BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-115J01
Chromosome9 (Build37)
Map Location 22,440,288 - 22,585,139
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBbs9
Upstream geneSmarca4, Ldlr, Spc24, Ankrd25, Dock6, EG624219, Rab3d, BC010787, 2510048L02Rik, BC018242, 2310047B19Rik, Epor, Rgl3, C330001K17Rik, Prkcsh, Elavl3, Zfp653, Ecsit, EG625409, Cnn1, Elof1, Acp5, Pigyl, LOC100034724, 9530015I07Rik, 1810064F22Rik, Zfp809, BC050092, Zfp810, LOC100041826, EG625603, Anln, 9530077C05Rik, rp9, LOC100041870, LOC100040805
Downstream geneBmper, LOC100040866
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-115J01.bB6Ng01-115J01.g
ACCDH920795DH920796
length9861,083
definitionDH920795|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115J01, 5' end.DH920796|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115J01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(22,440,288 - 22,441,270)(22,584,042 - 22,585,139)
sequence
gaattctggtttctgtgtctgtaggtatatgtactgtgtgtggtgaattc
tggattctgtgtctgtaggtatatgtgctgtgtgtggtgaattctggatt
ctgtgtctgtaggtatatgtgctgtgtgtggtgaattctggattctgtgt
ctgtaggtatatgtgctgtgtgtggtgaattctggattctgtgtctgtag
gtatatgtgctgtgtgtggtgaattctgcattctgtgtctgtaggtatat
gtgctatgtattgtgaattatgatcaagttgatttaagttctaggcttct
tggtaggaatttatgggatgataacacatttcagattttgttgctttcta
gattagtagctctcaacctttctgatgttgtgaccttttagtagagctcc
tcatgatgtgatggccccaattataacattattttcattgctacttcata
aatgtaatattgcttctgttatgacttataatgtaaatacatgatatgca
ggatatctgatatgtgacccctaagaaagggccttttgaccttcaaaggc
atggcagcccacaggttgggaaccactgatctagacaaaaacatcactgt
cttcttagtgttggaaaggggcaccttggcaggatttagagatgtgaggg
ggatatagagaggttcttaaatcttattgccacagtagtgagttattttc
tgagtggatttttccctcactgcagggttctgccttgtttaattgttata
gtgtcgtcattatcaattgctttctgcttttaccaacatcagcaccacca
tgtcttcccactacccttcttgttcactgatgtatccttagttttgcatg
tgttagatgctcactgtctgtttgctctgtgagtgattagatggagaaac
aggatggctggaaaggggatgggtttttggttattttactccatatcctg
tttacccttcctcagatatgttgtctgtatataatc
gaattcctgctttctggaatgctgatggtacattccagcctataaaataa
gccattgccagagcttgtgacaatcacatgataaagacacagatcacaac
ccaaatgtgtgctgaacagaagacatgttgcctaagacaggagagcaccg
gtgagcatcaggcactggtctcacgggaagggaaacagctgtcctgcccc
caaaccccctttcacctgagtggtcatgtctggaagggcaatggctttct
gccatcaaaagtcagagaatttcagcacatggcaaaacatcaagtagctg
gcttctctatggatcaggaacaatctttgttcttcaaacttacactgctg
taaccaacctatgacttaaaattcctgagtctaaaaggtaggctagcatc
tctgaatgtgcaaaagctgtaaaatggcttattcactctgaagtgactct
taacaggactcagtacagccaggaagttatcagtctatttaaacaaatca
catctctacaacgtttgctcaggagattctcctgaccatgaggaggccat
gcacaccccacacgagtttgagaagcaaactttcttctaagacagtcccc
tactaacatggaaaacccaagtcagctttcatatcaaccaaggcaagaaa
tgttccctggacaacactggtggcgtgtctcaaacaatctggttcagcta
tgccctttatttatgaagacagatgctgctttgcgtattcccccaccacc
ttaccaccatctccaaggatattaaaaagatccatttctaaagctaggaa
atcaggcttcaacccaccattgtgtgggtcataagaattacaccaagcta
ctcgatgagtcatcagaccctggagtcaatcagcgaacaaattcgtcatt
tttcctcttttgacagagtgactggctatccaccaccacagcaaatactg
ggcagagcaggcaaggtcgggacagcagcaaagcctcttaagctcacaac
cttatcactgtttatttgggcactgatgacagccaggtgatgcatctccc
tctcttgcacacattacactatgtctcatataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_22440288_22441270
seq2: B6Ng01-115J01.b_44_1029

seq1  GAATTCTGGTTTCTGTGTCTGTAGGTATATGTACTGTGTGTGGTGAATTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGTTTCTGTGTCTGTAGGTATATGTACTGTGTGTGGTGAATTC  50

seq1  TGGATTCTGTGTCTGTAGGTATATGTGCTGTGTGTGGTGAATTCTGGATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTCTGTGTCTGTAGGTATATGTGCTGTGTGTGGTGAATTCTGGATT  100

seq1  CTGTGTCTGTAGGTATATGTGCTGTGTGTGGTGAATTCTGGATTCTGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTCTGTAGGTATATGTGCTGTGTGTGGTGAATTCTGGATTCTGTGT  150

seq1  CTGTAGGTATATGTGCTGTGTGTGGTGAATTCTGGATTCTGTGTCTGTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGGTATATGTGCTGTGTGTGGTGAATTCTGGATTCTGTGTCTGTAG  200

seq1  GTATATGTGCTGTGTGTGGTGAATTCTGCATTCTGTGTCTGTAGGTATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATGTGCTGTGTGTGGTGAATTCTGCATTCTGTGTCTGTAGGTATAT  250

seq1  GTGCTATGTATTGTGAATTATGATCAAGTTGATTTAAGTTCTAGGCTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTATGTATTGTGAATTATGATCAAGTTGATTTAAGTTCTAGGCTTCT  300

seq1  TGGTAGGAATTTATGGGATGATAACACATTTCAGATTTTGTTGCTTTCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGGAATTTATGGGATGATAACACATTTCAGATTTTGTTGCTTTCTA  350

seq1  GATTAGTAGCTCTCAACCTTTCTGATGTTGTGACCTTTTAGTAGAGCTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGTAGCTCTCAACCTTTCTGATGTTGTGACCTTTTAGTAGAGCTCC  400

seq1  TCATGATGTGATGGCCCCAATTATAACATTATTTTCATTGCTACTTCATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGATGTGATGGCCCCAATTATAACATTATTTTCATTGCTACTTCATA  450

seq1  AATGTAATATTGCTTCTGTTATGACTTATAATGTAAATACATGATATGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAATATTGCTTCTGTTATGACTTATAATGTAAATACATGATATGCA  500

seq1  GGATATCTGATATGTGACCCCTAAGAAAGGGCCTTTTGACCTTCAAAGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATCTGATATGTGACCCCTAAGAAAGGGCCTTTTGACCTTCAAAGGC  550

seq1  ATGGCAGCCCACAGGTTGGGAACCACTGATCTAGACAAAAACATCACTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCAGCCCACAGGTTGGGAACCACTGATCTAGACAAAAACATCACTGT  600

seq1  CTTCTTAGTGTTGGAAAGGGGCACCTTGGCAGGATTTAGAGATGTGAGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTAGTGTTGGAAAGGGGCACCTTGGCAGGATTTAGAGATGTGAGGG  650

seq1  GGATATAGAGAGGTTCTTAAATCTTATTGCCACAGTAGTGAGTTATTTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATAGAGAGGTTCTTAAATCTTATTGCCACAGTAGTGAGTTATTTTC  700

seq1  TGAGTGGATTTTTCCCTCACTGCAGGGTTCTGCCTTGTTTAATTGTTATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGGATTTTTCCCTCACTGCAGGGTTCTGCCTTGTTTAATTGTTATA  750

seq1  GTGTCGTCATTATCAATTGCTTTCTGCTTTTACCAACATCAGCACCACCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCGTCATTATCAATTGCTTTCTGCTTTTACCAACATCAGCACCACCA  800

seq1  TGTCTTCCCACTACCCTTCTTGTTCACTGATGTATCCTTAGTTTTGCATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTCCCACTACCCTTCTTGTTCACTGATGTATCCTTAGTTTTGCATG  850

seq1  TGTTAGATGCTCACTGTCTGTTTGCTCTGTGAGTGATTAGATGGAGAAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGATGCTCACTGTCTGTTTGCTCTGTGAGTGATTAGATGGAGAAAC  900

seq1  AGGATGGCTGG-AAGGGGATGGG-TTTTGGTTATTTTACTCCATATCCTG  948
      ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGGCTGGAAAGGGGATGGGTTTTTGGTTATTTTACTCCATATCCTG  950

seq1  TTTACTCTTCCTCAGGATATG-TGTCTGTA-ATAATC  983
      ||||| |||||||| |||||| |||||||| ||||||
seq2  TTTACCCTTCCTCA-GATATGTTGTCTGTATATAATC  986

seq1: chr9_22584042_22585139
seq2: B6Ng01-115J01.g_69_1151 (reverse)

seq1  TTATATGGAAGACATAGTGTAATGTGTGCCAGGAGAGGGGAGATGCATTC  50
      |||||||  ||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||  
seq2  TTATATG--AGACATAGTGTAATGTGTG-CAAGAGA-GGGAGATGCAT--  44

seq1  AAACTGGCTGTTCATTCAGTGCCCAAATTAAACAGTTGATTAGG-TGTGA  99
       | ||||||| ||| |||||||||||| ||||||| |||| ||| |||||
seq2  CACCTGGCTG-TCA-TCAGTGCCCAAA-TAAACAG-TGATAAGGTTGTGA  90

seq1  GCCTTAAGAGGGCCTTTGGCTTGCTGTCCCGACCTTGCCTGCTCTTGCCA  149
      | |||||||||  |||||   ||||||||||||||||||||||||  |||
seq2  G-CTTAAGAGG--CTTTG--CTGCTGTCCCGACCTTGCCTGCTCTGCCCA  135

seq1  GTTATTTTGCTGTGGT-GTGGATAGCCAGTCACCTCTGTCAAAAGAGGAA  198
      ||   ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GT--ATTTGCTGTGGTGGTGGATAGCCAGTCA-CTCTGTCAAAAGAGGAA  182

seq1  AAATGACGAATTTGTTCGCTGATTGACTCCAGGGTCTGATGACTCATCGA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGACGAATTTGTTCGCTGATTGACTCCAGGGTCTGATGACTCATCGA  232

seq1  GTAGCTTGGTGTAATTCTTATGA-CCACACAATGGTGGGTTGAAGCCTGA  297
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTTGGTGTAATTCTTATGACCCACACAATGGTGGGTTGAAGCCTGA  282

seq1  TTTCCTAGCTTTAGAAATGGATCTTTTTAATATCCTTGGAGATGGTGGTA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTAGCTTTAGAAATGGATCTTTTTAATATCCTTGGAGATGGTGGTA  332

seq1  AGGTGGTGGGGGAATACGCAAAGCAGCATCTGTCTTCATAAATAAAGGGC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGTGGGGGAATACGCAAAGCAGCATCTGTCTTCATAAATAAAGGGC  382

seq1  ATAGCTGAACCAGATTGTTTGAGACACGCCACCAGTGTTGTCCAGGGAAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTGAACCAGATTGTTTGAGACACGCCACCAGTGTTGTCCAGGGAAC  432

seq1  ATTTCTTGCCTTGGTTGATATGAAAGCTGACTTGGGTTTTCCATGTTAGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTGCCTTGGTTGATATGAAAGCTGACTTGGGTTTTCCATGTTAGT  482

seq1  AGGGGACTGTCTTAGAAGAAAGTTTGCTTCTCAAACTCGTGTGGGGTGTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGACTGTCTTAGAAGAAAGTTTGCTTCTCAAACTCGTGTGGGGTGTG  532

seq1  CATGGCCTCCTCATGGTCAGGAGAATCTCCTGAGCAAACGTTGTAGAGAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCCTCCTCATGGTCAGGAGAATCTCCTGAGCAAACGTTGTAGAGAT  582

seq1  GTGATTTGTTTAAATAGACTGATAACTTCCTGGCTGTACTGAGTCCTGTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTTGTTTAAATAGACTGATAACTTCCTGGCTGTACTGAGTCCTGTT  632

seq1  AAGAGTCACTTCAGAGTGAATAAGCCATTTTACAGCTTTTGCACATTCAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTCACTTCAGAGTGAATAAGCCATTTTACAGCTTTTGCACATTCAG  682

seq1  AGATGCTAGCCTACCTTTTAGACTCAGGAATTTTAAGTCATAGGTTGGTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCTAGCCTACCTTTTAGACTCAGGAATTTTAAGTCATAGGTTGGTT  732

seq1  ACAGCAGTGTAAGTTTGAAGAACAAAGATTGTTCCTGATCCATAGAGAAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAGTGTAAGTTTGAAGAACAAAGATTGTTCCTGATCCATAGAGAAG  782

seq1  CCAGCTACTTGATGTTTTGCCATGTGCTGAAATTCTCTGACTTTTGATGG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTACTTGATGTTTTGCCATGTGCTGAAATTCTCTGACTTTTGATGG  832

seq1  CAGAAAGCCATTGCCCTTCCAGACATGACCACTCAGGTGAAAGGGGGTTT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGCCATTGCCCTTCCAGACATGACCACTCAGGTGAAAGGGGGTTT  882

seq1  GGGGGCAGGACAGCTGTTTCCCTTCCCGTGAGACCAGTGCCTGATGCTCA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGCAGGACAGCTGTTTCCCTTCCCGTGAGACCAGTGCCTGATGCTCA  932

seq1  CCGGTGCTCTCCTGTCTTAGGCAACATGTCTTCTGTTCAGCACACATTTG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGTGCTCTCCTGTCTTAGGCAACATGTCTTCTGTTCAGCACACATTTG  982

seq1  GGTTGTGATCTGTGTCTTTATCATGTGATTGTCACAAGCTCTGGCAATGG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTGATCTGTGTCTTTATCATGTGATTGTCACAAGCTCTGGCAATGG  1032

seq1  CTTATTTTATAGGCTGGAATGTACCATCAGCATTCCAGAAAGCAGGAATT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTTTATAGGCTGGAATGTACCATCAGCATTCCAGAAAGCAGGAATT  1082

seq1  C  1098
      |
seq2  C  1083