BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-074E07
Chromosome9 (Build37)
Map Location 43,486,057 - 43,623,668
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC384931, Pvrl1
Upstream geneGrik4, Arhgef12, LOC545339, Tmem136, Pou2f3, LOC628726, Oaf, D630033O11Rik, Trim29
Downstream geneLOC100042548, Thy1, Usp2, Mfrp, Rnf26, LOC100042569, Mcam, Cbl, BC038167, Pdzd3, Nlrx1, Abcg4, Mizf, Tmem24, Dpagt1, H2afx, Hmbs, Vps11, LOC100043172, Hyou1, LOC100043178, Slc37a4, Trappc4, Rps25, Ccdc84, Foxr1, Upk2, Bcl9l, Blr1, Ddx6, LOC667406, LOC100042660, Treh, Phldb1, Arcn1, 1500035H01Rik, Tmem25, BC021608, Mll1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-074E07.bB6Ng01-074E07.g
ACCDH891163DH891164
length1,0951,129
definitionDH891163|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-074E07, 5' end.DH891164|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-074E07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,622,573 - 43,623,668)(43,486,057 - 43,487,188)
sequence
gaattcctatttcttttttaaattaatttttgcagtgcaggggagtcaaa
ccctaggccttttccatactaggcaaaggttccttcatgagctatagccc
caggttccccacttgtacagatgaaactttggggagcacccagaagtctt
tgctctgaagtaaatatagccttttctttctgtagttagtcccagccccg
cactaatgaagttggagcagtacgcagatcctagctaccgaggctacaca
tgccagctactgtacctagctggaagctggaatgaaaatatcaagggggt
ggttgtcaccacggcttgtcctatgtagagtacagtataaatcatcatcc
tttgatgagtgtcctaatagctaatgtcctaattagggggacaaatagag
ctaaaagctatggtaagaaatgatattatcttggctaagcctgactgagc
atcccatcagtccagggatataagttgaatgctgggaaaggagattgatc
cacacagccacctgtggtgggtaccacccagatcggctcgccaaacagct
agctctatgaaccatctttagtcattccaagcttgtggacatagattgag
acaaagctcaaggacatctagcagtgtgcataggtccctaccgctgacac
ttggttctgtctgctgcttttcaccgcattttgcacacgttcacagtgag
catgtgtggcgagcagaacccaggagcaaatcacctccccaaaagatggc
tatagggtaaagtgctggccctgatcattgagataaaatgtagccgagct
gcatgaaaaccaccacaggcgatgcagataggcagccctagtataatagg
tcaagggagaccatgttagagcaagcacacatgaagattcatccatctgt
ctgtccatctacccacccatccatccatcatcctttactccctgatactc
atccatccaccattcatctaatccatccattcacccattctttgctcttc
tttcctcctactgttgggggagggttttgtgcaccgtgcagtccgaagct
gaattttcatgcccagagatctgggtgtgagtccgaactaggcat
gaattcaaaggtcacactcttcccccaaactccatcccctcccctctttc
ctcatctcagggtttctccagggaatcactagacaagcaggcatcctctg
ccaccatcactgtcctagctgggaggtggccttgctcttcccatggactc
ccacgtgctcctgaagaaccaggccaagctctgccacatatcagatcctt
ggacagcagaggtgtggtggctaaggagtgggtggcctctggcataggag
cttggctagaaataccaagggtcgatagaaagtgaccagcagcccagtgg
gcaggggaaatgaagaggcttagactgctaagagatgcacaagaaaccaa
agcgccctccttggagataaggatacacaacagtccagcttgtcacctcc
aagcctaagctctgtatgtgtatgttcaagtggtggctcatttgcaccag
ccagacccctacttgatgaagagagaaacagtactgaactcaaaggattg
tctgagagcctcagttaaataaatgctataaaaataaaatgtagctaaaa
ataagccagttgtactgacacacaccgttgatcccagcacttggaaggta
aagattattcctcagtagtttgaagctggtctgggctacctgaaaccctg
tctccaaagatgaaacaagcaaacagacacgcagcaaaaacaacggacag
tgacaacagtctgggaacaactgacaaactacctgtcccttgtcccttgc
ctccagatacacagaaagggtagcagagaagggacaagcagagcctggcc
actccgtgtggtggcctcctgagaaggtggattgaaccagatgaaggtac
agggcagcaagggtcaggtcaggtacgagggacaggcagtgtcagataac
tgctcctccaagacagaggacagacctcttgctctcagcttggctccctt
cccccagcagtagtgtatcaaggcaggaccccttttttttcttagctctg
ctcttgtcttggtgactatcactgaacctggcattcagtagaagatttgg
gccaaagcccactgcagggccaggcgggaagaagctgaggcactccccca
gaagatgcttaccgaactgagctggatta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_43622573_43623668
seq2: B6Ng01-074E07.b_48_1142 (reverse)

seq1  ATGCCTAGGTCGGACT-ACAACCAGATCTCTGGGCATGAAAA-TCAGCAT  48
      |||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| |
seq2  ATGCCTAGTTCGGACTCACACCCAGATCTCTGGGCATGAAAATTCAGCTT  50

seq1  CTGAATGCACGGTGCACAAAACCCTCCCCCAACAGGTAGGGAGGAAAGAA  98
      | || ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
seq2  CGGACTGCACGGTGCACAAAACCCTCCCCCAACA-GTA-GGAGGAAAGAA  98

seq1  GAGCAAAGAATGGGTGAATGGATGGATTAGATGAATGGTGGATGGATGAG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAAGAATGGGTGAATGGATGGATTAGATGAATGGTGGATGGATGAG  148

seq1  TATCAGGGAGTAAAAGGATGATGGATGGATGGGTGGGTAGATGGACAGAC  198
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGGGAGT-AAAGGATGATGGATGGATGGGTGGGTAGATGGACAGAC  197

seq1  AGATGGATGAATCTTCATGTGTGCTTGCTCTAACATGGTCTCCCTTGACC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGATGAATCTTCATGTGTGCTTGCTCTAACATGGTCTCCCTTGACC  247

seq1  TATTATACTAGGGCTGCCTATCTGCATCGCCTGTGGTGGTTTTCATGCAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATACTAGGGCTGCCTATCTGCATCGCCTGTGGTGGTTTTCATGCAG  297

seq1  CTCGGCTACATTTTATCTCAATGATCAGGGCCAGCACTTTACCCTATAGC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGCTACATTTTATCTCAATGATCAGGGCCAGCACTTTACCCTATAGC  347

seq1  CATCTTTTGGGGAGGTGATTTGCTCCTGGGTTCTGCTCGCCACACATGCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTTTGGGGAGGTGATTTGCTCCTGGGTTCTGCTCGCCACACATGCT  397

seq1  CACTGTGAACGTGTGCAAAATGCGGTGAAAAGCAGCAGACAGAACCAAGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGAACGTGTGCAAAATGCGGTGAAAAGCAGCAGACAGAACCAAGT  447

seq1  GTCAGCGGTAGGGACCTATGCACACTGCTAGATGTCCTTGAGCTTTGTCT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCGGTAGGGACCTATGCACACTGCTAGATGTCCTTGAGCTTTGTCT  497

seq1  CAATCTATGTCCACAAGCTTGGAATGACTAAAGATGGTTCATAGAGCTAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTATGTCCACAAGCTTGGAATGACTAAAGATGGTTCATAGAGCTAG  547

seq1  CTGTTTGGCGAGCCGATCTGGGTGGTACCCACCACAGGTGGCTGTGTGGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGGCGAGCCGATCTGGGTGGTACCCACCACAGGTGGCTGTGTGGA  597

seq1  TCAATCTCCTTTCCCAGCATTCAACTTATATCCCTGGACTGATGGGATGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCTCCTTTCCCAGCATTCAACTTATATCCCTGGACTGATGGGATGC  647

seq1  TCAGTCAGGCTTAGCCAAGATAATATCATTTCTTACCATAGCTTTTAGCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCAGGCTTAGCCAAGATAATATCATTTCTTACCATAGCTTTTAGCT  697

seq1  CTATTTGTCCCCCTAATTAGGACATTAGCTATTAGGACACTCATCAAAGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTGTCCCCCTAATTAGGACATTAGCTATTAGGACACTCATCAAAGG  747

seq1  ATGATGATTTATACTGTACTCTACATAGGACAAGCCGTGGTGACAACCAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGATTTATACTGTACTCTACATAGGACAAGCCGTGGTGACAACCAC  797

seq1  CCCCTTGATATTTTCATTCCAGCTTCCAGCTAGGTACAGTAGCTGGCATG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTGATATTTTCATTCCAGCTTCCAGCTAGGTACAGTAGCTGGCATG  847

seq1  TGTAGCCTCGGTAGCTAGGATCTGCGTACTGCTCCAACTTCATTAGTGCG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCCTCGGTAGCTAGGATCTGCGTACTGCTCCAACTTCATTAGTGCG  897

seq1  GGGCTGGGACTAACTACAGAAAGAAAAGGCTATATTTACTTCAGAGCAAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGGGACTAACTACAGAAAGAAAAGGCTATATTTACTTCAGAGCAAA  947

seq1  GACTTCTGGGTGCTCCCCAAAGTTTCATCTGTACAAGTGGGGAACCTGGG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCTGGGTGCTCCCCAAAGTTTCATCTGTACAAGTGGGGAACCTGGG  997

seq1  GCTATAGCTCATGAAGGAACCTTTGCCTAGTATGGAAAAGGCCTAGGGTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATAGCTCATGAAGGAACCTTTGCCTAGTATGGAAAAGGCCTAGGGTT  1047

seq1  TGACTCCCCTGCACTGCAAAAATTAATTTAAAAAAGAAATAGGAATTC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCCCCTGCACTGCAAAAATTAATTTAAAAAAGAAATAGGAATTC  1095

seq1: chr9_43486057_43487188
seq2: B6Ng01-074E07.g_72_1200

seq1  GAATTCAAAGGTCACACTCTTCCCCCAAACTCCATCCCCTCCCCTCTTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGGTCACACTCTTCCCCCAAACTCCATCCCCTCCCCTCTTTC  50

seq1  CTCATCTCAGGGTTTCTCCAGGGAATCACTAGACAAGCAGGCATCCTCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCTCAGGGTTTCTCCAGGGAATCACTAGACAAGCAGGCATCCTCTG  100

seq1  CCACCATCACTGTCCTAGCTGGGAGGTGGCCTTGCTCTTCCCATGGACTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCATCACTGTCCTAGCTGGGAGGTGGCCTTGCTCTTCCCATGGACTC  150

seq1  CCACGTGCTCCTGAAGAACCAGGCCAAGCTCTGCCACATATCAGATCCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGTGCTCCTGAAGAACCAGGCCAAGCTCTGCCACATATCAGATCCTT  200

seq1  GGACAGCAGAGGTGTGGTGGCTAAGGAGTGGGTGGCCTCTGGCATAGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGCAGAGGTGTGGTGGCTAAGGAGTGGGTGGCCTCTGGCATAGGAG  250

seq1  CTTGGCTAGAAATACCAAGGGTCGATAGAAAGTGACCAGCAGCCCAGTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCTAGAAATACCAAGGGTCGATAGAAAGTGACCAGCAGCCCAGTGG  300

seq1  GCAGGGGAAATGAAGAGGCTTAGACTGCTAAGAGATGCACAAGAAACCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGGAAATGAAGAGGCTTAGACTGCTAAGAGATGCACAAGAAACCAA  350

seq1  AGCGCCCTCCTTGGAGATAAGGATACACAACAGTCCAGCTTGTCACCTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGCCCTCCTTGGAGATAAGGATACACAACAGTCCAGCTTGTCACCTCC  400

seq1  AAGCCTAAGCTCTGTATGTGTATGTTCAAGTGGTGGCTCATTTGCACCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTAAGCTCTGTATGTGTATGTTCAAGTGGTGGCTCATTTGCACCAG  450

seq1  CCAGACCCCTACTTGATGAAGAGAGAAACAGTACTGAACTCAAAGGATTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACCCCTACTTGATGAAGAGAGAAACAGTACTGAACTCAAAGGATTG  500

seq1  TCTGAGAGCCTCAGTTAAATAAATGCTATAAAAATAAAATGTAGCTAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGAGCCTCAGTTAAATAAATGCTATAAAAATAAAATGTAGCTAAAA  550

seq1  ATAAGCCAGTTGTACTGACACACACCGTTGATCCCAGCACTTGGAAGGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCCAGTTGTACTGACACACACCGTTGATCCCAGCACTTGGAAGGTA  600

seq1  AAGATTATTCCTCAGTAGTTTGAAGCTGGTCTGGGCTACCTGAAACCCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTATTCCTCAGTAGTTTGAAGCTGGTCTGGGCTACCTGAAACCCTG  650

seq1  TCTCCAAAGATGAAACAAGCAAACAGACACGCAGCAAAAACAACGGACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAAAGATGAAACAAGCAAACAGACACGCAGCAAAAACAACGGACAG  700

seq1  TGACAACAGTCTGGGAACAACTGACAAACTACCTGTCCCTTGTCCCTTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAACAGTCTGGGAACAACTGACAAACTACCTGTCCCTTGTCCCTTGC  750

seq1  CTCCAGATACACAGAAAGGGTAGCAGAGAAGGGACAAGCAGAGCCTGGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGATACACAGAAAGGGTAGCAGAGAAGGGACAAGCAGAGCCTGGCC  800

seq1  ACTCCGTGTGGTGGCCTCCTGAGAAGGTGGATTGAACCAGATGAAGGTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCGTGTGGTGGCCTCCTGAGAAGGTGGATTGAACCAGATGAAGGTAC  850

seq1  AGGGCAGCAAGGGTCAGGGTCAGGTACGAGGGACAGGCAGTGTCAGATAA  900
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAGCAAGGGTCA-GGTCAGGTACGAGGGACAGGCAGTGTCAGATAA  899

seq1  CTGCTCCTCCAGGACAGAGGACAAGACCTCTTGCTCTCAGCTTGGCTCCC  950
      ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCCTCCAAGACAGAGGAC-AGACCTCTTGCTCTCAGCTTGGCTCCC  948

seq1  TTCCCCCAGCAGTTAGTGTATCAAGGCAGGGCCCCCTTTTTTTCTTAGCT  1000
      |||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
seq2  TTCCCCCAGCAG-TAGTGTATCAAGGCAGGACCCCTTTTTTTTCTTAGCT  997

seq1  CTGCTCTTGTCTTGGTGACTATCACTGAACCTGGCATTCAGTAGAAGATT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTTGTCTTGGTGACTATCACTGAACCTGGCATTCAGTAGAAGATT  1047

seq1  TGGG-CAAAGCCCACTGGCAGGGGCCAGGCGGGAAAGAAGCTGAGGCACT  1099
      |||| ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TGGGCCAAAGCCCACT-GCA-GGGCCAGGCGGG-AAGAAGCTGAGGCACT  1094

seq1  CACCCAGAAGATGC-TAACGAACTGAGC-CGATTA  1132
      | |||||||||||| || ||||||||||  |||||
seq2  CCCCCAGAAGATGCTTACCGAACTGAGCTGGATTA  1129