BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-095B09
Chromosome9 (Build37)
Map Location 60,435,823 - 60,596,263
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrrc49, Larp6, LOC100040447
Upstream geneBrunol6, Parp6, Pkm2, 4933407I18Rik, Gramd2, Senp8, Myo9a, EG665385, LOC100040361, Nr2e3, EG665389, Thsd4, LOC100039792, EG384942
Downstream geneUaca, ENSMUSG00000052143, A430102L10, LOC100040481, Tle3, LOC100039851
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-095B09.bB6Ng01-095B09.g
ACCDH906119DH906120
length1,1651,159
definitionDH906119|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-095B09, 5' end.DH906120|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-095B09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,435,823 - 60,437,003)(60,595,090 - 60,596,263)
sequence
gaattctttcccagaagctcttgagagagggctctgcctcagcgggcagc
aagtagggcctcactgctttccagccttctgcttccactgagcccagggc
tttgcagaggtgaacatgttggggtgtttgttgatgatgaacattctaat
tagtctggggttagctaccatctgcacaatcctttatactcatacctcga
gtttactccttgtagagagaactacaaaacatcacactatagtggagact
atttgggcaaagtttgagaaaagtggcaaagaggaagaagaaatatcaca
agccttggacccacagcaggccgtcacgatagaaagaacagcattcttac
ttagcttcgggatctggcagtctgaaggtaagaaagctgtcttctaaaca
cagcatggtgagttcagagccagaagacatttgggtattcagctccagtt
tcatcaagggttctaataaagctattcttttggggttgggggtttagctc
agtggtagaggtttttagtttagtatgctttaagaccctgggtctgattc
ccaactctcaactctctctctctctctctctctctcctactcatgttatt
agagggaaactttggtgtaatacatgtgataatgagagctgtatcctagg
taacttgtgttgatcagggtaggaaggctaggtgctgatatgaaacttga
gaaaaagatctatttaaacctcaaactcagctgggcagtggtgatgcacg
cctttaatcccagcacttgggaggcagaggcaggcagatttctgagttcg
agaccaatctggtcttcagagtgagttctaggacagccagggctacacag
agaaaccctgtcttgaaaaccaaaaaaccaaaccaaaccaaaccaaaaaa
ataaaccctcaagtcaaaacacaacatttctaagatgaatctaattaatg
gcactgatatcattgttgattgacatggttagtcagcaatcaaccaatgt
ctagcgaggacatccctgttgtagcctgaagatggtaaccttcagagcac
aggaaacagcagagaagctgggcagggcggccagaaggccgcatgctcca
gatgcttgcgagctcactccatggcctgacaattccgactctcagttttc
tccggtctaagagaa
gaattcactcatcttaaggcaactagaccttggcgtagagaatttagcat
tacaatacatagcaaggaccagaagactgcaccacctgtggtggtttgaa
taggaatggctcccataggctttgaatgcttggcccacagggagtgtggc
cttgttggagtaggtatggccttatagtcactatgggggcagacctttga
ggtctcctatgctcaagctatacccagtgtaacacacagattccttctgc
tgcctgcagatcaaaatgcagaactctcagcttcttccccagcaccatgc
ctgcctgcatgccaccatgtttcccaccatgacagtaacagaccagacct
ctgaaactgtaatccagtcccaattaaatgttttcctttatagaagttgc
gatggtggtcatggtgtctcttcacagcaatgagaccctaactaagatgc
caccttatagaaaactgagggacagaagaatgagttccgtgtgaaaggaa
ctaagggaccccagcttcctcaataaggaaatcacaaggtaaaaaaccag
agccaacacacctgggacacgggggtgatagtcatacagctgtgtccctt
ttacgatgcttttcaacagtgaaataaaatcataaaagttccagcaaaga
taaaagcaaacacacttataatcagttacttagctcaggcgatgattaag
taataagctatttgaaattctattttcaatgtcactttacaatgctcagc
aactgttttatggtatatattactataattatgttatgtagctataaata
tagtcactgttgggtactaagacatggccaacataattgtaagtagagat
ataagaaattcacctaaacaaaatttcaaaatttgtctagtctcactatt
agtgataaacactgaggtatgtaggggtaaaaatgatcaattgtaaagtc
tgttttaaagcattttaacaatgactgaagaaggcccgagagatggctca
gcaggtaaaggcacttgtcaccacacttgacactggagttcactgttctg
tatgcctcaaatacacgtataccacacttaattgaagaaatgttctttaa
gtgagaagatgaagagagtggaataagggacaagaaggagccaagagaag
gacaggcca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_60435823_60437003
seq2: B6Ng01-095B09.b_49_1213

seq1  GAATTCTTTCCCAGAAGCTCTTGAGAGAGGGCTCTGCCTCAGCGGGCAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCCCAGAAGCTCTTGAGAGAGGGCTCTGCCTCAGCGGGCAGC  50

seq1  AAGTAGGGCCTCACTGCTTTCCAGCCTTCTGCTTCCACTGAGCCCAGGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGGGCCTCACTGCTTTCCAGCCTTCTGCTTCCACTGAGCCCAGGGC  100

seq1  TTTGCAGAGGTGAACATGTTGGGGTGTTTGTTGATGATGAACATTCTAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAGAGGTGAACATGTTGGGGTGTTTGTTGATGATGAACATTCTAAT  150

seq1  TAGTCTGGGGTTAGCTACCATCTGCACAATCCTTTATACTCATACCTCGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTGGGGTTAGCTACCATCTGCACAATCCTTTATACTCATACCTCGA  200

seq1  GTTTACTCCTTGTAGAGAGAACTACAAAACATCACACTATAGTGGAGACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACTCCTTGTAGAGAGAACTACAAAACATCACACTATAGTGGAGACT  250

seq1  ATTTGGGCAAAGTTTGAGAAAAGTGGCAAAGAGGAAGAAGAAATATCACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGGCAAAGTTTGAGAAAAGTGGCAAAGAGGAAGAAGAAATATCACA  300

seq1  AGCCTTGGACCCACAGCAGGCCGTCACGATAGAAAGAACAGCATTCTTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTGGACCCACAGCAGGCCGTCACGATAGAAAGAACAGCATTCTTAC  350

seq1  TTAGCTTCGGGATCTGGCAGTCTGAAGGTAAGAAAGCTGTCTTCTAAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTTCGGGATCTGGCAGTCTGAAGGTAAGAAAGCTGTCTTCTAAACA  400

seq1  CAGCATGGTGAGTTCAGAGCCAGAAGACATTTGGGTATTCAGCTCCAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATGGTGAGTTCAGAGCCAGAAGACATTTGGGTATTCAGCTCCAGTT  450

seq1  TCATCAAGGGTTCTAATAAAGCTATTCTTTTGGGGTTGGGGGTTTAGCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAAGGGTTCTAATAAAGCTATTCTTTTGGGGTTGGGGGTTTAGCTC  500

seq1  AGTGGTAGAGGTTTTTAGTTTAGTATGCTTTAAGACCCTGGGTCTGATTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTAGAGGTTTTTAGTTTAGTATGCTTTAAGACCCTGGGTCTGATTC  550

seq1  CCAACTCTCAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTACTCATGTTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTCTCAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTACTCATGTTATT  600

seq1  AGAGGGAAACTTTGGTGTAATACATGTGATAATGAGAGCTGTATCCTAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGAAACTTTGGTGTAATACATGTGATAATGAGAGCTGTATCCTAGG  650

seq1  TAACTTGTGTTGATCAGGGTAGGAAGGCTAGGTGCTGATATGAAACTTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTGTGTTGATCAGGGTAGGAAGGCTAGGTGCTGATATGAAACTTGA  700

seq1  GAAAAAGATCTATTTAAACCTCAAACTCAGCTGGGCAGTGGTGATGCACG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAGATCTATTTAAACCTCAAACTCAGCTGGGCAGTGGTGATGCACG  750

seq1  CCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCG  800

seq1  AGACCAATCTGGTCTTCAGAGTGAGTTCTAGGACAGCCAGGGCTACACAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAATCTGGTCTTCAGAGTGAGTTCTAGGACAGCCAGGGCTACACAG  850

seq1  AGAAACCCTGTCTTGAAAAACCAAAAAACCAAACCAAACCAAACCAAAAA  900
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACCCTGTCTTG-AAAACCAAAAAACCAAACCAAACCAAACCAAAAA  899

seq1  AATAAACCCTCAAAGTCAAAACACAACATTTCTAAGATGAATCTAATTAA  950
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAACCCTC-AAGTCAAAACACAACATTTCTAAGATGAATCTAATTAA  948

seq1  TGGCACTGATATCATTGTTGAATGACATGGTTAGTCAGCAATCAACCAAT  1000
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACTGATATCATTGTTGATTGACATGGTTAGTCAGCAATCAACCAAT  998

seq1  GTCTAGCGAGGACAATCCCTGTTGTAGGCCTGAAGATGGTAACCTTCAGG  1050
      ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| 
seq2  GTCTAGCGAGGAC-ATCCCTGTTGTA-GCCTGAAGATGGTAACCTTCAG-  1045

seq1  AAGCACAGGAAACAGCAGGAGAAGCTGGGCAGGGCGCCCAGGAGGCCGCA  1100
       |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||
seq2  -AGCACAGGAAACAGCA-GAGAAGCTGGGCAGGGCGGCCAGAAGGCCGCA  1093

seq1  GTGCTCCGGGTGGCTGTCAGAAGCTCACTCCATGGCCCTGGACAATTCCC  1150
       |||||| | ||  ||     ||||||||||||||||   ||||||| ||
seq2  -TGCTCCAGATGCTTG---CGAGCTCACTCCATGGCC--TGACAATT-CC  1136

seq1  GAGCTTCCAGTTTTCTCCTGGTCTAAGAGAA  1181
      || ||  ||||||||||| ||||||||||||
seq2  GA-CTCTCAGTTTTCTCC-GGTCTAAGAGAA  1165

seq1: chr9_60595090_60596263
seq2: B6Ng01-095B09.g_66_1224 (reverse)

seq1  TGGCACTGTCCTTCTCTTTTTCCCTCCTCTTCGTCCCCTTTCTCCACTTC  50
      |||| |||||||||||   ||  |||||  | || |||||  ||||| ||
seq2  TGGC-CTGTCCTTCTC---TTGGCTCCTTCTTGT-CCCTTATTCCAC-TC  44

seq1  TCTTTCCTTCTTCTTCACTTTAAGAACATTTCTTC-ATTTAGTGTGTGTA  99
      ||||  | ||||| |||||| |||||||||||||| ||| |||||| |||
seq2  TCTT--CATCTTC-TCACTTAAAGAACATTTCTTCAATTAAGTGTG-GTA  90

seq1  TACGTGTATGTGAGGCATACAGAACAGTTGAACTCAGGTTGTCAAGTGTG  149
      ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  | |||||||||||
seq2  TACGTGTATTTGAGGCATACAGAACAG-TGAACTCCAG-TGTCAAGTGTG  138

seq1  GTGACAAGTGCCTTTACCTGCTGAGCCATCTCTCGGGCCCTTCTTCAGTC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTGACAAGTGCCTTTACCTGCTGAGCCATCTCTCGGG-CCTTCTTCAGTC  187

seq1  TTTGTTAAAAATGCTTTAAAACAGACTTTACAATTGATCATTTTTTACCC  249
       ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATTGTT-AAAATGCTTTAAAACAGACTTTACAATTGATCA-TTTTTACCC  235

seq1  CTACATACCTCAGTGTTTATCACTAATAGTGAGACTAGACAAAATTTTGA  299
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTACATACCTCAGTGTTTATCACTAATAGTGAGACTAGAC-AAATTTTGA  284

seq1  AATTTTGTTTAGGTGAATTTCTTATATCTCTACTTACAATTATGTTGGCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTGTTTAGGTGAATTTCTTATATCTCTACTTACAATTATGTTGGCC  334

seq1  ATGTCTTAGTACCCAACAGTGACTATATTTATAGCTACATAACATAATTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTTAGTACCCAACAGTGACTATATTTATAGCTACATAACATAATTA  384

seq1  TAGTAATATATACCATAAAACAGTTGCTGAGCATTGTAAAGTGACATTGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAATATATACCATAAAACAGTTGCTGAGCATTGTAAAGTGACATTGA  434

seq1  AAATAGAATTTCAAATAGCTTATTACTTAATCATCGCCTGAGCTAAGTAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGAATTTCAAATAGCTTATTACTTAATCATCGCCTGAGCTAAGTAA  484

seq1  CTGATTATAAGTGTGTTTGCTTTTATCTTTGCTGGAACTTTTATGATTTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTATAAGTGTGTTTGCTTTTATCTTTGCTGGAACTTTTATGATTTT  534

seq1  ATTTCACTGTTGAAAAGCATCGTAAAAGGGACACAGCTGTATGACTATCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCACTGTTGAAAAGCATCGTAAAAGGGACACAGCTGTATGACTATCA  584

seq1  CCCCCGTGTCCCAGGTGTGTTGGCTCTGGTTTTTTACCTTGTGATTTCCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCGTGTCCCAGGTGTGTTGGCTCTGGTTTTTTACCTTGTGATTTCCT  634

seq1  TATTGAGGAAGCTGGGGTCCCTTAGTTCCTTTCACACGGAACTCATTCTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAGGAAGCTGGGGTCCCTTAGTTCCTTTCACACGGAACTCATTCTT  684

seq1  CTGTCCCTCAGTTTTCTATAAGGTGGCATCTTAGTTAGGGTCTCATTGCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCCTCAGTTTTCTATAAGGTGGCATCTTAGTTAGGGTCTCATTGCT  734

seq1  GTGAAGAGACACCATGACCACCATCGCAACTTCTATAAAGGAAAACATTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGAGACACCATGACCACCATCGCAACTTCTATAAAGGAAAACATTT  784

seq1  AATTGGGACTGGATTACAGTTTCAGAGGTCTGGTCTGTTACTGTCATGGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGGACTGGATTACAGTTTCAGAGGTCTGGTCTGTTACTGTCATGGT  834

seq1  GGGAAACATGGTGGCATGCAGGCAGGCATGGTGCTGGGGAAGAAGCTGAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAACATGGTGGCATGCAGGCAGGCATGGTGCTGGGGAAGAAGCTGAG  884

seq1  AGTTCTGCATTTTGATCTGCAGGCAGCAGAAGGAATCTGTGTGTTACACT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTGCATTTTGATCTGCAGGCAGCAGAAGGAATCTGTGTGTTACACT  934

seq1  GGGTATAGCTTGAGCATAGGAGACCTCAAAGGTCTGCCCCCATAGTGACT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATAGCTTGAGCATAGGAGACCTCAAAGGTCTGCCCCCATAGTGACT  984

seq1  ATAAGGCCATACCTACTCCAACAAGGCCACACTCCCTGTGGGCCAAGCAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGCCATACCTACTCCAACAAGGCCACACTCCCTGTGGGCCAAGCAT  1034

seq1  TCAAAGCCTATGGGAGCCATTCCTATTCAAACCACCACAGGTGGTGCAGT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGCCTATGGGAGCCATTCCTATTCAAACCACCACAGGTGGTGCAGT  1084

seq1  CTTCTGGTCCTTGCTATGTATTGTAATGCTAAATTCTCTACGCCAAGGTC  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGGTCCTTGCTATGTATTGTAATGCTAAATTCTCTACGCCAAGGTC  1134

seq1  TAGTTGCCTTAAGATGAGTGAATTC  1174
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGCCTTAAGATGAGTGAATTC  1159