BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-079P06
Chromosome9 (Build37)
Map Location 48,058,737 - 48,159,931
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD930028F11Rik, 4432416J03Rik
Upstream geneCadm1, LOC100043303
Downstream geneEG640268, EG434401, LOC667933, Rexo2, Rbm7, EG434402, Nnmt, Zbtb16, Htr3a, Htr3b, Usp28, LOC100042785, Zw10, EG629400, Tmprss5, EG235327, Drd2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-079P06.bB6Ng01-079P06.g
ACCDH895221DH895222
length1,1811,064
definitionDH895221|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079P06, 5' end.DH895222|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079P06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,058,737 - 48,059,936)(48,158,859 - 48,159,931)
sequence
gaattcataaccccgttgatgagcctctcaccgtctcattctgctagaac
ctgcctgcctatccctccttcccagccctctatgtccctctcccttgctg
gactcgatgacttctgccttgatgagtcttggttcttcttcctggtctgc
ctgcctccccctctcctgctgaatcattctaccgccatccatgaaatcat
gaccacaaggccaccatgtcagaaaaccgtcccagattaacctcacatct
ctctaacgtcccccacccttttccagcggtctccagcatcccgctgtggg
tatatttgatcaggttataacaaaccccctagtctcggacaaaacagcca
gggacaaagatgatccttgacccatttaattcctggggaattaaaattct
gtgccctgtgctttgccttccgagaggtttgcagaaattattctgagcag
ctacaaacaagcaaagggcaggttcagcgggagtgggcggggaaagctag
cactgaagctcaagatgcctcccaagctaccaaccagagtgtgactaaac
aggatcctaagccttgtggcaggaataaaggattgggaagtatatgtcaa
aagggaacagaattgttcctctaaaatatagttctaaacccatcaacgca
cacctcatatgttttccttggctccccatgacacgagagaaaaatccaca
ctcagccagggaaacaagccaatgcagctattaccacacaccatccccac
cccacccccagctctcccttatggctcagcagtcccttccagaccctgtg
ccccaaacaggcaggggctctgggctccacctgtcatctgcacctctcat
cccttacccctctacctagaacactcttcattgctcttcccgctccatgc
tatgtaagccagggaaaacgaatcatctctgtggcttttatcgggtcacc
ttatcagatttatcggacagcttagtcaggattaggctgctttctgttgt
tgtgacccactataaaatatttttggtgtaaatcataactgtatgtgttg
ctgctataaatcatatgtaatatcggaatagtaccccccgtgaagagtca
ttggcaaccccatcatcagccccagcccaccctaaaggtcaagacctcac
tgggctggaatgcttcctggagacaccagct
gaattcagaacacgggacaggtaatctttctggtttatttctcatggcca
atctgactatctcaccacggaagtacacctctagggtagtgtttgcagaa
aggttaaactgaagagggagattttctctaaatgtgaggggctccccatc
acagggctggggccctggactaaggaagagcagagtggttgttcagtgag
ctctgcttcctgattgtgggcgtgacatggctttgtgctcctgccgccat
gtcctccacaccatggtggactgttccttctaaactacaaaccaagtaag
cctccccttccacagatggcttctcatcaggcattttgtcacagcagcac
agtaagcagctggagtgtggcttgtcctggcatcaagtgaggttcagctg
tagagcatgagttagtgcaatctccgtactctatataacaagctcagtag
gaaaaaaaatgactaaatttagtattttaaatgttaaaaacctcgagatg
tactaggaatcgaaaagagtatcattaactcactaggtgaattgggagag
cctgttttaaatgccatcctctggtcaagaagattgaacccatcctacta
agacgagggcaaagtcaacaacgttgctttggcttcttttatccagtatc
ttattttgaatctcaccaagaaatgaaataaaaggcaaactaagtggaga
agaaaaacacaactgttttgctttcatagataacaacatcattgtttgca
ttaaaaaacccaaagaattcatttaagaacaaacaacagacagacagaca
gacagacagacagacaaagtaaaccaaaatctaccagggctatttaatct
caacaagagtatagaggtcaaagttagtatgaagttttatttactttacc
aatcatctgtttaaaattgaaattaaaagcacagaatgattcaggtagca
gcagaagatgaatagtatggtgaaatcataaaacacacagcccttgtatg
ccacgcattaatgcacaaactctagctaagatgtcaaagagcataattca
tgtagcatgctcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_48058737_48059936
seq2: B6Ng01-079P06.b_47_1227

seq1  GAATTCATAACCCCGTTGATGAGCCTCTCACCGTCTCATTCTGCTAGAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAACCCCGTTGATGAGCCTCTCACCGTCTCATTCTGCTAGAAC  50

seq1  CTGCCTGCCTATCCCTCCTTCCCAGCCCTCTATGTCCCTCTCCCTTGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTGCCTATCCCTCCTTCCCAGCCCTCTATGTCCCTCTCCCTTGCTG  100

seq1  GACTCGATGACTTCTGCCTTGATGAGTCTTGGTTCTTCTTCCTGGTCTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCGATGACTTCTGCCTTGATGAGTCTTGGTTCTTCTTCCTGGTCTGC  150

seq1  CTGCCTCCCCCTCTCCTGCTGAATCATTCTACCGCCATCCATGAAATCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCCCCCTCTCCTGCTGAATCATTCTACCGCCATCCATGAAATCAT  200

seq1  GACCACAAGGCCACCATGTCAGAAAACCGTCCCAGATTAACCTCACATCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACAAGGCCACCATGTCAGAAAACCGTCCCAGATTAACCTCACATCT  250

seq1  CTCTAACGTCCCCCACCCTTTTCCAGCGGTCTCCAGCATCCCGCTGTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAACGTCCCCCACCCTTTTCCAGCGGTCTCCAGCATCCCGCTGTGGG  300

seq1  TATATTTGATCAGGTTATAACAAACCCCCTAGTCTCGGACAAAACAGCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTGATCAGGTTATAACAAACCCCCTAGTCTCGGACAAAACAGCCA  350

seq1  GGGACAAAGATGATCCTTGACCCATTTAATTCCTGGGGAATTAAAATTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACAAAGATGATCCTTGACCCATTTAATTCCTGGGGAATTAAAATTCT  400

seq1  GTGCCCTGTGCTTTGCCTTCCGAGAGGTTTGCAGAAATTATTCTGAGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCTGTGCTTTGCCTTCCGAGAGGTTTGCAGAAATTATTCTGAGCAG  450

seq1  CTACAAACAAGCAAAGGGCAGGTTCAGCGGGAGTGGGCGGGGAAAGCTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAACAAGCAAAGGGCAGGTTCAGCGGGAGTGGGCGGGGAAAGCTAG  500

seq1  CACTGAAGCTCAAGATGCCTCCCAAGCTACCAACCAGAGTGTGACTAAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAAGCTCAAGATGCCTCCCAAGCTACCAACCAGAGTGTGACTAAAC  550

seq1  AGGATCCTAAGCCTTGTGGCAGGAATAAAGGATTGGGAAGTATATGTCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCCTAAGCCTTGTGGCAGGAATAAAGGATTGGGAAGTATATGTCAA  600

seq1  AAGGGAACAGAATTGTTCCTCTAAAATATAGTTCTAAACCCATCAACGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAACAGAATTGTTCCTCTAAAATATAGTTCTAAACCCATCAACGCA  650

seq1  CACCTCATATGTTTTCCTTGGCTCCCCATGACACGAGAGAAAAATCCACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCATATGTTTTCCTTGGCTCCCCATGACACGAGAGAAAAATCCACA  700

seq1  CTCAGCCAGGGAAACAAGCCAATGCAGCTATTACCACACACCATCCCCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCCAGGGAAACAAGCCAATGCAGCTATTACCACACACCATCCCCAC  750

seq1  CCCACCCCCAGCTCTCCCTTATGGCTCAGCAGTCCCTTCCCAGACCCTGT  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CCCACCCCCAGCTCTCCCTTATGGCTCAGCAGTCCCTT-CCAGACCCTGT  799

seq1  GCCCCAAACAGGCAGGGGCTCTGGGCTCCACCTGTCATCTGCACCTCTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCAAACAGGCAGGGGCTCTGGGCTCCACCTGTCATCTGCACCTCTCA  849

seq1  TCCCTTACCCCTCTACCTAGAACACTCTTCATTGCTCTTCCCGCTCCAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TCCCTTACCCCTCTACCTAGAACACTCTTCATTGCTCTTCCCGCTCC-AT  898

seq1  GCTATGTAAGCCAGGGAAAACGAATCATCTCTGTGGCTTTTATCGGGTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGTAAGCCAGGGAAAACGAATCATCTCTGTGGCTTTTATCGGGTCA  948

seq1  CCTTATCAGGATTTATCGGGACACCTTAGTCAGGATTAGGCTGCTTTCTG  1000
      |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATCA-GATTTATC-GGACAGCTTAGTCAGGATTAGGCTGCTTTCTG  996

seq1  TTGTTGTGACCCCAACTATAAAATTATTTTTGGTGTTAATTCATAACTGT  1050
      ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||
seq2  TTGTTGTGACCC--ACTATAAAA-TATTTTTGGTG-TAAATCATAACTGT  1042

seq1  AATTGTGTTGCTGCTATAAATCATAATGTAAATATCTGATATGTAACCCC  1100
      |  ||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||   ||| ||||
seq2  A--TGTGTTGCTGCTATAAATCAT-ATGT-AATATCGGAATAGTACCCCC  1088

seq1  CGTGAAAGAGTCATTTGACAACACCATCATCAGCCCCCAGCCCCACCCCA  1150
      |||| |||||||| ||| |||| |||||||||| |||||| ||||||| |
seq2  CGTG-AAGAGTCA-TTGGCAACCCCATCATCAG-CCCCAG-CCCACCCTA  1134

seq1  AAGGGGTCAAGACTTCACT-GGCTGAGAATGGCTGTCCTGGAG-CACCAG  1198
      ||  ||||||||| ||||| ||||| |||| ||| |||||||| ||||||
seq2  AA--GGTCAAGACCTCACTGGGCTG-GAAT-GCT-TCCTGGAGACACCAG  1179

seq1  CT  1200
      ||
seq2  CT  1181

seq1: chr9_48158859_48159931
seq2: B6Ng01-079P06.g_68_1131 (reverse)

seq1  ATGAGCATGCTACAATGATTTATGCCTCCTGTGACATCCTTAGCTAGAGT  50
      ||||||||||||| |||| ||||||   || |||||| ||||||||||||
seq2  ATGAGCATGCTAC-ATGAATTATGC--TCTTTGACAT-CTTAGCTAGAGT  46

seq1  TTGTGCATTAATGCGTGGCATACAGGGCTTGTGTGTTTTATTGATTTTCA  100
      |||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| ||| |||||
seq2  TTGTGCATTAATGCGTGGCATACAAGGGCTGTGTGTTTTA-TGA-TTTCA  94

seq1  CCCTACTATTTCATCCTTCTGCTGCTACCCTGAATCATTCTGTGCTTTTA  150
      || ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACTA-TTCAT-CTTCTGCTGCTA-CCTGAATCATTCTGTGCTTTTA  141

seq1  ATTTCAATTTTAAACAGATGATTGGTAAAGTAAATAAAACTTCATACTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAATTTTAAACAGATGATTGGTAAAGTAAATAAAACTTCATACTAA  191

seq1  CTTTGACCTCTATACTCTTGTTGAGATTAAATAGCCCTGGTAGATTTTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGACCTCTATACTCTTGTTGAGATTAAATAGCCCTGGTAGATTTTGG  241

seq1  TTTTACTTTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTTGTTTGTTCTT  300
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTTACTTTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTTGTTTGTTCTT  290

seq1  TAATGAATTCTTTGGGTTTTTTAATGCAAACAATGATGTTGTTATCTATG  350
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAATTCTTTGGGTTTTTTAATGCAAACAATGATGTTGTTATCTATG  340

seq1  -AAGCAAAACAGTTGTGTTTTTCTTCTCCACTTAGTTTGCCTTTTATTTC  399
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAAAACAGTTGTGTTTTTCTTCTCCACTTAGTTTGCCTTTTATTTC  390

seq1  ATTTCTTGGTGAGATTCAAAATAAGATACTGGATAAAAGAAGCCAAAGCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTGGTGAGATTCAAAATAAGATACTGGATAAAAGAAGCCAAAGCA  440

seq1  ACGTTGTTGACTTTGCCCTCGTCTTAGTAGGATGGGTTCAATCTTCTTGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTGTTGACTTTGCCCTCGTCTTAGTAGGATGGGTTCAATCTTCTTGA  490

seq1  CCAGAGGATGGCATTTAAAACAGGCTCTCCCAATTCACCTAGTGAGTTAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGGATGGCATTTAAAACAGGCTCTCCCAATTCACCTAGTGAGTTAA  540

seq1  TGATACTCTTTTCGATTCCTAGTACATCTCGAGGTTTTTAACATTTAAAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACTCTTTTCGATTCCTAGTACATCTCGAGGTTTTTAACATTTAAAA  590

seq1  TACTAAATTTAGTCATTTTTTTTCCTACTGAGCTTGTTATATAGAGTACG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAAATTTAGTCATTTTTTTTCCTACTGAGCTTGTTATATAGAGTACG  640

seq1  GAGATTGCACTAACTCATGCTCTACAGCTGAACCTCACTTGATGCCAGGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTGCACTAACTCATGCTCTACAGCTGAACCTCACTTGATGCCAGGA  690

seq1  CAAGCCACACTCCAGCTGCTTACTGTGCTGCTGTGACAAAATGCCTGATG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCACACTCCAGCTGCTTACTGTGCTGCTGTGACAAAATGCCTGATG  740

seq1  AGAAGCCATCTGTGGAAGGGGAGGCTTACTTGGTTTGTAGTTTAGAAGGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCCATCTGTGGAAGGGGAGGCTTACTTGGTTTGTAGTTTAGAAGGA  790

seq1  ACAGTCCACCATGGTGTGGAGGACATGGCGGCAGGAGCACAAAGCCATGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCCACCATGGTGTGGAGGACATGGCGGCAGGAGCACAAAGCCATGT  840

seq1  CACGCCCACAATCAGGAAGCAGAGCTCACTGAACAACCACTCTGCTCTTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCCCACAATCAGGAAGCAGAGCTCACTGAACAACCACTCTGCTCTTC  890

seq1  CTTAGTCCAGGGCCCCAGCCCTGTGATGGGGAGCCCCTCACATTTAGAGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTCCAGGGCCCCAGCCCTGTGATGGGGAGCCCCTCACATTTAGAGA  940

seq1  AAATCTCCCTCTTCAGTTTAACCTTTCTGCAAACACTACCCTAGAGGTGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTCCCTCTTCAGTTTAACCTTTCTGCAAACACTACCCTAGAGGTGT  990

seq1  ACTTCCGTGGTGAGATAGTCAGATTGGCCATGAGAAATAAACCAGAAAGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCGTGGTGAGATAGTCAGATTGGCCATGAGAAATAAACCAGAAAGA  1040

seq1  TTACCTGTCCCGTGTTCTGAATTC  1073
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTGTCCCGTGTTCTGAATTC  1064