BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-110P04
Chromosome9 (Build37)
Map Location 116,155,746 - 116,291,571
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD730003K21Rik
Upstream geneStt3b, LOC100039567, LOC670467, EG546164, Gadl1, EG668829, Tgfbr2, LOC100043817, LOC100043819
Downstream geneRbms3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-110P04.bB6Ng01-110P04.g
ACCDH917425DH917426
length9621,012
definitionDH917425|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-110P04, 5' end.DH917426|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-110P04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,155,746 - 116,156,711)(116,290,567 - 116,291,571)
sequence
gaattccattgcagctgccacagtctggaaccctccagaacatttctctg
tgggaagacaaggaggctgacctgaggatgtcatttcagtctcctgtcag
cttccaaggaacactgccagaaacaaaataacttaagaagacagagggaa
tcgagtaatttgcatctctgcctcttattttttctttctcatctcagtgg
ctttccacacttgggagggggtcactctggtgaccctgatttgcaatttc
caagtcactgccattttcactaatgtgaggtgccttcatcaccaatggac
aagccaggaaacaggctcacgaagatgttactaaaggacagatctctgat
gcatgaatcagctacacataaaaattataacttttaaccactttggagtg
atcagcacaccccaaagactgtttgtgccataggacttagttagggtttt
attgctgtgaagaggcactgtgaccatggcctcttataaaggacatttga
ttgggattggcttatagttgagagggttatccattatcctcatgatggga
agtatgatggcatgctggcagacatggtgctgaaaagggagctaagagtt
ctactgggcagggcttcaaagcctgtcaccagtgaccattttctccaata
aactcacaccaacttcaacaaggccacacctcctaacagtgccactcctc
aggacctatgggggtcattttctttcaaactaccataccatgtgtggaat
gttctttcagttgttcagtatctcagctttccccatcttacttttcacat
cccaaattctcatggtggccaacaattatcgagcattttttttattattc
cttcacttatttagacaggacctcatacactcaaggctgcccttgaacta
gctgtataccctaagggtcctggggatagagagatggctctgatgttaga
gcattcttgctc
gaattcatctctccctgctgcctgactggaatctacctcaagcccctatg
gccatgctttccctgtgaaccaaaataaacccttcctcccttcgttaagt
ttcttctatcaagtaatttgtcagagcaagaagaccagtaattcgctggg
ctccgggtgggggtgggaaaacggctcagcagttaaggacacttactgtt
cttactgatgacccaagtttgttccccagtgcacacattgggcagctcac
aaccacctgtatacaaccccagctccagggaacctgcctcctatagcaac
gtcactgacatgcacaaatgagcatatacacaagcaaattcatacattaa
taattaaaaagtaagatctatctgggggtgatggtgcatacctttttaat
gacagcatttaagaggcacaaagatgggtagatctttgtgaataaggtca
gactcatcgacatctgacttccaggccagcccaggctacctagtgagagc
ctatctcaataagtaaattttcaaacaaatgaaaaacacataaacaagaa
tttttttatgaggacagtaatggattattgttttcagccattaaataacc
atatttggaagaattatcacatttcttcattttagggttaatttaattaa
ttgaataggacaggaagtttagccacagtctgtgtagatcgctccaggta
aaagcacatgccacacaaggctgatgacctgagtgtgctctctggatcca
aggaaggtagaaggagaagtgactctgtgaagttgtcctctgaaccttcg
cacgcactgtggcgcacacacacacactgtgacacacatgtatacacaca
cacaccacaagtaatgatataccattttaaagatctgatttactctcagt
catgtgcatacatgtgtgttgagtggggatatgttcatgtgtaataggca
tcgttacatgtccaaagagaaatcagttctcctgctgcatggaaatcagg
acatgtgagttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_116155746_116156711
seq2: B6Ng01-110P04.b_43_1004

seq1  GAATTCCATTGCAGCTGCCACAGTCTGGAACCCTCCAGAACATTTCTCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTGCAGCTGCCACAGTCTGGAACCCTCCAGAACATTTCTCTG  50

seq1  TGGGAAGACAAGGAGGCTGACCTGAGGATGTCATTTCAGTCTCCTGTCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAGACAAGGAGGCTGACCTGAGGATGTCATTTCAGTCTCCTGTCAG  100

seq1  CTTCCAAGGAACACTGCCAGAAACAAAATAACTTAAGAAGACAGAGGGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAAGGAACACTGCCAGAAACAAAATAACTTAAGAAGACAGAGGGAA  150

seq1  TCGAGTAATTTGCATCTCTGCCTCTTATTTTTTCTTTCTCATCTCAGTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAGTAATTTGCATCTCTGCCTCTTATTTTTTCTTTCTCATCTCAGTGG  200

seq1  CTTTCCACACTTGGGAGGGGGTCACTCTGGTGACCCTGATTTGCAATTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCACACTTGGGAGGGGGTCACTCTGGTGACCCTGATTTGCAATTTC  250

seq1  CAAGTCACTGCCATTTTCACTAATGTGAGGTGCCTTCATCACCAATGGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCACTGCCATTTTCACTAATGTGAGGTGCCTTCATCACCAATGGAC  300

seq1  AAGCCAGGAAACAGGCTCACGAAGATGTTACTAAAGGACAGATCTCTGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAGGAAACAGGCTCACGAAGATGTTACTAAAGGACAGATCTCTGAT  350

seq1  GCATGAATCAGCTACACATAAAAATTATAACTTTTAACCACTTTGGAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAATCAGCTACACATAAAAATTATAACTTTTAACCACTTTGGAGTG  400

seq1  ATCAGCACACCCCAAAGACTGTTTGTGCCATAGGACTTAGTTAGGGTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCACACCCCAAAGACTGTTTGTGCCATAGGACTTAGTTAGGGTTTT  450

seq1  ATTGCTGTGAAGAGGCACTGTGACCATGGCCTCTTATAAAGGACATTTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTGTGAAGAGGCACTGTGACCATGGCCTCTTATAAAGGACATTTGA  500

seq1  TTGGGATTGGCTTATAGTTGAGAGGGTTATCCATTATCCTCATGATGGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGATTGGCTTATAGTTGAGAGGGTTATCCATTATCCTCATGATGGGA  550

seq1  AGTATGATGGCATGCTGGCAGACATGGTGCTGAAAAGGGAGCTAAGAGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGATGGCATGCTGGCAGACATGGTGCTGAAAAGGGAGCTAAGAGTT  600

seq1  CTACTGGGCAGGGCTTCAAAGCCTGTCACCAGTGACCATTTTCTCCAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGGGCAGGGCTTCAAAGCCTGTCACCAGTGACCATTTTCTCCAATA  650

seq1  AACTCACACCAACTTCAACAAGGCCACACCTCCTAACAGTGCCACTCCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCACACCAACTTCAACAAGGCCACACCTCCTAACAGTGCCACTCCTC  700

seq1  AGGACCTATGGGGGTCATTTTCTTTCAAACTACCATACCATGTGTGGAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCTATGGGGGTCATTTTCTTTCAAACTACCATACCATGTGTGGAAT  750

seq1  GTTCTTTCAGTTGTTCAGTATCTCAGTTTTCCCCATCTTACTTTTCCACA  800
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
seq2  GTTCTTTCAGTTGTTCAGTATCTCAGCTTTCCCCATCTTACTTTT-CACA  799

seq1  TCCCAAATTCTCATGGTGGCCAACAATTATCGAGCATTTTTTTTATTTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TCCCAAATTCTCATGGTGGCCAACAATTATCGAGCATTTTTTTTA-TTAT  848

seq1  TCCTTCACTTATTTTAGACAAGGACCTCATACACTCAAGGCTGCCCTTGA  900
      ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCACTTA-TTTAGAC-AGGACCTCATACACTCAAGGCTGCCCTTGA  896

seq1  ACTAGCTGTATACCC-AAGGGTCCTGGGGATAGAGAGATGGCTCTGAAGT  949
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACTAGCTGTATACCCTAAGGGTCCTGGGGATAGAGAGATGGCTCTGATGT  946

seq1  TAAGAGCAATTTTGCTC  966
      | |||||| | ||||||
seq2  T-AGAGCATTCTTGCTC  962

seq1: chr9_116290567_116291571
seq2: B6Ng01-110P04.g_81_1081 (reverse)

seq1  GAACTCACAACTGCCTGTATCTCCA-GCTGCAGGAGAGCTGATTTCCTCT  49
      |||||||||  | |||| || |||| || |||||||| ||||||| ||||
seq2  GAACTCACATGT-CCTG-ATTTCCATGCAGCAGGAGAACTGATTT-CTCT  47

seq1  TTGG-CCTCTAAAGATGCCTATATACACATGAACATATCCCCACACAACA  98
      |||| | | ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTGGACATGTAACGATGCCTAT-TACACATGAACATATCCCCACTCAACA  96

seq1  CACATGTATGCACATGACTAAGAGTAAAACAGATCTTTAAAATGTTATTA  148
      ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| || ||
seq2  CACATGTATGCACATGACTGAGAGTAAATCAGATCTTTAAAATGGTA-TA  145

seq1  TCATTACTTGTGGTGTGTGTGTGTATACATGTGTGTCACAGTGTGTGTGT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTACTTGTGGTGTGTGTGTGTATACATGTGTGTCACAGTGTGTGTGT  195

seq1  GTGCGCCACAGTGCGTGCGAAGGTTCAGAGGACAACTTCACAGAGTCACT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCGCCACAGTGCGTGCGAAGGTTCAGAGGACAACTTCACAGAGTCACT  245

seq1  TCTCCTTCTACCTTTCCTTGGATCCAGAGAGCACACTCAGGTCATCAGCC  298
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTCTACC-TTCCTTGGATCCAGAGAGCACACTCAGGTCATCAGCC  294

seq1  TTGTGTGGCATGTGCTTTTACCTGGAGCGATCTACACAGACTGTGGCTAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGGCATGTGCTTTTACCTGGAGCGATCTACACAGACTGTGGCTAA  344

seq1  ACTTCCTGTCCTATTCAATTAATTAAATTAACCCTAAAATGAAGAAATGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCTGTCCTATTCAATTAATTAAATTAACCCTAAAATGAAGAAATGT  394

seq1  GATAATTCTTCCAAATATGGTTATTTAATGGCTGAAAACAATAATCCATT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATTCTTCCAAATATGGTTATTTAATGGCTGAAAACAATAATCCATT  444

seq1  ACTGTCCTCATAAAAAAATTCTTGTTTATGTGTTTTTCATTTGTTTGAAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCCTCATAAAAAAATTCTTGTTTATGTGTTTTTCATTTGTTTGAAA  494

seq1  ATTTACTTATTGAGATAGGCTCTCACTAGGTAGCCTGGGCTGGCCTGGAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACTTATTGAGATAGGCTCTCACTAGGTAGCCTGGGCTGGCCTGGAA  544

seq1  GTCAGATGTCGATGAGTCTGACCTTATTCACAAAGATCTACCCATCTTTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGATGTCGATGAGTCTGACCTTATTCACAAAGATCTACCCATCTTTG  594

seq1  TGCCTCTTAAATGCTGTCATTAAAAAGGTATGCACCATCACCCCCAGATA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCTTAAATGCTGTCATTAAAAAGGTATGCACCATCACCCCCAGATA  644

seq1  GATCTTACTTTTTAATTATTAATGTATGAATTTGCTTGTGTATATGCTCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTACTTTTTAATTATTAATGTATGAATTTGCTTGTGTATATGCTCA  694

seq1  TTTGTGCATGTCAGTGACGTTGCTATAGGAGGCAGGTTCCCTGGAGCTGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGCATGTCAGTGACGTTGCTATAGGAGGCAGGTTCCCTGGAGCTGG  744

seq1  GGTTGTATACAGGTGGTTGTGAGCTGCCCAATGTGTGCACTGGGGAACAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTATACAGGTGGTTGTGAGCTGCCCAATGTGTGCACTGGGGAACAA  794

seq1  ACTTGGGTCATCAGTAAGAACAGTAAGTGTCCTTAACTGCTGAGCCGTTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGGTCATCAGTAAGAACAGTAAGTGTCCTTAACTGCTGAGCCGTTT  844

seq1  TCCCACCCCCACCCGGAGCCCAGCGAATTACTGGTCTTCTTGCTCTGACA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACCCCCACCCGGAGCCCAGCGAATTACTGGTCTTCTTGCTCTGACA  894

seq1  AATTACTTGATAGAAGAAACTTAACGAAGGGAGGAAGGGTTTATTTTGGT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACTTGATAGAAGAAACTTAACGAAGGGAGGAAGGGTTTATTTTGGT  944

seq1  TCACAGGGAAAGCATGGCCATAGGGGCTTGAGGTAGATTCCAGTCAGGCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGGGAAAGCATGGCCATAGGGGCTTGAGGTAGATTCCAGTCAGGCA  994

seq1  GCAGGGA  1005
      |||||||
seq2  GCAGGGA  1001