BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-117F19
Chromosome9 (Build37)
Map Location 27,442,311 - 27,633,011
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041202, Opcml
Upstream geneB3gat1, BC038479, Glb1l3, Gm1110, LOC330907, Acad8, Thyn1, Vps26b, Ncapd3, Jam3, Igsf9b, Spata19, LOC666440
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-117F19.bB6Ng01-117F19.g
ACCDH922122DH922123
length1,1721,199
definitionDH922122|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117F19, 5' end.DH922123|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117F19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,442,311 - 27,443,509)(27,631,798 - 27,633,011)
sequence
gaattctgtatcccctcctcccttatgcctcctcttaaccaaaagctctc
ttgtatgtagaacacctcttgtaaactacattttgatgaaattagaggca
tccatattaatgccacttgttttctgaaatctcccagagaatggtcttga
gatgcaatgttgtgggttctgtcaaactcacatgtcagggaggaatgcct
gagagcttaagttattatgtgaatagtccccgcactcgtccccctaccac
ttgtacacactttagagtcgtgcttagagtctgctaaaccatccacagtg
ccactctgtcaggaatcctgcctgtatccttggctcatgattgctgattg
aagtgtgtggcatatgtcccctatatatagaaatgcacacatctatacac
ggctctgtggctacagataagcacactggcactcccacatgtgaatctct
gcaaaaaatttttttcttgactctttcctccaacccaatgatttcctaac
gatctgttacccatgtaagacagattgcttttcatggttcagcagtccct
gcgcagacattcattttaatcaatagagcagtcaaaagaaagaatagatt
tacttgtttttttctttctttacatttaattgaaaattttcaaatgattt
ccaacttgtgtgggtttcaaagtttttaggaagtccttacaggtaggtag
gtacatgaggacaaaaggagcttaaaatgccctccttgatcagcaactac
ttgctcagtgccaggctggagtagggtgccagaaccttctgcaccctctc
cgtttcctcattcctcactgcgcaaagctcccaacactcacgtacatcca
ttggtttcagtgtcaccaaccacaaggctatgacacagccggtttcccac
ctccactccaatcctgacctttgaaacttctttcgatgaggagcctaacc
atgctacttccttgacactgtgtgactttgagtagtaattgagcctgtac
gatttggtttgctactctgtagatgtagataagtggaaatgcgtcagcaa
gctcacaagttcttgttcccatgatcagctagtctagaactggcctcaca
ttcatggcactcagatcgaacctccggtcctttctccatgccattgctgc
cttgacgcctaatggcatcatg
gaattcatgtttttagattagagatgctcaatttgcatattgtctcctga
gactggagctaagaaaccaccatctccaccctttgggggtgcactgaatc
gacagaactcagaacaacctcttggactttcaatccatggtgccccagca
tctcaaagatcttcaccatcttcttcatagatgttttgctgctccccatg
gctatgtccagtgatacaagtagccagaattcctgtcttgtggctacgag
gacacctatacctatatccactgaaaggagaaacacttcctggtttgaac
tgcacttagtgggaccagcttaggggggcagtgctgctaagatgcatgac
tttcttcttcaaactcctccaggcacacagagctgatctgtacaatcttg
cctggacttcatttcttaaaaagtacgttttagcattgcagggataagaa
tggtaccctagcctgatttgatggctgagagtgcaaagaggcttcagatc
caagctctcatctgatttctgcatctcttttttacaggtggagaattaag
agttttagagaaatgtgtctgcccaggagtcatctttagtgctagcgttc
agtttgaaactcagatctatggaatgcctaagcccagttctttcccggcc
ccaggagttcagaaggttccattgaaatcgcccagccccaggagccagca
tcataacgcaaggggagggctgcgtttttttgagaagttctggaaacaca
cagggtcagtggatttaaactcagctagtcaacatctcctcccccgcctt
ccacactgtggccacagctcctccaaacacagctgtaaatcctcgcagtc
tgtaaacactctggtacatttccctccattgcttagcggctgctgacact
aattgctctgtagagttgtgcaactggcaacaccttattaaaagtgaaat
atatatactgtccacttattgctgttttatagagataagtgttcctgcta
catgaaaatgctggcaaagacattgacaaggtagaattctcacagaaaca
tctatgaggccattctaggactcatgatcatagtccaccctgacttgttg
ggagccacctccacttgacctgagaaatttaccttaccctttgtcttcca
ttgcctggaacaagagtgatggtgaaaaatgcctgggactaatcttctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_27442311_27443509
seq2: B6Ng01-117F19.b_44_1215

seq1  GAATTCTGTATCCCCTCCTCCCTTATGCCTCCTCTTAACCAAAAGCTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTATCCCCTCCTCCCTTATGCCTCCTCTTAACCAAAAGCTCTC  50

seq1  TTGTATGTAGAACACCTCTTGTAAACTACATTTTGATGAAATTAGAGGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATGTAGAACACCTCTTGTAAACTACATTTTGATGAAATTAGAGGCA  100

seq1  TCCATATTAATGCCACTTGTTTTCTGAAATCTCCCAGAGAATGGTCTTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATATTAATGCCACTTGTTTTCTGAAATCTCCCAGAGAATGGTCTTGA  150

seq1  GATGCAATGTTGTGGGTTCTGTCAAACTCACATGTCAGGGAGGAATGCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCAATGTTGTGGGTTCTGTCAAACTCACATGTCAGGGAGGAATGCCT  200

seq1  GAGAGCTTAAGTTATTATGTGAATAGTCCCCGCACTCGTCCCCCTACCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCTTAAGTTATTATGTGAATAGTCCCCGCACTCGTCCCCCTACCAC  250

seq1  TTGTACACACTTTAGAGTCGTGCTTAGAGTCTGCTAAACCATCCACAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACACACTTTAGAGTCGTGCTTAGAGTCTGCTAAACCATCCACAGTG  300

seq1  CCACTCTGTCAGGAATCCTGCCTGTATCCTTGGCTCATGATTGCTGATTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCTGTCAGGAATCCTGCCTGTATCCTTGGCTCATGATTGCTGATTG  350

seq1  AAGTGTGTGGCATATGTCCCCTATATATAGAAATGCACACATCTATACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTGTGGCATATGTCCCCTATATATAGAAATGCACACATCTATACAC  400

seq1  GGCTCTGTGGCTACAGATAAGCACACTGGCACTCCCACATGTGAATCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTGTGGCTACAGATAAGCACACTGGCACTCCCACATGTGAATCTCT  450

seq1  GCAAAAAATTTTTTTCTTGACTCTTTCCTCCAACCCAATGATTTCCTAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAAATTTTTTTCTTGACTCTTTCCTCCAACCCAATGATTTCCTAAC  500

seq1  GATCTGTTACCCATGTAAGACAGATTGCTTTTCATGGTTCAGCAGTCCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGTTACCCATGTAAGACAGATTGCTTTTCATGGTTCAGCAGTCCCT  550

seq1  GCGCAGACATTCATTTTAATCAATAGAGCAGTCAAAAGAAAGAATAGATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCAGACATTCATTTTAATCAATAGAGCAGTCAAAAGAAAGAATAGATT  600

seq1  TACTTGTTTTTTTCTTTCTTTACATTTAATTGAAAATTTTCAAATGATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGTTTTTTTCTTTCTTTACATTTAATTGAAAATTTTCAAATGATTT  650

seq1  CCAACTTGTGTGGGTTTCAAAGTTTTTAGGAAGTCCTTACAGGTAGGTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTTGTGTGGGTTTCAAAGTTTTTAGGAAGTCCTTACAGGTAGGTAG  700

seq1  GTACATGAGGACAAAAGGAGCTTAAAATGCCCTCCTTGATCAGCAACTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATGAGGACAAAAGGAGCTTAAAATGCCCTCCTTGATCAGCAACTAC  750

seq1  TTGCTCAGTGCCAGGCTGGAGTAGGGTGCCAGAACCTTCTGCACCCTCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCAGTGCCAGGCTGGAGTAGGGTGCCAGAACCTTCTGCACCCTCTC  800

seq1  CGTTTCCTCATTCCTCACTGCGCAAAGCTCCCAACACTCACGTACATCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTCCTCATTCCTCACTGCGCAAAGCTCCCAACACTCACGTACATCCA  850

seq1  TTGGTTTCAGTGTCACCAACCACAAGGCTATGACACAGCCGGTTTCCCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTTCAGTGTCACCAACCACAAGGCTATGACACAGCCGGTTTCCCAC  900

seq1  CTCCACTCCAATCCTGACCTTTGAAACTTCTTTCGAAGGAGGAGCCTAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||
seq2  CTCCACTCCAATCCTGACCTTTGAAACTTCTTTCG-ATGAGGAGCCTAAC  949

seq1  CATGCTACTTCCTTGACCACTGTGTGACTTTGAAGTAGTAATTGAGCCTG  1000
      |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CATGCTACTTCCTTGA-CACTGTGTGACTTTG-AGTAGTAATTGAGCCTG  997

seq1  TACGATTTGGTTTGCTACTCTGTAAGATGTAGATAAGTGGAAATGCGTCA  1050
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGATTTGGTTTGCTACTCTGT-AGATGTAGATAAGTGGAAATGCGTCA  1046

seq1  GCAGAGCTCACAAAGTTCTTGTCCCCCAATGGATCAGCTAGTCTTAGAAC  1100
      ||| ||||||| |||||||||| |||  || |||||||||||| ||||||
seq2  GCA-AGCTCAC-AAGTTCTTGTTCCC--AT-GATCAGCTAGTC-TAGAAC  1090

seq1  TTGCCTCACCATTTCATGGCACTCAAAGGAATTCAGAACCTCCCCGTCCC  1150
      | |||||||   ||||||||||||| |     || |||||| || |||| 
seq2  TGGCCTCAC--ATTCATGGCACTCAGA-----TC-GAACCT-CCGGTCC-  1130

seq1  TGTTCTCCATGCGTATTTGCTGGCCTTGTGACGCCTAATGGCATTCATG  1199
        ||||||||||    ||||| ||||  ||||||||||||||| |||||
seq2  -TTTCTCCATGC--CATTGCT-GCCT--TGACGCCTAATGGCA-TCATG  1172

seq1: chr9_27631798_27633011
seq2: B6Ng01-117F19.g_68_1266 (reverse)

seq1  CAGAAGGAGTTAGTCCAGACCATTTTCTCAACCATCACTCTTGTTTTCAG  50
      ||||||   |||||||    |||||| || |||||||||||||||    |
seq2  CAGAAG--ATTAGTCCCAGGCATTTT-TC-ACCATCACTCTTGTTCCAGG  46

seq1  CATATTGGAACAGCAAAGGGGTGAGGTAAAAATCTTCAGGTCAAGTGGGG  100
      |  | ||||| | |||| |||| |||||||  || ||||||||||||| |
seq2  C--AATGGAAGA-CAAA-GGGTAAGGTAAATTTC-TCAGGTCAAGTGGAG  91

seq1  GTGGCTTCCAACATAGTCCAGGGTTGGACTATGATCATGAGTCCTAGGAA  150
      |||||| |||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||
seq2  GTGGCTCCCAACA-AGT-CAGGG-TGGACTATGATCATGAGTCCTA-GAA  137

seq1  TGGCCTCATAGATGTTTCTGTTGAGAA-TCTACCTTGTCAATGTCTTTGC  199
      |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTCATAGATGTTTCTG-TGAGAATTCTACCTTGTCAATGTCTTTGC  186

seq1  CAGCATTTTCATGTAGCAGGAACACTTTATCTCTATAAAACAGCAATAAG  249
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATTTTCATGTAGCAGGAACAC-TTATCTCTATAAAACAGCAATAAG  235

seq1  TGGACAGTATAATATATTTCACTTTTAATAAGGTGTTGCCAGTTGCACAA  299
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAGTAT-ATATATTTCACTTTTAATAAGGTGTTGCCAGTTGCACAA  284

seq1  CTCTACAGAGCAATTAGTGTCAGCAGCCGCTAAGCAATGGAGGGAAATGT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACAGAGCAATTAGTGTCAGCAGCCGCTAAGCAATGGAGGGAAATGT  334

seq1  ACCAGAGTGTTTACAGACTGCGAGGATTTACAGCTGTGTTTGGAGGAGCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGAGTGTTTACAGACTGCGAGGATTTACAGCTGTGTTTGGAGGAGCT  384

seq1  GTGGCCACAGTGTGGAAGGCGGGGGAGGAGATGTTGACTAGCTGAGTTTA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCACAGTGTGGAAGGCGGGGGAGGAGATGTTGACTAGCTGAGTTTA  434

seq1  AATCCACTGACCCTGTGTGTTTCCAGAACTTCTCAAAAAAACGCAGCCCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCACTGACCCTGTGTGTTTCCAGAACTTCTCAAAAAAACGCAGCCCT  484

seq1  CCCCTTGCGTTATGATGCTGGCTCCTGGGGCTGGGCGATTTCAATGGAAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTGCGTTATGATGCTGGCTCCTGGGGCTGGGCGATTTCAATGGAAC  534

seq1  CTTCTGAACTCCTGGGGCCGGGAAAGAACTGGGCTTAGGCATTCCATAGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGAACTCCTGGGGCCGGGAAAGAACTGGGCTTAGGCATTCCATAGA  584

seq1  TCTGAGTTTCAAACTGAACGCTAGCACTAAAGATGACTCCTGGGCAGACA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTTTCAAACTGAACGCTAGCACTAAAGATGACTCCTGGGCAGACA  634

seq1  CATTTCTCTAAAACTCTTAATTCTCCACCTGTAAAAAAGAGATGCAGAAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCTCTAAAACTCTTAATTCTCCACCTGTAAAAAAGAGATGCAGAAA  684

seq1  TCAGATGAGAGCTTGGATCTGAAGCCTCTTTGCACTCTCAGCCATCAAAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATGAGAGCTTGGATCTGAAGCCTCTTTGCACTCTCAGCCATCAAAT  734

seq1  CAGGCTAGGGTACCATTCTTATCCCTGCAATGCTAAAACGTACTTTTTAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTAGGGTACCATTCTTATCCCTGCAATGCTAAAACGTACTTTTTAA  784

seq1  GAAATGAAGTCCAGGCAAGATTGTACAGATCAGCTCTGTGTGCCTGGAGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGAAGTCCAGGCAAGATTGTACAGATCAGCTCTGTGTGCCTGGAGG  834

seq1  AGTTTGAAGAAGAAAGTCATGCATCTTAGCAGCACTGCCCCCCTAAGCTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGAAGAAGAAAGTCATGCATCTTAGCAGCACTGCCCCCCTAAGCTG  884

seq1  GTCCCACTAAGTGCAGTTCAAACCAGGAAGTGTTTCTCCTTTCAGTGGAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCACTAAGTGCAGTTCAAACCAGGAAGTGTTTCTCCTTTCAGTGGAT  934

seq1  ATAGGTATAGGTGTCCTCGTAGCCACAAGACAGGAATTCTGGCTACTTGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTATAGGTGTCCTCGTAGCCACAAGACAGGAATTCTGGCTACTTGT  984

seq1  ATCACTGGACATAGCCATGGGGAGCAGCAAAACATCTATGAAGAAGATGG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTGGACATAGCCATGGGGAGCAGCAAAACATCTATGAAGAAGATGG  1034

seq1  TGAAGATCTTTGAGATGCTGGGGCACCATGGATTGAAAGTCCAAGAGGTT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGATCTTTGAGATGCTGGGGCACCATGGATTGAAAGTCCAAGAGGTT  1084

seq1  GTTCTGAGTTCTGTCGATTCAGTGCACCCCCAAAGGGTGGAGATGGTGGT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGAGTTCTGTCGATTCAGTGCACCCCCAAAGGGTGGAGATGGTGGT  1134

seq1  TTCTTAGCTCCAGTCTCAGGAGACAATATGCAAATTGAGCATCTCTAATC  1199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAGCTCCAGTCTCAGGAGACAATATGCAAATTGAGCATCTCTAATC  1184

seq1  TAAAAACATGAATTC  1214
      |||||||||||||||
seq2  TAAAAACATGAATTC  1199