BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-060D01
Chromosome9 (Build37)
Map Location 79,578,315 - 79,740,747
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCox7a2, Tmem30a, Filip1
Upstream geneLOC384957, EG666456, LOC436085, LOC235509, LOC666479, Col12a1
Downstream geneLOC100041218, LOC666490, Senp6, LOC100041249, Myo6, Impg1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-060D01.bB6Ng01-060D01.g
ACCDH881239DH881240
length1,1151,243
definitionDH881239|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-060D01, 5' end.DH881240|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-060D01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,739,623 - 79,740,747)(79,578,315 - 79,579,575)
sequence
gaattcataacggtagtaaaattacagttatgaagtagcaaaaagaattt
ttttatggggatcacctacagtagcaatgaaatacttttactgttggggg
taacaacaacatgaagatctgtcttaaagggtcacagcattaagaaggtt
gagaaccagtgtgttagaggaagattgtcatggataatgtggccacgtat
gtacagaaagtgaggctgcatttgcagtcataactggcctttttaaaagg
agacacagtgcatggtgttgaattgagggttaaaggtctgagtggctaca
gtgaacagacaaggtcaggaagcagacggtgtggtgaggaacagccagct
gggaagagctattgggctgaattattgggccaacagagaatgtttaagaa
agggctggagagactggagatctatggactcttggtccataggctttgat
gtgaagctgacataaccaacacagggtattgagtgtggtcttggaagcag
cagtgaaggtagttggagtcactggcattaaggaaaggtgaagttaggat
gttgactaagccttccattgaatgttgaaacccaggaggagggcagattt
ggaacagagaacaagtctgtatcattggtcaaaaatgaaagctggggaca
gcaggtcagcagatgactgcacagactggccaaagtatttgtcttgatta
tgtcattctgttgcttaagaatttgtgtgacagcctttattagactttat
tagatcgaaactgaaattgcttaggctggttggtacaatctgttaactat
ctaatccttagctatgaaaaggcattctgagtgttcctggaaagagccat
tcctatccagatatgcaggctgtacactctttcacatcattgacccacac
ttatcgatacaactcaaacactatcaccatcggaagggggaatttatctt
tttctctcatactgagaatacttgcaggaaacttggtctttggggaaatt
gtgtgtattatctgcgctttaaagccagcttatatttatttagtgactag
cagggctactcgttgttaaggttttataatccttaatctctccacacctg
cctctgtcctgctaa
gaattcattgcaactctgtctccagaacagagttggcagatggccaggaa
agcggctgcctatcccaacatctctgtatttgcaatcttttaaaggtgag
tagagcaaacgagcagtgacttacacacctagctgtgcctggaccacgaa
acacgccaagcaaactgatgatgccactgcaaagatcagatgctatggct
cctgctccaaagcaagcaaaatgggaggcatcttgggtccacgtgctgca
tggacccaagcaatgtcgagcatgtttccaggtgaaagggacacatcaaa
cgtatgacaggcaagatatgactattctcaagcatatgcttagagtcctt
gagaacacggccttacctttcaatactcttctcatgagggtcctaacatt
ggcaccttactactttggcaacgaagtttactgaaactcataggacactt
ggccttcacgtgtaacatcattttgacattgttctacctgaaaaccatgc
tttgagctagttggtccccagaaggtccccaggagacaaaggagcatgga
atcctcgcagatgacatcactcttgggcatgcatttttcctagcaagtta
ttgattccattaaaaaatttcccaacaacttacatttgatctttcctatc
ataaacgtcactgaaaagattacgtgacatcttttttaaataaacaaaca
ttacactggaaagtgggcaagaagagaaggcaaactaaatggagctataa
atagtcaggaactataggtttccaggaaaatctgggtgttttatcgatgg
ctgtatgggatcactagtatggacacagcgagtgcatcacagtactgacg
ccctctcaaacacccacaggctccctctaacactgcaggttcgcaagata
aaatttgagattcctctgttcccacagatcctaagacagaaaacaggctc
ctaccgcatcattctggactgtcatttcctgatcttattctttattcact
acttccaagacatcttcagcctgctgtcctgagactcaggtgtccaattc
tggctgtctatcctcaactccttagctaggcttctggaaatggtgctgaa
tacacctgttgagaattcatatcatttgcctccaggaattattttatcat
tctacgagaaataccttaaaatactcctagcaagttaattgagctggaaa
atacttggggaaatatatgtggaagagaaacagtgttttattc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_79739623_79740747
seq2: B6Ng01-060D01.b_46_1160 (reverse)

seq1  TTAGCAGAACAGAGGCAGGTGTTGGAGAG-TAAGGGATTATAAAAGACTT  49
      ||||||| ||||||||||||| ||||||| | | |||||||||||  |||
seq2  TTAGCAGGACAGAGGCAGGTG-TGGAGAGATTAAGGATTATAAAA-CCTT  48

seq1  AACAACGAAGGTAAGCCTCTGCTAGTCACTAAATAAATATAAGCTGGCTT  99
      ||||||||  || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACGA--GT-AGCC-CTGCTAGTCACTAAATAAATATAAGCTGGCTT  94

seq1  TAAAAAGCGCAGGATAATACACCACAATTTCCCCAAAGACCAAGTTTCCT  149
      |  |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T--AAAGCGCA-GATAATACA-CACAATTTCCCCAAAGACCAAGTTTCCT  140

seq1  GCAAGTATTCTCAGTATGAGAGAAAAAGATAAATTCCCCCTTCCGATGGT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTATTCTCAGTATGAGAGAAAAAGATAAATTCCCCCTTCCGATGGT  190

seq1  GATAGTGTTTGAGTTTGTATCGATAAGTGTGGGTCAATGATGTGAAAGAG  249
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTGTTTGAG-TTGTATCGATAAGTGTGGGTCAATGATGTGAAAGAG  239

seq1  TGTACAGCCTGCATATCTGGATAGGAATGGCTCTTTCCAGGAACACTCAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACAGCCTGCATATCTGGATAGGAATGGCTCTTTCCAGGAACACTCAG  289

seq1  AATGCCTTTTCATAGCTAAGGATTAGATAGTTAACAGATTGTACCAACCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCTTTTCATAGCTAAGGATTAGATAGTTAACAGATTGTACCAACCA  339

seq1  GCCTAAGCAATTTCAGTTTCGATCTAATAAAGTCTAATAAAGGCTGTCAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAAGCAATTTCAGTTTCGATCTAATAAAGTCTAATAAAGGCTGTCAC  389

seq1  ACAAATTCTTAAGCAACAGAATGACATAATCAAGACAAATACTTTGGCCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATTCTTAAGCAACAGAATGACATAATCAAGACAAATACTTTGGCCA  439

seq1  GTCTGTGCAGTCATCTGCTGACCTGCTGTCCCCAGCTTTCATTTTTGACC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTGCAGTCATCTGCTGACCTGCTGTCCCCAGCTTTCATTTTTGACC  489

seq1  AATGATACAGACTTGTTCTCTGTTCCAAATCTGCCCTCCTCCTGGGTTTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATACAGACTTGTTCTCTGTTCCAAATCTGCCCTCCTCCTGGGTTTC  539

seq1  AACATTCAATGGAAGGCTTAGTCAACATCCTAACTTCACCTTTCCTTAAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTCAATGGAAGGCTTAGTCAACATCCTAACTTCACCTTTCCTTAAT  589

seq1  GCCAGTGACTCCAACTACCTTCACTGCTGCTTCCAAGACCACACTCAATA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTGACTCCAACTACCTTCACTGCTGCTTCCAAGACCACACTCAATA  639

seq1  CCCTGTGTTGGTTATGTCAGCTTCACATCAAAGCCTATGGACCAAGAGTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTGTTGGTTATGTCAGCTTCACATCAAAGCCTATGGACCAAGAGTC  689

seq1  CATAGATCTCCAGTCTCTCCAGCCCTTTCTTAAACATTCTCTGTTGGCCC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGATCTCCAGTCTCTCCAGCCCTTTCTTAAACATTCTCTGTTGGCCC  739

seq1  AATAATTCAGCCCAATAGCTCTTCCCAGCTGGCTGTTCCTCACCACACCG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTCAGCCCAATAGCTCTTCCCAGCTGGCTGTTCCTCACCACACCG  789

seq1  TCTGCTTCCTGACCTTGTCTGTTCACTGTAGCCACTCAGACCTTTAACCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTCCTGACCTTGTCTGTTCACTGTAGCCACTCAGACCTTTAACCC  839

seq1  TCAATTCAACACCATGCACTGTGTCTCCTTTTAAAAAGGCCAGTTATGAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTCAACACCATGCACTGTGTCTCCTTTTAAAAAGGCCAGTTATGAC  889

seq1  TGCAAATGCAGCCTCACTTTCTGTACATACGTGGCCACATTATCCATGAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAATGCAGCCTCACTTTCTGTACATACGTGGCCACATTATCCATGAC  939

seq1  AATCTTCCTCTAACACACTGGTTCTCAACCTTCTTAATGCTGTGACCCTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTCCTCTAACACACTGGTTCTCAACCTTCTTAATGCTGTGACCCTT  989

seq1  TAAGACAGATCTTCATGTTGTTGTTACCCCCAACAGTAAAAGTATTTCAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACAGATCTTCATGTTGTTGTTACCCCCAACAGTAAAAGTATTTCAT  1039

seq1  TGCTACTGTAGGTGATCCCCATAAAAAAATTCTTTTTGCTACTTCATAAC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACTGTAGGTGATCCCCATAAAAAAATTCTTTTTGCTACTTCATAAC  1089

seq1  TGTAATTTTACTACCGTTATGAATTC  1125
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATTTTACTACCGTTATGAATTC  1115

seq1: chr9_79578315_79579575
seq2: B6Ng01-060D01.g_70_1312

seq1  GAATTCATTGCAACTCTGTCTCCAGAACAGAGTTGGCAGATGGCCAGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGCAACTCTGTCTCCAGAACAGAGTTGGCAGATGGCCAGGAA  50

seq1  AGCGGCTGCCTATCCCAACATCTCTGTATTTGCAATCTTTTAAAGGTGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGGCTGCCTATCCCAACATCTCTGTATTTGCAATCTTTTAAAGGTGAG  100

seq1  TAGAGCAAACGAGCAGTGACTTACACACCTAGCTGTGCCTGGACCACGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCAAACGAGCAGTGACTTACACACCTAGCTGTGCCTGGACCACGAA  150

seq1  ACACGCCAAGCAAACTGATGATGCCACTGCAAAGATCAGATGCTATGGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGCCAAGCAAACTGATGATGCCACTGCAAAGATCAGATGCTATGGCT  200

seq1  CCTGCTCCAAAGCAAGCAAAATGGGAGGCATCTTGGGTCCACGTGCTGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTCCAAAGCAAGCAAAATGGGAGGCATCTTGGGTCCACGTGCTGCA  250

seq1  TGGACCCAAGCAATGTCGAGCATGTTTCCAGGTGAAAGGGACACATCAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACCCAAGCAATGTCGAGCATGTTTCCAGGTGAAAGGGACACATCAAA  300

seq1  CGTATGACAGGCAAGATATGACTATTCTCAAGCATATGCTTAGAGTCCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTATGACAGGCAAGATATGACTATTCTCAAGCATATGCTTAGAGTCCTT  350

seq1  GAGAACACGGCCTTACCTTTCAATACTCTTCTCATGAGGGTCCTAACATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACACGGCCTTACCTTTCAATACTCTTCTCATGAGGGTCCTAACATT  400

seq1  GGCACCTTACTACTTTGGCAACGAAGTTTACTGAAACTCATAGGACACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACCTTACTACTTTGGCAACGAAGTTTACTGAAACTCATAGGACACTT  450

seq1  GGCCTTCACGTGTAACATCATTTTGACATTGTTCTACCTGAAAACCATGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTCACGTGTAACATCATTTTGACATTGTTCTACCTGAAAACCATGC  500

seq1  TTTGAGCTAGTTGGTCCCCAGAAGGTCCCCAGGAGACAAAGGAGCATGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGCTAGTTGGTCCCCAGAAGGTCCCCAGGAGACAAAGGAGCATGGA  550

seq1  ATCCTCGCAGATGACATCACTCTTGGGCATGCATTTTTCCTAGCAAGTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCGCAGATGACATCACTCTTGGGCATGCATTTTTCCTAGCAAGTTA  600

seq1  TTGATTCCATTAAAAAATTTCCCAACAACTTACATTTGATCTTTCCTATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTCCATTAAAAAATTTCCCAACAACTTACATTTGATCTTTCCTATC  650

seq1  ATAAACGTCACTGAAAAGATTACGTGACATCTTTTTTAAATAAACAAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACGTCACTGAAAAGATTACGTGACATCTTTTTTAAATAAACAAACA  700

seq1  TTACACTGGAAAGTGGGCAAGAAGAGAAGGCAAACTAAATGGAGCTATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACTGGAAAGTGGGCAAGAAGAGAAGGCAAACTAAATGGAGCTATAA  750

seq1  ATAGTCAGGAACTATAGGTTTCCAGGAAAATCTGGGTGTTTTATCGATGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCAGGAACTATAGGTTTCCAGGAAAATCTGGGTGTTTTATCGATGG  800

seq1  CTGTAATGGGATCACTAGTATGGACACAGCGAGTGCATCACAGTACTGAC  850
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGT-ATGGGATCACTAGTATGGACACAGCGAGTGCATCACAGTACTGAC  849

seq1  GCCCTCTCAAACACCCACAGGCTCCCTCTAACACTGCAGGTTCGCAAGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCTCAAACACCCACAGGCTCCCTCTAACACTGCAGGTTCGCAAGAT  899

seq1  AAAATTTGAGATTCCTCTGTTCCCACAGATCCTAAGACAGAAAACAGGCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AAAATTTGAGATTCCTCTGTTCCCACAGATCCTAAGACAGAAAACAGGCT  949

seq1  CCTACCGCATCATTCTGGACTGTCATTTCCTGATCTTATTCTTTATTCAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACCGCATCATTCTGGACTGTCATTTCCTGATCTTATTCTTTATTCAC  999

seq1  TAC-TCCAAGACATCCTCCAGCCTGCTGCCCTGAGACTCAGGTGCCCACA  1049
      ||| |||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||| ||| |
seq2  TACTTCCAAGACAT-CTTCAGCCTGCTGTCCTGAGACTCAGGTGTCCA-A  1047

seq1  TTCTGCCTGTCTATCCCCAACT-CTTAGCTAGGCTTCTGGAAAATGGTGC  1098
      ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTCTGGCTGTCTATCCTCAACTCCTTAGCTAGGCTTCTGG-AAATGGTGC  1096

seq1  TG-ATACACCTTGGTGAAAGAATCCTATCAAATTTGCTTCCAGGGGATTT  1147
      || ||||||| || ||| | | || ||||  |||||| ||||  ||| ||
seq2  TGAATACACC-TGTTGAGA-ATTCATATC--ATTTGCCTCCA--GGAATT  1140

seq1  ATTTTTACTATTTCAAGAAAATATCACTTTAAAAAAATTACTCTCTAGCA  1197
      | |||||  |||  | || || || || ||||||    ||||| ||||| 
seq2  A-TTTTATCATTCTACGAGAA-AT-ACCTTAAAA----TACTC-CTAGC-  1181

seq1  GAATGATAATTGAGCCTGAAATATTACTT-GGGAGATTTATTTGGTAGAG  1246
        | | |||||||||  |||  | ||||| |||| || ||| ||| ||||
seq2  --AAGTTAATTGAGCTGGAA--AATACTTGGGGAAATATATGTGGAAGAG  1227

seq1  AAA-TGTGTTTTATTC  1261
      |||  |||||||||||
seq2  AAACAGTGTTTTATTC  1243