BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-110N15
Chromosome9 (Build37)
Map Location 60,588,692 - 60,712,770
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040447, Uaca, ENSMUSG00000052143
Upstream geneSenp8, Myo9a, EG665385, LOC100040361, Nr2e3, EG665389, Thsd4, LOC100039792, EG384942, Lrrc49, Larp6
Downstream geneA430102L10, LOC100040481, Tle3, LOC100039851
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-110N15.bB6Ng01-110N15.g
ACCDH917359DH917360
length1,1701,114
definitionDH917359|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-110N15, 5' end.DH917360|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-110N15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,588,692 - 60,589,858)(60,711,637 - 60,712,770)
sequence
gaattccagtgtaccccagctactttaaagaccttcatctttatacataa
atccaggcggactggacctgccctctacagaactgccccgtggggtgcta
tgctggggtcctgaacctgagctcagtagctctgagttctagtcttggac
tattccaggaaagaaccctggagaagtgatttctgtattcagttcatgtt
tccccatgcagtcagtggagaacaatcagataggtgctcctgagatgacc
taagtccctgcaagtgctttgtaggcattattacatgtctcgccttccca
tcatctccaaacacagcctacccattctcccaagggtttggaccttggtt
cgtggttgacaccacttgcagagcctattcctctgttggtctggctcaca
ccattctggagtgaggttccctgagtgactttagtgggtgggcagcatta
agactcccatcatgctgagacagggggctttagggacatgcacttcttcc
cctccttcaggacctagtcctggtctcatctgaagatgcctccactgtct
cagtgtatcagacgcctgggcactttgacggacctactttgtctatctct
gcagcagcactacagctgggtcatgaccttcctgtttgttaccacagctg
gcgtttcttgaacagcttgaccaggaaactcagccaatcatatttttaca
gatgtttcattctttttaacgaaaaccagctccctccccatgctgcaacg
ccaagtccgttggatatgtctccttaaggtgctggcagaacatcaacact
ccacacgtgtccaaagaatcgcttgatctgccatcctgccttcacatgcc
tacctgctcctgaccacccaccccagcaagtggacgtcatcctttttcca
gtcactgagatggaaatggggccatgcagtcaaggcgcagaaagttactt
ctggggtaagactccaaacaggtttgctttcttgtaccccagttctctcc
agcagagacagtggttgactggcctctgggtgatggtgtttgatcgagtc
acaacacaaacttgctccaagggtcagcactaaaggtatggaggctccct
caatgcactcccttctcgttagtggcgcatgcgcaggctccacggggggc
ttcctcattcccacccgtcc
gaattcatcacaataaatacgtactgacgaagggaaatgtccccactgtc
ttgacaggaaagtgactaaacaggacatgggtcatggtcacacccactgc
gggaagaagcaatgccacacagtgctaaggagatggaagtcttcgtcgcg
tgcgccccctgctaagatcataccacctactttgggtccatgaaggccac
tgaggggcactgcatttcctggaagtggagttacacacagttgtgagctg
ccgcgtgggtactgggaatcaaacctaaccttctggaagagcaatgagtg
ctcttaactgttatatttatgcttttaaataaaaagttaaaagtaggtgg
tgatgcacagacatgcatgcaagcagaacatacatacacatgaatacatg
gtttagaaaacctgcatgctggttttgagatatgaaatactagttacttt
tctatagtttatcatagcctattgagagttttaaatgactcatttgcaga
atgtgtgagccccttactgggtaaatctctgtcccacagccctttaagta
cagataaaaaggaagccttcatctggggatcccgtgtgtcactgcatgcc
gtgctgagcagcttgagtgtgaaaacattgcctactgatagacttcacaa
ccatgactaaaacgtcatccaggaccgtgaacaaggatgccgagggaaac
atccttagaccctcaacttactctgaagcttataaagctgggcttctaaa
taacctttcgaaggcactcctagatctaaaacactattttgctttaaatt
ttaaaatgtactgaagtaccccaatattacctgtgcatgaccttccacat
gtgcacatctgtccagtcacaaaccagatcaacagtttgagagagaagcc
tgcccggcagagccctgcccgagagcctggggcgtccctgatcacttaca
tggcgtttcccattttagagtcactccgctacagtcacagatagaacagc
atgtaagttgaaggtacaagacaaggagcagctcaggaagaggtctggaa
ggactatgtcaccttaccgccccatccggctgaaattttcacctagccta
cgagggcatgcagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_60588692_60589858
seq2: B6Ng01-110N15.b_46_1215

seq1  GAATTCCAGTGTACCCCAGCTACTTTAAAGACCTTCATCTTTATACATAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTGTACCCCAGCTACTTTAAAGACCTTCATCTTTATACATAA  50

seq1  ATCCAGGCGGACTGGACCTGCCCTCTACAGAACTGCCCCGTGGGGTGCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGGCGGACTGGACCTGCCCTCTACAGAACTGCCCCGTGGGGTGCTA  100

seq1  TGCTGGGGTCCTGAACCTGAGCTCAGTAGCTCTGAGTTCTAGTCTTGGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGGGTCCTGAACCTGAGCTCAGTAGCTCTGAGTTCTAGTCTTGGAC  150

seq1  TATTCCAGGAAAGAACCCTGGAGAAGTGATTTCTGTATTCAGTTCATGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCAGGAAAGAACCCTGGAGAAGTGATTTCTGTATTCAGTTCATGTT  200

seq1  TCCCCATGCAGTCAGTGGAGAACAATCAGATAGGTGCTCCTGAGATGACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCATGCAGTCAGTGGAGAACAATCAGATAGGTGCTCCTGAGATGACC  250

seq1  TAAGTCCCTGCAAGTGCTTTGTAGGCATTATTACATGTCTCGCCTTCCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCCCTGCAAGTGCTTTGTAGGCATTATTACATGTCTCGCCTTCCCA  300

seq1  TCATCTCCAAACACAGCCTACCCATTCTCCCAAGGGTTTGGACCTTGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTCCAAACACAGCCTACCCATTCTCCCAAGGGTTTGGACCTTGGTT  350

seq1  CGTGGTTGACACCACTTGCAGAGCCTATTCCTCTGTTGGTCTGGCTCACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGTTGACACCACTTGCAGAGCCTATTCCTCTGTTGGTCTGGCTCACA  400

seq1  CCATTCTGGAGTGAGGTTCCCTGAGTGACTTTAGTGGGTGGGCAGCATTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCTGGAGTGAGGTTCCCTGAGTGACTTTAGTGGGTGGGCAGCATTA  450

seq1  AGACTCCCATCATGCTGAGACAGGGGGCTTTAGGGACATGCACTTCTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCCCATCATGCTGAGACAGGGGGCTTTAGGGACATGCACTTCTTCC  500

seq1  CCTCCTTCAGGACCTAGTCCTGGTCTCATCTGAAGATGCCTCCACTGTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTTCAGGACCTAGTCCTGGTCTCATCTGAAGATGCCTCCACTGTCT  550

seq1  CAGTGTATCAGACGCCTGGGCACTTTGACGGACCTACTTTGTCTATCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTATCAGACGCCTGGGCACTTTGACGGACCTACTTTGTCTATCTCT  600

seq1  GCAGCAGCACTACAGCTGGGTCATGACCTTCCTGTTTGTTACCACAGCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAGCACTACAGCTGGGTCATGACCTTCCTGTTTGTTACCACAGCTG  650

seq1  GCGTTTCTTGAACAGCTTGACCAGGAAACTCAGCCAATCATATTTTTACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTTTCTTGAACAGCTTGACCAGGAAACTCAGCCAATCATATTTTTACA  700

seq1  GATGTTTCATTCTTTTTAACGAAAACCAGCTCCCTCCCCATGCTGCAACG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTTCATTCTTTTTAACGAAAACCAGCTCCCTCCCCATGCTGCAACG  750

seq1  CCAAGTCCGTTGGATATGTCTCCTTAAGGTGCTGGCAGAACATCAACACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTCCGTTGGATATGTCTCCTTAAGGTGCTGGCAGAACATCAACACT  800

seq1  CCACACGTGTCCAAAGAATCGCTTGATCTGCCATCCTGCCTTCACATGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACGTGTCCAAAGAATCGCTTGATCTGCCATCCTGCCTTCACATGCC  850

seq1  TACCTGCTCCTGACCACCCACCCCAGCAAGT-GACGTCATCCTTTTTCCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TACCTGCTCCTGACCACCCACCCCAGCAAGTGGACGTCATCCTTTTTCCA  900

seq1  GTCACTGAGATGGAAATGAGGCCATGCAGTCAAGGCGCAGAAAGTTACTT  949
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTGAGATGGAAATGGGGCCATGCAGTCAAGGCGCAGAAAGTTACTT  950

seq1  CT-GGGTAAGACTCCAAACAGGTTTGCTTTCTTGTACCCCAGTTCTCTCC  998
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGTAAGACTCCAAACAGGTTTGCTTTCTTGTACCCCAGTTCTCTCC  1000

seq1  AGCAGAGAACAGTGG-TGACT-GCCTCT-GGTGAT-GTGTTTGAATCGAG  1044
      ||||||| ||||||| ||||| |||||| |||||| ||||||| ||||||
seq2  AGCAGAG-ACAGTGGTTGACTGGCCTCTGGGTGATGGTGTTTG-ATCGAG  1048

seq1  TCACAACACAAAACTTGCTC--AAGGTCAGCACTAAAAGTATGGAGGCTT  1092
      ||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||| |||||||||| |
seq2  TCACAACAC-AAACTTGCTCCAAGGGTCAGCACTAAAGGTATGGAGGC-T  1096

seq1  CCCTCAGTGCACCTTCCCTCTCCGTAGT-GCGCATGCGCAGAGCTCCAC-  1140
      |||||| |||| || || ||||  |||| |||||||||||| ||||||| 
seq2  CCCTCAATGCA-CTCCCTTCTCGTTAGTGGCGCATGCGCAG-GCTCCACG  1144

seq1  GGGCGCTTCCTCATTCCCCACCCGTCC  1167
      ||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  GGGGGCTTCCTCATT-CCCACCCGTCC  1170

seq1: chr9_60711637_60712770
seq2: B6Ng01-110N15.g_67_1180 (reverse)

seq1  ACTGCATGCCCCTCGTAGGCTAGGTGAGAACATCTCAGCCGGTGGTGGCG  50
      |||||||| ||||||||||||||||  ||| || ||||||||  | ||||
seq2  ACTGCATG-CCCTCGTAGGCTAGGT--GAAAATTTCAGCCGGATGGGGCG  47

seq1  TGTAGGTGACATTTAGTTCCTTTCCAGACTCTCTTCCTGAAGCTGCTCCC  100
         ||||||||  ||||  | |||||||| ||||||||| ||||||| ||
seq2  GTAAGGTGACA--TAGT--CCTTCCAGAC-CTCTTCCTG-AGCTGCT-CC  90

seq1  TTGTCTTGTACTTTTTCAAAACCTTACATGCTGTTCTATCCTGTGAACTT  150
      |||||||||||   |||||   ||||||||||||||||| ||||||   |
seq2  TTGTCTTGTAC--CTTCAA---CTTACATGCTGTTCTAT-CTGTGA--CT  132

seq1  GTAGCGGAGTGACTCTAAAAATGGGGAAACGCCATGTAAGTGATCAGGGA  200
      ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCGGAGTGACTCTAAAA--TGGGAAACGCCATGTAAGTGATCAGGGA  180

seq1  CGCCCCAGGCTCTCGGGCAGGGCTCTGCCGGGCAGGCTTCTCTCTCAAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCCCAGGCTCTCGGGCAGGGCTCTGCCGGGCAGGCTTCTCTCTCAAAC  230

seq1  TGTTGATCTGGTTTGTGACTGGACAGATGTGCACATGTGGAAGGTCATGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGATCTGGTTTGTGACTGGACAGATGTGCACATGTGGAAGGTCATGC  280

seq1  ACAGGTAATATTGGGGTACTTCAGTACATTTTAAAATTTAAAGCAAAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTAATATTGGGGTACTTCAGTACATTTTAAAATTTAAAGCAAAATA  330

seq1  GTGTTTTAGATCTAGGAGTGCCTTCGAAAGGTTATTTAGAAGCCCAGCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTTAGATCTAGGAGTGCCTTCGAAAGGTTATTTAGAAGCCCAGCTT  380

seq1  TATAAGCTTCAGAGTAAGTTGAGGGTCTAAGGATGTTTCCCTCGGCATCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGCTTCAGAGTAAGTTGAGGGTCTAAGGATGTTTCCCTCGGCATCC  430

seq1  TTGTTCACGGTCCTGGATGACGTTTTAGTCATGGTTGTGAAGTCTATCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCACGGTCCTGGATGACGTTTTAGTCATGGTTGTGAAGTCTATCAG  480

seq1  TAGGCAATGTTTTCACACTCAAGCTGCTCAGCACGGCATGCAGTGACACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCAATGTTTTCACACTCAAGCTGCTCAGCACGGCATGCAGTGACACA  530

seq1  CGGGATCCCCAGATGAAGGCTTCCTTTTTATCTGTACTTAAAGGGCTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGATCCCCAGATGAAGGCTTCCTTTTTATCTGTACTTAAAGGGCTGTG  580

seq1  GGACAGAGATTTACCCAGTAAGGGGCTCACACATTCTGCAAATGAGTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGAGATTTACCCAGTAAGGGGCTCACACATTCTGCAAATGAGTCAT  630

seq1  TTAAAACTCTCAATAGGCTATGATAAACTATAGAAAAGTAACTAGTATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAACTCTCAATAGGCTATGATAAACTATAGAAAAGTAACTAGTATTT  680

seq1  CATATCTCAAAACCAGCATGCAGGTTTTCTAAACCATGTATTCATGTGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCTCAAAACCAGCATGCAGGTTTTCTAAACCATGTATTCATGTGTA  730

seq1  TGTATGTTCTGCTTGCATGCATGTCTGTGCATCACCACCTACTTTTAACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTTCTGCTTGCATGCATGTCTGTGCATCACCACCTACTTTTAACT  780

seq1  TTTTATTTAAAAGCATAAATATAACAGTTAAGAGCACTCATTGCTCTTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTAAAAGCATAAATATAACAGTTAAGAGCACTCATTGCTCTTCC  830

seq1  AGAAGGTTAGGTTTGATTCCCAGTACCCACGCGGCAGCTCACAACTGTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGTTAGGTTTGATTCCCAGTACCCACGCGGCAGCTCACAACTGTGT  880

seq1  GTAACTCCACTTCCAGGAAATGCAGTGCCCCTCAGTGGCCTTCATGGACC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTCCACTTCCAGGAAATGCAGTGCCCCTCAGTGGCCTTCATGGACC  930

seq1  CAAAGTAGGTGGTATGATCTTAGCAGGGGGCGCACGCGACGAAGACTTCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTAGGTGGTATGATCTTAGCAGGGGGCGCACGCGACGAAGACTTCC  980

seq1  ATCTCCTTAGCACTGTGTGGCATTGCTTCTTCCCGCAGTGGGTGTGACCA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCTTAGCACTGTGTGGCATTGCTTCTTCCCGCAGTGGGTGTGACCA  1030

seq1  TGACCCATGTCCTGTTTAGTCACTTTCCTGTCAAGACAGTGGGGACATTT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCATGTCCTGTTTAGTCACTTTCCTGTCAAGACAGTGGGGACATTT  1080

seq1  CCCTTCGTCAGTACGTATTTATTGTGATGAATTC  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCGTCAGTACGTATTTATTGTGATGAATTC  1114