BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-077N24
Chromosome9 (Build37)
Map Location 61,363,805 - 61,479,427
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG384942, Lrrc49, Larp6, LOC100040447, Uaca, ENSMUSG00000052143, A430102L10, LOC100040481, Tle3, LOC100039851
Downstream geneRplp1, Kif23, Paqr5, Glce, Spesp1, LOC100039897, Anp32a, Coro2b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-077N24.bB6Ng01-077N24.g
ACCDH893735DH893736
length5371,068
definitionDH893735|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077N24, 5' end.DH893736|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077N24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(61,478,885 - 61,479,427)(61,363,805 - 61,364,871)
sequence
tcaattgactagcacagagcagggggtgcaggatggggttgggagcgggg
gctcaagatgagtcacagtgacacgttatgtagcttgggggaccttggag
aaagcagagcttacttacctccctcattttgaaaaaaaaaaaaaaggcaa
gtgaggccagaaataaattgtcagaattcagaattgcaccgtgagtcagg
tttgtcctgatggctcagctggttgcttttcttataccccgaccatcgat
ggcggaatttgccggttgcaagagcagtacagaaagtgtgtttgtagtgt
aggagcagctaagccgagcatctgtgtgcatcatggggaaccatccagga
agctgttggctcctgatgcatactgggggcgggaggggacagacattgtc
ttcaatcctgtagccatctggttccaatggataatttcacacccatgttc
ctgtatgtagatagccctggttcaattcaactagtcacaagctgaagcaa
aatggctagaagggagatgaggaagggtgggaggggt
gaattccattagttctaagactatgacctgttcactggcatccctgagtc
aagagcccagcacatgaaggaatttgggagtcaccatttggcaggaggtg
gacagtaaccatcgggatgtgattattcttatatctggaatcaaggaagc
aggtagctgcagccagctgatacgtgcatgtgtctgagttttgacaagta
acagaggagttgcagcatccacagatagtgcaagaagggtgggatgacac
aggctcaagtccctcagggatgagggtctgggatgcgcttgtgttgctca
caagaccctgtataaactctcatctaaaacaagagcagaaagcgcagctg
aacgaggcccggcatgtcgactcagagttggctccggcttcagcgttggg
gggagttataatttgctgattttcacagcatgtgctccggaaaagggacc
ccaaaggaccagagccatagtgtggtatatgaaggtgatggctatggaag
gtcacccatgttttccttgcaggaatggggttcttggtactcatggctcg
agtctcattcagcttcattcttacctaaggagaatcctcttgccaaggtc
tctgcctgaggcaggcactcagaaaaatggctatactgggcaacataagg
cttttggggcaagtgtataatggcctctgaaacacccccaacaccctgct
ctgtcccctttgtgcccctttctctcccatgagccccttctcctcccata
gatgattttggttttacttgcatgacatctgcacacacgtaattttgtgt
atctaggtaaactccaggactcaaaaacgagagaaaacatgcaatatttg
tctttctgaatctggcttaattggcttaattatctctagttgtacctcag
aaataaaaatggtcaccaaatggtgctgtggtatgcagaggaggataaag
gggatgtgtatgtgtgcacagtaccagtgtgagcatggtaaggaaggaag
gaaagagggaagagagaaacttgattgatcggatgattgattgatttggt
tgattgactgatatgaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_61478885_61479427
seq2: B6Ng01-077N24.b_45_587 (reverse)

seq1  ACCCCTCCCACCCTTCCTCATCTCCCTTCTAGCCATTTTGCTTCAGCTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTCCCACCCTTCCTCATCTCCCTTCTAGCCATTTTGCTTCAGCTTG  50

seq1  TGACTAGTTGAATTGAACCAGGGCTATCTACATACAGGAACATGGGTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTAGTTGAATTGAACCAGGGCTATCTACATACAGGAACATGGGTGTG  100

seq1  AAATTATCCATTGGAACCAGATGGCTACAGGATTGAAGACAATGTCTGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATCCATTGGAACCAGATGGCTACAGGATTGAAGACAATGTCTGTC  150

seq1  CCCTCCCGCCCCCAGTATGCATCAGGAGCCAACAGCTTCCTGGATGGTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCCGCCCCCAGTATGCATCAGGAGCCAACAGCTTCCTGGATGGTTC  200

seq1  CCCATGATGCACACAGATGCTCGGCTTAGCTGCTCCTACACTACAAACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGATGCACACAGATGCTCGGCTTAGCTGCTCCTACACTACAAACAC  250

seq1  ACTTTCTGTACTGCTCTTGCAACCGGCAAATTCCGCCATCGATGGTCGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTGTACTGCTCTTGCAACCGGCAAATTCCGCCATCGATGGTCGGG  300

seq1  GTATAAGAAAAGCAACCAGCTGAGCCATCAGGACAAACCTGACTCACGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAAGAAAAGCAACCAGCTGAGCCATCAGGACAAACCTGACTCACGGT  350

seq1  GCAATTCTGAATTCTGACAATTTATTTCTGGCCTCACTTGCCTTTTTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTCTGAATTCTGACAATTTATTTCTGGCCTCACTTGCCTTTTTTTT  400

seq1  TTTTTTCAAAATGAGGGAGGTAAGTAAGCTCTGCTTTCTCCAAGGTCCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCAAAATGAGGGAGGTAAGTAAGCTCTGCTTTCTCCAAGGTCCCC  450

seq1  CAAGCTACATAACGTGTCACTGTGACTCATCTTGAGCCCCCGCTCCCAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTACATAACGTGTCACTGTGACTCATCTTGAGCCCCCGCTCCCAAC  500

seq1  CCCATCCTGCACCCCCTGCTCTGTGCTAGTCAATTGAGAATTC  543
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCCTGCACCCCCTGCTCTGTGCTAGTCAATTGAGAATTC  543

seq1: chr9_61363805_61364871
seq2: B6Ng01-077N24.g_70_1137

seq1  GAATTCCATTAGTTCTAAGACTATGACCTGTTCACTGGCATCCCTGAGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTAGTTCTAAGACTATGACCTGTTCACTGGCATCCCTGAGTC  50

seq1  AAGAGCCCAGCACATGAAGGAATTTGGGAGTCACCATTTGGCAGGAGGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCCCAGCACATGAAGGAATTTGGGAGTCACCATTTGGCAGGAGGTG  100

seq1  GACAGTAACCATCGGGATGTGATTATTCTTATATCTGGAATCAAGGAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTAACCATCGGGATGTGATTATTCTTATATCTGGAATCAAGGAAGC  150

seq1  AGGTAGCTGCAGCCAGCTGATACGTGCATGTGTCTGAGTTTTGACAAGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGCTGCAGCCAGCTGATACGTGCATGTGTCTGAGTTTTGACAAGTA  200

seq1  ACAGAGGAGTTGCAGCATCCACAGATAGTGCAAGAAGGGTGGGATGACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGGAGTTGCAGCATCCACAGATAGTGCAAGAAGGGTGGGATGACAC  250

seq1  AGGCTCAAGTCCCTCAGGGATGAGGGTCTGGGATGCGCTTGTGTTGCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCAAGTCCCTCAGGGATGAGGGTCTGGGATGCGCTTGTGTTGCTCA  300

seq1  CAAGACCCTGTATAAACTCTCATCTAAAACAAGAGCAGAAAGCGCAGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACCCTGTATAAACTCTCATCTAAAACAAGAGCAGAAAGCGCAGCTG  350

seq1  AACGAGGCCCGGCATGTCGACTCAGAGTTGGCTCCGGCTTCAGCGTTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGAGGCCCGGCATGTCGACTCAGAGTTGGCTCCGGCTTCAGCGTTGGG  400

seq1  GGGAGTTATAATTTGCTGATTTTCACAGCATGTGCTCCGGAAAAGGGACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTTATAATTTGCTGATTTTCACAGCATGTGCTCCGGAAAAGGGACC  450

seq1  CCAAAGGACCAGAGCCATAGTGTGGTATATGAAGGTGATGGCTATGGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGGACCAGAGCCATAGTGTGGTATATGAAGGTGATGGCTATGGAAG  500

seq1  GTCACCCATGTTTTCCTTGCAGGAATGGGGTTCTTGGTACTCATGGCTCG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCCATGTTTTCCTTGCAGGAATGGGGTTCTTGGTACTCATGGCTCG  550

seq1  AGTCTCATTCAGCTTCATTCTTACCTAAGGAGAATCCTCTTGCCAAGGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCATTCAGCTTCATTCTTACCTAAGGAGAATCCTCTTGCCAAGGTC  600

seq1  TCTGCCTGAGGCAGGCACTCAGAAAAATGGCTATACTGGGCAACATAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTGAGGCAGGCACTCAGAAAAATGGCTATACTGGGCAACATAAGG  650

seq1  CTTTTGGGGCAAGTGTATAATGGCCTCTGAAACACCCCCAACACCCTGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGGGGCAAGTGTATAATGGCCTCTGAAACACCCCCAACACCCTGCT  700

seq1  CTGTCCCCTTTGTGCCCCTTTCTCTCCCATGAGCCCCTTCTCCTCCCATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCCCTTTGTGCCCCTTTCTCTCCCATGAGCCCCTTCTCCTCCCATA  750

seq1  GATGATTTTGGTTTTACTTGCATGACATCTGCACACACGTAATTTTGTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATTTTGGTTTTACTTGCATGACATCTGCACACACGTAATTTTGTGT  800

seq1  ATCTAGGTAAACTCCAGGACTCAAAAACGAGAGAAAACATGCAATATTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGGTAAACTCCAGGACTCAAAAACGAGAGAAAACATGCAATATTTG  850

seq1  TCTTTCTGAATCTGGCTTAATTGGCTTAATTATCTCTAGTTGTACCTCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTGAATCTGGCTTAATTGGCTTAATTATCTCTAGTTGTACCTCAG  900

seq1  AAATAAAAATGGTCACCAAATGGTGCTGTGGTATGCAGAGGAGGATAAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAAATGGTCACCAAATGGTGCTGTGGTATGCAGAGGAGGATAAAG  950

seq1  GGGATGTGTATGTGTGCACAGGTACCAGTGTGAGCATGGGAAGGAAGGAA  1000
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GGGATGTGTATGTGTGCACA-GTACCAGTGTGAGCATGGTAAGGAAGGAA  999

seq1  GGAGAGA-GGAAGAGAGAAAC-TGATTGACTGGTTGATTGATTGA-TTGG  1047
      ||| ||| ||||||||||||| |||||||  || ||||||||||| ||||
seq2  GGAAAGAGGGAAGAGAGAAACTTGATTGATCGGATGATTGATTGATTTGG  1049

seq1  TTGATTGATTGATTATGAGA  1067
      |||||||| ||| |||||||
seq2  TTGATTGACTGA-TATGAGA  1068