BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-078M09
Chromosome9 (Build37)
Map Location 40,426,550 - 40,561,454
singlet/doubletdoublet
Overlap gene9030425E11Rik, LOC100043076
Upstream geneOlfr960, Olfr961, GA_x5J8B7W60AJ-4787-4010, Olfr963, Olfr964-ps1, Olfr149, Olfr965, Olfr966-ps1, Olfr150, Olfr967, Olfr968, Olfr969, Olfr970, Olfr971, Olfr972, Olfr973, LOC100043015, Olfr974, Olfr975, Olfr976, Olfr977-ps1, Olfr978, Olfr979, Olfr980, Olfr981, 1700001J11Rik, Olfr982, Olfr983, Olfr984, Olfr985, 1700030E15Rik, LOC235279, Olfr986, Zfp202, Scn3b, Gramd1b, LOC270148
Downstream geneLOC100043071, Hspa8, Bsx, 4931429I11Rik, Crtam, 2810457I06Rik, LOC628495, LOC100042464, EG667566
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-078M09.bB6Ng01-078M09.g
ACCDH894379DH894380
length9781,070
definitionDH894379|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078M09, 5' end.DH894380|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078M09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,426,550 - 40,427,375)(40,560,372 - 40,561,454)
sequence
gaattctgggaactggcttcactctgatttgacgtcagtttgtcaaaaag
aatgtgagtgaactacacatccagtctacatccactacactacatagagt
aacttcctggggacagaatcattaaattatgagctatgtcctaactccag
gtaattagcgacagaatggattcctacttgaataggtatttacaaatgct
tagcctccggcaagtcacttgcccactgagatttatccctgcacctttaa
catgaagctggccgtcatgattgctacagacacgacaaagagacagtgcg
agcaaaggtgtcagggtgctgtgaagagttcttccaacgatgagaagaga
aaagccaccaacccaaatcaacattgccaaactaattaaagcaagcagtt
cattaaagtatgctttttattcctgtacataggctgccttcccctaaagt
gggttcgagagatcagcgctgaagtgaagataggtagggcttttatagct
atagggtaggacatttccaaatggggaaggaaacatggaagggttacagg
agcagaatataaccggtggtcaaaacaaagtaatcacaattggtggtcat
aacaaggtagtcgcaggcagtcagaatgtaagatttgtggtagctcaaaa
tgaccacggttgtaaagagttaagtaagtgtgttcttttcccagaatttg
cctcactgcaaggtgtgcctagagatagtcctctgagtgtatagaaaagc
ccacacaatgtctccaagcttattcaccaagagatagtcctctgattgta
atcacaaacaggcttgaacctcgttttgtatttacgataagtggctttta
aggccagaggtaggctggttcttcaaggtccccagaaccttcagtctccc
tatcaccaatgtggtcttttgttcctatgcctcatagaattttatttagg
actagctgaggccatttatgtgaacgtt
gaattccaggtcaattaaggctacacagtgaatgtatgtctcaaaaaggg
aggaaagaaagaagggatgaggactcaccctttccccgctctgtgacagg
ctggctattatgtgatttaatgtggctgcccacattaagaacttccagtg
ttctctttacttaccaagtgcagatggcactaggaatacaaagacgtggg
cctcatgtcccctatggccctcagacagctgatggttaatgataccttca
attttttttttttttttggtttttcgagacaggatttctctgtatagctc
tggctgtcctggaactcactttgtagaccaggctggccttgaactcagaa
atctgcctgcctctgcctcctgagtgctgggattaaaggcatgcgccacc
acgcctggctaccttcaattactttaacagttaactaactcagctccttc
caaagcctcgtcccaagtgaggccagtgactacagagtgaactgatgcta
tccgttctgtttagcaaaaactgaagccatgtggtttataggaagcacca
tggagatagctcccgtctggtcaccctccccgcaccccagtacagtggga
aacagatcatttctattaactatgtatgcaccaagctaggtagacaagtt
aatctcattgggcactctggaggtagatacataattgtcttgccagctgg
gagtctgagccaaacagaaagagaactttgatagagatatgttgggagtt
acatccagacacaagtacagggtcggaacctggaatcaaataagagttta
atggaccactggttgatatgactgtgaatttagcgcaaggctgcactctg
gctgtatgatgttgcagacacaggagtgacagcccactgcattttattag
gagccagtcgttacattaagcacagctatgtgcagtgctaggcattaaag
ctggtgagcttgatggaaaaacaatagaaatttgctgtcgaggattgtag
catgaattgatggacgtggatagtcatgtctaaagtactgttagccattt
aaggtgaaatcagcagacag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_40426550_40427375
seq2: B6Ng01-078M09.b_48_873

seq1  GAATTCTGGGAACTGGCTTCACTCTGATTTGACGTCAGTTTGTCAAAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGAACTGGCTTCACTCTGATTTGACGTCAGTTTGTCAAAAAG  50

seq1  AATGTGAGTGAACTACACATCCAGTCTACATCCACTACACTACATAGAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGAGTGAACTACACATCCAGTCTACATCCACTACACTACATAGAGT  100

seq1  AACTTCCTGGGGACAGAATCATTAAATTATGAGCTATGTCCTAACTCCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCCTGGGGACAGAATCATTAAATTATGAGCTATGTCCTAACTCCAG  150

seq1  GTAATTAGCGACAGAATGGATTCCTACTTGAATAGGTATTTACAAATGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTAGCGACAGAATGGATTCCTACTTGAATAGGTATTTACAAATGCT  200

seq1  TAGCCTCCGGCAAGTCACTTGCCCACTGAGATTTATCCCTGCACCTTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTCCGGCAAGTCACTTGCCCACTGAGATTTATCCCTGCACCTTTAA  250

seq1  CATGAAGCTGGCCGTCATGATTGCTACAGACACGACAAAGAGACAGTGCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAGCTGGCCGTCATGATTGCTACAGACACGACAAAGAGACAGTGCG  300

seq1  AGCAAAGGTGTCAGGGTGCTGTGAAGAGTTCTTCCAACGATGAGAAGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAGGTGTCAGGGTGCTGTGAAGAGTTCTTCCAACGATGAGAAGAGA  350

seq1  AAAGCCACCAACCCAAATCAACATTGCCAAACTAATTAAAGCAAGCAGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCACCAACCCAAATCAACATTGCCAAACTAATTAAAGCAAGCAGTT  400

seq1  CATTAAAGTATGCTTTTTATTCCTGTACATAGGCTGCCTTCCCCTAAAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAAGTATGCTTTTTATTCCTGTACATAGGCTGCCTTCCCCTAAAGT  450

seq1  GGGTTCGAGAGATCAGCGCTGAAGTGAAGATAGGTAGGGCTTTTATAGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCGAGAGATCAGCGCTGAAGTGAAGATAGGTAGGGCTTTTATAGCT  500

seq1  ATAGGGTAGGACATTTCCAAATGGGGAAGGAAACATGGAAGGGTTACAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGTAGGACATTTCCAAATGGGGAAGGAAACATGGAAGGGTTACAGG  550

seq1  AGCAGAATATAACCGGTGGTCAAAACAAAGTAATCACAATTGGTGGTCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAATATAACCGGTGGTCAAAACAAAGTAATCACAATTGGTGGTCAT  600

seq1  AACAAGGTAGTCGCAGGCAGTCAGAATGTAAGATTTGTGGTAGCTCAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGGTAGTCGCAGGCAGTCAGAATGTAAGATTTGTGGTAGCTCAAAA  650

seq1  TGACCACGGTTGTAAAGAGTTAAGTAAGTGTGTTCTTTTCCCAGAATTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCACGGTTGTAAAGAGTTAAGTAAGTGTGTTCTTTTCCCAGAATTTG  700

seq1  CCTCACTGCAAGGTGTGCCTAGAGATAGTCCTCTGAGTGTATAGAAAAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACTGCAAGGTGTGCCTAGAGATAGTCCTCTGAGTGTATAGAAAAGC  750

seq1  CCACACAATGTCTCCAAGCTTATTCACCAAGAGATAGTCCTCTGATTGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACAATGTCTCCAAGCTTATTCACCAAGAGATAGTCCTCTGATTGTA  800

seq1  ATCACAAACAGGCTTGAACCTCGTTT  826
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAAACAGGCTTGAACCTCGTTT  826

seq1: chr9_40560372_40561454
seq2: B6Ng01-078M09.g_70_1139 (reverse)

seq1  CTGTCCTGCTGACTTTCACCTATAATTGTGCTAACTGTACTTTAGACATG  50
      |||| ||||||| |||||||| ||| || |||||| ||||||||||||||
seq2  CTGT-CTGCTGA-TTTCACCT-TAAATG-GCTAACAGTACTTTAGACATG  46

seq1  ACTCTCCAACTTCATCACTTCCTGCTTACAATCCTCTGACAGCAAATTTC  100
      ||| ||||  | ||||| ||| ||| |||||||||| |||||||||||||
seq2  ACTATCCACGTCCATCAATTCATGC-TACAATCCTC-GACAGCAAATTTC  94

seq1  TATTGTTTTTTCCATCAAAGCCTCATCCAGCTTTTAATGCCTAGCACTGC  150
      ||||| ||||||||||||   |||| ||||| ||||||||||||||||||
seq2  TATTG-TTTTTCCATCAA--GCTCA-CCAGC-TTTAATGCCTAGCACTGC  139

seq1  ACATAGCTGTGCTTAATGTAACGGCTTGGCTCCT-ATAAAATGCAGTGGG  199
      ||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||
seq2  ACATAGCTGTGCTTAATGTAACGAC-TGGCTCCTAATAAAATGCAGTGGG  188

seq1  CTGTCACTCCTGTGTCTGCAACATCATACTGCCAGGAGTGCAGCCTTGCG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
seq2  CTGTCACTCCTGTGTCTGCAACATCATACAGCCA-GAGTGCAGCCTTGCG  237

seq1  CTTAAATTCACAGTCATATCAACCAGTGGTCCATTAAACTCTTATTTGAT  299
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-TAAATTCACAGTCATATCAACCAGTGGTCCATTAAACTCTTATTTGAT  286

seq1  TCCAGGTTCCGACCCTGTACTTGTGTCTGGATGTAACTCCCAACATATCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGTTCCGACCCTGTACTTGTGTCTGGATGTAACTCCCAACATATCT  336

seq1  CTATCAAAGTTCTCTTTCTGTTTGGCTCAGACTCCCAGCTGGCAAGACAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCAAAGTTCTCTTTCTGTTTGGCTCAGACTCCCAGCTGGCAAGACAA  386

seq1  TTATGTATCTACCTCCAGAGTGCCCAATGAGATTAACTTGTCTACCTAGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTATCTACCTCCAGAGTGCCCAATGAGATTAACTTGTCTACCTAGC  436

seq1  TTGGTGCATACATAGTTAATAGAAATGATCTGTTTCCCACTGTACTGGGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGCATACATAGTTAATAGAAATGATCTGTTTCCCACTGTACTGGGG  486

seq1  TGCGGGGAGGGTGACCAGACGGGAGCTATCTCCATGGTGCTTCCTATAAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGGGGAGGGTGACCAGACGGGAGCTATCTCCATGGTGCTTCCTATAAA  536

seq1  CCACATGGCTTCAGTTTTTGCTAAACAGAACGGATAGCATCAGTTCACTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATGGCTTCAGTTTTTGCTAAACAGAACGGATAGCATCAGTTCACTC  586

seq1  TGTAGTCACTGGCCTCACTTGGGACGAGGCTTTGGAAGGAGCTGAGTTAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTCACTGGCCTCACTTGGGACGAGGCTTTGGAAGGAGCTGAGTTAG  636

seq1  TTAACTGTTAAAGTAATTGAAGGTAGCCAGGCGTGGTGGCGCATGCCTTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTGTTAAAGTAATTGAAGGTAGCCAGGCGTGGTGGCGCATGCCTTT  686

seq1  AATCCCAGCACTCAGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCAAGGCC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCAGCACTCAGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCAAGGCC  736

seq1  AGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGAGCTATACAGAGAAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGAGCTATACAGAGAAA  786

seq1  TCCTGTCTCGAAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAATTGAAGGTATCATTAAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTCTCGAAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAATTGAAGGTATCATTAAC  836

seq1  CATCAGCTGTCTGAGGGCCATAGGGGACATGAGGCCCACGTCTTTGTATT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGCTGTCTGAGGGCCATAGGGGACATGAGGCCCACGTCTTTGTATT  886

seq1  CCTAGTGCCATCTGCACTTGGTAAGTAAAGAGAACACTGGAAGTTCTTAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTGCCATCTGCACTTGGTAAGTAAAGAGAACACTGGAAGTTCTTAA  936

seq1  TGTGGGCAGCCACATTAAATCACATAATAGCCAGCCTGTCACAGAGCGGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGCAGCCACATTAAATCACATAATAGCCAGCCTGTCACAGAGCGGG  986

seq1  GAAAGGGTGAGTCCTCATCCCTTCTTTCTTTCCTCCCTTTTTGAGACATA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGGTGAGTCCTCATCCCTTCTTTCTTTCCTCCCTTTTTGAGACATA  1036

seq1  CATTCACTGTGTAGCCTTAATTGACCTGGAATTC  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCACTGTGTAGCCTTAATTGACCTGGAATTC  1070