BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-057F24
Chromosome9 (Build37)
Map Location 103,642,237 - 103,774,378
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmem108
Upstream geneEG434510, Ryk, Slco2a1, Rab6b, Srprb, Trf, 1300017J02Rik, Topbp1, Cdv3, Bfsp2, 4932413F04Rik
Downstream geneEG384978, Nphp3, Ube1dc1, Acad11, Ccrl1, Hmgb1-rs16, Acpp, LOC100040921, Cpne4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-057F24.bB6Ng01-057F24.g
ACCDH879262DH879263
length1,1171,012
definitionDH879262|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-057F24, 5' end.DH879263|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-057F24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,642,237 - 103,643,348)(103,773,362 - 103,774,378)
sequence
gaattcaatggaatgctgggttatttgtactgcccccagatcacttcact
cacagctgtgtgggtccaaatggagccgagaccatccttgcactgatgga
gagtcagaaataaagactgtgccttctgtgatagcagaatgtattccctt
acaaagccactcaaccactggtcccaaagaaaggaacgcctgagggtcag
ggcttgacaaaatgcactgtataaaacaaaattaagcccgtttcagtcga
gtcagtcgttctccacggaacgacacttgtgtgtgatttatttttagagt
aaaaaggcacgttattttcgttgatcagagctggaatcttacacacccag
ctgttgagtaacacttgtcaaagatgtcaaaacgtctttcaacatttaga
cagccacctagctattattcctgggggacacgtggttagctgaaagagtc
acatctgacagatgcaaaagagaaaaaaaaccacatctgtatggaaacca
caactctcacttcccaaccacccaccccagtgatctccccaacgctctgc
accacgagacacccagactgccagaggaagaatgcagtcggaccccttca
caatagctgctgtggatgtggggtttctccttctgcctaatcttctgatt
ctttatttcaccccaaactccaaattctgtttataattctagctagggag
tgagaactcagggtctgtaagccagagaagggtctcctgttcagttagca
tactgcactacctctgtccaggaaagctgcaggactgtcatcttttacag
aagtcatctatgcagagccacagatcattagtcagctatgcagagccaca
gatcattagtccaacagagagcaccggcatcccttaaattgccagtaagg
acagtttttgaccagcagggatgatggtccctgcaggactgtgaatgagt
tcctatacaactatatgctccttctattctttgggggctgatcattatca
gttcatcagctcattaatagatataaggaaaggagacttagaaatagagg
gaccttaagagaatcctctatctaaatgctgagttaagttaatgacccaa
gaagtaaaaatgggcca
gaattcttgagcatcccagtgatttgggcaggagagtaacatttcaggat
ggactcgcttttgacataatctgacaggatgcatttagaacactgttgtg
tgtgactctcctttgagcctagcagccgccatcttgggttgttcagctgt
gccccgtttgtaaaaggatcctcccagccgggcttgttgactgtttacag
cccctcacagagaggcagggagggtctcaagactcctacctgtgtacact
cacctgtatacatagccactccccctctacccaccaccacatgctgtgct
ttcttaattgcatgtggcctcagagaggcactagcgtatatatgctgggg
aggactagaagcaggagggtccatctattacagccacatggaggccatca
ttcctgctaagtaaaggtttttcagatgcggtctttttgtgggaagagca
cccacatctctgtgagtaaccacaccccacaactatgctctgtgaggaag
cccaataaattcattggttctccagagtgaatgctggtggtctcatgcct
tggtttgtccctaggcccttagaaggagaggtagtcctggttttaaaggg
ctcatcgtgcacactgttcacgattatttgcagaggagtttctgctagga
ctataaagaatgataactagagcagtatagaaaggtgcatcactgctgag
gggaatgctttcacatccccattatgacttccctattatggatgtgatgg
gtatggacttgatctagaagattttgctcatgagtctatctttaaagaga
gtttcaaaagaataatttaggcatgtacaagccatttaccagaataagca
tttaaattgttagccacaatgtttgtgtacaagatattgacaaacgttga
ttctggtctcagattgatggaaagatgtgtgggcagccattttaagattc
ggactcgctcgctttggaagccatgttggacaattgatgagtgattcatg
aaatatagagac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_103642237_103643348
seq2: B6Ng01-057F24.b_48_1164

seq1  GAATTCAATGGAATGCTGGGTTATTTGTACTGCCCCCAGATCACTTCACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGGAATGCTGGGTTATTTGTACTGCCCCCAGATCACTTCACT  50

seq1  CACAGCTGTGTGGGTCCAAATGGAGCCGAGACCATCCTTGCACTGATGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCTGTGTGGGTCCAAATGGAGCCGAGACCATCCTTGCACTGATGGA  100

seq1  GAGTCAGAAATAAAGACTGTGCCTTCTGTGATAGCAGAATGTATTCCCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCAGAAATAAAGACTGTGCCTTCTGTGATAGCAGAATGTATTCCCTT  150

seq1  ACAAAGCCACTCAACCACTGGTCCCAAAGAAAGGAACGCCTGAGGGTCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGCCACTCAACCACTGGTCCCAAAGAAAGGAACGCCTGAGGGTCAG  200

seq1  GGCTTGACAAAATGCACTGTATAAAACAAAATTAAGCCCGTTTCAGTCGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGACAAAATGCACTGTATAAAACAAAATTAAGCCCGTTTCAGTCGA  250

seq1  GTCAGTCGTTCTCCACGGAACGACACTTGTGTGTGATTTATTTTTAGAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTCGTTCTCCACGGAACGACACTTGTGTGTGATTTATTTTTAGAGT  300

seq1  AAAAAGGCACGTTATTTTCGTTGATCAGAGCTGGAATCTTACACACCCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGGCACGTTATTTTCGTTGATCAGAGCTGGAATCTTACACACCCAG  350

seq1  CTGTTGAGTAACACTTGTCAAAGATGTCAAAACGTCTTTCAACATTTAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGAGTAACACTTGTCAAAGATGTCAAAACGTCTTTCAACATTTAGA  400

seq1  CAGCCACCTAGCTATTATTCCTGGGGGACACGTGGTTAGCTGAAAGAGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCACCTAGCTATTATTCCTGGGGGACACGTGGTTAGCTGAAAGAGTC  450

seq1  ACATCTGACAGATGCAAAAGAGAAAAAAAACCACATCTGTATGGAAACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTGACAGATGCAAAAGAGAAAAAAAACCACATCTGTATGGAAACCA  500

seq1  CAACTCTCACTTCCCAACCACCCACCCCAGTGATCTCCCCAACGCTCTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCTCACTTCCCAACCACCCACCCCAGTGATCTCCCCAACGCTCTGC  550

seq1  ACCACGAGACACCCAGACTGCCAGAGGAAGAATGCAGTCGGACCCCTTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACGAGACACCCAGACTGCCAGAGGAAGAATGCAGTCGGACCCCTTCA  600

seq1  CAATAGCTGCTGTGGATGTGGGGTTTCTCCTTCTGCCTAATCTTCTGATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGCTGCTGTGGATGTGGGGTTTCTCCTTCTGCCTAATCTTCTGATT  650

seq1  CTTTATTTCACCCCAAACTCCAAATTCTGTTTATAATTCTAGCTA-GGAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTTTATTTCACCCCAAACTCCAAATTCTGTTTATAATTCTAGCTAGGGAG  700

seq1  TGAGAACTCAGGGTCTGTAAGCCAGAGAAGGGTCTCCTGTTCAGTTAGCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAACTCAGGGTCTGTAAGCCAGAGAAGGGTCTCCTGTTCAGTTAGCA  750

seq1  TACTGCACTACCTCTGTCCAGGAAAGCTGCAGGACTGTCATC-TTTACAG  798
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TACTGCACTACCTCTGTCCAGGAAAGCTGCAGGACTGTCATCTTTTACAG  800

seq1  AAGTCATCTATGCAGAGCCACAGATCATTAGTCAGCTATGCAGAGCCACA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCATCTATGCAGAGCCACAGATCATTAGTCAGCTATGCAGAGCCACA  850

seq1  GATCATTAGTCCAACAGAGAGCACCGGCATCCCTAAAATTGCCAGTAAGG  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GATCATTAGTCCAACAGAGAGCACCGGCATCCCTTAAATTGCCAGTAAGG  900

seq1  ACAG-TTTTGACCAGCAGGGATGATGGTCCCTGCAGGACTGTGAATGAGT  947
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTTTTGACCAGCAGGGATGATGGTCCCTGCAGGACTGTGAATGAGT  950

seq1  TCCTATACAACTATAATGCTCCTTCTATTCTTTGGGGGCTGATCTATATC  997
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||
seq2  TCCTATACAACTAT-ATGCTCCTTCTATTCTTTGGGGGCTGATCATTATC  999

seq1  AG-TCATCAGCTCAATTAATAGATATAA-GAAAGAAGACTAAG-AACAGA  1044
      || |||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || || |||
seq2  AGTTCATCAGCTC-ATTAATAGATATAAGGAAAGGAGACTTAGAAATAGA  1048

seq1  AGGACC-TAAGAGAA-CCTCAAACTAAAATGCTGAGCCAAGTTAATGA-C  1091
       ||||| |||||||| |||| | || ||||||||||  |||||||||| |
seq2  GGGACCTTAAGAGAATCCTCTATCT-AAATGCTGAGTTAAGTTAATGACC  1097

seq1  CAAGAAGTAAAACATGGGCCA  1112
      |||||||||||| ||||||||
seq2  CAAGAAGTAAAA-ATGGGCCA  1117

seq1: chr9_103773362_103774378
seq2: B6Ng01-057F24.g_70_1081 (reverse)

seq1  GTCTCTATAATCTCATGATTCACTCATCAATTTGTCCAACATGGCTTTCC  50
      |||||||| || |||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||
seq2  GTCTCTAT-ATTTCATGAATCACTCATCAA-TTGTCCAACATGGC-TTCC  47

seq1  AAAGCGAGCCAAGTCCGAATTCTTAAAATGGCTGCCCACACATCTTTCCA  100
      |||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCGAG-CGAGTCCGAA-TCTTAAAATGGCTGCCCACACATCTTTCCA  95

seq1  TCAATCTGAGACCAGAATCAACGTTTGTCAATATCTTGTACACAAACATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCTGAGACCAGAATCAACGTTTGTCAATATCTTGTACACAAACATT  145

seq1  GTGGCTAACAATTTAAATGCTTATTCTGGTAAATGGCTTGTACATGCCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTAACAATTTAAATGCTTATTCTGGTAAATGGCTTGTACATGCCTA  195

seq1  AATTATTCTTTTGAAACTCTCTTTGAAGATAGGCTCATGAGCAAAATCTT  250
      |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
seq2  AATTATTCTTTTGAAACTCTCTTTAAAGATAGACTCATGAGCAAAATCTT  245

seq1  CTAGATCAAGTCCATACCCATCACATCCATAATAGGGAAGTCATAATGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATCAAGTCCATACCCATCACATCCATAATAGGGAAGTCATAATGGG  295

seq1  GATGTGAAAGCATTCCCCTCAGCAGTGATGCACCTTTCTATACTGCTCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGAAAGCATTCCCCTCAGCAGTGATGCACCTTTCTATACTGCTCTA  345

seq1  GTTATCATTCTTTATAGTCCTAGCAGAAACTCCTCTGCAAATAATCGTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATCATTCTTTATAGTCCTAGCAGAAACTCCTCTGCAAATAATCGTGA  395

seq1  ACAGTGTGCACGATGAGCCCTTTAAAACCAGGACTACCTCTCCTTCTAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGTGCACGATGAGCCCTTTAAAACCAGGACTACCTCTCCTTCTAAG  445

seq1  GGCCTAGGGACAAACCAAGGCATGAGACCACCAGCATTCACTCTGGAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTAGGGACAAACCAAGGCATGAGACCACCAGCATTCACTCTGGAGAA  495

seq1  CCAATGAATTTATTGGGCTTCCTCACAGAGCATAGTTGTGGGGTGTGGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGAATTTATTGGGCTTCCTCACAGAGCATAGTTGTGGGGTGTGGTT  545

seq1  ACTCACAGAGATGTGGGTGCTCTTCCCACAAAAAGACCGCATCTGAAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACAGAGATGTGGGTGCTCTTCCCACAAAAAGACCGCATCTGAAAAA  595

seq1  CCTTTACTTAGCAGGAATGATGGCCTCCATGTGGCTGTAATAGATGGACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTACTTAGCAGGAATGATGGCCTCCATGTGGCTGTAATAGATGGACC  645

seq1  CTCCTGCTTCTAGTCCTCCCCAGCATATATACGCTAGTGCCTCTCTGAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCTTCTAGTCCTCCCCAGCATATATACGCTAGTGCCTCTCTGAGG  695

seq1  CCACATGCAATTAAGAAAGCACAGCATGTGGTGGTGGGTAGAGGGGGAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATGCAATTAAGAAAGCACAGCATGTGGTGGTGGGTAGAGGGGGAGT  745

seq1  GGCTATGTATACAGGTGAGTGTACACAGGTAGGAGTCTTGAGACCCTCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATGTATACAGGTGAGTGTACACAGGTAGGAGTCTTGAGACCCTCCC  795

seq1  TGCCTCTCTGTGAGGGGCTGTAAACAGTCAACAAGCCCGGCTGGGAGGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCTCTGTGAGGGGCTGTAAACAGTCAACAAGCCCGGCTGGGAGGAT  845

seq1  CCTTTTACAAACGGGGCACAGCTGAACAACCCAAGATGGCGGCTGCTAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTACAAACGGGGCACAGCTGAACAACCCAAGATGGCGGCTGCTAGG  895

seq1  CTCAAAGGAGAGTCACACACAACAGTGTTCTAAATGCATCCTGTCAGATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAGGAGAGTCACACACAACAGTGTTCTAAATGCATCCTGTCAGATT  945

seq1  ATGTCAAAAGCGAGTCCATCCTGAAATGTTACTCTCCTGCCCAAATCACT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAAAAGCGAGTCCATCCTGAAATGTTACTCTCCTGCCCAAATCACT  995

seq1  GGGATGCTCAAGAATTC  1017
      |||||||||||||||||
seq2  GGGATGCTCAAGAATTC  1012