BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-005F11
Chromosome9 (Build37)
Map Location 30,156,224 - 30,268,159
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSnx19
Upstream geneHnt
Downstream geneLOC666478, Adamts15, Adamts8, Zbtb44, BC038156, St14, Aplp2, EG638580, EG666539, Prdm10, Nfrkb, Tmem45b, LOC666558
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-005F11.bB6Ng01-005F11.g
ACCDH842502DH842503
length1,141901
definitionDH842502|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005F11, 5' end.DH842503|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005F11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,156,224 - 30,157,380)(30,267,259 - 30,268,159)
sequence
gaattctgaaagccagtgaaactaagcaatatagggcaaggtcagattct
ctgacaagagaccacgagatgccctgtgtgaggaaaggtgaagtccaagt
ttcaattgagatccaagaagagtgaagctgccaggatcttgggtccagtg
gagtcagcacctctgtggaatggtgggatgacaatgacggggcatccctc
ttcagtaagacctttcttgaactaccttcatggatatgtaccaggatgtt
tttctatggtaagtttaaacctcacaaagttgacattcaagatgaagtat
cacactgtctctggtctatgctgttgaggttctctaccttatagacctta
tattatcttgggagaaaatttgtcctctatgtggatgacctgcatcttga
aaaagattctttagtatcctctcaattgtaccagaaagataatcatatta
ttagtccacattatcagtctaaactccaaaccctggtatatacaggtcac
atcactcagctaagcatccatgaagccttcctctacttcactattgtacc
ccatcaatcagaaccacaacaatcatctggattcttttccattctgctta
aacacaggtatctgcattcaactaagcttttgtatttcatatgaatacag
catagctactattaaccctcctatgataaatacaagctgtacttaggtca
caaaccatcctgttccttagtctttctcctatccccttgtttcttagata
catagttttaaaatgcctttaaatcactctggcctttccaaacggtacac
ttagagattctttactctatcagactccagtaaatgactgatgttatttt
taataagactctgtgtgggacaatgtgttttgttccacctttatgttagt
cagctatcacattcgtaaataagtgaaataataggtaattaagcaaaaat
agtatatataaagagggttgattttgactcacagtttcagagtttcaact
tatgattatttgtctggtctttgtgcctttggcagaaacatcatcatgtg
aaggtgaaatggacaaatcatttatagcatagctgggagcaggaggtatg
agggctggggtccatatcctctttaatggaatgtcccaatg
gaattcctgttcctgtttatagaagagcagcagcagcgagggaggaggct
gcaatggcctgatcaggttctctacaggggatgaggtggttcaggactcc
ttcttcacagctgtactttttactaaggtgaatcactggtatagctctca
tctaagactggagggaatgggcaaagtcttgctaacttcgaggagaccgg
agaatcttagaacaagatacattagccaggatgaagtttagctcagcttt
gtgttcacataagcatgaaataaggaagtttgcttctatttctgtctttt
ggggctagtaatgcaagaattccaactcttccaagcaacctctgcatcca
tgtaacctttcctcatataagagagcgcctgggtacctcaggcatcttct
gggtacctatcagaagacaggagttagatatgtttgggtctatagtaatt
tatccagtgaggataggacctcatacttcactatggcaaggatgtcctct
ttgctctcttccacatggatttagcatgttcatgcacagatgtggggtgc
aaacaactttttagtgtgtaacacagcatgagcacatacaagtctgacta
caattcttcaaatccaaggaatgcagggaagaagaaccaaagtccaaaac
ggtaaaactcagctcgtggtgagttgggaagctaaacatgggcgaggcaa
agcagaggaactgtcagtggggactggaacctccaagctagtgaagtgga
gtcactgggatgcagggcaaagttgagcacagagctggttagatggaggc
cccagttaagcccaggaatgtctgaagcaagcctgtgcatactggcagaa
acagaatattctggtctacaaagtgaggtaggtcctaaagcagatctcac
c
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_30156224_30157380
seq2: B6Ng01-005F11.b_48_1188

seq1  GAATTCTGAAAGCCAGTGAAACTAAGCAATATAGGGCAAGGTCAGATTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAAAGCCAGTGAAACTAAGCAATATAGGGCAAGGTCAGATTCT  50

seq1  CTGACAAGAGACCACGAGATGCCCTGTGTGAGGAAAGGTGAAGTCCAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAAGAGACCACGAGATGCCCTGTGTGAGGAAAGGTGAAGTCCAAGT  100

seq1  TTCAATTGAGATCCAAGAAGAGTGAAGCTGCCAGGATCTTGGGTCCAGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATTGAGATCCAAGAAGAGTGAAGCTGCCAGGATCTTGGGTCCAGTG  150

seq1  GAGTCAGCACCTCTGTGGAATGGTGGGATGACAATGACGGGGCATCCCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCAGCACCTCTGTGGAATGGTGGGATGACAATGACGGGGCATCCCTC  200

seq1  TTCAGTAAGACCTTTCTTGAACTACCTTCATGGATATGTACCAGGATGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTAAGACCTTTCTTGAACTACCTTCATGGATATGTACCAGGATGTT  250

seq1  TTTCTATGGTAAGTTTAAACCTCACAAAGTTGACATTCAAGATGAAGTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATGGTAAGTTTAAACCTCACAAAGTTGACATTCAAGATGAAGTAT  300

seq1  CACACTGTCTCTGGTCTATGCTGTTGAGGTTCTCTACCTTATAGACCTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGTCTCTGGTCTATGCTGTTGAGGTTCTCTACCTTATAGACCTTA  350

seq1  TATTATCTTGGGAGAAAATTTGTCCTCTATGTGGATGACCTGCATCTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATCTTGGGAGAAAATTTGTCCTCTATGTGGATGACCTGCATCTTGA  400

seq1  AAAAGATTCTTTAGTATCCTCTCAATTGTACCAGAAAGATAATCATATTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGATTCTTTAGTATCCTCTCAATTGTACCAGAAAGATAATCATATTA  450

seq1  TTAGTCCACATTATCAGTCTAAACTCCAAACCCTGGTATATACAGGTCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCCACATTATCAGTCTAAACTCCAAACCCTGGTATATACAGGTCAC  500

seq1  ATCACTCAGCTAAGCATCCATGAAGCCTTCCTCTACTTCACTATTGTACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTCAGCTAAGCATCCATGAAGCCTTCCTCTACTTCACTATTGTACC  550

seq1  CCATCAATCAGAACCACAACAATCATCTGGATTCTTTTCCATTCTGCTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCAATCAGAACCACAACAATCATCTGGATTCTTTTCCATTCTGCTTA  600

seq1  AACACAGGTATCTGCATTCAACTAAGCTTTTGTATTTCATATGAATACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAGGTATCTGCATTCAACTAAGCTTTTGTATTTCATATGAATACAG  650

seq1  CATAGCTACTATTAACCCTCCTATGATAAATACAAGCTGTACTTAGGTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCTACTATTAACCCTCCTATGATAAATACAAGCTGTACTTAGGTCA  700

seq1  CAAACCATCCTGTTCCTTAGTCTTTCTCCTATCCCCTTGTTTCTTAGATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCATCCTGTTCCTTAGTCTTTCTCCTATCCCCTTGTTTCTTAGATA  750

seq1  CATAGTTTTAAAATGCCTTTAAATCACTCTGGCCTTTCCAAACGGTACAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTTTTAAAATGCCTTTAAATCACTCTGGCCTTTCCAAACGGTACAC  800

seq1  TTAGAGATTCTTTACTCTATCAGACTCCAGTAAATGACTGATGTTATTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGATTCTTTACTCTATCAGACTCCAGTAAATGACTGATGTTATTTT  850

seq1  TAATAAGACTCTGTGTGGGACAATGTGTTTTGTTCCACC-TTATGTTAGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TAATAAGACTCTGTGTGGGACAATGTGTTTTGTTCCACCTTTATGTTAGT  900

seq1  CAGCTATCACATTCGTAAATAAGTGAAATTAATAAGTAAATAAGCAAAAA  949
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||
seq2  CAGCTATCACATTCGTAAATAAGTGAAA-TAATAGGTAATTAAGCAAAAA  949

seq1  TAGTATATATAAAGAGGGTTGATTTTGACTCACAGTTTCAGAGTTTCAAC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATATATAAAGAGGGTTGATTTTGACTCACAGTTTCAGAGTTTCAAC  999

seq1  CTATGATTAATTTGTCTGGTTCCTTTGTGCCTTTGGCAAGAAACATCATC  1049
       ||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTATGATT-ATTTGTCTGGT--CTTTGTGCCTTTGGC-AGAAACATCATC  1045

seq1  ATTGTGAAAGTGGAAATGGAACAAAATCATATATAGCATAGCTGGGAAGC  1099
      | |||||| || ||||||||   ||||||| ||||||||||||||| |||
seq2  A-TGTGAAGGT-GAAATGGA--CAAATCATTTATAGCATAGCTGGG-AGC  1090

seq1  AAAGGAGAGGTAATGAAGGGCTGGGGTCCCATATTCTCTTTAATGGTATG  1149
      |     ||||| ||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| |||
seq2  A----GGAGGT-ATG-AGGGCTGGGGT-CCATATCCTCTTTAATGGAATG  1133

seq1  TTCCAATG  1157
      | ||||||
seq2  TCCCAATG  1141

seq1: chr9_30267259_30268159
seq2: B6Ng01-005F11.g_62_961 (reverse)

seq1  GTGAGATCTGCTCTAGGACCT-CCTCCCTTTGTAGACCTGAATTTTTCTG  49
      |||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||| | |||||
seq2  GTGAGATCTGCTTTAGGACCTACCTCACTTTGTAGACCAGAA-TATTCTG  49

seq1  TTTCTGCCAGTTTGCCACAGGCTTGCTTCAGACATTCCTGGGCTTGACTT  99
      ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| || |
seq2  TTTCTGCCAGTATG-CACAGGCTTGCTTCAGACATTCCTGGGCTTAAC-T  97

seq1  GGGGCCTCCATCTAACCAGCTCTGTGCTCAAACTTTGCCCTGCATCCCAG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCCTCCATCTAACCAGCTCTGTGCTC-AACTTTGCCCTGCATCCCAG  146

seq1  TGACTCCACTTCACTAGCTTGGAGGTTCCAGTCCCCACTGACAGTTCCTC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCCACTTCACTAGCTTGGAGGTTCCAGTCCCCACTGACAGTTCCTC  196

seq1  TGCTTTGCCTCG-CCATGTTTAGCTTCCCAACTCACCACGAGCTGAGTTT  248
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGCCTCGCCCATGTTTAGCTTCCCAACTCACCACGAGCTGAGTTT  246

seq1  TACCGTTTTGGACTTTGGTTCTTCTTCCCTGCATTCCTTGGATTTGAAGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCGTTTTGGACTTTGGTTCTTCTTCCCTGCATTCCTTGGATTTGAAGA  296

seq1  ATTGTAGTCAGACTTGTATGTGCTCATGCTGTGTTACACACT-AAAAGTT  347
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATTGTAGTCAGACTTGTATGTGCTCATGCTGTGTTACACACTAAAAAGTT  346

seq1  GTTTGCACCCCACATCTGTGCATGAACATGCTAAATCCATGTGGAAGAGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCACCCCACATCTGTGCATGAACATGCTAAATCCATGTGGAAGAGA  396

seq1  GCAAAGAGGACATCCTTGCCATAGTGAAGTATGAGGTCCTATCCTCACTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGAGGACATCCTTGCCATAGTGAAGTATGAGGTCCTATCCTCACTG  446

seq1  GATAAATTACTATAGACCCAAACATATCTAACTCCTGTCTTCTGATAGGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAATTACTATAGACCCAAACATATCTAACTCCTGTCTTCTGATAGGT  496

seq1  ACCCAGAAGATGCCTGAGGTACCCAGGCGCTCTCTTATATGAGGAAAGGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGAAGATGCCTGAGGTACCCAGGCGCTCTCTTATATGAGGAAAGGT  546

seq1  TACATGGATGCAGAGGTTGCTTGGAAGAGTTGGAATTCTTGCATTACTAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGGATGCAGAGGTTGCTTGGAAGAGTTGGAATTCTTGCATTACTAG  596

seq1  CCCCAAAAGACAGAAATAGAAGCAAACTTCCTTATTTCATGCTTATGTGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAAAGACAGAAATAGAAGCAAACTTCCTTATTTCATGCTTATGTGA  646

seq1  ACACAAAGCTGAGCTAAACTTCATCCTGGCTAATGTATCTTGTTCTAAGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAAGCTGAGCTAAACTTCATCCTGGCTAATGTATCTTGTTCTAAGA  696

seq1  TTCTCCGGTCTCCTCGAAGTTAGCAAGACTTTGCCCATTCCCTCCAGTCT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCGGTCTCCTCGAAGTTAGCAAGACTTTGCCCATTCCCTCCAGTCT  746

seq1  TAGATGAGAGCTATACCAGTGATTCACCTTAGTAAAAAGTACAGCTGTGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGAGAGCTATACCAGTGATTCACCTTAGTAAAAAGTACAGCTGTGA  796

seq1  AGAAGGAGTCCTGAACCACCTCATCCCCTGTAGAGAACCTGATCAGGCCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGAGTCCTGAACCACCTCATCCCCTGTAGAGAACCTGATCAGGCCA  846

seq1  TTGCAGCCTCCTCCCTCGCTGCTGCTGCTCTTCTATAAACAGGAACAGGA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGCCTCCTCCCTCGCTGCTGCTGCTCTTCTATAAACAGGAACAGGA  896

seq1  ATTC  901
      ||||
seq2  ATTC  900