BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-028F18
Chromosome9 (Build37)
Map Location 31,110,699 - 31,250,956
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrdm10, Nfrkb, Tmem45b, LOC666558
Upstream geneSnx19, LOC666478, Adamts15, Adamts8, Zbtb44, BC038156, St14, Aplp2, EG638580, EG666539
Downstream geneEG666576, Barx2, LOC100042266, Tpi-rs4, LOC666619, LOC666622, Grit, Kcnj5, Kcnj1, Fli1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-028F18.bB6Ng01-028F18.g
ACCDH858858DH858859
length595936
definitionDH858858|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028F18, 5' end.DH858859|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028F18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,110,699 - 31,111,295)(31,250,011 - 31,250,956)
sequence
gaattcttctgactaccaatccccaaccgatggcatagaactctatttct
gatggggctttgttgtttttacaattggagcagttgtttttagtttcatt
gttgacatttatagctgttgttaaaggtaccctcagtagatccatgcaat
agcccttactgtcatgttcttattcttcttaactttagacgtctctggtt
atatagaaatattccaagccagggggtggtggcacatgcctttaatccca
gcacttgggaggcagaggcaggcagatttctgagttcgaggccagcctgg
tctataagtgacaggacagccatggctacacagagaaaccctgtctcgaa
aaaccaaccaaccaaccaaccaaccaaccaaccaaccaaaaaaccaaaca
aacccaggatctaaacaattttattagtcaaaggtatagtctctcttctc
cctgcagtactgaagatcaaaccctctttgcaaatattctctcaacaagc
aatatctgcacccattcagtttttagacacagagtttctcagatgtaccc
tggtgttctatatcttgctctgtatattaggttgttactgaactc
gaattctctgtatgagattcctcaataaatgtgcaagaagagtttttagg
agctccatcctaaggattttgggaaagcttctgttaaacctgagggggaa
aaactccactgctgtctgactagagcatgtagtaatgtatgactagagca
tgtagtaatgtatgactagagcatgtagtaatgtatgactagagcatgta
gtaatgtatgactagagcatgtagtaatgtatgactaaagcatgtagtaa
tgtgtgactagagcatgtagtaatgtatgactaaagcatgtagtaatata
tgactagagcatgtagtaatgtgtgactagagtatgtagtaatgtatgac
tagagtatgtagtaatgtatgactagagcatatagtaatgtatgactaga
gcatgtagtaatgtatgactagagcatgtagtaatgtatgactagagcat
gtagcaatgtatgactagagcatgtagtaatatatgactagagcatgtag
taatgtatgactagagcatgtagtaatgaatgactagagcatgtagtaat
gtatgactaaagcatgtagtaatgtatgactagagcatgtagtaatgtat
gactagagcatgtagtaatgtatgactagagcatgtagtaatgaatgact
aaagcatgtagtaatgtatgactaaagcatgtagtaatgtatgactagag
catgtagtaatgtatgactagagcatgtagtaatgtatgactagagcatg
tagtaatgtatgactaaagtatgtagtagtacatgagggtctggccagac
gaccgcctccccctaagtcagagtttcagagagcaacccctccctggctt
ttgaggaggtccttttgtggggaagggttaggttggcaaaaataccgttg
agtcatggctgttatacttgggagctcagcctcatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_31110699_31111295
seq2: B6Ng01-028F18.b_35_629

seq1  GAATTCTTCTGACTACCAATCCCCAACCGATGGCATAGAACTCTATTTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTGACTACCAATCCCCAACCGATGGCATAGAACTCTATTTCT  50

seq1  GATGGGGCTTTGTTGTTTTTACAATTGGAGCAGTTGTTTTTAGTTTCATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGGCTTTGTTGTTTTTACAATTGGAGCAGTTGTTTTTAGTTTCATT  100

seq1  GTTGACATTTATAGCTGTTGTTAAAGGTACCCTCAGTAGATCCATGCAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGACATTTATAGCTGTTGTTAAAGGTACCCTCAGTAGATCCATGCAAT  150

seq1  AGCCCTTACTGTCATGTTCTTATTCTTCTTAACTTTAGACGTCTCTGGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTTACTGTCATGTTCTTATTCTTCTTAACTTTAGACGTCTCTGGTT  200

seq1  ATATAGAAATATTCCAAGCCAGGGGGTGGTGGCACATGCCTTTAATCCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGAAATATTCCAAGCCAGGGGGTGGTGGCACATGCCTTTAATCCCA  250

seq1  GCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGG  300

seq1  TCTAGAAGTGACAGGACAGCCATGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCGAA  350
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAAGTGACAGGACAGCCATGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCGAA  350

seq1  AAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACCAAAAAACCAAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACCAAAAAACCAAACA  400

seq1  AACCCAGCATCTAAACAATTTTATTAGTCAAAGGTATAGTCTCTCTTCTC  450
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAGGATCTAAACAATTTTATTAGTCAAAGGTATAGTCTCTCTTCTC  450

seq1  CCTGCAGTACTGAAGATCAAACCCTCTTTGCAAATATTCTCTCACCAAGC  500
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCTGCAGTACTGAAGATCAAACCCTCTTTGCAAATATTCTCTCAACAAGC  500

seq1  AATATCTGCACCCATTCAGTTTTTTGAGACAGAGTTTCTCTGTTGTAGCC  550
      |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| | |||| ||
seq2  AATATCTGCACCCATTCAGTTTTTAGACACAGAGTTTCTCAGATGTA-CC  549

seq1  CTGGTTGTCCTAGATCTTGCTCTGTATACTAGGCTGTCCTTGAACTC  597
      |||| ||| ||| ||||||||||||||| |||| |||   |||||||
seq2  CTGG-TGTTCTATATCTTGCTCTGTATATTAGGTTGTTACTGAACTC  595

seq1: chr9_31250011_31250956
seq2: B6Ng01-028F18.g_64_999 (reverse)

seq1  CTTGAGGCCTGAGCTCCCCCAAGTACTAACAGCCAATGACCTCAACGGCT  50
      | ||||| |||||||  |||||||| |||||||| |||| |||||||| |
seq2  CATGAGG-CTGAGCT--CCCAAGTA-TAACAGCC-ATGA-CTCAACGG-T  43

seq1  ATTTTCTGCCAACCCTAACCCTTCCCCACAAAAGGGACCTCCTCAAAAGC  100
      ||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATTTT-TGCCAA-CCTAACCCTTCCCCACAAAA-GGACCTCCTCAAAAGC  90

seq1  CAGGGAGGGGTTGCTCTCTGAAACTCTGACTTAGGGGGAGGCGGTCGTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAGGGGTTGCTCTCTGAAACTCTGACTTAGGGGGAGGCGGTCGTCT  140

seq1  GGCCAGACCCTCATGTACTACTACATACTTTAGTCATACATTACTACATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGACCCTCATGTACTACTACATACTTTAGTCATACATTACTACATG  190

seq1  CTCTAGTCATACATTACTACATGCTCTAGTCATACATTACTACATGCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGTCATACATTACTACATGCTCTAGTCATACATTACTACATGCTCT  240

seq1  AGTCATACATTACTACATGCTTTAGTCATACATTACTACATGCTTTAGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATACATTACTACATGCTTTAGTCATACATTACTACATGCTTTAGTC  290

seq1  ATTCATTACTACATGCTCTAGTCATACATTACTACATGCTCTAGTCATAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTACTACATGCTCTAGTCATACATTACTACATGCTCTAGTCATAC  340

seq1  ATTACTACATGCTCTAGTCATACATTACTACATGCTTTAGTCATACATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTACATGCTCTAGTCATACATTACTACATGCTTTAGTCATACATTA  390

seq1  CTACATGCTCTAGTCATTCATTACTACATGCTCTAGTCATACATTACTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATGCTCTAGTCATTCATTACTACATGCTCTAGTCATACATTACTAC  440

seq1  ATGCTCTAGTCATATATTACTACATGCTCTAGTCATACATTGCTACATGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCTAGTCATATATTACTACATGCTCTAGTCATACATTGCTACATGC  490

seq1  TCTAGTCATACATTACTACATGCTCTAGTCATACATTACTACATGCTCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTCATACATTACTACATGCTCTAGTCATACATTACTACATGCTCTA  540

seq1  GTCATACATTACTATATGCTCTAGTCATACATTACTACATACTCTAGTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATACATTACTATATGCTCTAGTCATACATTACTACATACTCTAGTCA  590

seq1  TACATTACTACATACTCTAGTCACACATTACTACATGCTCTAGTCATATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTACTACATACTCTAGTCACACATTACTACATGCTCTAGTCATATA  640

seq1  TTACTACATGCTTTAGTCATACATTACTACATGCTCTAGTCACACATTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTACATGCTTTAGTCATACATTACTACATGCTCTAGTCACACATTAC  690

seq1  TACATGCTTTAGTCATACATTACTACATGCTCTAGTCATACATTACTACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGCTTTAGTCATACATTACTACATGCTCTAGTCATACATTACTACA  740

seq1  TGCTCTAGTCATACATTACTACATGCTCTAGTCATACATTACTACATGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTAGTCATACATTACTACATGCTCTAGTCATACATTACTACATGCT  790

seq1  CTAGTCATACATTACTACATGCTCTAGTCAGACAGCAGTGGAGTTTTTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTCATACATTACTACATGCTCTAGTCAGACAGCAGTGGAGTTTTTCC  840

seq1  CCCTCAGGTTTAACAGAAGCTTTCCCAAAATCCTTAGGATGGAGCTCCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCAGGTTTAACAGAAGCTTTCCCAAAATCCTTAGGATGGAGCTCCTA  890

seq1  AAAACTCTTCTTGCACATTTATTGAGGAATCTCATACAGAGAATTC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTCTTCTTGCACATTTATTGAGGAATCTCATACAGAGAATTC  936