BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042L15
Chromosome9 (Build37)
Map Location 89,880,828 - 89,967,356
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRasgrf1, Ctsh
Upstream geneEG666747, LOC100039714, 4930579C12Rik, Bcl2a1b, Mthfs, AF529169, Tmed3, B230218L05Rik
Downstream geneMorf4l1, LOC621414, Adamts7, Tbc1d2b, LOC100039777, LOC100039925
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042L15.bB6Ng01-042L15.g
ACCDH869010DH869011
length9391,122
definitionDH869010|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042L15, 5' end.DH869011|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042L15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,880,828 - 89,881,746)(89,966,217 - 89,967,356)
sequence
gaattcagcatagcgacacactattggcttattcaaacatcagcagaaaa
tttacatgtatgtgcagggtgtcagagttctgtgagttgttgactcagtt
cagatagccctgttatgtcttcacattcctctttatctttaaggttaagc
tgttcccaggaatgttttaactacagggcatacccaggtttgtttttctt
ttttttcagccccaggtagcctctaggctcacaaacaaccagcaatttct
gagtactttatatgacttacaggtcttgaaatttcatctttctttcagca
gaactatgttttatggtgtaccaggtcagttgtcaccctgatctgcccct
tgagttacctcttagaggtgtggtctttgatatgggaaaggacctaacgg
ctacttataagttgaggatgtgtggtggtttgaatatgcttggcccaggg
agtgccactacttggaagtgtggccttgttggggtgggtgtagccttgtt
ggaggaaaaatgccactgtatgggtgggttttaagaccctcatcttagct
gcctggaagccaagcccaattaaatattatccttacaagagttgccttgg
tcatggtgtctgttcacagcagtaaaaccataaggcagaagttgggacag
ggtctgggatattgctgtgatgccctgatcttgcttttgtttggaagaat
gtagattttgggattttggatttggaaagtaatgctttaagtagggctta
aaggactattctatcaggaataaggaagactttgttactgagagtaattt
gaactgtgcagacctggcccaagggtttcagtggagaagaacttcagtgg
gtgtcctagagactgtttttgtgggattttggtgaagaatgtggctgctt
tttgcccttctctaaagagtctacctgaggctaaggtaa
gaattctgatgtctgaaaacagctatttttcctttcccatttttgatcct
ttttttgtgtgtgtgtgagacagggtctcatgctgacaagactagcctta
gctctacacgtagcgaaggatgacctgagagtctgattctcctgcttcct
cctcctcagtgcttggattttaggtatggaccatcacaccccatttatgt
gttgctagggacccaccccaggctgtgctgcctgctaggcaagccctcac
caagtgaggtacatctccaaccccatcttcaaatatttggctggatgtag
cacttctgtagatgaccatagagctctgggcatggattttggccttagtc
atgacttagccatcgtggctgggcctgtggcatccttcactacctctctt
ttctttgctgggttagagacttggtccctgacactcagagctgaaggaga
caaagagaggtacgctaagtctcacaagtatctaattaggagtctaggtt
gaggcagagaccgtgcgcggggtttgaggaggtccatccagtcttctcca
gtctccctctgattcccctcccccccctgccccctcagcttacctggagt
agacgccacttttatacatcaaaaaatcttcagtcacctcaaaggcgaag
ctcacagggttgtatagagccacagcctcaaccattgcagcctcgtcatt
ctgtggacagacagaagggctgacagacatgcagggcatctcccacctcc
cctccatgtttatggcctgttgtctgaaggtaggggctggagttccagag
ctgtgcaggtaaccttgagggacaacaacccctgacattgagcaataatg
cagactccaccttcttatgcagggtgtcagcaagcaccctttggattgaa
ttttgttattttttgagatagggtcataagtggtccaggctgggctcaac
ttgttactcaagctgaggccatacttgtggccctgagctgagatgatctt
gacatcttctgcttcatctctcagtgctgggattacagcttgactaccat
gcctggcttgatgatttatcttttagaaaccttttaaacaggcatgatgt
cacaccctttagtctttagcac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_89880828_89881746
seq2: B6Ng01-042L15.b_45_963

seq1  GAATTCAGCATAGCGACACACTATTGGCTTATTCAAACATCAGCAGAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCATAGCGACACACTATTGGCTTATTCAAACATCAGCAGAAAA  50

seq1  TTTACATGTATGTGCAGGGTGTCAGAGTTCTGTGAGTTGTTGACTCAGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACATGTATGTGCAGGGTGTCAGAGTTCTGTGAGTTGTTGACTCAGTT  100

seq1  CAGATAGCCCTGTTATGTCTTCACATTCCTCTTTATCTTTAAGGTTAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATAGCCCTGTTATGTCTTCACATTCCTCTTTATCTTTAAGGTTAAGC  150

seq1  TGTTCCCAGGAATGTTTTAACTACAGGGCATACCCAGGTTTGTTTTTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCCAGGAATGTTTTAACTACAGGGCATACCCAGGTTTGTTTTTCTT  200

seq1  TTTTTTCAGCCCCAGGTAGCCTCTAGGCTCACAAACAACCAGCAATTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCAGCCCCAGGTAGCCTCTAGGCTCACAAACAACCAGCAATTTCT  250

seq1  GAGTACTTTATATGACTTACAGGTCTTGAAATTTCATCTTTCTTTCAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTACTTTATATGACTTACAGGTCTTGAAATTTCATCTTTCTTTCAGCA  300

seq1  GAACTATGTTTTATGGTGTACCAGGTCAGTTGTCACCCTGATCTGCCCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTATGTTTTATGGTGTACCAGGTCAGTTGTCACCCTGATCTGCCCCT  350

seq1  TGAGTTACCTCTTAGAGGTGTGGTCTTTGATATGGGAAAGGACCTAACGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTACCTCTTAGAGGTGTGGTCTTTGATATGGGAAAGGACCTAACGG  400

seq1  CTACTTATAAGTTGAGGATGTGTGGTGGTTTGAATATGCTTGGCCCAGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTATAAGTTGAGGATGTGTGGTGGTTTGAATATGCTTGGCCCAGGG  450

seq1  AGTGCCACTACTTGGAAGTGTGGCCTTGTTGGGGTGGGTGTAGCCTTGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCACTACTTGGAAGTGTGGCCTTGTTGGGGTGGGTGTAGCCTTGTT  500

seq1  GGAGGAAAAATGCCACTGTATGGGTGGGTTTTAAGACCCTCATCTTAGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAAAAATGCCACTGTATGGGTGGGTTTTAAGACCCTCATCTTAGCT  550

seq1  GCCTGGAAGCCAAGCCCAATTAAATATTATCCTTACAAGAGTTGCCTTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGAAGCCAAGCCCAATTAAATATTATCCTTACAAGAGTTGCCTTGG  600

seq1  TCATGGTGTCTGTTCACAGCAGTAAAACCATAAGGCAGAAGTTGGGACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGTGTCTGTTCACAGCAGTAAAACCATAAGGCAGAAGTTGGGACAG  650

seq1  GGTCTGGGATATTGCTGTGATGCCCTGATCTTGCTTTTGTTTGGAAGAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGGGATATTGCTGTGATGCCCTGATCTTGCTTTTGTTTGGAAGAAT  700

seq1  GTAGATTTTGGGATTTTGGATTTGGAAAGTAATGCTTTAAGTAGGGCTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATTTTGGGATTTTGGATTTGGAAAGTAATGCTTTAAGTAGGGCTTA  750

seq1  AAGGACTATTCTATCAGGAATAAGGAAGACTTTGTTACTGAGAGTAATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACTATTCTATCAGGAATAAGGAAGACTTTGTTACTGAGAGTAATTT  800

seq1  GAACTGTGCAGACCTGGCCCAAGGGTTTCAGTGGAGAAGAACTTCAGTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGTGCAGACCTGGCCCAAGGGTTTCAGTGGAGAAGAACTTCAGTGG  850

seq1  GTGTCCTAGAGACTGTTTTTGTGGGATTTTGGTGAAGAATGTGGCTGCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCTAGAGACTGTTTTTGTGGGATTTTGGTGAAGAATGTGGCTGCTT  900

seq1  TTTGCCCTTCTCTAAAGAG  919
      |||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCCTTCTCTAAAGAG  919

seq1: chr9_89966217_89967356
seq2: B6Ng01-042L15.g_67_1188 (reverse)

seq1  GTGCTAAGGACTAAAGGTGTGTGCCATCATGCCCTGTTTTAAAAGGTTTC  50
      ||||||| ||||||||| ||||| ||||||| |||| |||||||||||||
seq2  GTGCTAAAGACTAAAGG-GTGTGACATCATG-CCTG-TTTAAAAGGTTTC  47

seq1  TAAAAGATAAAATTCATCCAAGCCAGGCATGGTAGTTCAAGCCTGTAATC  100
      |||||||||||  |||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||
seq2  TAAAAGATAAA--TCAT-CAAGCCAGGCATGGTAG-TCAAG-CTGTAATC  92

seq1  CCAGCACTTGAGAGATGAAGGCAGGAAGATTGTCCAAGATCATCCTCAGC  150
      ||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||| ||||||
seq2  CCAGCAC-TGAGAGATGAA-GCA-GAAGA-TGT-CAAGATCAT-CTCAGC  136

seq1  TTCAGGGCCACAAGTATGGCCCTCAGCTTGAGGTAACAAGTTTGAGCCCA  200
       |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||
seq2  -TCAGGGCCACAAGTATGG-CCTCAGCTTGA-GTAACAAG-TTGAGCCCA  182

seq1  GCCTGGACCACTTATGACCCTATCTCAAAAAATAACAAAATTCAATCCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGACCACTTATGACCCTATCTCAAAAAATAACAAAATTCAATCCAA  232

seq1  AGGGTGCTTGCTGACACCCTGCATAAGAAGGTGGAGTCTGCATTATTGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGCTTGCTGACACCCTGCATAAGAAGGTGGAGTCTGCATTATTGCT  282

seq1  CAATGTCAGGGGTTGTTGTCCCTCAAGGTTACCTGCACAGCTCTGGAACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTCAGGGGTTGTTGTCCCTCAAGGTTACCTGCACAGCTCTGGAACT  332

seq1  CCAGCCCCTACCTTCAGACAACAGGCCATAAACATGGAGGGGAGGTGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCCTACCTTCAGACAACAGGCCATAAACATGGAGGGGAGGTGGGA  382

seq1  GATGCCCTGCATGTCTGTCAGCCCTTCTGTCTGTCCACAGAATGACGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCCTGCATGTCTGTCAGCCCTTCTGTCTGTCCACAGAATGACGAGG  432

seq1  CTGCAATGGTTGAGGCTGTGGCTCTATACAACCCTGTGAGCTTCGCCTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAATGGTTGAGGCTGTGGCTCTATACAACCCTGTGAGCTTCGCCTTT  482

seq1  GAGGTGACTGAAGATTTTTTGATGTATAAAAGTGGCGTCTACTCCAGGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGACTGAAGATTTTTTGATGTATAAAAGTGGCGTCTACTCCAGGTA  532

seq1  AGCTGAGGGGGCAGGGGGGGGAGGGGAATCAGAGGGAGACTGGAGAAGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAGGGGGCAGGGGGGGGAGGGGAATCAGAGGGAGACTGGAGAAGAC  582

seq1  TGGATGGACCTCCTCAAACCCCGCGCACGGTCTCTGCCTCAACCTAGACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGGACCTCCTCAAACCCCGCGCACGGTCTCTGCCTCAACCTAGACT  632

seq1  CCTAATTAGATACTTGTGAGACTTAGCGTACCTCTCTTTGTCTCCTTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAATTAGATACTTGTGAGACTTAGCGTACCTCTCTTTGTCTCCTTCAG  682

seq1  CTCTGAGTGTCAGGGACCAAGTCTCTAACCCAGCAAAGAAAAGAGAGGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAGTGTCAGGGACCAAGTCTCTAACCCAGCAAAGAAAAGAGAGGTA  732

seq1  GTGAAGGATGCCACAGGCCCAGCCACGATGGCTAAGTCATGACTAAGGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGGATGCCACAGGCCCAGCCACGATGGCTAAGTCATGACTAAGGCC  782

seq1  AAAATCCATGCCCAGAGCTCTATGGTCATCTACAGAAGTGCTACATCCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCCATGCCCAGAGCTCTATGGTCATCTACAGAAGTGCTACATCCAG  832

seq1  CCAAATATTTGAAGATGGGGTTGGAGATGTACCTCACTTGGTGAGGGCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATATTTGAAGATGGGGTTGGAGATGTACCTCACTTGGTGAGGGCTT  882

seq1  GCCTAGCAGGCAGCACAGCCTGGGGTGGGTCCCTAGCAACACATAAATGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGCAGGCAGCACAGCCTGGGGTGGGTCCCTAGCAACACATAAATGG  932

seq1  GGTGTGATGGTCCATACCTAAAATCCAAGCACTGAGGAGGAGGAAGCAGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGATGGTCCATACCTAAAATCCAAGCACTGAGGAGGAGGAAGCAGG  982

seq1  AGAATCAGACTCTCAGGTCATCCTTCGCTACGTGTAGAGCTAAGGCTAGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCAGACTCTCAGGTCATCCTTCGCTACGTGTAGAGCTAAGGCTAGT  1032

seq1  CTTGTCAGCATGAGACCCTGTCTCACACACACACAAAAAAAGGATCAAAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCAGCATGAGACCCTGTCTCACACACACACAAAAAAAGGATCAAAA  1082

seq1  ATGGGAAAGGAAAAATAGCTGTTTTCAGACATCAGAATTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAAAGGAAAAATAGCTGTTTTCAGACATCAGAATTC  1122