BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-026A08
Chromosome9 (Build37)
Map Location 69,061,216 - 69,163,418
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRora
Upstream gene9530091C08Rik
Downstream geneNarg2, EG665815, EG244913, Anxa2, Foxb1, Bnip2, LOC624164, Gtf2a2, Gcnt3, 6430514L14Rik, Myo1e
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-026A08.bB6Ng01-026A08.g
ACCDH857183DH857184
length8731,032
definitionDH857183|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-026A08, 5' end.DH857184|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-026A08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,061,216 - 69,062,088)(69,162,370 - 69,163,418)
sequence
gaattcatggattgtagaacgctttgcctgggctgaaaagcatcatggtt
ctaacagctgctccctgggaaaatcccccggccattctttttggagctcc
ctgtgtctgaggccctgggaaagggattcccaagctatcctggatggtat
tggcagctggatctgtctgtcctgggtattaccatcacaagggcccagga
acacagcagcttttcaagggtgcaaaaatccctgaatctcactctgggaa
gaggaatcccacacatccactatcgagcgagccatctaatctgccatcag
gcagagtaggtctaacctcacccacccaaccgcatattgcaggcattgtg
caagggaacctcttcttaccactcatgctgagagtgcagcttacaaggat
gcttttatacacgcatgtaagggaaggtaatgaaccacaatataaagcat
ttgctattttcaatgaacaggaagaaatggctccttaacttttagggagg
agtgggcagcttggaaaaaaaccatataaacttcctttctggtgtgcgtc
tgccaggatttctgcgagtgattcacatgcctgtcaattacacaccctta
tggattccagccactaggcaggtgtccaagaaaacacaagtctgaaaatg
cttctgttttcatgaaatgtgtgactacagaaaacctcacgtctcacgtt
ctctcatggtcttaccaaggaaggagacagggcctctgtccctgtcactg
aagccaggaccccctctcacataatgagaccttgatcccaatttggtggc
cagatgcaagaaggctggggtttggtttctaaatagttatgtttgtatgt
atgtatgtatgtatgtatgtatg
gaattctttgctctaaggttgtcttgggccttgtggatgtgtagcactct
ccatggcctctccttattagttgctgggagctctttccagatgtgataat
ctaaaatgtttccatatgtggacattcttgatcccccgagaactccctgc
atgagaggatggtttcctggatagtaagctctggggaagcgggtagggac
tgttcctctgctggaaaatgggtaggatagtacccaaggttcccactgtc
actttggcctcctgtacttttctgacttgccagagattagtgttggcctt
tatgatgggaggcagaacagccatgtagcctcagacagtgataccgaaag
aagccccaaaggcctctcttacttgagagtcttcagcttgctgacaggaa
ggttgctttctttgctttctacggctgatagacttgggagaaagaagacg
agttatgcacatcttccccaaggacaccaacccctcactcatctccctag
tgtggcgtgagactgcctctcagaaaggaagtcccttatctctagaatgt
cctgcataggaagtcaggacttgccactaattctcaggaggcaggagaca
gaacaggcacagagctgggaatctatcagctggagttgtagggcatcccc
acagttcacttatgcagccggcaggcacagagcccactcacccatgaatt
cctttcactttcctggtaatagaagttgatcttgaatctaagtatcgctg
ttatgctatcaaacccttagcatggcttctttgagaggcaaggacaggca
gctgttgaatgacagagatgaagagggtaaaagttggctgtggagttttg
atatatttcatgtggatttcgtttccgatgctttgcgtcaacaaacaaaa
attcagactctggcacttctgggtgtaaatcatagtggatgacatacttt
acagagcatttctgtggtagtgtctttcacacctttcttctgcactagat
ctaatcatttccctgcgtaggagacatcagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_69061216_69062088
seq2: B6Ng01-026A08.b_42_914

seq1  GAATTCATGGATTGTAGAACGCTTTGCCTGGGCTGAAAAGCATCATGGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGGATTGTAGAACGCTTTGCCTGGGCTGAAAAGCATCATGGTT  50

seq1  CTAACAGCTGCTCCCTGGGAAAATCCCCCGGCCATTCTTTTTGGAGCTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAGCTGCTCCCTGGGAAAATCCCCCGGCCATTCTTTTTGGAGCTCC  100

seq1  CTGTGTCTGAGGCCCTGGGAAAGGGATTCCCAAGCTATCCTGGATGGTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTCTGAGGCCCTGGGAAAGGGATTCCCAAGCTATCCTGGATGGTAT  150

seq1  TGGCAGCTGGATCTGTCTGTCCTGGGTATTACCATCACAAGGGCCCAGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGCTGGATCTGTCTGTCCTGGGTATTACCATCACAAGGGCCCAGGA  200

seq1  ACACAGCAGCTTTTCAAGGGTGCAAAAATCCCTGAATCTCACTCTGGGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGCAGCTTTTCAAGGGTGCAAAAATCCCTGAATCTCACTCTGGGAA  250

seq1  GAGGAATCCCACACATCCACTATCGAGCGAGCCATCTAATCTGCCATCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAATCCCACACATCCACTATCGAGCGAGCCATCTAATCTGCCATCAG  300

seq1  GCAGAGTAGGTCTAACCTCACCCACCCAACCGCATATTGCAGGCATTGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGTAGGTCTAACCTCACCCACCCAACCGCATATTGCAGGCATTGTG  350

seq1  CAAGGGAACCTCTTCTTACCACTCATGCTGAGAGTGCAGCTTACAAGGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGAACCTCTTCTTACCACTCATGCTGAGAGTGCAGCTTACAAGGAT  400

seq1  GCTTTTATACACGCATGTAAGGGAAGGTAATGAACCACAATATAAAGCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTATACACGCATGTAAGGGAAGGTAATGAACCACAATATAAAGCAT  450

seq1  TTGCTATTTTCAATGAACAGGAAGAAATGGCTCCTTAACTTTTAGGGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTATTTTCAATGAACAGGAAGAAATGGCTCCTTAACTTTTAGGGAGG  500

seq1  AGTGGGCAGCTTGGAAAAAAACCATATAAACTTCCTTTCTGGTGTGCGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGCAGCTTGGAAAAAAACCATATAAACTTCCTTTCTGGTGTGCGTC  550

seq1  TGCCAGGATTTCTGCGAGTGATTCACATGCCTGTCAATTACACACCCTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGGATTTCTGCGAGTGATTCACATGCCTGTCAATTACACACCCTTA  600

seq1  TGGATTCCAGCCACTAGGCAGGTGTCCAAGAAAACACAAGTCTGAAAATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTCCAGCCACTAGGCAGGTGTCCAAGAAAACACAAGTCTGAAAATG  650

seq1  CTTCTGTTTTCATGAAATGTGTGACTACAGAAAACCTCACGTCTCACGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGTTTTCATGAAATGTGTGACTACAGAAAACCTCACGTCTCACGTT  700

seq1  CTCTCATGGTCTTACCAAGGAAGGAGACAGGGCCTCTGTCCCTGTCACTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCATGGTCTTACCAAGGAAGGAGACAGGGCCTCTGTCCCTGTCACTG  750

seq1  AAGCCAGGACCCCCTCTCACATAATGAGACCTTGATCCCAATTTGGTGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAGGACCCCCTCTCACATAATGAGACCTTGATCCCAATTTGGTGGC  800

seq1  CAGATGCAAGAAGGCTGGGGTTTGGTTTCTAAATAGTTATGTTTGTATGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGCAAGAAGGCTGGGGTTTGGTTTCTAAATAGTTATGTTTGTATGT  850

seq1  ATGTATGTATGTATGTATGTATG  873
      |||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTATGTATGTATGTATG  873

seq1: chr9_69162370_69163418
seq2: B6Ng01-026A08.g_68_1099 (reverse)

seq1  AGCTGATGTCTCCTACCGCAGAGAAATGATTAGATTCTAAGTGCCAGAAG  50
      ||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||| |||| ||||||
seq2  AGCTGATGTCTCCTA-CGCAGGGAAATGATTAGA-TCT-AGTG-CAGAAG  46

seq1  AAAGGTGTGAAAAGACACTAACCACAGAAAATGCCTCTTGTAAAGTATGT  100
      ||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||||||||||
seq2  AAAGGTGTG-AAAGACACT-ACCACAG-AAATG-CTC-TGTAAAGTATGT  91

seq1  CATCCACTATTGATTTTACACCCAGGAAGTGCCAGAGTCTTGAAATTTTT  150
      ||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||
seq2  CATCCACTA-TGA-TTTACACCCA-GAAGTGCCAGAGTC-TGAA--TTTT  135

seq1  TGTTTGTTTGACGCAAAAGCATCGGAAACGAAATCCACATGAAATATATC  200
      |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTG-TTGACGC-AAAGCATCGGAAACGAAATCCACATGAAATATATC  183

seq1  AAAACTCCACAGCCAACTTTTACCCTCTTCATCTCTGTCATTCAACAGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTCCACAGCCAACTTTTACCCTCTTCATCTCTGTCATTCAACAGCT  233

seq1  GCCTGTCCTTGCCTCTCAAAGAAGCCATGCTAAGGGTTTGATAGCATAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTCCTTGCCTCTCAAAGAAGCCATGCTAAGGGTTTGATAGCATAAC  283

seq1  AGCGATACTTAGATTCAAGATCAACTTCTATTACCAGGAAAGTGAAAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGATACTTAGATTCAAGATCAACTTCTATTACCAGGAAAGTGAAAGGA  333

seq1  ATTCATGGGTGAGTGGGCTCTGTGCCTGCCGGCTGCATAAGTGAACTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATGGGTGAGTGGGCTCTGTGCCTGCCGGCTGCATAAGTGAACTGTG  383

seq1  GGGATGCCCTACAACTCCAGCTGATAGATTCCCAGCTCTGTGCCTGTTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGCCCTACAACTCCAGCTGATAGATTCCCAGCTCTGTGCCTGTTCT  433

seq1  GTCTCCTGCCTCCTGAGAATTAGTGGCAAGTCCTGACTTCCTATGCAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCTGCCTCCTGAGAATTAGTGGCAAGTCCTGACTTCCTATGCAGGA  483

seq1  CATTCTAGAGATAAGGGACTTCCTTTCTGAGAGGCAGTCTCACGCCACAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTAGAGATAAGGGACTTCCTTTCTGAGAGGCAGTCTCACGCCACAC  533

seq1  TAGGGAGATGAGTGAGGGGTTGGTGTCCTTGGGGAAGATGTGCATAACTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAGATGAGTGAGGGGTTGGTGTCCTTGGGGAAGATGTGCATAACTC  583

seq1  GTCTTCTTTCTCCCAAGTCTATCAGCCGTAGAAAGCAAAGAAAGCAACCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCTTTCTCCCAAGTCTATCAGCCGTAGAAAGCAAAGAAAGCAACCT  633

seq1  TCCTGTCAGCAAGCTGAAGACTCTCAAGTAAGAGAGGCCTTTGGGGCTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTCAGCAAGCTGAAGACTCTCAAGTAAGAGAGGCCTTTGGGGCTTC  683

seq1  TTTCGGTATCACTGTCTGAGGCTACATGGCTGTTCTGCCTCCCATCATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCGGTATCACTGTCTGAGGCTACATGGCTGTTCTGCCTCCCATCATAA  733

seq1  AGGCCAACACTAATCTCTGGCAAGTCAGAAAAGTACAGGAGGCCAAAGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAACACTAATCTCTGGCAAGTCAGAAAAGTACAGGAGGCCAAAGTG  783

seq1  ACAGTGGGAACCTTGGGTACTATCCTACCCATTTTCCAGCAGAGGAACAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGGGAACCTTGGGTACTATCCTACCCATTTTCCAGCAGAGGAACAG  833

seq1  TCCCTACCCGCTTCCCCAGAGCTTACTATCCAGGAAACCATCCTCTCATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTACCCGCTTCCCCAGAGCTTACTATCCAGGAAACCATCCTCTCATG  883

seq1  CAGGGAGTTCTCGGGGGATCAAGAATGTCCACATATGGAAACATTTTAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAGTTCTCGGGGGATCAAGAATGTCCACATATGGAAACATTTTAGA  933

seq1  TTATCACATCTGGAAAGAGCTCCCAGCAACTAATAAGGAGAGGCCATGGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCACATCTGGAAAGAGCTCCCAGCAACTAATAAGGAGAGGCCATGGA  983

seq1  GAGTGCTACACATCCACAAGGCCCAAGACAACCTTAGAGCAAAGAATTC  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGCTACACATCCACAAGGCCCAAGACAACCTTAGAGCAAAGAATTC  1032