BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-016E13
Chromosome9 (Build37)
Map Location 32,076,248 - 32,215,970
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnj5, Kcnj1
Upstream geneEG638580, EG666539, Prdm10, Nfrkb, Tmem45b, LOC666558, EG666576, Barx2, LOC100042266, Tpi-rs4, LOC666619, LOC666622, Grit
Downstream geneFli1, LOC669759, LOC100041398, Ets1, LOC100041426
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-016E13.bB6Ng01-016E13.g
ACCDH850293DH850294
length998936
definitionDH850293|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-016E13, 5' end.DH850294|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-016E13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,076,248 - 32,077,256)(32,215,034 - 32,215,970)
sequence
gaattcttcagcactatgaacacaaaggagctgagaccagatagtgtaaa
taatatacctggactcattcaactgacgttcaatgggagtcaaccctagg
tttttgagtccagggcctgcagtttttctctatctcacgtctggcccaat
gtgtgtcttcaaacaccaggaaaccatgatacaggagtgcctgggtgact
gatgctactggtaactgcagggaataccatccctacccctgagttaacat
aaactaggtttttgcaataagtaatggcatcaaaatctcagtgtctttaa
cacacatgcactcatacacacgagtgtgtgcacatgtacgcacacacaca
gaggcttcttttttgctgtggatgccagtgattgggtaaaagttccccgt
gcaggccctaatcccttatatctactttcatccttggaatcataattcct
gagccagggtgtaaggagctgaatgtgggagaacatggtgtgagtcgtta
aaatgaaacttgccctgatgaaaatagcagaatgggaaaagtgcttgcca
tgcaagtgtgagaatttaattctgaatacatagaactcatatacagcaca
tctgtaatcccagagcttctatggcaagattaactgagacaggagaatat
ccagaaggccatggaccagctagcctggtatatgcaagagcgaagaacag
agaccatgtcctaaactagtggaagtcaaggatcagcacccaacattgtc
ctctgactttcataagcatgttgtgctagacatgtgaccacacatatgta
caaatgcatcccacaagcaaagtaagtggagccattcttgttcccattcg
ttgggaatgtaaccctgggaggtcactagaccttgagcttggcacaacac
atggctctgtcacctttcatccaatccactcgactcatcctcccactgat
ctggactgaacacaacatcatgcaaacactgtttgactctgctagcaa
gaattccagagctgacttaaagccctttgtgcttctgtagttccctggca
gccattttctctcctcccataccataatgtctaacatagctcttcaagca
acaggctccaggctagccttgtagagccaggatggtattccaacacctag
aaagacacctaggacacagaaggacatgcacaggttcaccaccatgctac
actcctacacagtgtcttggggatgaacagctgatcaagggccctagcat
cccagggtgaggatgcctcaggacttgaggaagcctaaggtggtgttctg
tcaaagtagaaatattagcagatttagccatgagcagagtttataaggat
gggatggatcaatagatctttgtaacctcgcttctgccatcaacctcaga
agatcctggataacaaccatgtgtagatactttcaacctggacatgaatt
taaagacttttagtccattggctctatcgttcagtaaactgatggctcat
attctgatctttatagtcttataggacttctggagattctgattccagaa
gtctgcagaggggcccaagcatggtgtgtccacaataagctctcagggtg
gtcacggacacggcaaggcctgacacaaactaccaccccagtggtgtcct
gctaaagtttaacagcagggcattgaagggagcgaaggaaaagggtgact
tttgtcattttgctgaccctggaagtcagcaaaagggttgtcatttgctg
acttccagggtgtgtgtcacgactgaggacatcagggacagatgtgacac
ttctgaatgcagatctgtgaaaagatgcccccattcagctcttgtgctct
cagaactctctcagagacccacagagaggaagttgcacagccccctggga
cagaaccagatgaggagccagactcgaggctctggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_32076248_32077256
seq2: B6Ng01-016E13.b_48_1045

seq1  GAATTCTTCAGCACTATGAACACAAAGGAGCTGAGACCAGATAGTGTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCAGCACTATGAACACAAAGGAGCTGAGACCAGATAGTGTAAA  50

seq1  TAATATACCTGGACTCATTCAACTGACGTTCAATGGGAGTCAACCCTAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATACCTGGACTCATTCAACTGACGTTCAATGGGAGTCAACCCTAGG  100

seq1  TTTTTGAGTCCAGGGCCTGCAGTTTTTCTCTATCTCACGTCTGGCCCAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGAGTCCAGGGCCTGCAGTTTTTCTCTATCTCACGTCTGGCCCAAT  150

seq1  GTGTGTCTTCAAACACCAGGAAACCATGATACAGGAGTGCCTGGGTGACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTCTTCAAACACCAGGAAACCATGATACAGGAGTGCCTGGGTGACT  200

seq1  GATGCTACTGGTAACTGCAGGGAATACCATCCCTACCCCTGAGTTAACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTACTGGTAACTGCAGGGAATACCATCCCTACCCCTGAGTTAACAT  250

seq1  AAACTAGGTTTTTGCAATAAGTAATGGCATCAAAATCTCAGTGTCTTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAGGTTTTTGCAATAAGTAATGGCATCAAAATCTCAGTGTCTTTAA  300

seq1  CACACATGCACTCATACACACGAGTGTGTGCACATGTACGCACACACACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATGCACTCATACACACGAGTGTGTGCACATGTACGCACACACACA  350

seq1  GAGGCTTCTTTTTTGCTGTGGATGCCAGTGATTGGGTAAAAGTTCCCCGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTTCTTTTTTGCTGTGGATGCCAGTGATTGGGTAAAAGTTCCCCGT  400

seq1  GCAGGCCCTAATCCCTTATATCTACTTTCATCCTTGGAATCATAATTCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCCCTAATCCCTTATATCTACTTTCATCCTTGGAATCATAATTCCT  450

seq1  GAGCCAGGGTGTAAGGAGCTGAATGTGGGAGAACATGGTGTGAGTCGTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAGGGTGTAAGGAGCTGAATGTGGGAGAACATGGTGTGAGTCGTTA  500

seq1  AAATGAAACTTGCCCTGATGAAAATAGCAGAATGGGAAAAGTGCTTGCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAACTTGCCCTGATGAAAATAGCAGAATGGGAAAAGTGCTTGCCA  550

seq1  TGCAAGTGTGAGAATTTAATTCTGAATACATAGAACTCATATACAGCACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGTGTGAGAATTTAATTCTGAATACATAGAACTCATATACAGCACA  600

seq1  TCTGTAATCCCAGAGCTTCTATGGCAAGATTAACTGAGACAGGAGAATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAATCCCAGAGCTTCTATGGCAAGATTAACTGAGACAGGAGAATAT  650

seq1  CCAGAAGGCCATGGACCAGCTAGCCTGGTATATGCAAGAGCGAAGAACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAGGCCATGGACCAGCTAGCCTGGTATATGCAAGAGCGAAGAACAG  700

seq1  AGACCATGTCCTAAACTAGGTGGAAGTCAAGGATCAGCACCCAACATTGT  750
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCATGTCCTAAACTA-GTGGAAGTCAAGGATCAGCACCCAACATTGT  749

seq1  CCTCTGACTTTCATAAGCATGTTGTGCTAGACATGTGACCACACATATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGACTTTCATAAGCATGTTGTGCTAGACATGTGACCACACATATGT  799

seq1  ACAAATGCATCCCACAAGCAAAGTAAGGTGAGCCATTCTTGTTCCCATTC  850
      |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATGCATCCCACAAGCAAAGTAAGTGGAGCCATTCTTGTTCCCATTC  849

seq1  GTTGGGAATGT-ACCCTGGGAAGGTCACTAGACCTTGAGCTTGGCACAAC  899
      ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGAATGTAACCCTGGG-AGGTCACTAGACCTTGAGCTTGGCACAAC  898

seq1  ACATGGCTCTGTCACCTTTCATCCAATTCCACTCGACTCATCCTCCCACT  949
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGCTCTGTCACCTTTCATCCAA-TCCACTCGACTCATCCTCCCACT  947

seq1  GAATTCTGGAACTGGAAACACAACATCATGCAGAACACTGTTTTGACATC  999
      ||  ||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||| ||||||   
seq2  GA--TCTGG-ACTG--AACACAACATCATGCA-AACACTG-TTTGAC--T  988

seq1  CTGCTAGCAA  1009
      ||||||||||
seq2  CTGCTAGCAA  998

seq1: chr9_32215034_32215970
seq2: B6Ng01-016E13.g_69_1003 (reverse)

seq1  CCAGAGCCTCGAGTCTGGCTCCTCTCCTGGTTCTGTCCCCAGGGGGCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||
seq2  CCAGAGCCTCGAGTCTGGCTCCTCATCTGGTTCTGT-CCCAGGGGGCTGT  49

seq1  GCCACTTCCTCTCTGTGGGTCTCTGAGAAGAGTTCTGGGAGCACAAGAGC  100
      || |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||
seq2  GCAACTTCCTCTCTGTGGGTCTCTGAG-AGAGTTCTGAGAGCACAAGAGC  98

seq1  TGAATGGGGGCATCTTTTCACAGATCTGCATTCAGAAGTGTCACATCTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGGGGGCATCTTTTCACAGATCTGCATTCAGAAGTGTCACATCTGT  148

seq1  CCCTGATGTCCTCAGTCGTGACACACACCCTGGAAGTCAGCAAATGACAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGATGTCCTCAGTCGTGACACACACCCTGGAAGTCAGCAAATGACAA  198

seq1  CCCTTTTGCTGACTTCCAGGGTCAGCAAAATGACAAAAGTCACCCTTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTTGCTGACTTCCAGGGTCAGCAAAATGACAAAAGTCACCCTTTTC  248

seq1  CTTCGCTCCCTTCAATGCCCTGCTGTTAAACTTTAGCAGGACACCACTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCGCTCCCTTCAATGCCCTGCTGTTAAACTTTAGCAGGACACCACTGG  298

seq1  GGTGGTAGTTTGTGTCAGGCCTTGCCGTGTCCGTGACCACCCTGAGAGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTAGTTTGTGTCAGGCCTTGCCGTGTCCGTGACCACCCTGAGAGCT  348

seq1  TATTGTGGACACACCATGCTTGGGCCCCTCTGCAGACTTCTGGAATCAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTGGACACACCATGCTTGGGCCCCTCTGCAGACTTCTGGAATCAGA  398

seq1  ATCTCCAGAAGTCCTATAAGACTATAAAGATCAGAATATGAGCCATCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCAGAAGTCCTATAAGACTATAAAGATCAGAATATGAGCCATCAGT  448

seq1  TTACTGAACGATAGAGCCAATGGACTAAAAGTCTTTAAATTCATGTCCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGAACGATAGAGCCAATGGACTAAAAGTCTTTAAATTCATGTCCAG  498

seq1  GTTGAAAGTATCTACACATGGTTGTTATCCAGGATCTTCTGAGGTTGATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAAAGTATCTACACATGGTTGTTATCCAGGATCTTCTGAGGTTGATG  548

seq1  GCAGAAGCGAGGTTACAAAGATCTATTGATCCATCCCATCCTTATAAACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAGCGAGGTTACAAAGATCTATTGATCCATCCCATCCTTATAAACT  598

seq1  CTGCTCATGGCTAAATCTGCTAATATTTCTACTTTGACAGAACACCACCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCATGGCTAAATCTGCTAATATTTCTACTTTGACAGAACACCACCT  648

seq1  TAGGCTTCCTCAAGTCCTGAGGCATCCTCACCCTGGGATGCTAGGGCCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTTCCTCAAGTCCTGAGGCATCCTCACCCTGGGATGCTAGGGCCCT  698

seq1  TGATCAGCTGTTCATCCCCAAGACACTGTGTAGGAGTGTAGCATGGTGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCAGCTGTTCATCCCCAAGACACTGTGTAGGAGTGTAGCATGGTGGT  748

seq1  GAACCTGTGCATGTCCTTCTGTGTCCTAGGTGTCTTTCTAGGTGTTGGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTGTGCATGTCCTTCTGTGTCCTAGGTGTCTTTCTAGGTGTTGGAA  798

seq1  TACCATCCTGGCTCTACAAGGCTAGCCTGGAGCCTGTTGCTTGAAGAGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATCCTGGCTCTACAAGGCTAGCCTGGAGCCTGTTGCTTGAAGAGCT  848

seq1  ATGTTAGACATTATGGTATGGGAGGAGAGAAAATGGCTGCCAGGGAACTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAGACATTATGGTATGGGAGGAGAGAAAATGGCTGCCAGGGAACTA  898

seq1  CAGAAGCACAAAGGGCTTTAAGTCAGCTCTGGAATTC  937
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCACAAAGGGCTTTAAGTCAGCTCTGGAATTC  935