BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-118K04
Chromosome9 (Build37)
Map Location 115,748,689 - 115,886,529
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGadl1
Upstream geneCmtm8, Gpd1l, LOC100043813, Osbpl10, LOC100043812, Stt3b, LOC100039567, LOC670467, EG546164
Downstream geneEG668829, Tgfbr2, LOC100043817, LOC100043819, D730003K21Rik, Rbms3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-118K04.bB6Ng01-118K04.g
ACCDH923061DH923062
length1,136885
definitionDH923061|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118K04, 5' end.DH923062|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118K04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(115,885,365 - 115,886,529)(115,748,689 - 115,749,567)
sequence
gaattcaggtcttcatgcctacaaagcctgtatttttccaactgtgccat
ctccttgactaaaaagcgtctttcctacatttaattgattgacagtggtt
gtactgtagagaagaactgcagggtgaatgaggcccattctgtccatgag
gggctcatgtaacagcctatacaagctgattccaggggccattgacaacc
tctgctggcagcttgctcatgctttttgttaggacccgagtttgtctata
cctagatagtaactaatgattgatattggagtgtgcgatcatgggtgtgt
gataacatgccctggggacttcgtaagcaacagaattaatgtaccagcct
acaaggagcctggatctgaaacatggcacagacgctctcattaaaattaa
tgaccgaggcaataccaacaaccaaacacagaaacccaattgtcctggtt
tattggtaggagatgactacagtggattttgagcacaagacgctgatgat
attataacccctttcctcttagataaaggtagaacaagtgtcacttttgg
tgactgacagcctcgtgcttctgatgccttggtagaagcatccacatgca
caacagttgtgtgaaaagaaaatgatctgtgtttatttaattttaaaagt
aagtagtctgggagagggctaagtgggtaagtaaaatgcttgctacacaa
acctatggatctgagctcctaacctcagcactcaaataaaaagccaggtt
ggtgtcacacgcctctgcaagccagtgctggggaggcaaggacaggagga
tcccgggccctggctggccagccgatctaccccagccaatgggttccagg
ttcagagagagaccctgtctcaaaaataagatggatagaaattaaggaag
gcagccaatgttggcttctgcccactccctgccatgcacatacacatgca
aacacatacatacataacacacagagaaagtgttcaaagaaaggtctgtt
tgtccatatgatgattagtactgccacagtgatgctgtctcactgtcaag
taccaggagagcagcaggatgagagtgagcatcatgtgcgcacgcttatt
cagcctcaggaggcgagcagcgaattctgagtcaag
gaattccacacataaactctcttcagctggcagaattacactcctgccag
agcatgagacaaatcctagtcactttctgtggatagtctgaagaagcccc
atatcccacacctgggatgacaacaaaaacacattcccaaaacttaacag
gctttttcaagaaaccaccattctcagtacaatgagccaaagcacaatgc
aagtggcctgcagccaacctctgagaagcaatcatccacaacacacgtcc
gtaactctaaacaggaacacgtggcacctgaacaagtgtctcaggagctt
gggcctcagaggctagatctgcaaaatgctttaatagaaagcgttgggac
atttgcatgtagaagcttgctatagcctcttcccattctaacccttgatg
atggggacaagggacagtctgaagaatggcctgccaaccagaggatgacc
catgaatggcttgagcagccgtggatgggctccctctatgtctcattgca
tatcttatttacttacttacttacttacttacttacttacttacttactt
acttactttggtgctaggagtttcagccagaactcgagtctattctaacc
gtgtcttctactcctacagtacttgcctagacctttcttgatttaattta
acatcagtatccccgatgacctgaaagttctgcatgcaaaggctgtccct
tgtgtcctgtaagatcatctgcctttgtcactgacagaacttacagtgac
acctcttcagagccttgggcttctgcttaggagagtcaggcaagtaagat
aagatacgggagtctaatgaccttgagtgacctacgttggttacaggaca
ctcctatggctgctgggggggtggggttggggagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_115885365_115886529
seq2: B6Ng01-118K04.b_47_1182 (reverse)

seq1  CTTGAACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCCTGAGTGCTGGGATTAAA  50
      |||| |||||||| ||   ||| ||| |||||||||| |||  || ||| 
seq2  CTTG-ACTCAGAATTC--GCTG-CTC-GCCTCCTGAG-GCT--GAATAA-  41

seq1  GGCGTGCGCCACCAATGGATGCTCACTCTTCATCCCTGCTGCTTCTTCCC  100
       ||||||| |||  || ||||||||||| |||| |||||||| |||  ||
seq2  -GCGTGCG-CAC--AT-GATGCTCACTC-TCAT-CCTGCTGC-TCT--CC  81

seq1  TGGTACTTTGGCCAAGTGGAGAACAGCATCACTGTGGCAGTACTAATTCC  150
      ||||||||  | | ||| ||| |||||||||||||||||||||||||  |
seq2  TGGTACTT--GAC-AGT-GAG-ACAGCATCACTGTGGCAGTACTAAT--C  124

seq1  ATTCATAATGGACAAAACAGACCTTTCTTTGAACACTTTCTCTGTGTGTT  200
      | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-TCAT-ATGGAC-AAACAGACCTTTCTTTGAACACTTTCTCTGTGTGTT  171

seq1  ATGTATGTATGTGTTTGCATGTGTATGTGCATGGCAGGGAGTGGGCAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTATGTGTTTGCATGTGTATGTGCATGGCAGGGAGTGGGCAGAA  221

seq1  GCCAACATTGGCTGCCTTCCTTAATTTCTATCCATCTTATTTTTGAGACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAACATTGGCTGCCTTCCTTAATTTCTATCCATCTTATTTTTGAGACA  271

seq1  GGGTCTCTCTCTGAACCTGGAACCCATTGGCTGGGGTAGATCGGCTGGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTCTCTCTGAACCTGGAACCCATTGGCTGGGGTAGATCGGCTGGCC  321

seq1  AGCCAGGGCCCGGGATCCTCCTGTCCTTGCCTCCCCAGCACTGGCTTGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGGGCCCGGGATCCTCCTGTCCTTGCCTCCCCAGCACTGGCTTGCA  371

seq1  GAGGCGTGTGACACCAACCTGGCTTTTTATTTGAGTGCTGAGGTTAGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCGTGTGACACCAACCTGGCTTTTTATTTGAGTGCTGAGGTTAGGAG  421

seq1  CTCAGATCCATAGGTTTGTGTAGCAAGCATTTTACTTACCCACTTAGCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGATCCATAGGTTTGTGTAGCAAGCATTTTACTTACCCACTTAGCCC  471

seq1  TCTCCCAGACTACTTACTTTTAAAATTAAATAAACACAGATCATTTTCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCAGACTACTTACTTTTAAAATTAAATAAACACAGATCATTTTCTT  521

seq1  TTCACACAACTGTTGTGCATGTGGATGCTTCTACCAAGGCATCAGAAGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACACAACTGTTGTGCATGTGGATGCTTCTACCAAGGCATCAGAAGCA  571

seq1  CGAGGCTGTCAGTCACCAAAAGTGACACTTGTTCTACCTTTATCTAAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGCTGTCAGTCACCAAAAGTGACACTTGTTCTACCTTTATCTAAGAG  621

seq1  GAAAGGGGTTATAATATCATCAGCGTCTTGTGCTCAAAATCCACTGTAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGGGTTATAATATCATCAGCGTCTTGTGCTCAAAATCCACTGTAGT  671

seq1  CATCTCCTACCAATAAACCAGGACAATTGGGTTTCTGTGTTTGGTTGTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCCTACCAATAAACCAGGACAATTGGGTTTCTGTGTTTGGTTGTTG  721

seq1  GTATTGCCTCGGTCATTAATTTTAATGAGAGCGTCTGTGCCATGTTTCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGCCTCGGTCATTAATTTTAATGAGAGCGTCTGTGCCATGTTTCAG  771

seq1  ATCCAGGCTCCTTGTAGGCTGGTACATTAATTCTGTTGCTTACGAAGTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGGCTCCTTGTAGGCTGGTACATTAATTCTGTTGCTTACGAAGTCC  821

seq1  CCAGGGCATGTTATCACACACCCATGATCGCACACTCCAATATCAATCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGCATGTTATCACACACCCATGATCGCACACTCCAATATCAATCAT  871

seq1  TAGTTACTATCTAGGTATAGACAAACTCGGGTCCTAACAAAAAGCATGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTACTATCTAGGTATAGACAAACTCGGGTCCTAACAAAAAGCATGAG  921

seq1  CAAGCTGCCAGCAGAGGTTGTCAATGGCCCCTGGAATCAGCTTGTATAGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTGCCAGCAGAGGTTGTCAATGGCCCCTGGAATCAGCTTGTATAGG  971

seq1  CTGTTACATGAGCCCCTCATGGACAGAATGGGCCTCATTCACCCTGCAGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTACATGAGCCCCTCATGGACAGAATGGGCCTCATTCACCCTGCAGT  1021

seq1  TCTTCTCTACAGTACAACCACTGTCAATCAATTAAATGTAGGAAAGACGC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTCTACAGTACAACCACTGTCAATCAATTAAATGTAGGAAAGACGC  1071

seq1  TTTTTAGTCAAGGAGATGGCACAGTTGGAAAAATACAGGCTTTGTAGGCA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAGTCAAGGAGATGGCACAGTTGGAAAAATACAGGCTTTGTAGGCA  1121

seq1  TGAAGACCTGAATTC  1165
      |||||||||||||||
seq2  TGAAGACCTGAATTC  1136

seq1: chr9_115748689_115749567
seq2: B6Ng01-118K04.g_70_954

seq1  GAATTCCACACATAAACTCTCTTCAGCTGGCAGAATTACACTCCTGCCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACACATAAACTCTCTTCAGCTGGCAGAATTACACTCCTGCCAG  50

seq1  AGCATGAGACAAATCCTAGTCACTTTCTGTGGATAGTCTGAAGAAGCCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGAGACAAATCCTAGTCACTTTCTGTGGATAGTCTGAAGAAGCCCC  100

seq1  ATATCCCACACCTGGGATGACAACAAAAACACATTCCCAAAACTTAACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCCACACCTGGGATGACAACAAAAACACATTCCCAAAACTTAACAG  150

seq1  GCTTTTTCAAGAAACCACCATTCTCAGTACAATGAGCCAAAGCACAATGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTTCAAGAAACCACCATTCTCAGTACAATGAGCCAAAGCACAATGC  200

seq1  AAGTGGCCTGCAGCCAACCTCTGAGAAGCAATCATCCACAACACACGTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGCCTGCAGCCAACCTCTGAGAAGCAATCATCCACAACACACGTCC  250

seq1  GTAACTCTAAACAGGAACACGTGGCACCTGAACAAGTGTCTCAGGAGCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTCTAAACAGGAACACGTGGCACCTGAACAAGTGTCTCAGGAGCTT  300

seq1  GGGCCTCAGAGGCTAGATCTGCAAAATGCTTTAATAGAAAGCGTTGGGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTCAGAGGCTAGATCTGCAAAATGCTTTAATAGAAAGCGTTGGGAC  350

seq1  ATTTGCATGTAGAAGCTTGCTATAGCCTCTTCCCATTCTAACCCTTGATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCATGTAGAAGCTTGCTATAGCCTCTTCCCATTCTAACCCTTGATG  400

seq1  ATGGGGACAAGGGACAGTCTGAAGAATGGCCTGCCAACCAGAGGATGACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGACAAGGGACAGTCTGAAGAATGGCCTGCCAACCAGAGGATGACC  450

seq1  CATGAATGGCTTGAGCAGCCGTGGATGGGCTCCCTCTATGTCTCATTGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAATGGCTTGAGCAGCCGTGGATGGGCTCCCTCTATGTCTCATTGCA  500

seq1  TATCTTAT----TTACTTACTTACTTACTTACTTACTTACTTACTTACTT  546
      ||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTATTTACTTACTTACTTACTTACTTACTTACTTACTTACTTACTT  550

seq1  ACTTACTTTGGTGCTAGGAGTTTCAGCCAGAACTCGAGTCTATTCTAACC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACTTTGGTGCTAGGAGTTTCAGCCAGAACTCGAGTCTATTCTAACC  600

seq1  GTGTCTTCTACTCCTACAGTACTTGCCTAGACCTTTCTTGATTTAATTTA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTTCTACTCCTACAGTACTTGCCTAGACCTTTCTTGATTTAATTTA  650

seq1  ACATCAGTATCCCCGATGACCTGAAAGTTCTGCATGCAAAGGCTGTCCCT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAGTATCCCCGATGACCTGAAAGTTCTGCATGCAAAGGCTGTCCCT  700

seq1  TGTGTCCTGTAAGATCATCTGCCTTTGTCACTGACAGAACTTACAGTGAC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCCTGTAAGATCATCTGCCTTTGTCACTGACAGAACTTACAGTGAC  750

seq1  ACCTCTTCAGAGCCTTGGGCTTCTGCTTAGGAGAGTCAGGCAAGTAAGAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTTCAGAGCCTTGGGCTTCTGCTTAGGAGAGTCAGGCAAGTAAGAT  800

seq1  AAGATACGGGAGTCTAATGACCTTGAGTGACCTACGTTGGTTACAGGACA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATACGGGAGTCTAATGACCTTGAGTGACCTACGTTGGTTACAGGACA  850

seq1  CTCCTATGGCTGCT-GGGGGGTGGGG-TGGGGAGG  879
      |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
seq2  CTCCTATGGCTGCTGGGGGGGTGGGGTTGGGGAGG  885