BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-058N03
Chromosome9 (Build37)
Map Location 55,147,814 - 55,318,782
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAI118078, Etfa
Upstream geneGldn, Dmxl2, 4933412E14Rik, Cib2, Idh3a, Acsbg1, LOC100039151, EG664850, Dnaja4, Wdr61, Crabp1, Rab7-ps1, Ireb2, C630028N24Rik, AY074887, Psma4, Chrna5, Chrna3, Chrnb4, EG640554, LOC664897, 1700071A11Rik, Ube2q2, Fbxo22, Nrg4
Downstream geneLOC546133, Isl2, Zfp291, LOC664980, 4930563M21Rik, LOC664995, LOC665005, Rcn2, Pstpip1, Tspan3, C230081A13Rik, Hmg20a, LOC100039535
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-058N03.bB6Ng01-058N03.g
ACCDH880293DH880294
length1,188692
definitionDH880293|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-058N03, 5' end.DH880294|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-058N03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,317,563 - 55,318,782)(55,147,814 - 55,148,511)
sequence
gaattccagtgtatatttgctgattggttgattgggactcttgttggctc
tctctctgctgctctgctacatgactggccttactttttggaaccaaata
acagccatcaattctgtctctagaccacaccccatctcctaacagagctt
gtgaaaagctcctccttagtttgttctgttattattttggattttgtaag
gttttgccactggaaatgtggttagtctaaattgagattctattattaaa
attagtctcagctgtttctttttaccataacacaactgactaaaaatttt
aaacatgtggcttacaaggtatctatattgaatatctctgttttaggctt
aatagtgttaggctacaatcagtgttataagtaggagacagctttccctt
tagcctctgctctcaactctggagaagcagggttcagattacatccctta
gagtcccagcttgagatctgaatcagtgatgttaatgcttcctacagaag
ccaagcgtgacattgaactcatcattgaactcatcaggccttagagttct
gtggaagtactaagtgaggcctccttcacttggccttatgtggattgagt
tagaattctaaaagttgtgggttgctttgaaggactaagaaagtagagtc
agatagactgcaaaagggtaaaacactgtcgagtcccctccaccccatct
gtttcctgctcctagaggcctttatacttctcagtggccagtcaagaact
gagagtttatacaagagaccagaagtgtcattcttttttgccccttccct
ttattatgagtttgcttaagctagactgtacgcttcttgaggacaagggc
aaagaacttgtaagctttatactatttgtaaggtcaacaacacatcaata
ggaaaccagccaaccaagctggagaggtgctgagttgtaatatgcttgct
atgcaatcatgaggactcgatttcaagcccagttgttcatgtaagacccc
atgggatacttctttagtgttggtcgaagatgcaccaccccacacacaaa
cagttgaagctattatcactgttcttggttacccaccgaaactttatgtt
cacctggatgtgaaactgacatactgggtccggacatgggatcaggtgta
ctatggaggctcctccctactgctacctttatgtcagg
gaattcaaaaataaaagggctaaccccagatgaagacaggacatttatat
cacatatatctaataaaggatgcatactcaagtgtttaaagaggttgaga
gatggatcagtgggtaagagcacttgctgctattgcagtgggcagaggac
ccaggttcagttcccaccacccatgtggtggcaacacaaccatctgtaac
ttcaatgtagggaaactgacaccttcatctggactttatgggcaccagga
gcacatgtggtgcgtatatatatatatatatatatatatatatatatata
tatatatatatacacatatatatatatacacacatatatatatatacaca
catatatatatacacatatatatacaccctcatatacatcaaataaatat
ttttaaagtatttaaagacttttattttgtttttcaaatatgtgtgtgtg
tgtacgtgtgaggtctggctatgtgcatgtaatgcaggtgcctattgagg
ccagactcatcagattccttgagctggagttgcagagagttgtgagcccc
ctgatagcgatgctgggttctcccattttctaagttctcttaattcttaa
gtcatctctctagccctaaagcattctcataagtgaataagggtgggggg
aatcattcaaatttaaaggggcaaagaggttatacttcatca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_55317563_55318782
seq2: B6Ng01-058N03.b_50_1237 (reverse)

seq1  CCTGACATTATAAAAGGTAGCCAGTAGGGAGGAAGCTTCCAGATTAGTAC  50
      ||||||||    |||||||| ||||||||||| ||| ||||   ||||| 
seq2  CCTGACAT----AAAGGTAG-CAGTAGGGAGG-AGCCTCCA---TAGTA-  40

seq1  CACCTTGATTTCTCCATGTTCTGTGACCCAAGTATGTCACGTTTTCCACA  100
      |||| ||||    |||||| |   ||||| ||||||||| ||||  ||||
seq2  CACC-TGAT---CCCATGTCC--GGACCC-AGTATGTCA-GTTT--CACA  80

seq1  TCAGGGTTGTACCATCAAGTTCTGGTGGGTAACCAAGAACAGTGATAATA  150
      ||  |||   | ||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGT--GAACATAAAGTTTCGGTGGGTAACCAAGAACAGTGATAATA  128

seq1  GCTTCAACTGTTTGTGTGTGGGGTGGTGCATTCCTCTGACCAACAACTTA  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||  ||  ||||||| |||  
seq2  GCTTCAACTGTTTGTGTGTGGGGTGGTGCAT--CTTCGACCAAC-ACT--  173

seq1  AAGGAAGTATCCCATGGGGTCTTTACATGAACACTGGGGCTTGAAATCGA  250
      || |||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||
seq2  AAAGAAGTATCCCATGGGGTC-TTACATGAACAACTGGGCTTGAAATCGA  222

seq1  GTCCTCATGATTGCATAGCAAGCATATTACAACTCAGCAACCTCTCCAGC  300
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GTCCTCATGATTGCATAGCAAGCATATTACAACTCAGC-ACCTCTCCAGC  271

seq1  TTGGTTGGCTGGTTTTCCTATTGATGTTGTTGTTGAACCTTACAAATAGT  350
      |||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
seq2  TTGGTTGGCTGG-TTTCCTATTGATG-TGTTGTTG-ACCTTACAAATAGT  318

seq1  ATAAAGCTTACAAGTTCTTTGCCCTTGTCCTCAAGAAGCGTACAGTCTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGCTTACAAGTTCTTTGCCCTTGTCCTCAAGAAGCGTACAGTCTAG  368

seq1  CTTAAGCAAACTCATAATAAAGGGAAGGGGCAAAAAAGAATGACACTTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGCAAACTCATAATAAAGGGAAGGGGCAAAAAAGAATGACACTTCT  418

seq1  GGTCTCTTGTATAAACTCTCAGTTCTTGACTGGCCACTGAGAAGTATAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCTTGTATAAACTCTCAGTTCTTGACTGGCCACTGAGAAGTATAAA  468

seq1  GGCCTCTAGGAGCAGGAAACAGATGGGGTGGAGGGGACTCGACAGTGTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCTAGGAGCAGGAAACAGATGGGGTGGAGGGGACTCGACAGTGTTT  518

seq1  TACCCTTTTGCAGTCTATCTGACTCTACTTTCTTAGTCCTTCAAAGCAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTTTTGCAGTCTATCTGACTCTACTTTCTTAGTCCTTCAAAGCAAC  568

seq1  CCACAACTTTTAGAATTCTAACTCAATCCACATAAGGCCAAGTGAAGGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAACTTTTAGAATTCTAACTCAATCCACATAAGGCCAAGTGAAGGAG  618

seq1  GCCTCACTTAGTACTTCCACAGAACTCTAAGGCCTGATGAGTTCAATGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCACTTAGTACTTCCACAGAACTCTAAGGCCTGATGAGTTCAATGAT  668

seq1  GAGTTCAATGTCACGCTTGGCTTCTGTAGGAAGCATTAACATCACTGATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCAATGTCACGCTTGGCTTCTGTAGGAAGCATTAACATCACTGATT  718

seq1  CAGATCTCAAGCTGGGACTCTAAGGGATGTAATCTGAACCCTGCTTCTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCTCAAGCTGGGACTCTAAGGGATGTAATCTGAACCCTGCTTCTCC  768

seq1  AGAGTTGAGAGCAGAGGCTAAAGGGAAAGCTGTCTCCTACTTATAACACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTGAGAGCAGAGGCTAAAGGGAAAGCTGTCTCCTACTTATAACACT  818

seq1  GATTGTAGCCTAACACTATTAAGCCTAAAACAGAGATATTCAATATAGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTAGCCTAACACTATTAAGCCTAAAACAGAGATATTCAATATAGAT  868

seq1  ACCTTGTAAGCCACATGTTTAAAATTTTTAGTCAGTTGTGTTATGGTAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGTAAGCCACATGTTTAAAATTTTTAGTCAGTTGTGTTATGGTAAA  918

seq1  AAGAAACAGCTGAGACTAATTTTAATAATAGAATCTCAATTTAGACTAAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAACAGCTGAGACTAATTTTAATAATAGAATCTCAATTTAGACTAAC  968

seq1  CACATTTCCAGTGGCAAAACCTTACAAAATCCAAAATAATAACAGAACAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTTCCAGTGGCAAAACCTTACAAAATCCAAAATAATAACAGAACAA  1018

seq1  ACTAAGGAGGAGCTTTTCACAAGCTCTGTTAGGAGATGGGGTGTGGTCTA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGGAGGAGCTTTTCACAAGCTCTGTTAGGAGATGGGGTGTGGTCTA  1068

seq1  GAGACAGAATTGATGGCTGTTATTTGGTTCCAAAAAGTAAGGCCAGTCAT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAGAATTGATGGCTGTTATTTGGTTCCAAAAAGTAAGGCCAGTCAT  1118

seq1  GTAGCAGAGCAGCAGAGAGAGAGCCAACAAGAGTCCCAATCAACCAATCA  1200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCAGAGCAGCAGAGAGAGAGCCAACAAGAGTCCCAATCAACCAATCA  1168

seq1  GCAAATATACACTGGAATTC  1220
      ||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATATACACTGGAATTC  1188

seq1: chr9_55147814_55148511
seq2: B6Ng01-058N03.g_67_758

seq1  GAATTCAAAAATAAAAGGGCTAACCCCAGATGAAGACAGGACATTTATAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAAATAAAAGGGCTAACCCCAGATGAAGACAGGACATTTATAT  50

seq1  CACATATATCTAATAAAGGATGCATACTCAAGTGTTTAAAGAGGTTGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATATATCTAATAAAGGATGCATACTCAAGTGTTTAAAGAGGTTGAGA  100

seq1  GATGGATCAGTGGGTAAGAGCACTTGCTGCTATTGCAGTGGGCAGAGGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGATCAGTGGGTAAGAGCACTTGCTGCTATTGCAGTGGGCAGAGGAC  150

seq1  CCAGGTTCAGTTCCCACCACCCATGTGGTGGCAACACAACCATCTGTAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTTCAGTTCCCACCACCCATGTGGTGGCAACACAACCATCTGTAAC  200

seq1  TTCAATGTAGGGAAACTGACACCTTCATCTGGACTTTATGGGCACCAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATGTAGGGAAACTGACACCTTCATCTGGACTTTATGGGCACCAGGA  250

seq1  GCACATGTGGTGCGTATATATATATATATATATATATATATATATATATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATGTGGTGCGTATATATATATATATATATATATATATATATATATA  300

seq1  TATATATATATACACATATATATATATACACACATATATATATATACACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATATACACATATATATATATACACACATATATATATATACACA  350

seq1  CATATATATATACACATATATATACACCCTCATATACATCAAATAAATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATATATACACATATATATACACCCTCATATACATCAAATAAATAT  400

seq1  TTTTAAAGTATTTAAAGACTTTTATTTTGTTTTTCAAATATGTGTGTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAGTATTTAAAGACTTTTATTTTGTTTTTCAAATATGTGTGTGTG  450

seq1  TGTACGTGTGAGGTCTGGCTATGTGCATGTAATGCAGGTGCCTATTGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACGTGTGAGGTCTGGCTATGTGCATGTAATGCAGGTGCCTATTGAGG  500

seq1  CCAGACTCATCAGATTCCTTGAGCTGGAGTTGCAGAGAGTTGTGAGCCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACTCATCAGATTCCTTGAGCTGGAGTTGCAGAGAGTTGTGAGCCCC  550

seq1  CTGATAGCGATGCTGGGTTCTCCCATTTTCTAAGTTCTCTTAATTCTTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATAGCGATGCTGGGTTCTCCCATTTTCTAAGTTCTCTTAATTCTTAA  600

seq1  GTCATCTCTCTAGCCCTAAAAGCATTCTCATAAGTGAATAAGGGGTGGGG  650
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTCATCTCTCTAGCCCT-AAAGCATTCTCATAAGTGAATAA-GGGTGGGG  648

seq1  GGAATCAATTCAAAATTTAAAAGGGGCAAAAGAGGTTATACTTCATCA  698
      |||||| |||||||  || |||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GGAATC-ATTCAAA--TTTAAAGGGGC-AAAGAGGTTATACTTCATCA  692