BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-074A22
Chromosome9 (Build37)
Map Location 74,949,361 - 75,104,480
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMyo5a, Myo5c
Upstream geneWdr72, Nr1h2-ps, LOC100040764, Onecut1, BC031353, Arpp19, LOC100040812, LOC677501
Downstream geneGnb5, Bcl2l10, LOC384954, Mapk6, Leo1, EG666190, LOC100042070, Tmod3, Tmod2, Lysmd2, Scg3, LOC100042107, Bmp5, EG620071, Hmgcll1, Gfral, Hcrtr2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-074A22.bB6Ng01-074A22.g
ACCDH891011DH891012
length1,0711,065
definitionDH891011|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-074A22, 5' end.DH891012|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-074A22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,103,394 - 75,104,480)(74,949,361 - 74,950,427)
sequence
gaattctttcctttctaagattctgctgcaatggcaaccctggtgcaaca
gtgctcagggtggctgggtgggaaccatgttcactctatgagagtttggc
aggaaaagatcagagctgcaatcacattatactcagctctcccaatatcc
cagtcatctgaggaccggcaaagtctgcaaggcctggacacgggtggagg
gaggggcagttttgagttggaggagggcaagaagtagaccccagcccacc
tggtaccctggagagcaggagagctgtggagaggagtgagacccactgcc
taccctcagcctatggtaggtaaacttcctactttctccagaccccacct
cctgtgaggtcaggacttcctgtttggtctgatgatgtttcacagagctt
acagctatccctggcacatgataggctccatagatgttgttgaataaaag
aacatatagcagagcccccaacacacacgtgtgtgcacatacgcgcgcgc
acacgcacacacacacacactcatgcacacactcatgcacacacacactc
atggcacacatgtactgtgacaagggaataagacaacccctggaaagctt
tcttcctcgttcctgctaaaccagtctgtctagcaggtccaagcatggct
ggtctcaaccgtggtggccagtgagccatgagctgtgccccactgacctt
cacacccaggaagcgcaaagcgaacatgaatcttacactgactgaagacc
tctcgttgcccaccgtggtgacctgcacattgcccaggtgcaggatggca
gctaggatcttaaaaacatccatttgaaaatctttcttgaatcctggaaa
gtaaacattccccaagtcaaggcattgctagacagcacctagaggcttct
aagactctccagttgcagtgccaggagttggggcaggggcgtgaagcagc
ttttcttgggacaggagtgtgagtgagcttttttggatagggtgtgaagt
gagattcatggacagtgtgtgaaggagctgtcacggacagagtttggaat
ggccttgtggacagggtgtaa
gaattccaggtgctgctggacttgtccttagaaggagagacgaagtttaa
cctgtaacctggccacaggctttgtgactacctcagagtggcagaggtgg
gggttgtaaggttacctgtgttaggacatgcaagggcagggtgctgggtg
ggaatcctccccctgccaaactcaggatgagatttcgggggtttggacac
gccccaaccccacctgtgtttcagacccccaggcccaagtatgagtggat
tttagtaacttggaggctttttgtgtttatgtattttctgcttatcttca
aagaaacctcctattatgacatgtttcgtttgggctgccggctttgtagt
tctaggcatagccatctgggttactgtttttaatttatgcttctactcaa
cagctacattattattttttaagatttatttatttattatatgtaagtat
gctgtagctgtctttagacaccccagaagagggcgtcagatctcattacg
gatagttgtgagccactatgtgattgctgggatttgaactcaggaccttc
agaagagcagtcagtactcttacctgctgagccatttctccagccccagc
tacattatttttaaattaaatcctatgaattgtttaatggctttctattt
tactatagcattctatgtaagttctgagtttcctcaattcattagtttca
ctcactcagtagatatctcatatgcatctactgtgctaagcactgggcca
ggcatggggtttgatgccaaaagataaaggaacactgccctaaggagatt
atagtctagtcagagggacctgtgaaaagatagcataaaaataaaaacta
ggtattttagaagatgtacttaggaggtcctaccttgatgggccaagact
ttctgggggtcataacacttaaaccaagttttgttttataagttaattta
ttttttacactccatatttatccccccccccattcaccctctgactgtca
caatcccatacctccttccatccctctgtctccacatggggtgtcccatg
ccccacccatctgat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_75103394_75104480
seq2: B6Ng01-074A22.b_45_1115 (reverse)

seq1  TTACACCCCTGTCCCACAAAAAGCCCACTCCAAACTCTTGTCCCGTGACA  50
      ||||| ||||||||    | ||| ||| ||||||||| ||| ||||||| 
seq2  TTACA-CCCTGTCC----ACAAGGCCATTCCAAACTC-TGT-CCGTGAC-  42

seq1  AGCTCCCTTCACACACCTGTTCCATGAAATCTCACTTCACACCCCTATCC  100
      |||| |||||||||| ||| |||||| |||||||||||||| |||||| |
seq2  AGCT-CCTTCACACA-CTG-TCCATG-AATCTCACTTCACA-CCCTAT-C  86

seq1  CAAAAAAGCTCACTTCACACTCCTGTCCCAAGAAAAGCCTGCTTCACGCC  150
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CAAAAAAGCTCAC-TCACACTCCTGTCCCAAGAAAAG-CTGCTTCACGCC  134

seq1  CCTGCCCCAACTCCTGGCACTGCAACTGGAGAGTCTTAGAAGCCTCTAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCCCAACTCCTGGCACTGCAACTGGAGAGTCTTAGAAGCCTCTAGG  184

seq1  TGCTGTCTAGCAATGCCTTGACTTGGGGAATGTTTACTTTCCAGGATTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTCTAGCAATGCCTTGACTTGGGGAATGTTTACTTTCCAGGATTCA  234

seq1  AGAAAGATTTTCAAATGGATGTTTTTAAGATCCTAGCTGCCATCCTGCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGATTTTCAAATGGATGTTTTTAAGATCCTAGCTGCCATCCTGCAC  284

seq1  CTGGGCAATGTGCAGGTCACCACGGTGGGCAACGAGAGGTCTTCAGTCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCAATGTGCAGGTCACCACGGTGGGCAACGAGAGGTCTTCAGTCAG  334

seq1  TGTAAGATTCATGTTCGCTTTGCGCTTCCTGGGTGTGAAGGTCAGTGGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGATTCATGTTCGCTTTGCGCTTCCTGGGTGTGAAGGTCAGTGGGG  384

seq1  CACAGCTCATGGCTCACTGGCCACCACGGTTGAGACCAGCCATGCTTGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCTCATGGCTCACTGGCCACCACGGTTGAGACCAGCCATGCTTGGA  434

seq1  CCTGCTAGACAGACTGGTTTAGCAGGAACGAGGAAGAAAGCTTTCCAGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTAGACAGACTGGTTTAGCAGGAACGAGGAAGAAAGCTTTCCAGGG  484

seq1  GTTGTCTTATTCCCTTGTCACAGTACATGTGTGCCATGAGTGTGTGTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTCTTATTCCCTTGTCACAGTACATGTGTGCCATGAGTGTGTGTGTG  534

seq1  CATGAGTGTGTGCATGAGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGCGCGCGCGTATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGTGTGTGCATGAGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGCGCGCGCGTATG  584

seq1  TGCACACACGTGTGTGTTGGGGGCTCTGCTATATGTTCTTTTATTCAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACACGTGTGTGTTGGGGGCTCTGCTATATGTTCTTTTATTCAACA  634

seq1  ACATCTATGGAGCCTATCATGTGCCAGGGATAGCTGTAAGCTCTGTGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTATGGAGCCTATCATGTGCCAGGGATAGCTGTAAGCTCTGTGAAA  684

seq1  CATCATCAGACCAAACAGGAAGTCCTGACCTCACAGGAGGTGGGGTCTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATCAGACCAAACAGGAAGTCCTGACCTCACAGGAGGTGGGGTCTGG  734

seq1  AGAAAGTAGGAAGTTTACCTACCATAGGCTGAGGGTAGGCAGTGGGTCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGTAGGAAGTTTACCTACCATAGGCTGAGGGTAGGCAGTGGGTCTC  784

seq1  ACTCCTCTCCACAGCTCTCCTGCTCTCCAGGGTACCAGGTGGGCTGGGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTCTCCACAGCTCTCCTGCTCTCCAGGGTACCAGGTGGGCTGGGGT  834

seq1  CTACTTCTTGCCCTCCTCCAACTCAAAACTGCCCCTCCCTCCACCCGTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTCTTGCCCTCCTCCAACTCAAAACTGCCCCTCCCTCCACCCGTGT  884

seq1  CCAGGCCTTGCAGACTTTGCCGGTCCTCAGATGACTGGGATATTGGGAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCCTTGCAGACTTTGCCGGTCCTCAGATGACTGGGATATTGGGAGA  934

seq1  GCTGAGTATAATGTGATTGCAGCTCTGATCTTTTCCTGCCAAACTCTCAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGTATAATGTGATTGCAGCTCTGATCTTTTCCTGCCAAACTCTCAT  984

seq1  AGAGTGAACATGGTTCCCACCCAGCCACCCTGAGCACTGTTGCACCAGGG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGAACATGGTTCCCACCCAGCCACCCTGAGCACTGTTGCACCAGGG  1034

seq1  TTGCCATTGCAGCAGAATCTTAGAAAGGAAAGAATTC  1087
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCATTGCAGCAGAATCTTAGAAAGGAAAGAATTC  1071

seq1: chr9_74949361_74950427
seq2: B6Ng01-074A22.g_65_1129

seq1  GAATTCCAGGTGCTGCTGGACTTGTCCTTAGAAGGAGAGACGAAGTTTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGTGCTGCTGGACTTGTCCTTAGAAGGAGAGACGAAGTTTAA  50

seq1  CCTGTAACCTGGCCACAGGCTTTGTGACTACCTCAGAGTGGCAGAGGTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAACCTGGCCACAGGCTTTGTGACTACCTCAGAGTGGCAGAGGTGG  100

seq1  GGGTTGTAAGGTTACCTGTGTTAGGACATGCAAGGGCAGGGTGCTGGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGTAAGGTTACCTGTGTTAGGACATGCAAGGGCAGGGTGCTGGGTG  150

seq1  GGAATCCTCCCCCTGCCAAACTCAGGATGAGATTTCGGGGGTTTGGACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCCTCCCCCTGCCAAACTCAGGATGAGATTTCGGGGGTTTGGACAC  200

seq1  GCCCCAACCCCACCTGTGTTTCAGACCCCCAGGCCCAAGTATGAGTGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCAACCCCACCTGTGTTTCAGACCCCCAGGCCCAAGTATGAGTGGAT  250

seq1  TTTAGTAACTTGGAGGCTTTTTGTGTTTATGTATTTTCTGCTTATCTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTAACTTGGAGGCTTTTTGTGTTTATGTATTTTCTGCTTATCTTCA  300

seq1  AAGAAACCTCCTATTATGACATGTTTCGTTTGGGCTGCCGGCTTTGTAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAACCTCCTATTATGACATGTTTCGTTTGGGCTGCCGGCTTTGTAGT  350

seq1  TCTAGGCATAGCCATCTGGGTTACTGTTTTTAATTTATGCTTCTACTCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGCATAGCCATCTGGGTTACTGTTTTTAATTTATGCTTCTACTCAA  400

seq1  CAGCTACATTATTATTTTTTAAGATTTATTTATTTATTATATGTAAGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTACATTATTATTTTTTAAGATTTATTTATTTATTATATGTAAGTAT  450

seq1  GCTGTAGCTGTCTTTAGACACCCCAGAAGAGGGCGTCAGATCTCATTACG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTAGCTGTCTTTAGACACCCCAGAAGAGGGCGTCAGATCTCATTACG  500

seq1  GATAGTTGTGAGCCACTATGTGATTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTTGTGAGCCACTATGTGATTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTTC  550

seq1  AGAAGAGCAGTCAGTACTCTTACCTGCTGAGCCATTTCTCCAGCCCCAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAGCAGTCAGTACTCTTACCTGCTGAGCCATTTCTCCAGCCCCAGC  600

seq1  TACATTATTTTTAAATTAAATCCTATGAATTGTTTAATGGCTTTCTATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTATTTTTAAATTAAATCCTATGAATTGTTTAATGGCTTTCTATTT  650

seq1  TACTATAGCATTCTATGTAAGTTCTGAGTTTCCTCAATTCATTAG-TTCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TACTATAGCATTCTATGTAAGTTCTGAGTTTCCTCAATTCATTAGTTTCA  700

seq1  CTCACTCAGTAGATATCTCATATGCATCTACTGTGCTAAGCACTGGGCCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTCAGTAGATATCTCATATGCATCTACTGTGCTAAGCACTGGGCCA  750

seq1  GGCATGGGG-TTGATGCCAAAAGATAAAGGAACACTGCCCTAAGGAGATT  798
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGGGGTTTGATGCCAAAAGATAAAGGAACACTGCCCTAAGGAGATT  800

seq1  ATAGTCTAGTCAGAGGGACCTGTGAAAAGATAGCATAAAAATAAAAACTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCTAGTCAGAGGGACCTGTGAAAAGATAGCATAAAAATAAAAACTA  850

seq1  GGTATTTTAGAAGATGTACTTAGGAGGTCCTACCTTGAT-GGCCAAGACT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GGTATTTTAGAAGATGTACTTAGGAGGTCCTACCTTGATGGGCCAAGACT  900

seq1  TTCTGGGGGTCATAACACTTAAACCAAGTTTTGTTTTATAAGTTAATTTA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGGGGTCATAACACTTAAACCAAGTTTTGTTTTATAAGTTAATTTA  950

seq1  TTTTTTACACTCCATATTTTATCCCCCCCCCCATTCACCCTCTGACTGTT  997
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTTTTTACACTCCATA-TTTATCCCCCCCCCCATTCACCCTCTGACTGTC  999

seq1  CCACATCCCATACCTCCTCCCCATCCCTCCTGTCTCCACAT-GGGTGTCC  1046
       || ||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||||| |
seq2  ACA-ATCCCATACCTCCT-TCCATCCCT-CTGTCTCCACATGGGGTGT-C  1045

seq1  CCATGCCCCACCCCATCTGAT  1067
      |||||||||| ||||||||||
seq2  CCATGCCCCA-CCCATCTGAT  1065