BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-064J04
Chromosome9 (Build37)
Map Location 17,468,252 - 17,603,552
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC244710, LOC100040508
Upstream geneEG434373, LOC100040074, LOC100040090
Downstream geneEG665548, LOC665554, LOC665567, Chordc1, Naalad2, B020006M18Rik, Map1lc3-ps, Mbd3l2, Zfp558, Mbd3l1, Muc16, Olfr24
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-064J04.bB6Ng01-064J04.g
ACCDH884319DH884320
length1,1921,040
definitionDH884319|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-064J04, 5' end.DH884320|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-064J04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,468,252 - 17,469,473)(17,602,507 - 17,603,552)
sequence
gaattcaaagagtgacattattatcaccgtctaaaatctcatgactgcca
aatacatagagtaaaaagatccctctagaatttttctccttttactgtga
catcataccctcttctttcatgccaaacaagattgccaccacatatagat
ataaaataatttgccacctatgatttatgcccaaggattttgttaatctt
tttctttagtgatctagataagtatacctcttttacttcttttaaatatc
atagatacataagagaaaaattgcactaaatctaattatattgagatttt
ttttcttccattactatacatttttcaaagtgcacaatattcctataagg
ttggaaaggttagtatttctgttctcattttttaagatcaatagaagaag
atgaagatttaagtgacttgggccaaacaaatctatgaacccctgcgaca
tcagctggtgtggaggatggcaaattgtgtctcccacagagcagtgaaca
gctagaccaatggaggttaagagtgtgaaatgtaaatcaaaggaaagaac
agagagccagtgaagcagttgacagtttgcagtgacccagactctaatga
gcacagaatgtcaataaagatcatagcaagacagttgctgctatcatttt
gataattgtgtcttcccatctaaagagtaatagagtcctgaaacaaaata
agtcatacatgaagaagcaccttaaaggataaaagctgttctctttccta
cctaatgtaccatttacttgggaaatgaggaagagttttacaccatgaag
ttcaaaaggcactgctactgtgtttgaatagtgttcatagtacttccaat
gacttctttccaattccttatttaggtcatgtttggatatgtttatgaaa
cagaaatacaattgtggcctttactcaaagaacattggagtgattaatat
attatgccagatcttatgctttacaaactattccatttgtagtgatgtta
tgtgatgtatcatcttgtcatcttgactggattaggatcagctaatgaga
ttattctatgaatctttgagtgcattcctataagatttactgagcagtat
acctatcctaatgctgatggcagatcccattgactggatccttaactgac
taattagatgtagaggccagtgatacctaccctctcccccct
gaattccaagaaggagaagatgggtggcttgaacttatctggaacctgga
taggtcaggagaaaaagttttaagctcaaatatctataagcaggaatgag
ggtgatatgttttatgagctgggcagtcaagtagaatgtgagccacaaga
ggtaagatcacagaggtgtcctgagagcaaataggggaattcatcagttt
ctctcttcaaacactgacattttagagtagcagaggtcactataatgtaa
taagcacccccctcaaatgtgtaggtaagcatacagatattaaatcctgt
ttaatgtgtactctggtgctctgtctctatgagatgacatttattttgga
gtttcctataacaatttaacagacaaagcataagtaataaagccctccta
ctgtgtatatgggtaaggagaatcaatttgactagctataggcaatttaa
aaacaacaggaagtttcttaaagataattagcagactatgtatgcacaac
agtattgcagatagcttcctaactttctggaatcatagtagcttttccct
caataccaccttacttgcccataattccgtgtgatggaacatctatgccc
aggattttttctcaagccatatataccacccacttccaattccacactgc
taagtagtcatgctgtagaatgttcttcgatgcttcttaaattctcaaac
atgccttttaattaattgtttgagttcttaattaactttttcttgtgatg
ttgaagtttgagcccagggtttcatacatgctagataaatgttctcacac
attcagctacatttattgattctaatcctcctatctccatgcacagagcc
acgattcaaggatcattaatggacttttagctactaagaacactgcattc
actggaactgtatctatgtttcccctggtcctcaaagacgttctttatac
tattcagaactgaatatattttgatgattataattgcaggctgtcagggt
tggtaattgaccaggatgcacatgggtccctcagactgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_17468252_17469473
seq2: B6Ng01-064J04.b_41_1232

seq1  GAATTCAAAGAGTGACATTATTATCACCGTCTAAAATCTCATGACTGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGAGTGACATTATTATCACCGTCTAAAATCTCATGACTGCCA  50

seq1  AATACATAGAGTAAAAAGATCCCTCTAGAATTTTTCTCCTTTTACTGTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACATAGAGTAAAAAGATCCCTCTAGAATTTTTCTCCTTTTACTGTGA  100

seq1  CATCATACCCTCTTCTTTCATGCCAAACAAGATTGCCACCACATATAGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATACCCTCTTCTTTCATGCCAAACAAGATTGCCACCACATATAGAT  150

seq1  ATAAAATAATTTGCCACCTATGATTTATGCCCAAGGATTTTGTTAATCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATAATTTGCCACCTATGATTTATGCCCAAGGATTTTGTTAATCTT  200

seq1  TTTCTTTAGTGATCTAGATAAGTATACCTCTTTTACTTCTTTTAAATATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTAGTGATCTAGATAAGTATACCTCTTTTACTTCTTTTAAATATC  250

seq1  ATAGATACATAAGAGAAAAATTGCACTAAATCTAATTATATTGAGATTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATACATAAGAGAAAAATTGCACTAAATCTAATTATATTGAGATTTT  300

seq1  TTTTCTTCCATTACTATACATTTTTCAAAGTGCACAATATTCCTATAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTCCATTACTATACATTTTTCAAAGTGCACAATATTCCTATAAGG  350

seq1  TTGGAAAGGTTAGTATTTCTGTTCTCATTTTTTAAGATCAATAGAAGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAAGGTTAGTATTTCTGTTCTCATTTTTTAAGATCAATAGAAGAAG  400

seq1  ATGAAGATTTAAGTGACTTGGGCCAAACAAATCTATGAACCCCTGCGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGATTTAAGTGACTTGGGCCAAACAAATCTATGAACCCCTGCGACA  450

seq1  TCAGCTGGTGTGGAGGATGGCAAATTGTGTCTCCCACAGAGCAGTGAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTGGTGTGGAGGATGGCAAATTGTGTCTCCCACAGAGCAGTGAACA  500

seq1  GCTAGACCAATGGAGGTTAAGAGTGTGAAATGTAAATCAAAGGAAAGAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGACCAATGGAGGTTAAGAGTGTGAAATGTAAATCAAAGGAAAGAAC  550

seq1  AGAGAGCCAGTGAAGCAGTTGACAGTTTGCAGTGACCCAGACTCTAATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGCCAGTGAAGCAGTTGACAGTTTGCAGTGACCCAGACTCTAATGA  600

seq1  GCACAGAATGTCAATAAAGATCATAGCAAGACAGTTGCTGCTATCATTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGAATGTCAATAAAGATCATAGCAAGACAGTTGCTGCTATCATTTT  650

seq1  GATAATTGTGTCTTCCCATCTAAAGAGTAATAGAGTCCTGAAACAAAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATTGTGTCTTCCCATCTAAAGAGTAATAGAGTCCTGAAACAAAATA  700

seq1  AGTCATACATGAAGAAGCACCTTAAAGGATAAAAGCTGTTCTCTTTCCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATACATGAAGAAGCACCTTAAAGGATAAAAGCTGTTCTCTTTCCTA  750

seq1  CCTAATGTACCATTTACTTGGGAAATGAGGAAGAGTTTTACACCATGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAATGTACCATTTACTTGGGAAATGAGGAAGAGTTTTACACCATGAAG  800

seq1  TTCAAAAGGCACTGCTACTGTGTTTGAATAGTGTTCATAGTACTTCCAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAAGGCACTGCTACTGTGTTTGAATAGTGTTCATAGTACTTCCAAT  850

seq1  GACTTCTTTCCAATTCCTTATTTAGGTCATGTTTGGATATGTTTATGAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCTTTCCAATTCCTTATTTAGGTCATGTTTGGATATGTTTATGAAA  900

seq1  CAGAAATACAATTGTGGCCTTTACTCAAAGAACATTGGAGTGAATAAATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   
seq2  CAGAAATACAATTGTGGCCTTTACTCAAAGAACATTGGAGTGATTAA--T  948

seq1  ATATTATGCCAGAATTCTTATGCTTTACAAAACTATTCCATTTGTAGTGA  1000
      |||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| 
seq2  ATATTATGCCAGA--TCTTATGCTTTAC-AAACTATTCCATTTGTAGTG-  994

seq1  ATGTTAATGTGAATGTTAATCATCTTGTCATCTTGACTGGATTTAGGATC  1050
      ||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATGTT-ATGTG-ATGT--ATCATCTTGTCATCTTGACTGGA-TTAGGATC  1039

seq1  AGCTAAATGAAGATATATCTATGAAAATCTTTGAGTGCATTTCTATTAAG  1100
      |||| |||| ||||   ||||||  |||||||||||||||| ||| ||||
seq2  AGCT-AATG-AGATTATTCTATG--AATCTTTGAGTGCATTCCTA-TAAG  1084

seq1  ATTTAACTGAGACAGTAAAACCTATCCTAAATGCTGATGGCAGTATCCCA  1150
      |||| |||||| |||| | ||||||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  ATTT-ACTGAG-CAGT-ATACCTATCCT-AATGCTGATGGCAG-ATCCCA  1129

seq1  TTGACTGGAATCCTAAACTGACTAAAAATAGATAGTAAAGAAAGTCAGGT  1200
      |||||||| ||||| ||||||||  || ||||| ||| ||   | || ||
seq2  TTGACTGG-ATCCTTAACTGACT--AATTAGAT-GTAGAG---GCCA-GT  1171

seq1  AGTACCTACCCCTCTCCCCCCT  1222
        |||||| |||||||||||||
seq2  GATACCTA-CCCTCTCCCCCCT  1192

seq1: chr9_17602507_17603552
seq2: B6Ng01-064J04.g_68_1107 (reverse)

seq1  CACAGTCTGAGAGACCCATGTGCATCCTGGTCAATTTACCAACCCTGACA  50
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CACAGTCTGAGGGACCCATGTGCATCCTGGTCAA-TTACCAACCCTGACA  49

seq1  GCCTGCAATTATTAATCATCAAAATATATTCAGTTCTGAATAGTATAAAG  100
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCAATTA-TAATCATCAAAATATATTCAGTTCTGAATAGTATAAAG  98

seq1  AACGTCTTTGAGGACCAGGGGAAACATAGATACAGTT-CAGTGAATTGCA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
seq2  AACGTCTTTGAGGACCAGGGGAAACATAGATACAGTTCCAGTGAA-TGCA  147

seq1  GTGTTCTTAGTAGCTAAAAGTTCCATTATTGATCCTTGAATCGTGGCTCT  199
      |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCTTAGTAGCTAAAAG-TCCATTAATGATCCTTGAATCGTGGCTCT  196

seq1  GTGCATGGAAGATAGGAGGAATTAGAATCAATAAATGTAGCTGAATGTGT  249
      |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGG-AGATAGGAGG-ATTAGAATCAATAAATGTAGCTGAATGTGT  244

seq1  GAGAACATTTTATCTAGCATGTATGAAACCCTGGGCTCAAACTTCAACAT  299
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACA-TTTATCTAGCATGTATGAAACCCTGGGCTCAAACTTCAACAT  293

seq1  CACAAGAAAAAGTTAATTAAGAACTCAAACAATTAATTAAAAGGCATGTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGAAAAAGTTAATTAAGAACTCAAACAATTAATTAAAAGGCATGTT  343

seq1  TGAGAATTTAAGAAGCATCGAAGAACATTCTACAGCATGACTACTTAGCA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAATTTAAGAAGCATCGAAGAACATTCTACAGCATGACTACTTAGCA  393

seq1  GTGTGGAATTGGAAGTGGGTGGTATATATGGCTTGAGAAAAAATCCTGGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGAATTGGAAGTGGGTGGTATATATGGCTTGAGAAAAAATCCTGGG  443

seq1  CATAGATGTTCCATCACACGGAATTATGGGCAAGTAAGGTGGTATTGAGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGATGTTCCATCACACGGAATTATGGGCAAGTAAGGTGGTATTGAGG  493

seq1  GAAAAGCTACTATGATTCCAGAAAGTTAGGAAGCTATCTGCAATACTGTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGCTACTATGATTCCAGAAAGTTAGGAAGCTATCTGCAATACTGTT  543

seq1  GTGCATACATAGTCTGCTAATTATCTTTAAGAAACTTCCTGTTGTTTTTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATACATAGTCTGCTAATTATCTTTAAGAAACTTCCTGTTGTTTTTA  593

seq1  AATTGCCTATAGCTAGTCAAATTGATTCTCCTTACCCATATACACAGTAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCCTATAGCTAGTCAAATTGATTCTCCTTACCCATATACACAGTAG  643

seq1  GAGGGCTTTATTACTTATGCTTTGTCTGTTAAATTGTTATAGGAAACTCC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCTTTATTACTTATGCTTTGTCTGTTAAATTGTTATAGGAAACTCC  693

seq1  AAAATAAATGTCATCTCATAGAGACAGAGCACCAGAGTACACATTAAACA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAATGTCATCTCATAGAGACAGAGCACCAGAGTACACATTAAACA  743

seq1  GGATTTAATATCTGTATGCTTACCTACACATTTGAGGGGGGTGCTTATTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTAATATCTGTATGCTTACCTACACATTTGAGGGGGGTGCTTATTA  793

seq1  CATTATAGTGACCTCTGCTACTCTAAAATGTCAGTGTTTGAAGAGAGAAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATAGTGACCTCTGCTACTCTAAAATGTCAGTGTTTGAAGAGAGAAA  843

seq1  CTGATGAATTCCCCTATTTGCTCTCAGGACACCTCTGTGATCTTACCTCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGAATTCCCCTATTTGCTCTCAGGACACCTCTGTGATCTTACCTCT  893

seq1  TGTGGCTCACATTCTACTTGACTGCCCAGCTCATAAAACATATCACCCTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCTCACATTCTACTTGACTGCCCAGCTCATAAAACATATCACCCTC  943

seq1  ATTCCTGCTTATAGATATTTGAGCTTAAAACTTTTTCTCCTGACCTATCC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTGCTTATAGATATTTGAGCTTAAAACTTTTTCTCCTGACCTATCC  993

seq1  AGGTTCCAGATAAGTTCAAGCCACCCATCTTCTCCTTCTTGGAATTC  1046
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCCAGATAAGTTCAAGCCACCCATCTTCTCCTTCTTGGAATTC  1040