BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-058L03
Chromosome9 (Build37)
Map Location 88,919,083 - 89,052,202
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG666747, LOC100039714, 4930579C12Rik
Upstream geneLOC100039580, LOC384962, EG272633, Nt5e, Snx14, LOC100039601, Syncrip, 2810026P18Rik, 4930422I07Rik, EG547109, LOC100039707, LOC100039721, Bcl2a1d, LOC100039674, EG666731, LOC100039741, Bcl2a1a, LOC100039689
Downstream geneBcl2a1b, Mthfs, AF529169, Tmed3, B230218L05Rik, Rasgrf1, Ctsh, Morf4l1, LOC621414
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-058L03.bB6Ng01-058L03.g
ACCDH880202DH880203
length1,0671,111
definitionDH880202|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-058L03, 5' end.DH880203|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-058L03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,051,122 - 89,052,202)(88,919,083 - 88,920,204)
sequence
gaattcagtaattccgttcaattacataattctatgtaaaagttttgctg
tagcttttaatatgtgaatattgttaatttatctagttcatcagtaggaa
tacaaacacgaatttaaagatgcagttaactgtcatctttgcttttcatt
aactaatggcaaaccagaggaaagctgagacttaccttgtatgactactc
atggcttctcccgcagtaggcatgaatgactgagctgcatgtcagccagt
ttggtccagacatggatgacagagatgtggaaagtctcaagaatgaggat
gaaatttgaattagataaaggcattcccagtcaggtccattgagagacag
ccctaggagtagtcatcttacaacttgtgcttgggagacaaagggagtgg
gaaagaccattaaggacagagaaatatgtgaagtttctgtgcattttctc
cttcaaatgtatactagttaacagtggcaaggttgagtgtgctgtgcttc
tggctcaggtatttagaggctgtatttcttggaacacttagaccttccaa
cctctgacacgcctaacaccctagtgtgggactcttggttttttgttttt
ttttttaattaattaattaattaattaattatttttacactccatattgt
attcccagtccatcccccaactgttccacatcccatactttctccccacc
ccaccccagtgcctccatgtggatgtccccacccccactccacctgacct
ccaaactccctcgagtctccagtctcttgaggattagatacatcatctct
gaataaacacagacctggaagccctctactttatgtatgtgtgttggtgg
cctcatatcagctggtgtatgctgtctgttggtggtctagtgtttgagaa
atatcgggagttcagaataactaagactgtcatcctcctacaggatcacc
ctctcccagcttcttcagctttccaaaattcaacaacagtggtcatcttg
cattatcatcttaatctaagagcatgagcaattgtagatctggtagggat
tcccctgttcaaagagt
gaattcagtcaccagagtcagcctaaattcctctggtatttaacaaaact
catttctgacaaacatctgatttgaacaaagagcatttctgctataatga
gccttcccttatggtttaccatgtatagttatcttttaaacctgaaagtc
tcatgggaagtccttctgaaacttacattgtttgagagatagcttggaga
aaagaaaaattatacaagcaacattggatacttgtgtttctcagaaggat
atggttcccatgtggtaccatgcccataacacgctcaaggcctgctgctc
ttgctgtgttgtcatagccacacaggtgtagatatcgcctcaggtgtctg
tgtagtgcttaaccacaaaatgcagtgaccgtcctgaagtaccatcctga
cgctgatgactaaatggaaacagggaatgaggtcatttttacaaacacac
aaccatgactaattttctgttttgctgccataaagctaacataacactcc
ccgttgtgaatgtattcccagtttcttcattctttagaaaattttatagg
aaggactcaagtcccttccaggctccggaggaacctcaagcccttgaagg
gacatccaaagaaatgcaaccaactactaacagaggtactgtaaatactg
aggatttgcttcagttatctgtagtagttgattatcctgtgtaccttatg
taaaactgaacagatttagcatattttaataagtgaaaaatgctaatgta
tctatctcatcagtagaaatagcaactctaaaatgtacaaatgtacctaa
agctcacttcagctctcattgaataacatgaactagaggaaagctgaggc
acatgttggataagccagtgtgcttcacctgatgtaggcaggacgaggtg
agccactctcagtactgcttgcccccacgtgtgggtgatccatgtggata
gatctgaggatctccagagtagaggtgaatatataaaaatcttctggtca
gaatgggtgggaagagggttccagcagtgtcatggtacactctgtgttgg
gagaatgaagagattgggaagaaatcatagacaggaaacagaaggttctc
tgattttcctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_89051122_89052202
seq2: B6Ng01-058L03.b_46_1112 (reverse)

seq1  ACTCTTAGAACAGGGGGAAATTTCCTAAACAGAACTACAATGGCTCATGC  50
      |||||| ||||||||| |    |||  | |||| ||||||| ||||||||
seq2  ACTCTTTGAACAGGGGAA----TCCCTACCAGATCTACAATTGCTCATGC  46

seq1  TCTAAGATTAAGAATTGATAAATTGCAAGATGACCACTGTTGTTGAATTT  100
      ||| |||||||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGATTAAGA--TGATAA--TGCAAGATGACCACTGTTGTTGAATTT  92

seq1  TGGGAAGGCTGAAAGAAGCTGAGGAGAAGGGTGATCCTGTAGGAGGATGA  150
      | |||| |||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| 
seq2  T-GGAAAGCTG-AAGAAGCTG-GGAG-AGGGTGATCCTGTAGGAGGATG-  137

seq1  ACAGTCTTAGTTATTCTGGACTCCCGATATCTCTCAAACACTAGACCACC  200
      |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCTTAGTTATTCTGAACTCCCGATATTTCTCAAACACTAGACCACC  187

seq1  AAACAGACAGCATACACCAGCTGATATGAGGCCACCAACACACATACATA  250
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -AACAGACAGCATACACCAGCTGATATGAGGCCACCAACACACATACATA  236

seq1  AAGTAGAGGGCTTCCAGGTCTGTGTTTATTCAGAGATGATGTATCTAATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGAGGGCTTCCAGGTCTGTGTTTATTCAGAGATGATGTATCTAATC  286

seq1  CTCAAGAGACTGGAGACTCGAGGGAGTTTGGAGGTCAGGTGGAGTGGGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGAGACTGGAGACTCGAGGGAGTTTGGAGGTCAGGTGGAGTGGGGG  336

seq1  TGGGGACATCCACATGGAGGCACTGGGGTGGGGTGGGGAGAAAGTATGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGACATCCACATGGAGGCACTGGGGTGGGGTGGGGAGAAAGTATGGG  386

seq1  ATGTGGAACAGTTGGGGGATGGACTGGGAATACAATATGGAGTGTAAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGAACAGTTGGGGGATGGACTGGGAATACAATATGGAGTGTAAAAA  436

seq1  TAATTAATTAATTAATTAATTAATTAAAAAAAAAAACAAAAAACCAAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAATTAATTAATTAATTAATTAAAAAAAAAAACAAAAAACCAAGAG  486

seq1  TCCCACACTAGGGTGTTAGGCGTGTCAGAGGTTGGAAGGTCTAAGTGTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACACTAGGGTGTTAGGCGTGTCAGAGGTTGGAAGGTCTAAGTGTTC  536

seq1  CAAGAAATACAGCCTCTAAATACCTGAGCCAGAAGCACAGCACACTCAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAATACAGCCTCTAAATACCTGAGCCAGAAGCACAGCACACTCAAC  586

seq1  CTTGCCACTGTTAACTAGTATACATTTGAAGGAGAAAATGCACAGAAACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCACTGTTAACTAGTATACATTTGAAGGAGAAAATGCACAGAAACT  636

seq1  TCACATATTTCTCTGTCCTTAATGGTCTTTCCCACTCCCTTTGTCTCCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATATTTCTCTGTCCTTAATGGTCTTTCCCACTCCCTTTGTCTCCCA  686

seq1  AGCACAAGTTGTAAGATGACTACTCCTAGGGCTGTCTCTCAATGGACCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAAGTTGTAAGATGACTACTCCTAGGGCTGTCTCTCAATGGACCTG  736

seq1  ACTGGGAATGCCTTTATCTAATTCAAATTTCATCCTCATTCTTGAGACTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGAATGCCTTTATCTAATTCAAATTTCATCCTCATTCTTGAGACTT  786

seq1  TCCACATCTCTGTCATCCATGTCTGGACCAAACTGGCTGACATGCAGCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACATCTCTGTCATCCATGTCTGGACCAAACTGGCTGACATGCAGCTC  836

seq1  AGTCATTCATGCCTACTGCGGGAGAAGCCATGAGTAGTCATACAAGGTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATTCATGCCTACTGCGGGAGAAGCCATGAGTAGTCATACAAGGTAA  886

seq1  GTCTCAGCTTTCCTCTGGTTTGCCATTAGTTAATGAAAAGCAAAGATGAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCAGCTTTCCTCTGGTTTGCCATTAGTTAATGAAAAGCAAAGATGAC  936

seq1  AGTTAACTGCATCTTTAAATTCGTGTTTGTATTCCTACTGATGAACTAGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAACTGCATCTTTAAATTCGTGTTTGTATTCCTACTGATGAACTAGA  986

seq1  TAAATTAACAATATTCACATATTAAAAGCTACAGCAAAACTTTTACATAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTAACAATATTCACATATTAAAAGCTACAGCAAAACTTTTACATAG  1036

seq1  AATTATGTAATTGAACGGAATTACTGAATTC  1081
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATGTAATTGAACGGAATTACTGAATTC  1067

seq1: chr9_88919083_88920204
seq2: B6Ng01-058L03.g_67_1177

seq1  GAATTCAGTCACCAGAGTCAGCCTAAATTCCTCTGGTATTTAACAAAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCACCAGAGTCAGCCTAAATTCCTCTGGTATTTAACAAAACT  50

seq1  CATTTCTGACAAACATCTGATTTGAACAAAGAGCATTTCTGCTATAATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCTGACAAACATCTGATTTGAACAAAGAGCATTTCTGCTATAATGA  100

seq1  GCCTTCCCTTATGGTTTACCATGTATAGTTATCTTTTAAACCTGAAAGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCCCTTATGGTTTACCATGTATAGTTATCTTTTAAACCTGAAAGTC  150

seq1  TCATGGGAAGTCCTTCTGAAACTTACATTGTTTGAGAGATAGCTTGGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGGAAGTCCTTCTGAAACTTACATTGTTTGAGAGATAGCTTGGAGA  200

seq1  AAAGAAAAATTATACAAGCAACATTGGATACTTGTGTTTCTCAGAAGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAAATTATACAAGCAACATTGGATACTTGTGTTTCTCAGAAGGAT  250

seq1  ATGGTTCCCATGTGGTACCATGCCCATAACACGCTCAAGGCCTGCTGCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTCCCATGTGGTACCATGCCCATAACACGCTCAAGGCCTGCTGCTC  300

seq1  TTGCTGTGTTGTCATAGCCACACAGGTGTAGATATCGCCTCAGGTGTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGTGTTGTCATAGCCACACAGGTGTAGATATCGCCTCAGGTGTCTG  350

seq1  TGTAGTGCTTAACCACAAAATGCAGTGACCGTCCTGAAGTACCATCCTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTGCTTAACCACAAAATGCAGTGACCGTCCTGAAGTACCATCCTGA  400

seq1  CGCTGATGACTAAATGGAAACAGGGAATGAGGTCATTTTTACAAACACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTGATGACTAAATGGAAACAGGGAATGAGGTCATTTTTACAAACACAC  450

seq1  AACCATGACTAATTTTCTGTTTTGCTGCCATAAAGCTAACATAACACTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATGACTAATTTTCTGTTTTGCTGCCATAAAGCTAACATAACACTCC  500

seq1  CCGTTGTGAATGTATTCCCAGTTTCTTCATTCTTTAGAAAATTTTATAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTTGTGAATGTATTCCCAGTTTCTTCATTCTTTAGAAAATTTTATAGG  550

seq1  AAGGACTCAAGTCCCTTCCAGGCTCCGGAGGAACCTCAAGCCCTTGAAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACTCAAGTCCCTTCCAGGCTCCGGAGGAACCTCAAGCCCTTGAAGG  600

seq1  GACATCCAAAGAAATGCAACCAACTACTAACAGAGGTACTGTAAATACTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCCAAAGAAATGCAACCAACTACTAACAGAGGTACTGTAAATACTG  650

seq1  AGGATTTGCTTCAGTTATCTGTAGTAGTTGATTATCCTGTGTACCTTATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTTGCTTCAGTTATCTGTAGTAGTTGATTATCCTGTGTACCTTATG  700

seq1  TAAAACTGAACAGATTTAGCATATTTTAATAAGTGAAAAATGCTAATGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACTGAACAGATTTAGCATATTTTAATAAGTGAAAAATGCTAATGTA  750

seq1  TCTATCTCATCAGTAGAAATAGCAACTCTAAAATGTACAAATGTACCTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTCATCAGTAGAAATAGCAACTCTAAAATGTACAAATGTACCTAA  800

seq1  AGCTCACTTCAGCTCTCATTGAATAACATGAACTAGAGGAAAGCTGAGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCACTTCAGCTCTCATTGAATAACATGAACTAGAGGAAAGCTGAGGC  850

seq1  ACATGTTGGATAAGCCAGTGTGCTTCACCTGATGTAGGCAGGACGAGGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTTGGATAAGCCAGTGTGCTTCACCTGATGTAGGCAGGACGAGGTG  900

seq1  AGCCACTCTCAGTACTGCTTGCCCCCACGTGTGGGTGATCCATGTGGATT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGCCACTCTCAGTACTGCTTGCCCCCACGTGTGGGTGATCCATGTGGA-T  949

seq1  AGATCTGAAGGATCTCCAGAGTAGAGGTGAATTATATAAAAATCCTTCTT  1000
      ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |
seq2  AGATCTG-AGGATCTCCAGAGTAGAGGTGAA-TATATAAAAAT-CTTC-T  995

seq1  GGTCAGATTGAGTGGG-AGAGGGTCCCAGCAGTGGTCATGGTACACTCTG  1049
      ||||||| || ||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||
seq2  GGTCAGAATGGGTGGGAAGAGGGTTCCAGCAGT-GTCATGGTACACTCTG  1044

seq1  TGTTTGGGAGAATG-AGAGATTGGGAAAGAAATCATAAGGACAAGGAAAA  1098
      || ||||||||||| |||||||||| |||||||||||  ||||  | |||
seq2  TG-TTGGGAGAATGAAGAGATTGGG-AAGAAATCATA--GACA--GGAAA  1088

seq1  CAGAAAGTTTCTCTGATTTTCCTC  1122
      ||| ||| ||||||||||||||||
seq2  CAG-AAGGTTCTCTGATTTTCCTC  1111