BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-115P08
Chromosome9 (Build37)
Map Location 27,064,519 - 27,204,774
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIgsf9b, Spata19
Upstream geneB3gat1, BC038479, Glb1l3, Gm1110, LOC330907, Acad8, Thyn1, Vps26b, Ncapd3, Jam3
Downstream geneLOC666440, LOC100041202, Opcml
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-115P08.bB6Ng01-115P08.g
ACCDH921083DH921084
length9461,126
definitionDH921083|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115P08, 5' end.DH921084|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115P08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,203,829 - 27,204,774)(27,064,519 - 27,065,655)
sequence
gaattctactcactttgttcaaccagtgctgcacaacggatacagcttcg
ctttcttcaacttcaatgtcctggaacaagttggtaaaaacgattacttc
agaaaacccagagagaggctcccaccctcaccactaagaccaatgtcaca
tgacatgagatgactctgaagcacagcaggagtgtagaagggagacgaca
ggctggccacagttccaaatggccactgctgccacccactcaccgagttc
acccttggtgggaagggtagccctacggttttccgggcaaagatgtacat
aatccatgttgtaatgatcatcttcagacttacagagggactccttggct
ccctccttccattgaagctgtctgagaacttctgtgaaatagcaaggtta
ttgaagggaggttccccctgattggttggcaagtgatgatgtgacaatga
cctccttcaacttccagggtgagagtgcagagggaaaagaggggcttcaa
actgtcttcttgatggtggctcagaagaggaggggcatagaagatggacg
atatacaaaaggaattaccaaaatcagaagtcttggggtggcttactgtc
ttaagcaatgctaaataaaatttctaaaaacgaaaaaaaaaaaaattaca
agtccaaagaagaaattatggctaaagcagctggccggttaaacaaccat
tcagaccagcatcatggttattaatcttctcaagtgaaggaggaaacaaa
attgatccacccaaaactgcccagagaaagaagcaatagggatatttcca
tttttgtttgttctgaccactcagatgacgcagatcactgaaaagcaccc
taggggatgaggggctgcttcagtcaggaaagtacttgctttttaagcac
gaggactggagtttgacggccagactcataaagtgtgtgtgtgtgt
gaattcctgagaccagttgctgtgccatggagacccttagcatgtctcac
tgtggaggggactggaccaccttgaggacaggcaagtgtctccacaggac
tcatgagattcactgtatggggagacatgatattggaaaataaggacaca
acgagagtgagagaatcatgtggaatgggtaaggctgttctcaaggccga
agagatggtcattcaggtcctgcctttggatgtggtaagggtagatgcaa
agacagcagagctaaggacagcagccttgcaatatggcccatcttctcac
aagaaaacatagtcaaattgggtatggtagtacacgctagtaattccagc
atgtaggaggctgaggcaggactgtgagtttgaagccagcctgggcaaca
taacaataccatatccaaaaaagcaggggacctggctggaagtagtggaa
ataacagcccatttttctttgcagatatttttgaagtggcctgatgttct
ggagattttggagtcaaacttagactagagtcaggatgttttgatctgtg
cccctcatatgagtgagtcatgggcttcctgggaacagtgtgctggtagg
gtagttcttctctgtcctgtctctctcattcctaccctggtggttctctc
actctctcatctgtggctctgtatcaccccctcacctattcctggtttct
gttcacagatggccatcctggtcttttagttcatgtcctgggtgattaat
gccactctggctactctattagccttggcttgccttccctttagctcaaa
ggcactcagaattgggttatgatcaactctagactcatggggttttcggg
agagtgcttactgtagataaatgctttgtttttaatacttagatgaatat
gattgcccggaaatctcaggtatattatatctgagctaggatgacagacc
attttgtcaaagctcatggttaaaattgaaagcttaccatgcctttgaag
aaatgtagagtagaaagaatgagatctgcatatttatacatgcacatgtg
ttgcatttatgtaccacaacatgcagtttatgagggcctaatgaactcaa
cactcaattttgagatactgtcagca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_27203829_27204774
seq2: B6Ng01-115P08.b_49_994 (reverse)

seq1  ACACACACACACACTTTATGAGTCTGGCCGTCAAACTCCAGTCCTCGTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACTTTATGAGTCTGGCCGTCAAACTCCAGTCCTCGTGC  50

seq1  TTAAAAAGCAAGTACTTTCCTGACTGAAGCAGCCCCTCATCCCCTAGGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAGCAAGTACTTTCCTGACTGAAGCAGCCCCTCATCCCCTAGGGT  100

seq1  GCTTTTCAGTGATCTGCGTCATCTGAGTGGTCAGAACAAACAAAAATGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTCAGTGATCTGCGTCATCTGAGTGGTCAGAACAAACAAAAATGGA  150

seq1  AATATCCCTATTGCTTCTTTCTCTGGGCAGTTTTGGGTGGATCAATTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCCCTATTGCTTCTTTCTCTGGGCAGTTTTGGGTGGATCAATTTTG  200

seq1  TTTCCTCCTTCACTTGAGAAGATTAATAACCATGATGCTGGTCTGAATGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTCCTTCACTTGAGAAGATTAATAACCATGATGCTGGTCTGAATGG  250

seq1  TTGTTTAACCGGCCAGCTGCTTTAGCCATAATTTCTTCTTTGGACTTGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTAACCGGCCAGCTGCTTTAGCCATAATTTCTTCTTTGGACTTGTA  300

seq1  ATTTTTTTTTTTTTCGTTTTTAGAAATTTTATTTAGCATTGCTTAAGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTTTTTTTTCGTTTTTAGAAATTTTATTTAGCATTGCTTAAGACA  350

seq1  GTAAGCCACCCCAAGACTTCTGATTTTGGTAATTCCTTTTGTATATCGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCCACCCCAAGACTTCTGATTTTGGTAATTCCTTTTGTATATCGTC  400

seq1  CATCTTCTATGCCCCTCCTCTTCTGAGCCACCATCAAGAAGACAGTTTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTCTATGCCCCTCCTCTTCTGAGCCACCATCAAGAAGACAGTTTGA  450

seq1  AGCCCCTCTTTTCCCTCTGCACTCTCACCCTGGAAGTTGAAGGAGGTCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCTCTTTTCCCTCTGCACTCTCACCCTGGAAGTTGAAGGAGGTCAT  500

seq1  TGTCACATCATCACTTGCCAACCAATCAGGGGGAACCTCCCTTCAATAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACATCATCACTTGCCAACCAATCAGGGGGAACCTCCCTTCAATAAC  550

seq1  CTTGCTATTTCACAGAAGTTCTCAGACAGCTTCAATGGAAGGAGGGAGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTATTTCACAGAAGTTCTCAGACAGCTTCAATGGAAGGAGGGAGCC  600

seq1  AAGGAGTCCCTCTGTAAGTCTGAAGATGATCATTACAACATGGATTATGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGTCCCTCTGTAAGTCTGAAGATGATCATTACAACATGGATTATGT  650

seq1  ACATCTTTGCCCGGAAAACCGTAGGGCTACCCTTCCCACCAAGGGTGAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTTTGCCCGGAAAACCGTAGGGCTACCCTTCCCACCAAGGGTGAAC  700

seq1  TCGGTGAGTGGGTGGCAGCAGTGGCCATTTGGAACTGTGGCCAGCCTGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTGAGTGGGTGGCAGCAGTGGCCATTTGGAACTGTGGCCAGCCTGTC  750

seq1  GTCTCCCTTCTACACTCCTGCTGTGCTTCAGAGTCATCTCATGTCATGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCCTTCTACACTCCTGCTGTGCTTCAGAGTCATCTCATGTCATGTG  800

seq1  ACATTGGTCTTAGTGGTGAGGGTGGGAGCCTCTCTCTGGGTTTTCTGAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGGTCTTAGTGGTGAGGGTGGGAGCCTCTCTCTGGGTTTTCTGAAG  850

seq1  TAATCGTTTTTACCAACTTGTTCCAGGACATTGAAGTTGAAGAAAGCGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCGTTTTTACCAACTTGTTCCAGGACATTGAAGTTGAAGAAAGCGAA  900

seq1  GCTGTATCCGTTGTGCAGCACTGGTTGAACAAAGTGAGTAGAATTC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTATCCGTTGTGCAGCACTGGTTGAACAAAGTGAGTAGAATTC  946

seq1: chr9_27064519_27065655
seq2: B6Ng01-115P08.g_69_1194

seq1  GAATTCCTGAGACCAGTTGCTGTGCCATGGAGACCCTTAGCATGTCTCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGAGACCAGTTGCTGTGCCATGGAGACCCTTAGCATGTCTCAC  50

seq1  TGTGGAGGGGACTGGACCACCTTGAGGACAGGCAAGTGTCTCCACAGGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAGGGGACTGGACCACCTTGAGGACAGGCAAGTGTCTCCACAGGAC  100

seq1  TCATGAGATTCACTGTATGGGGAGACATGATATTGGAAAATAAGGACACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAGATTCACTGTATGGGGAGACATGATATTGGAAAATAAGGACACA  150

seq1  ACGAGAGTGAGAGAATCATGTGGAATGGGTAAGGCTGTTCTCAAGGCCGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAGAGTGAGAGAATCATGTGGAATGGGTAAGGCTGTTCTCAAGGCCGA  200

seq1  AGAGATGGTCATTCAGGTCCTGCCTTTGGATGTGGTAAGGGTAGATGCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATGGTCATTCAGGTCCTGCCTTTGGATGTGGTAAGGGTAGATGCAA  250

seq1  AGACAGCAGAGCTAAGGACAGCAGCCTTGCAATATGGCCCATCTTCTCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGCAGAGCTAAGGACAGCAGCCTTGCAATATGGCCCATCTTCTCAC  300

seq1  AAGAAAACATAGTCAAATTGGGTATGGTAGTACACGCTAGTAATTCCAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAACATAGTCAAATTGGGTATGGTAGTACACGCTAGTAATTCCAGC  350

seq1  ATGTAGGAGGCTGAGGCAGGACTGTGAGTTTGAAGCCAGCCTGGGCAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGGAGGCTGAGGCAGGACTGTGAGTTTGAAGCCAGCCTGGGCAACA  400

seq1  TAACAATACCATATCCAAAAAAGCAGGGGACCTGGCTGGAAGTAGTGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAATACCATATCCAAAAAAGCAGGGGACCTGGCTGGAAGTAGTGGAA  450

seq1  ATAACAGCCCATTTTTCTTTGCAGATATTTTTGAAGTGGCCTGATGTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAGCCCATTTTTCTTTGCAGATATTTTTGAAGTGGCCTGATGTTCT  500

seq1  GGAGATTTTGGAGTCAAACTTAGACTAGAGTCAGGATGTTTTGATCTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATTTTGGAGTCAAACTTAGACTAGAGTCAGGATGTTTTGATCTGTG  550

seq1  CCCCTCATATGAGTGAGTCATGGGCTTCCTGGGAACAGTGTGCTGGTAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCATATGAGTGAGTCATGGGCTTCCTGGGAACAGTGTGCTGGTAGG  600

seq1  GTAGTTCTTCTCTGTCCTGTCTCTCTCATTCCTACCCTGGTGGTTCTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTCTTCTCTGTCCTGTCTCTCTCATTCCTACCCTGGTGGTTCTCTC  650

seq1  ACTCTCTCATCTGTGGCTCTGTATCACCCCCTCACCTATTCCTGGTTTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCTCATCTGTGGCTCTGTATCACCCCCTCACCTATTCCTGGTTTCT  700

seq1  GTTCACAGATGGCCATCCTGGTCTTTTAGTTCATGTCCTGGGTGATTAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACAGATGGCCATCCTGGTCTTTTAGTTCATGTCCTGGGTGATTAAT  750

seq1  GCCACTCTGGCTACTCTATTAGCCTTGGCTTGCCTTCCCTTTAGCTCAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTCTGGCTACTCTATTAGCCTTGGCTTGCCTTCCCTTTAGCTCAAA  800

seq1  GGCACTCAGAATTGGGTTATGATCAACTCTAGACTCATGGGGTTTTCGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTCAGAATTGGGTTATGATCAACTCTAGACTCATGGGGTTTTCGGG  850

seq1  AGAGTGCTTACTGTTAGATAAATGCTTTGTTTTTAATACTTAGATGAATA  900
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGCTTACTG-TAGATAAATGCTTTGTTTTTAATACTTAGATGAATA  899

seq1  TGATTG-CCGGAAATCTCAGGTATATTATATCTGAGCTAGGATGACAGAC  949
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGCCCGGAAATCTCAGGTATATTATATCTGAGCTAGGATGACAGAC  949

seq1  CATTTTGTCAAAGCTCATGGTTAAAAATTGGAAAGCTTACCATGCCTTTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTGTCAAAGCTCATGGTTAAAA--TTGAAAGCTTACCATGCCTTTG  997

seq1  AAAGAAATGTAGAGTAGAAAGAAATGGAGATACTGCATATTTATACATGC  1049
       ||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||||
seq2  -AAGAAATGTAGAGTAGAAAGAA--TGAGAT-CTGCATATTTATACATGC  1043

seq1  ACATGTGTATGCATATATGTACACAC-ACATGCAGTTTATAGAGGGCGCT  1098
      |||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||||| |||||| ||
seq2  ACATGTGT-TGCATTTATGTAC-CACAACATGCAGTTTAT-GAGGGC-CT  1089

seq1  ACATGGACTTCAACATCAAATTTTGAGTAACTGTCAGCA  1137
      | ||| || ||||||   |||||||||  ||||||||||
seq2  A-ATGAAC-TCAACACTCAATTTTGAGATACTGTCAGCA  1126