BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-038G06
Chromosome9 (Build37)
Map Location 111,444,511 - 111,567,395
singlet/doubletdoublet
Overlap geneStac
Upstream geneSetd2, Nradd, Nbeal2, Ccdc12, Pthr1, Myl3, 9430025E04Rik, LOC665549, Tessp2, 1700036D21Rik, Tessp3, BC107230, 1700112C13Rik, Tsp50, Tmie, Als2cl, Gm590, Tdgf1, Lrrc2, Rtp3, ENSMUSG00000057802, Ltf, Ccrl2, LOC100039275, Lrrfip2, Mlh1, Epm2aip1, Lba1, Dclk3, LOC620615
Downstream gene4930545L08Rik, Arpp21, LOC100039341, LOC620760, LOC100043800
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-038G06.bB6Ng01-038G06.g
ACCDH865963DH865964
length1,0921,075
definitionDH865963|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038G06, 5' end.DH865964|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038G06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,444,511 - 111,445,636)(111,566,302 - 111,567,395)
sequence
gaattcacatcatttgaattcctatggtactagcttcacccatctctgct
ctgactgcttatggccacaacctctatggttccaagaagatattaaaagg
agatgatccaggatcactgggggaaaaaaaagggttatagactgaatgtt
ttgagtcccccaatttatatgctaaagcttaatcctcttcaagctaacac
ttagaggtggggcttcagggggtgtctgtgtttacttcatgagccctttt
gataagatgaatgcttagcaaagagctggacactgtgtgctttgtgaagc
cttcagtgaagaaggagctatgtacaagtcagtaaacagctctcccagat
accggatctgcagttacctcaccctggataccacagactctggatttaag
caccaaatgtcatatagaaaggggaacccgtagttacagatttgtgtctg
gaagaataggtgactgaccatgggacatggagaggcagagggcattctca
gctagatctgtagtctaaggatgctgactgtgaggaccacatgagctaca
tggggaggagggtctcccatgagcatcagtgtctagagtgggctgtgctt
ggcaaaatggcttggcaccctatggatggctgcttggtactcctgccttg
tgtttcaggtgttatgggggcattgttaaccttttgtagatttcacactc
actgagcaagccgcatcttgtgcttaagccacagaacttagtttctggca
catagaaagcattcatcataatgaacaattaatgacttgtctagacaaaa
aagacctactggctctgaaggcctcattgctcacttggagcttctccaaa
gtgcttaacctacaccgggcagaaagacgtgattagaagattgcagtctc
tatgtggcctcatgactagagccgaaaggagcaggggtgtgtcaactgac
cagaagctaaggcggatcccttgccagggatttatgtttctaaatttcca
ttacaacacgagtgcagagaaaccaccattaagtgactgtagctagatgg
atctctcatgaaaacatatgatttgttttatagatactgcct
gaattccttattatcaaaagatccctggtaaaatagcagtgattcacttg
ttactgggcaacccccagaccaccttggttacctcctgtggtggttaatc
acagaaccctgtgatgagatgggaatgatgctttcctagtgccactcagc
aattttctgcaagtccaagtttgagaaagagaagccagtgtctatcttgg
aaatggaaaagaatgccatcattagtaacatgtctgaaagtctatctaaa
atggtcatttgaacctcccatgactaataggacaattccatactatgcga
tcaaactttaaaacccagacttcatcagttgtcctcacaccagggatgac
acacctaagaatagcttcagcaacaaatctgggggtccaatgggaaggaa
caagaaaacatggaaagacaatgaagaatctctaaggatctgggtgtggt
gacacacactcttaatcccagaactgaggaggaagaagcaaatggatctt
tgtgaattgaaaccagcttgatctatatactgagctccaaactggacaga
gctgcataatgaggccatgtagtggtttcaataagaatgtcctccaagag
aagctggaagcaatcccactaaaatcagggactagacaaggctgcccact
ttctccctaccttttcaacatagtacttgaagtattagccagagcaattc
gacaacaaaaggagatcaaggggatacaaatgggaaaagaggaagtcaaa
atatcactttttgcagatgatatgatagtatatataggtgaccccaaaaa
ttccaccagagaactcctaaatctgataaacagcttcggtgaagtagctg
aatataaaataaactcaacaagtcaatggcctttctctatacaaagaata
aacaggctgagaagaaattagggaacacacccttctcatagtcaccaaat
aatataaatatctcggcgtgactctactacgaagtgaaagatctgtatga
aaaaactcagttttgaagaagaattaagaagatctcagaggatgagatct
cccatgctcatggatgcaggatcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_111444511_111445636
seq2: B6Ng01-038G06.b_44_1135

seq1  GAATTCACATCATTTGAATTCCTATGGTACTAGCTTCACCCATCTCTGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATCATTTGAATTCCTATGGTACTAGCTTCACCCATCTCTGCT  50

seq1  CTGACTGCTTATGGCCACAACCTCTATGGTTCCAAGAAGATATTAAAAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTGCTTATGGCCACAACCTCTATGGTTCCAAGAAGATATTAAAAGG  100

seq1  AGATGATCCAGGATCACTGGGGGAAAAAAAAGGGTTATAGACTGAATGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGATCCAGGATCACTGGGGGAAAAAAAAGGGTTATAGACTGAATGTT  150

seq1  TTGAGTCCCCCAATTTATATGCTAAAGCTTAATCCTCTTCAAGCTAACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTCCCCCAATTTATATGCTAAAGCTTAATCCTCTTCAAGCTAACAC  200

seq1  TTAGAGGTGGGGCTTCAGGGGGTGTCTGTGTTTACTTCATGAGCCCTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGGTGGGGCTTCAGGGGGTGTCTGTGTTTACTTCATGAGCCCTTTT  250

seq1  GATAAGATGAATGCTTAGCAAAGAGCTGGACACTGTGTGCTTTGTGAAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGATGAATGCTTAGCAAAGAGCTGGACACTGTGTGCTTTGTGAAGC  300

seq1  CTTCAGTGAAGAAGGAGCTATGTACAAGTCAGTAAACAGCTCTCCCAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGTGAAGAAGGAGCTATGTACAAGTCAGTAAACAGCTCTCCCAGAT  350

seq1  ACCGGATCTGCAGTTACCTCACCCTGGATACCACAGACTCTGGATTTAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGGATCTGCAGTTACCTCACCCTGGATACCACAGACTCTGGATTTAAG  400

seq1  CACCAAATGTCATATAGAAAGGGGAACCCGTAGTTACAGATTTGTGTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAAATGTCATATAGAAAGGGGAACCCGTAGTTACAGATTTGTGTCTG  450

seq1  GAAGAATAGGTGACTGACCATGGGACATGGAGAGGCAGAGGGCATTCTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAATAGGTGACTGACCATGGGACATGGAGAGGCAGAGGGCATTCTCA  500

seq1  GCTAGATCTGTAGTCTAAGGATGCTGACTGTGAGGACCACATGAGCTACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGATCTGTAGTCTAAGGATGCTGACTGTGAGGACCACATGAGCTACA  550

seq1  TGGGGAGGAGGGTCTCCCATGAGCATCAGTGTCTAGAGTGGGCTGTGCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAGGAGGGTCTCCCATGAGCATCAGTGTCTAGAGTGGGCTGTGCTT  600

seq1  GGCAAAATGGCTTGGCACCCTATGGATGGCTGCTTGGTACTCCTGCCTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAATGGCTTGGCACCCTATGGATGGCTGCTTGGTACTCCTGCCTTG  650

seq1  TGTTTCAGGTGTTATGGGGGCATTGTTAACCTTTTGTAGATTTCACACTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCAGGTGTTATGGGGGCATTGTTAACCTTTTGTAGATTTCACACTC  700

seq1  ACTGAGCAAGCCGCATCTTGTGCTTAAGCCACAGAACTTAGTTTCTGGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGCAAGCCGCATCTTGTGCTTAAGCCACAGAACTTAGTTTCTGGCA  750

seq1  CATAGAAAGCATTCATCATAATGAACAATTAATGACTTGTCTAGACAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGAAAGCATTCATCATAATGAACAATTAATGACTTGTCTAGACAAAA  800

seq1  AAGACCTACTGGCTCTGAAGGCCTCATTGCTCACTTGGAGCTTCTCCAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCTACTGGCTCTGAAGGCCTCATTGCTCACTTGGAGCTTCTCCAAA  850

seq1  GTGCTTAACCTACAACCGGGCAGAAAGACGTGATTAGAAGAATTGCAGTC  900
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GTGCTTAACCTAC-ACCGGGCAGAAAGACGTGATTAGAAG-ATTGCAGTC  898

seq1  TCTAATGTGGCCTCATGACTAGAGCCGAAAGGAAGCAGGTGATGTGTCAA  950
      ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||
seq2  TCT-ATGTGGCCTCATGACTAGAGCCGAAAGG-AGCAGG-GGTGTGTCAA  945

seq1  CTGACCCAGAAGCTAAAGGCGGATCCACTTGCCAGGGGAATTTATGTTTC  1000
      |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||||||||||
seq2  CTGA-CCAGAAGCT-AAGGCGGATCC-CTTGCCAGGG--ATTTATGTTTC  990

seq1  TTAAAATTTTCCATTACAAACAACGAGTTGCAAGAGAAAACCACCAATTA  1050
      |   || ||||||||||||   ||||| ||| |||| |||||||||  | 
seq2  T---AAATTTCCATTACAA--CACGAG-TGC-AGAG-AAACCACCA--TT  1030

seq1  AAGTGGACTGTAAGCTTAAATTGGATCTCTTCATGGAAAAACCAATTATG  1100
      |||| |||||| ||||  |  |||||||| ||||| ||| |     ||||
seq2  AAGT-GACTGT-AGCT--AGATGGATCTC-TCATGAAAACA-----TATG  1070

seq1  ATTATGTTTTTATTAGATACATGCCT  1126
      ||| ||||||   ||||||| |||||
seq2  ATT-TGTTTT--ATAGATAC-TGCCT  1092

seq1: chr9_111566302_111567395
seq2: B6Ng01-038G06.g_68_1142 (reverse)

seq1  TTGATCCTGCCAATCCATGAGCATGGGAGATCCTTCCATCTTCTGAGATC  50
      ||||||||||  ||||||||||||||||||||    |||| |||||||||
seq2  TTGATCCTGC--ATCCATGAGCATGGGAGATC---TCATCCTCTGAGATC  45

seq1  TTCTTTAATTTCTTTCTTCAGAGACTTGAAGTTTTTATCATACAGATCTT  100
      ||| ||||||   ||||||| | |||   ||||||| |||||||||||||
seq2  TTC-TTAATT--CTTCTTCA-AAACT--GAGTTTTT-TCATACAGATCTT  88

seq1  TCACTTCCTTAGTTAGAGTCACGCCGAGATATTTTATATTATTT-GTGAC  149
      |||||| | ||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
seq2  TCACTT-CGTAG-TAGAGTCACGCCGAGATA-TTTATATTATTTGGTGAC  135

seq1  TATTGAGAAGGGTGTTGTTTCCCTAATTTCTTTCTCAGCCTGTTTATTCT  199
      || ||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TA-TGAGAAGGGTGT--GTTCCCTAATTTC-TTCTCAGCCTGTTTATTCT  181

seq1  TTGTATAGAGAAAGGCCATTGACTTGTTTGAGTTTATTTTATATTCAGCT  249
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATAGAGAAAGGCCATTGACTTG-TTGAGTTTATTTTATATTCAGCT  230

seq1  ACTTCACCGAAGCTGTTTATCAGATTTAGGAGTTCTCTGGTGGAATTTTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCACCGAAGCTGTTTATCAGATTTAGGAGTTCTCTGGTGGAATTTTT  280

seq1  GGGGTCACCTATATATACTATCATATCATCTGCAAAAAGTGATATTTTGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCACCTATATATACTATCATATCATCTGCAAAAAGTGATATTTTGA  330

seq1  CTTCCTCTTTTCCCATTTGTATCCCCTTGATCTCCTTTTGTTGTCGAATT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTCTTTTCCCATTTGTATCCCCTTGATCTCCTTTTGTTGTCGAATT  380

seq1  GCTCTGGCTAATACTTCAAGTACTATGTTGAAAAGGTAGGGAGAAAGTGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGGCTAATACTTCAAGTACTATGTTGAAAAGGTAGGGAGAAAGTGG  430

seq1  GCAGCCTTGTCTAGTCCCTGATTTTAGTGGGATTGCTTCCAGCTTCTCTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCTTGTCTAGTCCCTGATTTTAGTGGGATTGCTTCCAGCTTCTCTT  480

seq1  GGAGGACATTCTTATTGAAACCACTACATGGCCTCATTATGCAGCTCTGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGACATTCTTATTGAAACCACTACATGGCCTCATTATGCAGCTCTGT  530

seq1  CCAGTTTGGAGCTCAGTATATAGATCAAGCTGGTTTCAATTCACAAAGAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTTGGAGCTCAGTATATAGATCAAGCTGGTTTCAATTCACAAAGAT  580

seq1  CCATTTGCTTCTTCCTCCTCAGTTCTGGGATTAAGAGTGTGTGTCACCAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTGCTTCTTCCTCCTCAGTTCTGGGATTAAGAGTGTGTGTCACCAC  630

seq1  ACCCAGATCCTTAGAGATTCTTCATTGTCTTTCCATGTTTTCTTGTTCCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGATCCTTAGAGATTCTTCATTGTCTTTCCATGTTTTCTTGTTCCT  680

seq1  TCCCATTGGACCCCCAGATTTGTTGCTGAAGCTATTCTTAGGTGTGTCAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATTGGACCCCCAGATTTGTTGCTGAAGCTATTCTTAGGTGTGTCAT  730

seq1  CCCTGGTGTGAGGACAACTGATGAAGTCTGGGTTTTAAAGTTTGATCGCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGTGTGAGGACAACTGATGAAGTCTGGGTTTTAAAGTTTGATCGCA  780

seq1  TAGTATGGAATTGTCCTATTAGTCATGGGAGGTTCAAATGACCATTTTAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATGGAATTGTCCTATTAGTCATGGGAGGTTCAAATGACCATTTTAG  830

seq1  ATAGACTTTCAGACATGTTACTAATGATGGCATTCTTTTCCATTTCCAAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACTTTCAGACATGTTACTAATGATGGCATTCTTTTCCATTTCCAAG  880

seq1  ATAGACACTGGCTTCTCTTTCTCAAACTTGGACTTGCAGAAAATTGCTGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACACTGGCTTCTCTTTCTCAAACTTGGACTTGCAGAAAATTGCTGA  930

seq1  GTGGCACTAGGAAAGCATCATTCCCATCTCATCACAGGGTTCTGTGATTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCACTAGGAAAGCATCATTCCCATCTCATCACAGGGTTCTGTGATTA  980

seq1  ACCACCACAGGAGGTAACCAAGGTGGTCTGGGGGTTGCCCAGTAACAAGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCACAGGAGGTAACCAAGGTGGTCTGGGGGTTGCCCAGTAACAAGT  1030

seq1  GAATCACTGCTATTTTACCAGGGATCTTTTGATAATAAGGAATTC  1094
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCACTGCTATTTTACCAGGGATCTTTTGATAATAAGGAATTC  1075