BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-012N18
Chromosome9 (Build37)
Map Location 29,394,002 - 29,566,830
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHnt
Upstream geneOpcml, LOC625222
Downstream geneSnx19, LOC666478
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-012N18.bB6Ng01-012N18.g
ACCDH847828DH847829
length1,167989
definitionDH847828|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-012N18, 5' end.DH847829|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-012N18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,565,651 - 29,566,830)(29,394,002 - 29,394,998)
sequence
gaattctgtgagactcagtgagttcatctctataaatgccttacacaatg
tctagcccattggaggcttgcagaaatatcagtgttcaacacagtgaaaa
taagatgttgccagtgggataaaggcaaatttcaaggacttttgggtcaa
aacttttgaatgtggttcatctgaccactagctgtttagttacaacggga
ttactaaacctctgtttagtaatctctagtttcctttaggtaagtggaca
attgcatcatctttattagcctatcacagggttgaaggagtgtgtttgga
aataccccaaaactagaaacccccacagatgctgaagatagggacatagc
ttcagagaagaccactccaaaaaataaatatcaaggattctttgtagaca
attagatatgtgcatttcaataacggactttctcagacattctgtcttag
ggccatctatcaagccttagagtacttctgcaggcatagagcaaatgtag
gtaatgatgtctctaacacagtgacccaggtacaggtcaatatagcaatc
aaatacagcttcagacagacagattgcttctcctttaaaagcgatggctt
tcaaattagagtttgcacctcgactttttaaaaaaagacctacaatggaa
tgttattgtaatgaataaaatattagaccttctgacaatggtggctgaga
gcatgactgctgtttgaccccagtctctctcccacaagggtctctgcaga
gcctctaagggaatccaggagtctcgtagatgcagtttaaagacagacac
tctaaagcatacacatctttagactcttaggtgttaatagcaatttccca
tgttctgagatttattaagatgaactcatgccagacaaacctcatttcct
cccctggcattgttctgcagggagtgcagtgggcatagtgaatgaacatt
ttaggaaggcatcctgggagtgcttttgtaagctttcattggacaaatct
ttaccctgaatatcagcaaagggcacatgccttacagtgctaaatgacta
atgatccttagcaggctgtcaagtcgcctgacaagctaacctgatgctgg
ctggtccctttacataaatacctccatcagcaactggttgagaaagaaca
ggatggacgaccatatc
gaattcagcttgtagcaccttgctcgtacatgtacattatcatcggaact
tcttcaatccgatcactgggatcttctaagaaagatgtatcaggcaaagt
tagcgtcgccgtgtgaagcgccaagtgccagaagctgccttggcagccag
tatactggagaggcccatcattaatcacgatgacatgaggtaatctgttg
gctgtgtcttgtgaaggcatgcctgacattacaggataactaggagcttg
ccaggtagagaaacatagggaaggggttctatgcaaaagagacaggatgt
cgatggcaaggatatgagaagttgcagggggctttccaaaaaattcccat
ggtacttctcaaagttgcactgagaggcagaactggtgataagctgctgt
ttggtaggccagatgaaatagagccccctatctcctgattaaaatcctta
ctgttggaatagatggcttggtgggtgaaatgaattccagaggtcagatc
cccagggcccacatcaaagctgagcaggcatggtggccatcctgtaatcc
cagcagaggaagagacaaggagtccctggggtaagctggctatctattct
agcagaaattggaggtccctgggctcagtatgagaccctgctccaataaa
cattagtagagaaacaatttagaaagacacctgatgtcaacttcagcctt
cacatgaacacgcccacatactcacacaactgtgcacggaggcacaaggg
tgtctaccacagattcacattcacacgctcagtgtctcctcacccacaga
cactcaacaaaaggcttgtgattatgccacaggctgtgtagttttataca
cttgttctatattgggaagcgcatgaatatttgccctgggaaggatgcag
agggtgatttggggttaaagaaggagacgaagtggggcccagttcaagtt
ctgctattatagggaatcaggaatattcgtgtgatgtca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_29565651_29566830
seq2: B6Ng01-012N18.b_47_1213 (reverse)

seq1  GATATGTGTCGTCCATCACTGTGTCTTCTTCAACCAAGTTGCTGATGGAG  50
      |||||| |||||||||| |||| ||||  |||||| ||||||||||||||
seq2  GATATG-GTCGTCCATC-CTGT-TCTTTCTCAACC-AGTTGCTGATGGAG  46

seq1  GTATTTAATGATAAAGGGCCCAGCCAGCATCAGGTATACCCTGTCAGGCC  100
      |||||| ||| ||||||| |||||||||||||||| || | ||||||| |
seq2  GTATTT-ATG-TAAAGGGACCAGCCAGCATCAGGT-TAGCTTGTCAGG-C  92

seq1  GACTTGACAGCCTGCTAAGGATCAATTAGTCATTTAGCACCTGT-AGGCA  149
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||
seq2  GACTTGACAGCCTGCTAAGGATC-ATTAGTCATTTAGCA-CTGTAAGGCA  140

seq1  TGTGCCCCTTTGCTGATATTCAGGGTAAAGAATTTTGTCCAATGAAAGCC  199
      |||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |
seq2  TGTG-CCCTTTGCTGATATTCAGGGTAAAGA--TTTGTCCAATGAAAG-C  186

seq1  TTACAAAAGCACTCCCAGGATGCCTTCCTAAAATGTTCATTCACTATGCC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAAAGCACTCCCAGGATGCCTTCCTAAAATGTTCATTCACTATGCC  236

seq1  CACTGCACTCCCTGCAGAACAATGCCAGGGGAGGAAATGAGGTTTGTCTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCACTCCCTGCAGAACAATGCCAGGGGAGGAAATGAGGTTTGTCTG  286

seq1  GCATGAGTTCATCTTAATAAATCTCAGAACATGGGAAATTGCTATTAACA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAGTTCATCTTAATAAATCTCAGAACATGGGAAATTGCTATTAACA  336

seq1  CCTAAGAGTCTAAAGATGTGTATGCTTTAGAGTGTCTGTCTTTAAACTGC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGAGTCTAAAGATGTGTATGCTTTAGAGTGTCTGTCTTTAAACTGC  386

seq1  ATCTACGAGACTCCTGGATTCCCTTAGAGGCTCTGCAGAGACCCTTGTGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACGAGACTCCTGGATTCCCTTAGAGGCTCTGCAGAGACCCTTGTGG  436

seq1  GAGAGAGACTGGGGTCAAACAGCAGTCATGCTCTCAGCCACCATTGTCAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGACTGGGGTCAAACAGCAGTCATGCTCTCAGCCACCATTGTCAG  486

seq1  AAGGTCTAATATTTTATTCATTACAATAACATTCCATTGTAGGTCTTTTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCTAATATTTTATTCATTACAATAACATTCCATTGTAGGTCTTTTT  536

seq1  TTAAAAAGTCGAGGTGCAAACTCTAATTTGAAAGCCATCGCTTTTAAAGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAGTCGAGGTGCAAACTCTAATTTGAAAGCCATCGCTTTTAAAGG  586

seq1  AGAAGCAATCTGTCTGTCTGAAGCTGTATTTGATTGCTATATTGACCTGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCAATCTGTCTGTCTGAAGCTGTATTTGATTGCTATATTGACCTGT  636

seq1  ACCTGGGTCACTGTGTTAGAGACATCATTACCTACATTTGCTCTATGCCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGGTCACTGTGTTAGAGACATCATTACCTACATTTGCTCTATGCCT  686

seq1  GCAGAAGTACTCTAAGGCTTGATAGATGGCCCTAAGACAGAATGTCTGAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAGTACTCTAAGGCTTGATAGATGGCCCTAAGACAGAATGTCTGAG  736

seq1  AAAGTCCGTTATTGAAATGCACATATCTAATTGTCTACAAAGAATCCTTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCCGTTATTGAAATGCACATATCTAATTGTCTACAAAGAATCCTTG  786

seq1  ATATTTATTTTTTGGAGTGGTCTTCTCTGAAGCTATGTCCCTATCTTCAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTATTTTTTGGAGTGGTCTTCTCTGAAGCTATGTCCCTATCTTCAG  836

seq1  CATCTGTGGGGGTTTCTAGTTTTGGGGTATTTCCAAACACACTCCTTCAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTGGGGGTTTCTAGTTTTGGGGTATTTCCAAACACACTCCTTCAA  886

seq1  CCCTGTGATAGGCTAATAAAGATGATGCAATTGTCCACTTACCTAAAGGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTGATAGGCTAATAAAGATGATGCAATTGTCCACTTACCTAAAGGA  936

seq1  AACTAGAGATTACTAAACAGAGGTTTAGTAATCCCGTTGTAACTAAACAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGAGATTACTAAACAGAGGTTTAGTAATCCCGTTGTAACTAAACAG  986

seq1  CTAGTGGTCAGATGAACCACATTCAAAAGTTTTGACCCAAAAGTCCTTGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGGTCAGATGAACCACATTCAAAAGTTTTGACCCAAAAGTCCTTGA  1036

seq1  AATTTGCCTTTATCCCACTGGCAACATCTTATTTTCACTGTGTTGAACAC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGCCTTTATCCCACTGGCAACATCTTATTTTCACTGTGTTGAACAC  1086

seq1  TGATATTTCTGCAAGCCTCCAATGGGCTAGACATTGTGTAAGGCATTTAT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATTTCTGCAAGCCTCCAATGGGCTAGACATTGTGTAAGGCATTTAT  1136

seq1  AGAGATGAACTCACTGAGTCTCACAGAATTC  1180
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATGAACTCACTGAGTCTCACAGAATTC  1167

seq1: chr9_29394002_29394998
seq2: B6Ng01-012N18.g_65_1053

seq1  GAATTCAGCTTGTAGCACCTTGCTCGTACATGTACATTATCATCGGAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCTTGTAGCACCTTGCTCGTACATGTACATTATCATCGGAACT  50

seq1  TCTTCAATCCGATCACTGGGATCTTCTAAGAAAGATGTATCAGGCAAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAATCCGATCACTGGGATCTTCTAAGAAAGATGTATCAGGCAAAGT  100

seq1  TAGCGTCGCCGTGTGAAGCGCCAAGTGCCAGAAGCTGCCTTGGCAGCCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCGTCGCCGTGTGAAGCGCCAAGTGCCAGAAGCTGCCTTGGCAGCCAG  150

seq1  TATACTGGAGAGGCCCATCATTAATCACGATGACATGAGGTAATCTGTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTGGAGAGGCCCATCATTAATCACGATGACATGAGGTAATCTGTTG  200

seq1  GCTGTGTCTTGTGAAGGCATGCCTGACATTACAGGATAACTAGGAGCTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGTCTTGTGAAGGCATGCCTGACATTACAGGATAACTAGGAGCTTG  250

seq1  CCAGGTAGAGAAACATAGGGAAGGGGTTCTATGCAAAAGAGACAGGATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTAGAGAAACATAGGGAAGGGGTTCTATGCAAAAGAGACAGGATGT  300

seq1  CGATGGCAAGGATATGAGAAGTTGCAGGGGGCTTTCCAAAAAATTCCCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATGGCAAGGATATGAGAAGTTGCAGGGGGCTTTCCAAAAAATTCCCAT  350

seq1  GGTACTTCTCAAAGTTGCACTGAGAGGCAGAACTGGTGATAAGCTGCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACTTCTCAAAGTTGCACTGAGAGGCAGAACTGGTGATAAGCTGCTGT  400

seq1  TTGGTAGGCCAGATGAAATAGAGCCCCCTATCTCCTGATTAAAATCCTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTAGGCCAGATGAAATAGAGCCCCCTATCTCCTGATTAAAATCCTTA  450

seq1  CTGTTGGAATAGATGGCTTGGTGGGTGAAATGAATTCCAGAGGTCAGATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGGAATAGATGGCTTGGTGGGTGAAATGAATTCCAGAGGTCAGATC  500

seq1  CCCAGGGCCCACATCAAAGCTGAGCAGGCATGGTGGCCATCCTGTAATCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGGCCCACATCAAAGCTGAGCAGGCATGGTGGCCATCCTGTAATCC  550

seq1  CAGCAGAGGAAGAGACAAGGAGTCCCTGGGGTAAGCTGGCTATCTATTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGAGGAAGAGACAAGGAGTCCCTGGGGTAAGCTGGCTATCTATTCT  600

seq1  AGCAGAAATTGGAGGTCCCTGGGCTCAGTATGAGACCCTGCTCCAATAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAAATTGGAGGTCCCTGGGCTCAGTATGAGACCCTGCTCCAATAAA  650

seq1  CATTAGTAGAGAAACAATTTAGAAAGACACCTGATGTCAACTTCAGCCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGTAGAGAAACAATTTAGAAAGACACCTGATGTCAACTTCAGCCTT  700

seq1  CACATGAACACGCCCACATACTCACACAACTGTGCACGGAGGCACAAGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGAACACGCCCACATACTCACACAACTGTGCACGGAGGCACAAGGG  750

seq1  TGTCTACCACAGATTCACATTCACACGCTCAGTGTCTCCTCACCCACAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTACCACAGATTCACATTCACACGCTCAGTGTCTCCTCACCCACAGA  800

seq1  CACTCAACAAAAGGCTTGTGATTATGCCACAGGCTGTGTAGTTTCATACA  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CACTCAACAAAAGGCTTGTGATTATGCCACAGGCTGTGTAGTTTTATACA  850

seq1  CTTGTTCTATATTGGGAAGCGGCATGATTAGTTTGCCCTGGGAAGGATGC  900
      |||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTCTATATTGGGAAGC-GCATGAATA-TTTGCCCTGGGAAGGATGC  898

seq1  AGAGGGTGATTTGGGGTTAAAGAAGGAGACAGAGGTGGGGCCCCAGTTCA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||| 
seq2  AGAGGGTGATTTGGGGTTAAAGAAGGAGAC-GAAGTGGGG-CCCAGTTC-  945

seq1  AAGTTCTGCATTTATTAGGGAATCAGGAAAATTTCGTGGTGATGTCA  997
      |||||||||  ||| |||||||||||||| | ||||| |||||||||
seq2  AAGTTCTGCTATTA-TAGGGAATCAGGAATA-TTCGT-GTGATGTCA  989