BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-083O13
Chromosome9 (Build37)
Map Location 89,357,415 - 89,475,770
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSyncrip, 2810026P18Rik, 4930422I07Rik, EG547109, LOC100039707, LOC100039721, Bcl2a1d, LOC100039674, EG666731, LOC100039741, Bcl2a1a, LOC100039689, EG666747, LOC100039714, 4930579C12Rik, Bcl2a1b, Mthfs
Downstream geneAF529169, Tmed3, B230218L05Rik, Rasgrf1, Ctsh, Morf4l1, LOC621414, Adamts7, Tbc1d2b, LOC100039777
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-083O13.bB6Ng01-083O13.g
ACCDH898035DH898036
length1,1691,111
definitionDH898035|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083O13, 5' end.DH898036|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083O13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,357,415 - 89,358,598)(89,474,664 - 89,475,770)
sequence
gaattcccagcagatcctattccatggggacagggattatcattcttgcc
ttggagtgtataaaactgaatattgcaaatggcattcttataggtaatca
atgaaaactgttttgattgtttgttttctcattttaaaaacacatcctgc
atgccttgacttgcaatgtctattcacaaatgataattctttccccttca
tctttaaaccattcctttctaatagggattattatccccattttacttgt
gaaattgtgtaactttcctatactcagtgttcaaaagttctaggagcagt
tttcaaactcatcctcttgtttgctaatgattccagcatccctcctccta
gcctagcatgtcatggctccagcatccctcctcctggtctagtgtgtcct
gctccagcatccctcctcttaatctagcatgtcacttacttattttgtca
ttcatcccttggatcagcaaacatttctgggttccctcattcttgttcta
aatctagtgctaaacactgagaatagcaatgccaaaacataggttcatcc
ttgaggaattcccagactggtgaagaaatcaaatgggcatctgataatgc
caaattagtgtgctaagacactggggaatgttgtaaaattgaagactttt
actcagtacatttattgagcatttacaggtggcttgatctatgagaacaa
ccaaaggagacacaggcacaaatgtctcttttaggtgccccaggctaacg
gtcaaagggcaaaaggaagcatcaacctcagatatgcaacaaatatacct
gtttaccaataattgaacttagctctattctagctcatgttgtgtcagag
cagaagaaacttagcatcaatcacaggtagtttgaagtttccaagggatg
tagaaagtccttggtgatgggtgttctgagatatagaaaagtccttggtg
atgggtagaagatgggtcagagcagaggcatctattatttttatccattg
accctttctatggtcctcccatgtctacatgagtagaagaccatttttcc
tcattctgagtgaaacatggaagagaaggtgggtaacatagccatggctg
ccttgggagctttctgaggtctatttataagatctgttacatcatctctg
tggggaaatggttaccttt
gaattcaggctttgcgatttcccactggctttctcgaacatgaacatgaa
tcattgagttcttgctgaacttggattttatttatatcttcattagtccc
tgtgatgtcaaggaacagaacaagctatgttgcacagaagatacgacact
tggctggagcagtggcacatgcttataactccaccatttggagcactgag
caggacagccagtagtttgagaatactgccctatatagtgagtaccaagc
caaccaggattgagaccccccatctcaatccaaaactaaccaaacccaga
agcaaaaccacatcagaacagcattaactatccccaaaacaataaagaag
aaaagtaccattgtagtattggaaaataaattagaacctgaaaacaggaa
gacagcctgtgaatttctgggcagaagcaggctctgcattcagccagtgg
aagaatgtccctgataaacagtctctgtgactctcaacctggattccagc
tcattgtggcttaattaaaattcctaaaagattcatcaagtcccgcacat
aaaagtattgttagaagcggcagtgcaagggtggttattacaaatacagt
tttctttcatttatcatggaaagcacttaataagttatgcctatatgcct
gaatggtcaccacactaataaagaagttgacgtggcattttcatgctggc
gactcagagttatgttctacattttaaagagtcttgtataatttcaagag
tcccaagaaggagctcattttctgtcaaccatatttgatctacatgtatc
cacaaactcaattagcacttggttgctttcttattacagtcctgcttcac
cactaacaatgtccattgaactgaccccccactgttggacttgctcattt
atgcacttcgccaattgatatttattgaccaaacaaacagtattattcaa
agacatggcttgttgatgaattgtacctgtgatgcctctagatccatcag
tcttgtataataccagatgctagtaaggtttcctgagtattatagtgatg
gaaaggaatgaaggtttttcctcctggactcttcataattagtggcgaat
gcatgttcaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_89357415_89358598
seq2: B6Ng01-083O13.b_48_1216

seq1  GAATTCCCAGCAGATCCTATTCCATGGGGACAGGGATTATCATTCTTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAGCAGATCCTATTCCATGGGGACAGGGATTATCATTCTTGCC  50

seq1  TTGGAGTGTATAAAACTGAATATTGCAAATGGCATTCTTATAGGTAATCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGTGTATAAAACTGAATATTGCAAATGGCATTCTTATAGGTAATCA  100

seq1  ATGAAAACTGTTTTGATTGTTTGTTTTCTCATTTTAAAAACACATCCTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAACTGTTTTGATTGTTTGTTTTCTCATTTTAAAAACACATCCTGC  150

seq1  ATGCCTTGACTTGCAATGTCTATTCACAAATGATAATTCTTTCCCCTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTTGACTTGCAATGTCTATTCACAAATGATAATTCTTTCCCCTTCA  200

seq1  TCTTTAAACCATTCCTTTCTAATAGGGATTATTATCCCCATTTTACTTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAAACCATTCCTTTCTAATAGGGATTATTATCCCCATTTTACTTGT  250

seq1  GAAATTGTGTAACTTTCCTATACTCAGTGTTCAAAAGTTCTAGGAGCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTGTGTAACTTTCCTATACTCAGTGTTCAAAAGTTCTAGGAGCAGT  300

seq1  TTTCAAACTCATCCTCTTGTTTGCTAATGATTCCAGCATCCCTCCTCCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAACTCATCCTCTTGTTTGCTAATGATTCCAGCATCCCTCCTCCTA  350

seq1  GCCTAGCATGTCATGGCTCCAGCATCCCTCCTCCTGGTCTAGTGTGTCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGCATGTCATGGCTCCAGCATCCCTCCTCCTGGTCTAGTGTGTCCT  400

seq1  GCTCCAGCATCCCTCCTCTTAATCTAGCATGTCACTTACTTATTTTGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCAGCATCCCTCCTCTTAATCTAGCATGTCACTTACTTATTTTGTCA  450

seq1  TTCATCCCTTGGATCAGCAAACATTTCTGGGTTCCCTCATTCTTGTTCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCCCTTGGATCAGCAAACATTTCTGGGTTCCCTCATTCTTGTTCTA  500

seq1  AATCTAGTGCTAAACACTGAGAATAGCAATGCCAAAACATAGGTTCATCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTAGTGCTAAACACTGAGAATAGCAATGCCAAAACATAGGTTCATCC  550

seq1  TTGAGGAATTCCCAGACTGGTGAAGAAATCAAATGGGCATCTGATAATGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGAATTCCCAGACTGGTGAAGAAATCAAATGGGCATCTGATAATGC  600

seq1  CAAATTAGTGTGCTAAGACACTGGGGAATGTTGTAAAATTGAAGACTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTAGTGTGCTAAGACACTGGGGAATGTTGTAAAATTGAAGACTTTT  650

seq1  ACTCAGTACATTTATTGAGCATTTACAGGTGGCTTGATCTATGAGAACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGTACATTTATTGAGCATTTACAGGTGGCTTGATCTATGAGAACAA  700

seq1  CCAAAGGAGACACAGGCACAAATGTCTCTTTTAGGTGCCCCAGGCTAACG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGGAGACACAGGCACAAATGTCTCTTTTAGGTGCCCCAGGCTAACG  750

seq1  GTCAAAGGGCAAAAGGAAGCATCAACCTCAGATATGCAACAAATATACCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAGGGCAAAAGGAAGCATCAACCTCAGATATGCAACAAATATACCT  800

seq1  GTTTACCAATAATTGAACTTAGCTCTATTCTAGCTCATGTTGTGTCAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACCAATAATTGAACTTAGCTCTATTCTAGCTCATGTTGTGTCAGAG  850

seq1  CAGAAGAAACTTAGCATCAATCACAGGTAGTTTGAAGTTTCCAAGGGATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGAAACTTAGCATCAATCACAGGTAGTTTGAAGTTTCCAAGGGATG  900

seq1  TAGAAAGTCCTTGGTGATGGGTGTTCTGAGATATAGAAAAAGTCCTTGGT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TAGAAAGTCCTTGGTGATGGGTGTTCTGAGATATAG-AAAAGTCCTTGGT  949

seq1  GATGGGTAG-AGATGGGTCAGAGCAGAGGCATCTATTATTTTTATCCATT  999
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGTAGAAGATGGGTCAGAGCAGAGGCATCTATTATTTTTATCCATT  999

seq1  GACCCCTTTCTATGGTCCTCCCATGTTCTACATGGGTAAGGAAGACCATT  1049
      || |||||||||||||||||||||| |||||||| |||  ||||||||||
seq2  GA-CCCTTTCTATGGTCCTCCCATG-TCTACATGAGTA--GAAGACCATT  1045

seq1  TCTCCTCATTCTGAGTGATACATGGAAAGAGAGGGTGGGTACCATAGCCA  1099
      | |||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||| ||||||||
seq2  TTTCCTCATTCTGAGTGAAACATGG-AAGAGAAGGTGGGTAACATAGCCA  1094

seq1  TGGCTGCCTTTGGGAAGCTATCTGAGGTTCTATTTAATAAGATCTTGTCA  1149
      ||||||||||  || |||| ||||||| ||||||| |||||||| ||| |
seq2  TGGCTGCCTT--GGGAGCTTTCTGAGG-TCTATTT-ATAAGATC-TGTTA  1139

seq1  CCATCCCATTCTCTGTGTGGGAAATTGTTACCTTT  1184
       ||||    |||||||| ||||||| |||||||||
seq2  -CATC---ATCTCTGTG-GGGAAATGGTTACCTTT  1169

seq1: chr9_89474664_89475770
seq2: B6Ng01-083O13.g_69_1179 (reverse)

seq1  TCTGAACATGCATTCG-CACTAAATTTATG-AGAGGCCA-GAGGAAAGA-  46
      |||||||||||||||| ||||||  ||||| |||| ||| ||||||| | 
seq2  TCTGAACATGCATTCGCCACTAA--TTATGAAGAGTCCAGGAGGAAAAAC  48

seq1  CTTCATTCC-TTCCATCACTAT-ATACTCAGGAAACCTTACTAAGCATCT  94
      ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTTCATTCCTTTCCATCACTATAATACTCAGGAAACCTTACT-AGCATCT  97

seq1  GGTA-TATACAAGACTGATGGATCTAGAGGCATCACAGGTAACAATTCAT  143
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GGTATTATACAAGACTGATGGATCTAGAGGCATCACAGGT-ACAATTCAT  146

seq1  CAACAAGCCATGTCTTTGAAT-ATACTGTTTGTTTGGTCAATAAATATCA  192
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAGCCATGTCTTTGAATAATACTGTTTGTTTGGTCAATAAATATCA  196

seq1  ATTGGCGAAGTGCATAAATGAGCAAGTCCAACAGTGGGGGGTCAGTTCAA  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCGAAGTGCATAAATGAGCAAGTCCAACAGTGGGGGGTCAGTTCAA  246

seq1  TGGACATTGTTAGTGGTGAAGCAGGACTGTAATAAGAAAGCAACCAAGTG  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACATTGTTAGTGGTGAAGCAGGACTGTAATAAGAAAGCAACCAAGTG  296

seq1  CTAATTGAGTTTGTGGATACATGTAGATCAAATATGGTTGACAGAAAATG  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTGAGTTTGTGGATACATGTAGATCAAATATGGTTGACAGAAAATG  346

seq1  AGCTCCTTCTTGGGACTCTTGAAATTATACAAGACTCTTTAAAATGTAGA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCTTCTTGGGACTCTTGAAATTATACAAGACTCTTTAAAATGTAGA  396

seq1  ACATAACTCTGAGTCGCCAGCATGAAAATGCCACGTCAACTTCTTTATTA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAACTCTGAGTCGCCAGCATGAAAATGCCACGTCAACTTCTTTATTA  446

seq1  GTGTGGTGACCATTCAGGCATATAGGCATAACTTATTAAGTGCTTTCCAT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGTGACCATTCAGGCATATAGGCATAACTTATTAAGTGCTTTCCAT  496

seq1  GATAAATGAAAGAAAACTGTATTTGTAATAACCACCCTTGCACTGCCGCT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAATGAAAGAAAACTGTATTTGTAATAACCACCCTTGCACTGCCGCT  546

seq1  TCTAACAATACTTTTATGTGCGGGACTTGATGAATCTTTTAGGAATTTTA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACAATACTTTTATGTGCGGGACTTGATGAATCTTTTAGGAATTTTA  596

seq1  ATTAAGCCACAATGAGCTGGAATCCAGGTTGAGAGTCACAGAGACTGTTT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGCCACAATGAGCTGGAATCCAGGTTGAGAGTCACAGAGACTGTTT  646

seq1  ATCAGGGACATTCTTCCACTGGCTGAATGCAGAGCCTGCTTCTGCCCAGA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGGACATTCTTCCACTGGCTGAATGCAGAGCCTGCTTCTGCCCAGA  696

seq1  AATTCACAGGCTGTCTTCCTGTTTTCAGGTTCTAATTTATTTTCCAATAC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCACAGGCTGTCTTCCTGTTTTCAGGTTCTAATTTATTTTCCAATAC  746

seq1  TACAATGGTACTTTTCTTCTTTATTGTTTTGGGGATAGTTAATGCTGTTC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATGGTACTTTTCTTCTTTATTGTTTTGGGGATAGTTAATGCTGTTC  796

seq1  TGATGTGGTTTTGCTTCTGGGTTTGGTTAGTTTTGGATTGAGATGGGGGG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTGGTTTTGCTTCTGGGTTTGGTTAGTTTTGGATTGAGATGGGGGG  846

seq1  TCTCAATCCTGGTTGGCTTGGTACTCACTATATAGGGCAGTATTCTCAAA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAATCCTGGTTGGCTTGGTACTCACTATATAGGGCAGTATTCTCAAA  896

seq1  CTACTGGCTGTCCTGCTCAGTGCTCCAAATGGTGGAGTTATAAGCATGTG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGGCTGTCCTGCTCAGTGCTCCAAATGGTGGAGTTATAAGCATGTG  946

seq1  CCACTGCTCCAGCCAAGTGTCGTATCTTCTGTGCAACATAGCTTGTTCTG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGCTCCAGCCAAGTGTCGTATCTTCTGTGCAACATAGCTTGTTCTG  996

seq1  TTCCTTGACATCACAGGGACTAATGAAGATATAAATAAAATCCAAGTTCA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTGACATCACAGGGACTAATGAAGATATAAATAAAATCCAAGTTCA  1046

seq1  GCAAGAACTCAATGATTCATGTTCATGTTCGAGAAAGCCAGTGGGAAATC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGAACTCAATGATTCATGTTCATGTTCGAGAAAGCCAGTGGGAAATC  1096

seq1  GCAAAGCCTGAATTC  1107
      |||||||||||||||
seq2  GCAAAGCCTGAATTC  1111