BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-054P22
Chromosome9 (Build37)
Map Location 120,261,328 - 120,395,786
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMyrip
Upstream geneXylb, Acvr2b, Endogl1, Scn5a, Scn10a, Scn11a, LOC100039837, Wdr48, Gorasp1, Ttc21a, Axud1, Cmya1, Cx3cr1, Ccr8, Slc25a38, Rpsa, Snora62, EG546166, Mobp, LOC100039898, LOC666044
Downstream geneEif1b, LOC638068, Entpd3, Rpl14, 5830454E08Rik, LOC100040010, Ctnnb1, Ulk4, Trak1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-054P22.bB6Ng01-054P22.g
ACCDH877582DH877583
length1,1361,080
definitionDH877582|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054P22, 5' end.DH877583|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054P22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(120,394,648 - 120,395,786)(120,261,328 - 120,262,420)
sequence
gaattcagtaagtcaccactgggtaattttacagacatgcaagtgagaga
ttctcctgagcccaggttgggtttgggtatctctctacactggatggctt
tagcacatgaaaacaacactcttccaaacaggaatccaatgctgtcccca
agaatctccttggagagtctttcagaaggaaaacagaagcctggtgacat
tcaagaagacactgagagcctgcatgggaccgcctgtcagccagttgggg
tcatgagtcaggcagcttccctaaagctccatttacacccatcttatgca
cctggcaagtcaggtggtttggttacactacgatggaagcttctctaatg
acagatgtgagcatggtcatatttgaggcgattcacctcaccttccccag
cgtactgctgaaagtgtaccagatcctctgtcttctcattggatgcaaaa
gccatttgattatcattggccactcagtgttagcatcccttccatttctt
cttcatggaggaaagacccagggccaccatatggtgtgaaagctgcatac
tatagggccttgtatagtttctgcaagtgggatgactcaggatgaagcag
tgtgctggttgggtttaacttccatcttgccacaacatatagtcgctata
atcacgcaggaggaatggtctggatcagtgggctttcaagactgttattt
gatgtagaagacacaccccagatgtgggtggcatcgcttcatagtggaag
gatgagacaaagtgcacaggcacaaggaagcacaaagacccgttccctct
ctctgtcgtgactctagatgtcatgtggccagaaagctcctgactttcct
acagtaattgacataacctggaattgtaagccaaacaaatcctttgctct
ccaagctgctctgggacaggatgcttcatcacagcaacagaggaatctag
gacaggcagtgacctccctgaggcttatgtttgcgctgatgttctcagca
cctctctagcttccccggattcttttcttagtccattttaacaggagctt
cattattgattcggagaacgttttaactgactcaccattattttttgatg
atataacaaatgctccatcatactttgtccatcaca
gaattcaagcatgcacggacacacaaataccgtgttataataatagtagg
gtaggaatataccaaaaatcactatttcctccctggggggcaattgctgc
ttattggttgggcacagagctatgatgcaagtccatttaaaagtgacaga
aatacagaaagaggtaggaacagccagaaagggaacgggatgggccacca
gggaggataaacggaagcgaagtctgtttctgtgagaattatctctgcct
atctggaagggaatcagggatggacagagaaatggttcatcaggagagag
tgtttgctgcctgccaagcatggtgacctgagaccattccctgggacctc
catggtggaaggagagaactgacttccaaagattgtcctctacttacaca
tgcaggctgtagcacacggacacacacacagaggcacgcatgcacactca
tgaatgcacactagacagtagaacagaattaatagagagactttttacgg
aaaactttttatgctgtctacattttgaaacatatcacttgaatacatac
tcaaaacatttagaaaagaaagcccaaaacgctcatctcttgagtgtgat
gttattgggtcaatgcttggacgtgtcaaatactttactataatgcacct
gtacagatgcctggaggggtatggtggggaccccactattctttctaagc
agggcattgaggaacactcatgtttaggtttttttgtctgacactgatct
ataaacacatggacggagactccattgctggtttctgttaaccccttggc
ttctgtggtgggttcacagtctcctcactttaggatcacagctggtgcgc
aacttgagagagtctccttggaagctcagagcctggagaaggcagcgtag
ctggagcagcgtggctggagcatggctgctttgggtttatttggtatcta
ggtaatctctttggctcacagacttcagctctgtccaaactttgtaactt
ctagtcaagtgctctaataaataggcagtctgtcatcaaagcaactaaaa
ggttattagaaaagaccttgggttcaaagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_120394648_120395786
seq2: B6Ng01-054P22.b_47_1182 (reverse)

seq1  TGTGATGGACAAAGTATGATGTGAGCATATTGTATATCATCAAAAAATAA  50
      ||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||||
seq2  TGTGATGGACAAAGTATGATG-GAGCATTTGTTATATCATCAAAAAATAA  49

seq1  TTGGTGAGTCAGTTTAAAAACG-TCTCCGAATCAATAATGAAGCTCCTGT  99
       |||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TGGTGAGTCAGTT--AAAACGTTCTCCGAATCAATAATGAAGCTCCTGT  96

seq1  TAAAATGGACTAAGAAAAGAATCCGGGGAAGCTAGAGAGGTGCTGAGAAC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATGGACTAAGAAAAGAATCCGGGGAAGCTAGAGAGGTGCTGAGAAC  146

seq1  ATCAGCGCAAACATAAGCCTCAGGGAGGTCACTGCCTGTCCTAGATTCCT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCGCAAACATAAGCCTCAGGGAGGTCACTGCCTGTCCTAGATTCCT  196

seq1  CTGTTGCTGTGATGAAGCATCCTGTCCCAGAGCAGCTTGGAGAGCAAAGG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGCTGTGATGAAGCATCCTGTCCCAGAGCAGCTTGGAGAGCAAAGG  246

seq1  ATTTGTTTGGCTTACAATTCCAGGTTATGTCAATTACTGTAGGAAAGTCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTTGGCTTACAATTCCAGGTTATGTCAATTACTGTAGGAAAGTCA  296

seq1  GGAGCTTTCTGGCCACATGACATCTAGAGTCACGACAGAGAGAGGGAACG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTTTCTGGCCACATGACATCTAGAGTCACGACAGAGAGAGGGAACG  346

seq1  GGTCTTTGTGCTTCCTTGTGCCTGTGCACTTTGTCTCATCCTTCCACTAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTTGTGCTTCCTTGTGCCTGTGCACTTTGTCTCATCCTTCCACTAT  396

seq1  GAAGCGATGCCACCCACATCTGGGGTGTGTCTTCTACATCAAATAACAGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCGATGCCACCCACATCTGGGGTGTGTCTTCTACATCAAATAACAGT  446

seq1  CTTGAAAGCCCACTGATCCAGACCATTCCTCCTGCGTGATTATAGCGACT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAAGCCCACTGATCCAGACCATTCCTCCTGCGTGATTATAGCGACT  496

seq1  ATATGTTGTGGCAAGATGGAAGTTAAACCCAACCAGCACACTGCTTCATC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTTGTGGCAAGATGGAAGTTAAACCCAACCAGCACACTGCTTCATC  546

seq1  CTGAGTCATCCCACTTGCAGAAACTATACAAGGCCCTATAGTATGCAGCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTCATCCCACTTGCAGAAACTATACAAGGCCCTATAGTATGCAGCT  596

seq1  TTCACACCATATGGTGGCCCTGGGTCTTTCCTCCATGAAGAAGAAATGGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACACCATATGGTGGCCCTGGGTCTTTCCTCCATGAAGAAGAAATGGA  646

seq1  AGGGATGCTAACACTGAGTGGCCAATGATAATCAAATGGCTTTTGCATCC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATGCTAACACTGAGTGGCCAATGATAATCAAATGGCTTTTGCATCC  696

seq1  AATGAGAAGACAGAGGATCTGGTACACTTTCAGCAGTACGCTGGGGAAGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGAAGACAGAGGATCTGGTACACTTTCAGCAGTACGCTGGGGAAGG  746

seq1  TGAGGTGAATCGCCTCAAATATGACCATGCTCACATCTGTCATTAGAGAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTGAATCGCCTCAAATATGACCATGCTCACATCTGTCATTAGAGAA  796

seq1  GCTTCCATCGTAGTGTAACCAAACCACCTGACTTGCCAGGTGCATAAGAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCATCGTAGTGTAACCAAACCACCTGACTTGCCAGGTGCATAAGAT  846

seq1  GGGTGTAAATGGAGCTTTAGGGAAGCTGCCTGACTCATGACCCCAACTGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTAAATGGAGCTTTAGGGAAGCTGCCTGACTCATGACCCCAACTGG  896

seq1  CTGACAGGCGGTCCCATGCAGGCTCTCAGTGTCTTCTTGAATGTCACCAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAGGCGGTCCCATGCAGGCTCTCAGTGTCTTCTTGAATGTCACCAG  946

seq1  GCTTCTGTTTTCCTTCTGAAAGACTCTCCAAGGAGATTCTTGGGGACAGC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTGTTTTCCTTCTGAAAGACTCTCCAAGGAGATTCTTGGGGACAGC  996

seq1  ATTGGATTCCTGTTTGGAAGAGTGTTGTTTTCATGTGCTAAAGCCATCCA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGATTCCTGTTTGGAAGAGTGTTGTTTTCATGTGCTAAAGCCATCCA  1046

seq1  GTGTAGAGAGATACCCAAACCCAACCTGGGCTCAGGAGAATCTCTCACTT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGAGAGATACCCAAACCCAACCTGGGCTCAGGAGAATCTCTCACTT  1096

seq1  GCATGTCTGTAAAATTACCCAGTGGTGACTTACTGAATTC  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTCTGTAAAATTACCCAGTGGTGACTTACTGAATTC  1136

seq1: chr9_120261328_120262420
seq2: B6Ng01-054P22.g_68_1147

seq1  GAATTCAAGCATGCACGGACACACAAATACCGTGTTATAATAATAGTAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGCATGCACGGACACACAAATACCGTGTTATAATAATAGTAGG  50

seq1  GTAGGAATATACCAAAAATCACTATTTCCTCCCTGGGGGGCAATTGCTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGAATATACCAAAAATCACTATTTCCTCCCTGGGGGGCAATTGCTGC  100

seq1  TTATTGGTTGGGCACAGAGCTATGATGCAAGTCCATTTAAAAGTGACAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGGTTGGGCACAGAGCTATGATGCAAGTCCATTTAAAAGTGACAGA  150

seq1  AATACAGAAAGAGGTAGGAACAGCCAGAAAGGGAACGGGATGGGCCACCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAGAAAGAGGTAGGAACAGCCAGAAAGGGAACGGGATGGGCCACCA  200

seq1  GGGAGGATAAACGGAAGCGAAGTCTGTTTCTGTGAGAATTATCTCTGCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGATAAACGGAAGCGAAGTCTGTTTCTGTGAGAATTATCTCTGCCT  250

seq1  ATCTGGAAGGGAATCAGGGATGGACAGAGAAATGGTTCATCAGGAGAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGAAGGGAATCAGGGATGGACAGAGAAATGGTTCATCAGGAGAGAG  300

seq1  TGTTTGCTGCCTGCCAAGCATGGTGACCTGAGACCATTCCCTGGGACCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGCTGCCTGCCAAGCATGGTGACCTGAGACCATTCCCTGGGACCTC  350

seq1  CATGGTGGAAGGAGAGAACTGACTTCCAAAGATTGTCCTCTACTTACACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTGGAAGGAGAGAACTGACTTCCAAAGATTGTCCTCTACTTACACA  400

seq1  TGCAGGCTGTAGCACACGGACACACACACAGAGGCACGCATGCACACTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGCTGTAGCACACGGACACACACACAGAGGCACGCATGCACACTCA  450

seq1  TGAATGCACACTAGACAGTAGAACAGAATTAATAGAGAGACTTTTTACGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGCACACTAGACAGTAGAACAGAATTAATAGAGAGACTTTTTACGG  500

seq1  AAAACTTTTTATGCTGTCTACATTTTGAAACATATCACTTGAATACATAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTTTTTATGCTGTCTACATTTTGAAACATATCACTTGAATACATAC  550

seq1  TCAAAACATTTAGAAAAGAAAGCCCAAAACGCTCATCTCTTGAGTGTGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAACATTTAGAAAAGAAAGCCCAAAACGCTCATCTCTTGAGTGTGAT  600

seq1  GTTATTGGGTCAATGCTTGGACGTGTCAAATACTTTACTATAATGCACCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTGGGTCAATGCTTGGACGTGTCAAATACTTTACTATAATGCACCT  650

seq1  GTACAGATGCCTGGAGGGGTATGGTGGGGACCCCACTATTCTTTCTAAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGATGCCTGGAGGGGTATGGTGGGGACCCCACTATTCTTTCTAAGC  700

seq1  AGGGCATTGAGGAACACTCATGTTTAGGTTTTTTTGTCTGACACTGATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCATTGAGGAACACTCATGTTTAGGTTTTTTTGTCTGACACTGATCT  750

seq1  ATAAACACATGGACGGAGACTCCATTGCTGGTTTCTGTTAACCCCTTGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACACATGGACGGAGACTCCATTGCTGGTTTCTGTTAACCCCTTGGC  800

seq1  TTCTGTGGTGGGTTCACAGTCTCCTCACTTTAGGATCACAGCTGGTGCGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTGGTGGGTTCACAGTCTCCTCACTTTAGGATCACAGCTGGTGCGC  850

seq1  AACTTGAGAGAGTCTCCTTGGAGGCTCAGAGCCTGGAGAAGGGCAGCGTA  900
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AACTTGAGAGAGTCTCCTTGGAAGCTCAGAGCCTGGAGAA-GGCAGCGTA  899

seq1  GCTGGAGGCAGCGTGGCTGGAGGCATGGCTGCTTTGGGGTTTATTTGGTT  950
      |||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |
seq2  GCTGGA-GCAGCGTGGCTGGA-GCATGGCTGCTTT-GGGTTTATTTGG-T  945

seq1  ATCTAAGGTAATCTCTTTGGCTCAACAGACTCCAGCTCTGTCCAAACTTT  1000
      |||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATCT-AGGTAATCTCTTTGGCTC-ACAGACTTCAGCTCTGTCCAAACTTT  993

seq1  GTACCTTCCTTAGTCCAAGTGCCTCTAAAATAATAGGCAGTCTGTCATCA  1050
      ||| ||||  |||| |||||| |||||| | |||||||||||||||||||
seq2  GTAACTTC--TAGT-CAAGTG-CTCTAATA-AATAGGCAGTCTGTCATCA  1038

seq1  AGCCAACTAAAAGGTTAATTAGAAAAGAACCTTGGG-TCAAAGG  1093
      |  ||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||
seq2  AAGCAACTAAAAGGTT-ATTAGAAAAG-ACCTTGGGTTCAAAGG  1080