BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-027M19
Chromosome9 (Build37)
Map Location 90,947,765 - 90,993,854
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG434428
Upstream geneCtsh, Morf4l1, LOC621414, Adamts7, Tbc1d2b, LOC100039777, LOC100039925
Downstream geneLOC621576, Zic1, Zic4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-027M19.bB6Ng01-027M19.g
ACCDH858448DH858449
length1,027942
definitionDH858448|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027M19, 5' end.DH858449|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027M19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,992,816 - 90,993,854)(90,947,765 - 90,948,716)
sequence
gaattctaccagaccttcaaagaagacctaatatcaatactcttcaaact
attccacaaaatagaaacagaaggaacactacccaattcgttttatgaag
tcacaattatgttgataccataaacacagaaagacccaacaaagaactaa
aacttcagataaatttctcttatgaaagtgatgcaaaaatactcaataaa
attcttgccaaccaaattcaagaacacatgaaaacgatcattcaccatga
tcatgttagctttatcttagcgatgcaggaatggttcaatatacggaaac
tcatcaatgtaatctactataataaactcaaagaaaaaagaccacatgat
cttcttttttttttttttcttaaagcttttactttgagacatcatggaaa
acttaagaggtacaacatggagaagacatgatcacagaatgggaacagca
cagaagcatcagtgcctgcaactaatactggagcagtttgacgacacagg
ggctcgaggaatggacttagtattcctctccttcttcctccccctcgcct
tccacagaatccacaccaacctcctcataatccttctctagggcagccat
gtcctcacgggcctcagagaactcaccctcctccatgctctcacccacat
accagtacacaaaggcacgcttggcatacatcagatcaaacttgtgatct
aggcgagcccatgcctcagcaatggctgtggtgttgctcagcatgcacac
agctctctgcaccttggccaggtcaccaccgggtaccacagtgggaggct
ggtaattaatgccaaccttgaagccagtgggacaccagtctacaaactgg
atactgcgcttggtcttgatggtggcatggcagcattgacatcttgggaa
tcacatcaccacggtacagcagcagcaggcctttatttaccatggcgagg
gtacattttacctctgttggctggctcaaacaggattggtgtactctctt
ataaaaggtgtcttgtaggctttctca
gaattcagtagatacattattttatgaaaatagttataaactatatatag
aacagttcactagaaaaaattcacatatatatatgaatatgtctgtatat
atatgtgagaataaacttttatgggtaaagcaaacataaaatgcactttc
taaatatagtttagaaaataacggtggctaaactttaaaaatgcaaggaa
aattatatgggcttgttttacttaatttataaagacatatactcaggttt
gggaagcactaattaaggcacagtgacatgtttaatgaggtgggattcac
aggatcgttaaccaaactgaaatggtggaagagtgggagagtttgctgct
aaaaacttcttccctggaggagctggaacagtgtccctcctcccatggtt
ctaacagctaataggcacaattctaccgaagttctctctggggaactaat
ggatgtattaggctttctcacagagcctaggtaaggagttgcctacaggg
atgtgggcactctctccccagcaggggtgagggcttcctggtatccacag
agatggagacactgctctggtcttttccaaccaatatagtctggcccctc
ccacagaccacctgcagtgttatcaggcaggaaggatcagttgggatatt
ctggttagcttgtgacagaccccaagctctgtaccacagtgtaaaccatc
aatcagcagggctggtctgaccttttgcaaggggatacatatgaactcct
caggatggcgattgtttggaaggacagttacttctagctgtgatttatgt
tgcttagttaactaactttacctatgagttggctattcataaagtggggg
attaagggcaataaaccctcaattataactattgggaatcatgaagatcc
acaaaagatatccaaagaattgttggaaaatttagttctgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_90992816_90993854
seq2: B6Ng01-027M19.b_49_1075 (reverse)

seq1  TGAGAAAGCCTACCATGAGCACCTTTCTGTAGCAGAGATCACCAATGCCT  50
      |||||||||||| || || ||||||| | ||  ||||  ||||||| |||
seq2  TGAGAAAGCCTA-CAAGA-CACCTTT-TATAAGAGAGTACACCAAT-CCT  46

seq1  GCTTTGAGCCAGCCAACCAGATGGTAAAATGTGACCCTCGCCATGGTAAA  100
      | |||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||
seq2  G-TTTGAGCCAGCCAA-CAGA-GGTAAAATGT-ACCCTCGCCATGGTAAA  92

seq1  TACATGGCTTGCTGCCTGCTGTACCGTGGTGATGTGATTCCCAAAGATGT  150
      || | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TA-AAGGCCTGCTG-CTGCTGTACCGTGGTGATGTGATTCCC-AAGATGT  139

seq1  CAATGCTGCCATTGCCACCATCAAGACCAAGCGCAGTATCCAGTTTGTAG  200
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCTGCCA-TGCCACCATCAAGACCAAGCGCAGTATCCAGTTTGTAG  188

seq1  ACTGGTGTCCCACTGGCTTCAAGGTTGGCATTAATTACCAGCCTCCCACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTGTCCCACTGGCTTCAAGGTTGGCATTAATTACCAGCCTCCCACT  238

seq1  GTGGTACCCGGTGGTGACCTGGCCAAGGTGCAGAGAGCTGTGTGCATGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTACCCGGTGGTGACCTGGCCAAGGTGCAGAGAGCTGTGTGCATGCT  288

seq1  GAGCAACACCACAGCCATTGCTGAGGCATGGGCTCGCCTAGATCACAAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAACACCACAGCCATTGCTGAGGCATGGGCTCGCCTAGATCACAAGT  338

seq1  TTGATCTGATGTATGCCAAGCGTGCCTTTGTGTACTGGTATGTGGGTGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCTGATGTATGCCAAGCGTGCCTTTGTGTACTGGTATGTGGGTGAG  388

seq1  AGCATGGAGGAGGGTGAGTTCTCTGAGGCCCGTGAGGACATGGCTGCCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGGAGGAGGGTGAGTTCTCTGAGGCCCGTGAGGACATGGCTGCCCT  438

seq1  AGAGAAGGATTATGAGGAGGTTGGTGTGGATTCTGTGGAAGGCGAGGGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGGATTATGAGGAGGTTGGTGTGGATTCTGTGGAAGGCGAGGGGG  488

seq1  AGGAAGAAGGAGAGGAATACTAAGTCCATTCCTCGAGCCCCTGTGTCGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGAAGGAGAGGAATACTAAGTCCATTCCTCGAGCCCCTGTGTCGTC  538

seq1  AAACTGCTCCAGTATTAGTTGCAGGCACTGATGCTTCTGTGCTGTTCCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGCTCCAGTATTAGTTGCAGGCACTGATGCTTCTGTGCTGTTCCCA  588

seq1  TTCTGTGATCATGTCTTCTCCATGTTGTACCTCTTAAGTTTTCCATGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTGATCATGTCTTCTCCATGTTGTACCTCTTAAGTTTTCCATGATG  638

seq1  TCTCAAAGTAAAAGCTTTAAGAAAAAAAAAAAAAAGAAGATCATGTGGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAAGTAAAAGCTTTAAGAAAAAAAAAAAAAAGAAGATCATGTGGTC  688

seq1  TTTTTTCTTTGAGTTTATTATAGTAGATTACATTGATGAGTTTCCGTATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCTTTGAGTTTATTATAGTAGATTACATTGATGAGTTTCCGTATA  738

seq1  TTGAACCATTCCTGCATCGCTAAGATAAAGCTAACATGATCATGGTGAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACCATTCCTGCATCGCTAAGATAAAGCTAACATGATCATGGTGAAT  788

seq1  GATCGTTTTCATGTGTTCTTGAATTTGGTTGGCAAGAATTTTATTGAGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCGTTTTCATGTGTTCTTGAATTTGGTTGGCAAGAATTTTATTGAGTA  838

seq1  TTTTTGCATCACTTTCATAAGAGAAATTTATCTGAAGTTTTAGTTCTTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGCATCACTTTCATAAGAGAAATTTATCTGAAGTTTTAGTTCTTTG  888

seq1  TTGGGTCTTTCTGTGTTTATGGTATCAACATAATTGTGACTTCATAAAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTCTTTCTGTGTTTATGGTATCAACATAATTGTGACTTCATAAAAC  938

seq1  GAATTGGGTAGTGTTCCTTCTGTTTCTATTTTGTGGAATAGTTTGAAGAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGGGTAGTGTTCCTTCTGTTTCTATTTTGTGGAATAGTTTGAAGAG  988

seq1  TATTGATATTAGGTCTTCTTTGAAGGTCTGGTAGAATTC  1039
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGATATTAGGTCTTCTTTGAAGGTCTGGTAGAATTC  1027

seq1: chr9_90947765_90948716
seq2: B6Ng01-027M19.g_67_1008

seq1  GAATTCAGTAGATACATTATTTTATGAAAATAGTTATAAACTATATATAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTAGATACATTATTTTATGAAAATAGTTATAAACTATATATAG  50

seq1  AACAGTTCACTAGAAAAAATTCACATATATATATGAATATGTCTGTATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTTCACTAGAAAAAATTCACATATATATATGAATATGTCTGTATAT  100

seq1  ATATGTGAGAATAAACTTTTATGGGTAAAGCAAACATAAAATGCACTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTGAGAATAAACTTTTATGGGTAAAGCAAACATAAAATGCACTTTC  150

seq1  TAAATATAGTTTAGAAAATAACGGTGGCTAAACTTTAAAAATGCAAGGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATAGTTTAGAAAATAACGGTGGCTAAACTTTAAAAATGCAAGGAA  200

seq1  AATTATATGGGCTTGTTTTACTTAATTTATAAAGACATATACTCAGGTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATATGGGCTTGTTTTACTTAATTTATAAAGACATATACTCAGGTTT  250

seq1  GGGAAGCACTAATTAAGGCACAGTGACATGTTTAATGAGGTGGGATTCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGCACTAATTAAGGCACAGTGACATGTTTAATGAGGTGGGATTCAC  300

seq1  AGGATCGTTAACCAAACTGAAATGGTGGAAGAGTGGGAGAGTTTGCTGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCGTTAACCAAACTGAAATGGTGGAAGAGTGGGAGAGTTTGCTGCT  350

seq1  AAAAACTTCTTCCCTGGAGGAGCTGGAACAGTGTCCCTCCTCCCATGGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACTTCTTCCCTGGAGGAGCTGGAACAGTGTCCCTCCTCCCATGGTT  400

seq1  CTAACAGCTAATAGGCACAATTCTACCGAAGTTCTCTCTGGGGAACTAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAGCTAATAGGCACAATTCTACCGAAGTTCTCTCTGGGGAACTAAT  450

seq1  GGATGTATTAGGCTTTCTCACAGAGCCTAGGTAAGGAGTTGCCTACAGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTATTAGGCTTTCTCACAGAGCCTAGGTAAGGAGTTGCCTACAGGG  500

seq1  ATGTGGGCACTCTCTCCCCAGCAGGGGTGAGGGCTTCCTGGTACCCACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATGTGGGCACTCTCTCCCCAGCAGGGGTGAGGGCTTCCTGGTATCCACAG  550

seq1  AGATGGAGACACTGCTCTGGTCTTTTCCAACCAATATAGTCTGGCCCCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGAGACACTGCTCTGGTCTTTTCCAACCAATATAGTCTGGCCCCTC  600

seq1  CCACAGACCACCTGCAGTGTTATCAGGCAGGAAGGATCAGTT-GGATATT  649
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CCACAGACCACCTGCAGTGTTATCAGGCAGGAAGGATCAGTTGGGATATT  650

seq1  CTGGTTAGCTTGTGACAGACCCCAAGCTCTGTACCACAGTGTAAACCATC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTAGCTTGTGACAGACCCCAAGCTCTGTACCACAGTGTAAACCATC  700

seq1  AATCAGCAGGGCTGGTCTGACCTTTTGCAAGGGGATACATATGAACTCCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGCAGGGCTGGTCTGACCTTTTGCAAGGGGATACATATGAACTCCT  750

seq1  CAGGATGGCGATTGTTTGGAAGGACAGTTACTTCTAGCTGTGATTTATGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATGGCGATTGTTTGGAAGGACAGTTACTTCTAGCTGTGATTTATGT  800

seq1  TGCTTAGTTAACTAACTTTACCTATGAGTTGGCTATTCAGTAAAGTGGGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGCTTAGTTAACTAACTTTACCTATGAGTTGGCTATTCA-TAAAGTGGGG  849

seq1  GAATTAAGGGCAATAAAACCTTCAATTATAACTATTGAGATATTCATGAA  899
      | |||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |  | |||||||
seq2  G-ATTAAGGGCAAT-AAACCCTCAATTATAACTATTGGG--AATCATGAA  895

seq1  GATCAAACAAAAAGATATCCAAAAGATTTGTTGGAAAGATTTATGTTCAT  949
      |||| |   ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||| |||| |
seq2  GATCCA--CAAAAGATATCC-AAAGAATTGTTGGAAA-ATTTA-GTTC-T  939

seq1  GCT  952
      |||
seq2  GCT  942