BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-096A15
Chromosome9 (Build37)
Map Location 27,091,582 - 27,246,861
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIgsf9b, Spata19
Upstream geneB3gat1, BC038479, Glb1l3, Gm1110, LOC330907, Acad8, Thyn1, Vps26b, Ncapd3, Jam3
Downstream geneLOC666440, LOC100041202, Opcml
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-096A15.bB6Ng01-096A15.g
ACCDH906811DH906812
length1,0431,141
definitionDH906811|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-096A15, 5' end.DH906812|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-096A15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,245,807 - 27,246,861)(27,091,582 - 27,092,734)
sequence
gaattcattctctccacccctaatccatgcagagagccctcccctgaacc
gctacttaccacataacactatttctcccatagccagaaacccccatgta
accttccctgtcctctctcctaaccaaccacactactcagctcctgccca
ccagtgcttcttgttcactcttgcccattggccatggccacctctcctca
attaatccccaccttcttttgtctcctggatttctatgaaatgcctcaca
acttacgcaagggaatcattgaaaattactcatctgactctcattctctc
agtgagcatctaatacatccccatggtgtgccagggtgatatcatggact
ggagagaaaggtaccagggtaccagagaaaggtaccttgcattctcagag
atggaaacaaatggtaagcaggtcacaaagagggagagctcagccagtaa
aggtacttgcctgatgacctgagtcatagattataatcctggaggctggg
aagttaacatcaaaagccacattttgtggctttgctgctatatcattcca
tgacagaaggcagaagggaacgtgaacgctggagtgagagatcaaactct
tatctttaagtcccttttatagtcaacactaatacatttggaagggtgga
gccctggacctacacagctctctcattaggccacacaattcaccatagat
tcattagattaagggtgagagaccattggaattactgcaaactacaagtt
gcaacatttgcagagaatcttctgccctctttctcagtgtgtcacagtac
atggcacataagaaatagctgctaacctgccaaaggaatgaatggatgga
tggatggatggatggatgaaatcactgacctagctttgtggaaactcaat
gccttacaattgggaagacggaagacgggcttttccaaacttcacttctc
gttcttgctcagctcagcttcccagtgtgattcatccttcttcaggagat
cactggtcgacatttgagaaatactatctccatctggcccata
gaattcccccttggagtgagtgctggggactgaaggccaagatttttgcc
tcttttaccattctgctttacagtgtgctaatgagagctttctgacacac
attctatgtctcgctctcatgaaccccttacctaagactcaatgtgtgtc
attcattcacggcttctgccttttgatatgttttcacttttgctgtcttc
tttggaccttacaccataaataggagatgaaaagacaagaaccacacttc
atctatacctaggacacaagggacaagcatgcaagattcttagcagccat
gggttcaagtccagctctaaactctaaactgtaacaggcaccctcatgcc
agtgattctcaaataagttgcagagcttgtgtttcctagggtcttcattt
atctggaagaatgatgatgaaacaggaagtaatctgggtggctttaaaag
gatgagtcctgctagctagtattatggcagttctgcatcaagctgctata
aatctgagtcacagggaggtgtgcagagagcagagtttgagttccaaata
tccctgaccaagttctaactcaaatgtcctggggtttctcttcagagact
ggggtactttcctatgttctggctatcttcatgtaggtggttcataaacc
atgtttggagacacagcatcaaggagtggaaggggagatgatcatgaagc
aggagtgcaagctgcaggcaaaggttgctaagaaggaagggtacatggtg
atgtattctgtatgtatcctatatgtggggggaagaaaaggattctcaga
agaaaaagcctgtctaagctatgaatgaagagggaaaggacagcatgaca
attctgaagcctaggctggtctgaaggttaatggaaagttctcctgccat
tattctggcctcctttggtttctggaggctccttaagactccattccttt
gagtctgtgtcttccttaagatgtagggggtcctgactattggagagcag
tgtgagaggagctgtaacagagcaagcgcacgtcgtatggttgtgccttc
actgctctgctatgctgaaagatccaagccatcaccactaatgcctgaga
atggcttgccagccttgaaaggcagaaaagactctgtgcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_27245807_27246861
seq2: B6Ng01-096A15.b_45_1087 (reverse)

seq1  TATGTGGCCAGGATGGAGATAGTAATTTCTTCAAATTGTCTGACCAGTGA  50
      |||| ||||| |||||||||||| ||||| ||||| |||| |||||||||
seq2  TATG-GGCCA-GATGGAGATAGT-ATTTC-TCAAA-TGTC-GACCAGTGA  44

seq1  TTCTCCTGGAGAAGGATGAATCACAGCTGGGGTAAGCTGAGCTGAGCAAG  100
       ||||||| |||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||
seq2  -TCTCCTGAAGAAGGATGAATCACA-CTGGG--AAGCTGAGCTGAGCAAG  90

seq1  AACGAGAAGTGAAAGTTTGGGAAAGCCCGTCTTTCCGTCTTCCCAATTGT  150
      ||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AACGAGAAGTG-AAGTTTGGAAAAGCCCGTC-TTCCGTCTTCCCAATTGT  138

seq1  AAGGCATTGAGTTTCCACAAAGCTAGGTCAGTGATTTCATCCATCCATCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCATTGAGTTTCCACAAAGCTAGGTCAGTGATTTCATCCATCCATCC  188

seq1  ATCCATCCATCCATTCATTCCTTTGGCAGGTTAGCAGCTATTTCTTATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATCCATCCATTCATTCCTTTGGCAGGTTAGCAGCTATTTCTTATGT  238

seq1  GCCATGTACTGTGACACACTGAGAAAGAGGGCAGAAGATTCTCTGCAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGTACTGTGACACACTGAGAAAGAGGGCAGAAGATTCTCTGCAAAT  288

seq1  GTTGCAACTTGTAGTTTGCAGTAATTCCAATGGTCTCTCACCCTTAATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCAACTTGTAGTTTGCAGTAATTCCAATGGTCTCTCACCCTTAATCT  338

seq1  AATGAATCTATGGTGAATTGTGTGGCCTAATGAGAGAGCTGTGTAGGTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAATCTATGGTGAATTGTGTGGCCTAATGAGAGAGCTGTGTAGGTCC  388

seq1  AGGGCTCCACCCTTCCAAATGTATTAGTGTTGACTATAAAAGGGACTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTCCACCCTTCCAAATGTATTAGTGTTGACTATAAAAGGGACTTAA  438

seq1  AGATAAGAGTTTGATCTCTCACTCCAGCGTTCACGTTCCCTTCTGCCTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAGAGTTTGATCTCTCACTCCAGCGTTCACGTTCCCTTCTGCCTTC  488

seq1  TGTCATGGAATGATATAGCAGCAAAGCCACAAAATGTGGCTTTTGATGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATGGAATGATATAGCAGCAAAGCCACAAAATGTGGCTTTTGATGTT  538

seq1  AACTTCCCAGCCTCCAGGATTATAATCTATGACTCAGGTCATCAGGCAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCCCAGCCTCCAGGATTATAATCTATGACTCAGGTCATCAGGCAAG  588

seq1  TACCTTTACTGGCTGAGCTCTCCCTCTTTGTGACCTGCTTACCATTTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTTACTGGCTGAGCTCTCCCTCTTTGTGACCTGCTTACCATTTGTT  638

seq1  TCCATCTCTGAGAATGCAAGGTACCTTTCTCTGGTACCCTGGTACCTTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCTCTGAGAATGCAAGGTACCTTTCTCTGGTACCCTGGTACCTTTC  688

seq1  TCTCCAGTCCATGATATCACCCTGGCACACCATGGGGATGTATTAGATGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGTCCATGATATCACCCTGGCACACCATGGGGATGTATTAGATGC  738

seq1  TCACTGAGAGAATGAGAGTCAGATGAGTAATTTTCAATGATTCCCTTGCG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGAGAGAATGAGAGTCAGATGAGTAATTTTCAATGATTCCCTTGCG  788

seq1  TAAGTTGTGAGGCATTTCATAGAAATCCAGGAGACAAAAGAAGGTGGGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTGTGAGGCATTTCATAGAAATCCAGGAGACAAAAGAAGGTGGGGA  838

seq1  TTAATTGAGGAGAGGTGGCCATGGCCAATGGGCAAGAGTGAACAAGAAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTGAGGAGAGGTGGCCATGGCCAATGGGCAAGAGTGAACAAGAAGC  888

seq1  ACTGGTGGGCAGGAGCTGAGTAGTGTGGTTGGTTAGGAGAGAGGACAGGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTGGGCAGGAGCTGAGTAGTGTGGTTGGTTAGGAGAGAGGACAGGG  938

seq1  AAGGTTACATGGGGGTTTCTGGCTATGGGAGAAATAGTGTTATGTGGTAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTACATGGGGGTTTCTGGCTATGGGAGAAATAGTGTTATGTGGTAA  988

seq1  GTAGCGGTTCAGGGGAGGGCTCTCTGCATGGATTAGGGGTGGAGAGAATG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCGGTTCAGGGGAGGGCTCTCTGCATGGATTAGGGGTGGAGAGAATG  1038

seq1  AATTC  1055
      |||||
seq2  AATTC  1043

seq1: chr9_27091582_27092734
seq2: B6Ng01-096A15.g_69_1209

seq1  GAATTCCCCCTTGGAGTGAGTGCTGGGGACTGAAGGCCAAGATTTTTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCCTTGGAGTGAGTGCTGGGGACTGAAGGCCAAGATTTTTGCC  50

seq1  TCTTTTACCATTCTGCTTTACAGTGTGCTAATGAGAGCTTTCTGACACAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTACCATTCTGCTTTACAGTGTGCTAATGAGAGCTTTCTGACACAC  100

seq1  ATTCTATGTCTCGCTCTCATGAACCCCTTACCTAAGACTCAATGTGTGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTATGTCTCGCTCTCATGAACCCCTTACCTAAGACTCAATGTGTGTC  150

seq1  ATTCATTCACGGCTTCTGCCTTTTGATATGTTTTCACTTTTGCTGTCTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTCACGGCTTCTGCCTTTTGATATGTTTTCACTTTTGCTGTCTTC  200

seq1  TTTGGACCTTACACCATAAATAGGAGATGAAAAGACAAGAACCACACTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGACCTTACACCATAAATAGGAGATGAAAAGACAAGAACCACACTTC  250

seq1  ATCTATACCTAGGACACAAGGGACAAGCATGCAAGATTCTTAGCAGCCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATACCTAGGACACAAGGGACAAGCATGCAAGATTCTTAGCAGCCAT  300

seq1  GGGTTCAAGTCCAGCTCTAAACTCTAAACTGTAACAGGCACCCTCATGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCAAGTCCAGCTCTAAACTCTAAACTGTAACAGGCACCCTCATGCC  350

seq1  AGTGATTCTCAAATAAGTTGCAGAGCTTGTGTTTCCTAGGGTCTTCATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATTCTCAAATAAGTTGCAGAGCTTGTGTTTCCTAGGGTCTTCATTT  400

seq1  ATCTGGAAGAATGATGATGAAACAGGAAGTAATCTGGGTGGCTTTAAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGAAGAATGATGATGAAACAGGAAGTAATCTGGGTGGCTTTAAAAG  450

seq1  GATGAGTCCTGCTAGCTAGTATTATGGCAGTTCTGCATCAAGCTGCTATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGTCCTGCTAGCTAGTATTATGGCAGTTCTGCATCAAGCTGCTATA  500

seq1  AATCTGAGTCACAGGGAGGTGTGCAGAGAGCAGAGTTTGAGTTCCAAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGAGTCACAGGGAGGTGTGCAGAGAGCAGAGTTTGAGTTCCAAATA  550

seq1  TCCCTGACCAAGTTCTAACTCAAATGTCCTGGGGTTTCTCTTCAGAGACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGACCAAGTTCTAACTCAAATGTCCTGGGGTTTCTCTTCAGAGACT  600

seq1  GGGGTACTTTCCTATGTTCTGGCTATCTTCATGTAGGTGGTTCATAAACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTACTTTCCTATGTTCTGGCTATCTTCATGTAGGTGGTTCATAAACC  650

seq1  ATGTTTGGAGACACAGCATCAAGGAGTGGAAGGGGAGATGATCATGAAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTGGAGACACAGCATCAAGGAGTGGAAGGGGAGATGATCATGAAGC  700

seq1  AGGAGTGCAAGCTGCAGGCAAAGGTTGCTAAGAAGGAAGGGTACATGGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTGCAAGCTGCAGGCAAAGGTTGCTAAGAAGGAAGGGTACATGGTG  750

seq1  ATGTATTCTGTATGTATCCTATATGTGGGGGGAAGAAAAGGATTCTCAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTCTGTATGTATCCTATATGTGGGGGGAAGAAAAGGATTCTCAGA  800

seq1  AGAAAAAGCCTGTCTAAGCTATGAATGAAGAGGG-AAGGACAGCATGACA  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGAAAAAGCCTGTCTAAGCTATGAATGAAGAGGGAAAGGACAGCATGACA  850

seq1  ATTCTGAAGCCTAGGCTGGTCTGAAGGTTAATGGAAAGTTCTCCTGCCCA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATTCTGAAGCCTAGGCTGGTCTGAAGGTTAATGGAAAGTTCTCCTG-CCA  899

seq1  TTATTTCTGGCCTCCTTTGGTTTTCTGGAGGCTCCTTAAGACTCCATTCC  949
      ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTA-TTCTGGCCTCCTTTGG-TTTCTGGAGGCTCCTTAAGACTCCATTCC  947

seq1  TTTGAGTCTTGTGTCTTCCTTAAGATGTAGGGGGTCCTGACTATTGGAGA  999
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGTC-TGTGTCTTCCTTAAGATGTAGGGGGTCCTGACTATTGGAGA  996

seq1  GCAGTGTGAGAGGAGCTGTAACAGGAGCAAGCGCCACGTCGTATGGTTGG  1049
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |
seq2  GCAGTGTGAGAGGAGCTGTAACA-GAGCAAGCG-CACGTCGTATGGTT-G  1043

seq1  TGCCTTCACTGCTCTGCTAATGCTGACAGATTCACAGGCATCACCACTAA  1099
      |||||||||||||||||| ||||||| |||| || || |||||||||| |
seq2  TGCCTTCACTGCTCTGCT-ATGCTGAAAGATCCA-AGCCATCACCACT-A  1090

seq1  ATGCCTGAG-ATGGCTTTGCCAG-CTTGAGAAGTGCAAGAAAAGAACTCT  1147
      ||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||| || ||||||| |||||
seq2  ATGCCTGAGAATGGC-TTGCCAGCCTTGA-AAG-GC-AGAAAAG-ACTCT  1135

seq1  GTGCTA  1153
      ||||||
seq2  GTGCTA  1141