BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-082K19
Chromosome9 (Build37)
Map Location 41,195,561 - 41,305,508
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGramd1b, LOC270148, 9030425E11Rik, LOC100043076, LOC100043071, Hspa8, Bsx, 4931429I11Rik, Crtam, 2810457I06Rik, LOC628495
Downstream geneLOC100042464, EG667566, 6720432D03Rik, Sorl1, Sc5d, Tecta, Tbcel
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-082K19.bB6Ng01-082K19.g
ACCDH897160DH897161
length1,0351,076
definitionDH897160|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-082K19, 5' end.DH897161|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-082K19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,195,561 - 41,196,596)(41,304,424 - 41,305,508)
sequence
gaattcagtccagttgtcacagtagcaacctgtagacacttcacagggcg
tggaaggtttctggaggggacaatctaatctgaattttctattcactagc
attatgctcgtgaatgggactcaaaagagtaaaaggacactgtctatatt
tgaagatatcgtggtctagtttagaagacatgcaagaccttaaacatacc
acatacaggggtggcatagacagtacaccatgatagaaacatgaaatctt
acccaggagtctgaagtataaatctttatacctttgagagtccagcaagc
ccacagaagtagaacccggtgagcaaagtggtgtggagacttagagagat
cagagatggacccatctggaagggactaggaattagtcaggcttcaagag
aggtagtgttggatgtaagtattgaaggcaaggagagagggagatgaaaa
caagggattctgagaggacataaagacaagatgcgaagcatggacttgtg
aaagtcggtggtgtgtttaagggaaggggaatctcttttggtttggctgt
agctggtggtaaatggaaggaaatggagactttggaaagcgacttgggta
ggagagcaggctgtagaggaaaagattaagaagcagtattcgttaagggt
gggcaacatctcagaacaaaatgagaagtgtgtacatatatccaaagatg
ttttcatcttctagcttttgccttctctacctgagcacctgatatgatag
ggaggtggtgaggaagtaagcagggatattttggtaaagctttgctaata
cgtcatcattccaagtctgatgtttaaacgatgtcatcagggatgcttaa
gttaggcatgatgatggtggtaaggaaagctggatttgagaagatggaca
agattcagcaagcaggactgctggagaatgttgttatggagaggaaacgt
gtaatacttaatatccagttgatgtgaccaagatgaatctagagagatca
gggctccgcataaaattcctgggcctctgctggat
gaattctcagctccttctccagcaccatgtctgtccgcatgttgcgtgct
tcctgttttgatcataatggactaaacctctggaactgtaagccagcccc
agtcaaatgcttgcctttataaatttgccttggtcatggtgtctcttcat
agcaatggaaactctaactgagacaacgtatctgaggaactgttggatgg
aagctactgagagtgagagaagttggatgtgagcctttggctctactgat
gatctcagatgatggctgaaagaccaaaaaaacaaaaaaacaaaaccaaa
aacaacaacaacaacaacaaaaaacagtttggatcttgagggtcctcact
ttttttcattccctctctggggatttcagatctcctacagcaagctaaga
tgagctggtgagtaagtcagtgagcaatgagaagtgttgtaacaaatcaa
ttctcatatctaatcacttgtagcacacgtataaaatgcatgcattttat
aaatgaagcttgagatgtggaggaagaaagacctttgtcccatctggacc
catgacctgtttctgggtgtaggagcaggaggttgtccttaatggatgag
aagcagattttagagtctttggataaggaagatcccaacccctaagtagc
tggcttttatcttcatctaatcttagccattaagctctgtgctaattcct
ccttcagtttctcctgttgaaccttggcctctgtggatgagtgggtttgc
ttagttccctgttgatgacagaagcaaagggaatccttcacatatgtgga
cattgttgtttcataccttagttcccaatggaaatccagccagtcatctt
ccttattccccactgaaaatgttctgttgctaccccagagccaagtcctc
gaaagaatgaggcacttgatgcttgccatggcttcttcacagtagtgggc
agcttcagacagattgcaggatttactgttatcatgtcccaaaaatgggg
ttaaatgcggagactcaccactcctatggagtttcacgtgctcatattta
gggtgttttgggttcggtggttgctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_41195561_41196596
seq2: B6Ng01-082K19.b_48_1082

seq1  GAATTCAGTCCAGTTGTCACAGTAGCAACCTGTAGACACTTCACAGGGCG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCCAGTTGTCACAGTAGCAACCTGTAGACACTTCACAGGGCG  50

seq1  TGGAAGGTTTCTGGAGGGGACAATCTAATCTGAATTTTCTATTCACTAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGGTTTCTGGAGGGGACAATCTAATCTGAATTTTCTATTCACTAGC  100

seq1  ATTATGCTCGTGAATGGGACTCAAAAGAGTAAAAGGACACTGTCTATATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGCTCGTGAATGGGACTCAAAAGAGTAAAAGGACACTGTCTATATT  150

seq1  TGAAGATATCGTGGTCTAGTTTAGAAGACATGCAAGACCTTAAACATACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGATATCGTGGTCTAGTTTAGAAGACATGCAAGACCTTAAACATACC  200

seq1  ACATACAGGGGTGGCATAGACAGTACACCATGATAGAAACATGAAATCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACAGGGGTGGCATAGACAGTACACCATGATAGAAACATGAAATCTT  250

seq1  ACCCAGGAGTCTGAAGTATAAATCTTTATACCTTTGAGAGTCCAGCAAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGGAGTCTGAAGTATAAATCTTTATACCTTTGAGAGTCCAGCAAGC  300

seq1  CCACAGAAGTAGAACCCGGTGAGCAAAGTGGTGTGGAGACTTAGAGAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGAAGTAGAACCCGGTGAGCAAAGTGGTGTGGAGACTTAGAGAGAT  350

seq1  CAGAGATGGACCCATCTGGAAGGGACTAGGAATTAGTCAGGCTTCAAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATGGACCCATCTGGAAGGGACTAGGAATTAGTCAGGCTTCAAGAG  400

seq1  AGGTAGTGTTGGATGTAAGTATTGAAGGCAAGGAGAGAGGGAGATGAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGTGTTGGATGTAAGTATTGAAGGCAAGGAGAGAGGGAGATGAAAA  450

seq1  CAAGGGATTCTGAGAGGACATAAAGACAAGATGCGAAGCATGGACTTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGATTCTGAGAGGACATAAAGACAAGATGCGAAGCATGGACTTGTG  500

seq1  AAAGTCGGTGGTGTGTTTAAGGGAAGGGGAATCTCTTTTGGTTTGGCTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCGGTGGTGTGTTTAAGGGAAGGGGAATCTCTTTTGGTTTGGCTGT  550

seq1  AGCTGGTGGTAAATGGAAGGAAATGGAGACTTTGGAAAGCGACTTGGGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGTGGTAAATGGAAGGAAATGGAGACTTTGGAAAGCGACTTGGGTA  600

seq1  GGAGAGCAGGCTGTAGAGGAAAAGATTAAGAAGCAGTATTCGTTAAGGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGCAGGCTGTAGAGGAAAAGATTAAGAAGCAGTATTCGTTAAGGGT  650

seq1  GGGCAACATCTCAGAACAAAATGAGAAGTGTGTACATATATCCAAAGATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAACATCTCAGAACAAAATGAGAAGTGTGTACATATATCCAAAGATG  700

seq1  TTTTCATCTTCTAGCTTTTGTCTTCTCTACCTGAGCACCTGATATGATA-  749
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTTTCATCTTCTAGCTTTTGCCTTCTCTACCTGAGCACCTGATATGATAG  750

seq1  GGAGGTGGTGAGGAAGTAAGCAGGGATATTTTGGTAAAGC-TTGCTAATA  798
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GGAGGTGGTGAGGAAGTAAGCAGGGATATTTTGGTAAAGCTTTGCTAATA  800

seq1  CGTCATCATTCCAAGTCTGATG-TTAAACGATGTCATCAGGGATGCTTAA  847
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCATCATTCCAAGTCTGATGTTTAAACGATGTCATCAGGGATGCTTAA  850

seq1  GTTAGGCATGATGATGGTGGTAAGGAAAGCTGGATCTGAGAAGATGGACA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GTTAGGCATGATGATGGTGGTAAGGAAAGCTGGATTTGAGAAGATGGACA  900

seq1  AGAATCAGCAAGCAGGACGGCTGGAGAATGTTGTTATGGAGAGGAAACGT  947
      ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGATTCAGCAAGCAGGACTGCTGGAGAATGTTGTTATGGAGAGGAAACG-  949

seq1  TGTAAATACTTAAATATCCAGTTGATGTGACCAAGATGAATCTAAGAAGA  997
      ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    |||
seq2  TGT-AATACTT-AATATCCAGTTGATGTGACCAAGATGAATCT----AGA  993

seq1  GA-ATCAGGGCTCCGCATAAGATT-CTGGG-CTCTGCTGGAT  1036
      || ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||
seq2  GAGATCAGGGCTCCGCATAAAATTCCTGGGCCTCTGCTGGAT  1035

seq1: chr9_41304424_41305508
seq2: B6Ng01-082K19.g_71_1146 (reverse)

seq1  AAGCAAACAACCGAAACCAAAACAAACCTAAATATGAGCACTGTGAAAAC  50
      |||| ||| |||||| ||||||| | ||||||||||||||| ||| ||||
seq2  AAGC-AACCACCGAACCCAAAAC-ACCCTAAATATGAGCAC-GTG-AAAC  46

seq1  TCAATAGGGAAGTGGTGAGTCTCCGCATTTTACCCCATTTTTTGGGACAT  100
      || |||||  |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
seq2  TCCATAGG--AGTGGTGAGTCTCCGCATTTAACCCCA-TTTTTGGGACAT  93

seq1  GATAAACAGTAAATCTTGCAATCTGTCTGAAGCTGCCCACTTACTGTGAA  150
      ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GAT-AACAGTAAATCCTGCAATCTGTCTGAAGCTGCCCAC-TACTGTGAA  141

seq1  GAAGCCATGGCAAGCATCAAAGTGCCTCATTCTTTCGAGGACTTGGCTCT  200
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCATGGCAAGCATC-AAGTGCCTCATTCTTTCGAGGACTTGGCTCT  190

seq1  GGGGTAGCAACAGAACATTTTCAGTGGGGAATAAGGAAGATGACTGGCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTAGCAACAGAACATTTTCAGTGGGGAATAAGGAAGATGACTGGCTG  240

seq1  GATTTCCATTGGGAACT-AGGTATGAAACAACAATGTCCACATATGTGAA  299
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCCATTGGGAACTAAGGTATGAAACAACAATGTCCACATATGTGAA  290

seq1  GGATTCCCTTTGCTTCTGTCATCAACAGGGAACTAAGCAAACCCACTCAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTCCCTTTGCTTCTGTCATCAACAGGGAACTAAGCAAACCCACTCAT  340

seq1  CCACAGAGGCCAAGGTTCAACAGGAGAAACTGAAGGAGGAATTAGCACAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGAGGCCAAGGTTCAACAGGAGAAACTGAAGGAGGAATTAGCACAG  390

seq1  AGCTTAATGGCTAAGATTAGATGAAGATAAAAGCCAGCTACTTAGGGGTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTAATGGCTAAGATTAGATGAAGATAAAAGCCAGCTACTTAGGGGTT  440

seq1  GGGATCTTCCTTATCCAAAGACTCTAAAATCTGCTTCTCATCCATTAAGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCTTCCTTATCCAAAGACTCTAAAATCTGCTTCTCATCCATTAAGG  490

seq1  ACAACCTCCTGCTCCTACACCCAGAAACAGGTCATGGGTCCAGATGGGAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCTCCTGCTCCTACACCCAGAAACAGGTCATGGGTCCAGATGGGAC  540

seq1  AAAGGTCTTTCTTCCTCCACATCTCAAGCTTCATTTATAAAATGCATGCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTCTTTCTTCCTCCACATCTCAAGCTTCATTTATAAAATGCATGCA  590

seq1  TTTTATACGTGTGCTACAAGTGATTAGATATGAGAATTGATTTGTTACAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATACGTGTGCTACAAGTGATTAGATATGAGAATTGATTTGTTACAA  640

seq1  CACTTCTCATTGCTCACTGACTTACTCACCAGCTCATCTTAGCTTGCTGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCTCATTGCTCACTGACTTACTCACCAGCTCATCTTAGCTTGCTGT  690

seq1  AGGAGATCTGAAATCCCCAGAGAGGGAATGAAAAAAAGTGAGGACCCTCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGATCTGAAATCCCCAGAGAGGGAATGAAAAAAAGTGAGGACCCTCA  740

seq1  AGATCCAAACTGTTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTGGTTTTGTTTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCAAACTGTTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTGGTTTTGTTTT  790

seq1  TTTGTTTTTTTGGTCTTTCAGCCATCATCTGAGATCATCAGTAGAGCCAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTTTTGGTCTTTCAGCCATCATCTGAGATCATCAGTAGAGCCAA  840

seq1  AGGCTCACATCCAACTTCTCTCACTCTCAGTAGCTTCCATCCAACAGTTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCACATCCAACTTCTCTCACTCTCAGTAGCTTCCATCCAACAGTTC  890

seq1  CTCAGATACGTTGTCTCAGTTAGAGTTTCCATTGCTATGAAGAGACACCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGATACGTTGTCTCAGTTAGAGTTTCCATTGCTATGAAGAGACACCA  940

seq1  TGACCAAGGCAAATTTATAAAGGCAAGCATTTGACTGGGGCTGGCTTACA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCAAGGCAAATTTATAAAGGCAAGCATTTGACTGGGGCTGGCTTACA  990

seq1  GTTCCAGAGGTTTAGTCCATTATGATCAAAACAGGAAGCACGCAACATGC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCAGAGGTTTAGTCCATTATGATCAAAACAGGAAGCACGCAACATGC  1040

seq1  GGACAGACATGGTGCTGGAGAAGGAGCTGAGAATTC  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGACATGGTGCTGGAGAAGGAGCTGAGAATTC  1076