359
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Sbjct: 505 cccccccacccccgattctgtgacctcagcctactctttaccgccctctgctctttggac 564
Query: 360 ttggaactgcagatgtcccgcactgtatgaggaaggcaggaagtgtttggtacctgtgaa 419
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Sbjct: 565 ttggaactgcagatgtcccgcactgtatgaggaaggcaggaagtgtttggtacctgtgaa 624
Query: 420 ttttctcctttatacgttttcatcaacaaatgtctaggtgactctctctggagcactttg 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 625 ttttctcctttatacgttttcatcaacaaatgtctaggtgactctctctggagcactttg 684
Query: 480 ttgaaagagaagcacctgcactgggagactgaagaggggtaagggtggggtggggtgggg 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct: 685 ttgaaagagaagcacctgcactgggagactgaagaggggtaggggtggggtggggtgggg 744
Query: 540 t 540
|
Sbjct: 745 t 745
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Gapped
Lambda K H
1.34 0.600 1.10
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 2, Extension: 1
Number of Sequences: 1
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Number of extensions: 2
Number of successful extensions: 2
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's gapped: 1
Number of HSP's successfully gapped: 1
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Effective length of database: 935
Effective search space: 495550
Effective search space used: 495550
X1: 8 (15.9 bits)
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X3: 517 (999.5 bits)
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S2: 8 (16.2 bits)
| Query= MSMg01no510_h01.g1 MSMg01no510_h01.g1 CHROMAT_FILE:
MSMg01no510_h01.g1 PHD_FILE: MSMg01no510_h01.g1.phd.1 CHEM: term DYE:
big TIME: Wed May 18 20:40:02 2005
(408 letters)
>mm_chr8_112661968_112662775
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Query: 61 tggggagatgtcgaggagacaaagatcagtggacaggtcttgtaccttgggaagcaaggc 120
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Sbjct: 462 tggggagatgtcgaggagacaaagatgaggggacaggtcttgtaccttgggaagcaaggc 403
Query: 121 tccgagcagtcggatgagcccataataggatttccttcggtgtgctctagtgcccttggg 180
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Sbjct: 402 tccgagcagtcggatgagcccataataggatttccttcggtgtgctctagtgcccttggg 343
Query: 181 tgtgtggcccatcggcacgggacgccaccacttcctctgggaacccatggctgggttagg 240
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Sbjct: 342 tgtgtggcccatcggcacgggacgccaccacttcctctgggaacccatggctgggttagg 283
Query: 241 aaagatatcctgtattttgctccatcgtcttcattcaatgaatctttattgaatctcttt 300
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Sbjct: 282 aaagacatcctgtattttgctccatcgtcttcattcaatgaatctttattgaatctcttc 223
Query: 301 gtgaagtctatggctgggaagaatatacatatatatatatatatatatatatatatatat 360
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Sbjct: 222 gtgaagtctatggctgggaagaatatacatacatatatatatatatatatatatatatat 163
Query: 361 atatatatatatatatat 378
||||||||||||||||||
Sbjct: 162 atatatatatatatatat 145
Score = 97.4 bits (50), Expect = 2e-24
Identities = 53/54 (98%)
Strand = Plus / Plus
Query: 355 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgtat 408
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Sbjct: 145 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgtatgtat 198
Score = 95.5 bits (49), Expect = 6e-24
Identities = 55/57 (96%)
Strand = Plus / Plus
Query: 328 catatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 384
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Sbjct: 144 catatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgtatgtatat 200
Score = 93.5 bits (48), Expect = 2e-23
Identities = 54/56 (96%)
Strand = Plus / Plus
Query: 331 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 386
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Sbjct: 145 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgtatgtatat 200
Score = 93.5 bits (48), Expect = 2e-23
Identities = 54/56 (96%)
Strand = Plus / Plus
Query: 333 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 388
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Sbjct: 145 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgtatgtatat 200
Score = 93.5 bits (48), Expect = 2e-23
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Strand = Plus / Plus
Query: 335 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 390
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct: 145 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgtatgtatat 200
Score = 93.5 bits (48), Expect = 2e-23
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Query: 337 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 392
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Sbjct: 145 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgtatgtatat 200
Score = 93.5 bits (48), Expect = 2e-23
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Strand = Plus / Plus
Query: 339 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 394
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct: 145 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgtatgtatat 200
Score = 93.5 bits (48), Expect = 2e-23
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Strand = Plus / Plus
Query: 341 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 396
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct: 145 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgtatgtatat 200
Score = 93.5 bits (48), Expect = 2e-23
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Strand = Plus / Plus
Query: 343 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 398
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct: 145 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgtatgtatat 200
Score = 93.5 bits (48), Expect = 2e-23
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Strand = Plus / Plus
Query: 345 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 400
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct: 145 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgtatgtatat 200
Score = 93.5 bits (48), Expect = 2e-23
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Query: 347 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 402
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Sbjct: 145 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgtatgtatat 200
Score = 93.5 bits (48), Expect = 2e-23
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Query: 349 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 404
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Sbjct: 145 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgtatgtatat 200
Score = 85.8 bits (44), Expect = 5e-21
Identities = 53/56 (94%)
Strand = Plus / Plus
Query: 323 atatacatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 378
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Sbjct: 145 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgtatgtatat 200
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.34 0.600 1.10
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 2, Extension: 1
Number of Sequences: 1
Number of Hits to DB: 152
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Number of successful extensions: 68
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's gapped: 50
Number of HSP's successfully gapped: 19
Length of query: 408
Length of database: 808
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Effective search space used: 318801
X1: 8 (15.9 bits)
X2: 517 (999.5 bits)
X3: 517 (999.5 bits)
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S2: 8 (16.2 bits)
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