BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-122J14
Chromosome9 (Build37)
Map Location 31,047,030 - 31,250,956
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG638580, EG666539, Prdm10, Nfrkb, Tmem45b, LOC666558
Upstream geneSnx19, LOC666478, Adamts15, Adamts8, Zbtb44, BC038156, St14, Aplp2
Downstream geneEG666576, Barx2, LOC100042266, Tpi-rs4, LOC666619, LOC666622, Grit, Kcnj5, Kcnj1, Fli1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-122J14.bB6Ng01-122J14.g
ACCDH925982DH925983
length1,004942
definitionDH925982|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-122J14, 5' end.DH925983|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-122J14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,047,030 - 31,048,035)(31,250,012 - 31,250,956)
sequence
gaattcagtgttacgtacatatcttgtatctccttctactgttctctacc
tttgtttgattattttttgagacagggtttctccctgaacctggggctcg
ccaattggctggattggctggagagcaagcaccaggaaccctccaatctt
tatgttcccaaaggacttgaggtcaacactcacaatgtgaggacctcatg
ctgtgtccaaacactttacctgctgagatgtccccccagcccactcccat
tagccttttaaaaaagattcacttaattttatgtatgatatgagggcttt
gcctgcatgcatggatgtgcagcacatgcaagtctggtgcccaaggaggc
cagaggagagcatcggttctcctggagctgcagttatagatggttgtgaa
ccatcatgtgggtactgggtaggtcctggaaattgaacctgggtcctctg
aaagagcagaaagtgagcttaaccactgagccatctctccagcccgtcta
attggcctttgatgccctctgtgagcgcccgactcaccagcaaagcagag
gccacaacaggatccttctgcaacacgtttattgggagagcacttactgc
gtaggcaagaagaccccgagcccagaactggtgctgcttatataggccta
ggagaggcgtgtctcacaccctgattggttatgcattctacctcatttgc
atgtttcctcatctgattggttattctctctcagtaccttgcagagcctc
atcatgcccgggccaggcagtgacttggtgaaaaactttactgcatatgt
acacattggttgtttacccagaattatgcgtggtggccagtggtagccag
tgccaccttataatggcatatttggcttcccacagccctctgctcttcag
tgggactcatactattcattgacatgaaagggtcatcccagcttgactac
atcactgtcctaagttcccatttccagggcccacactagaaattgtgtgt
gtgt
gaattctctgtatgagattcctcaataaatgtgcaagaagagtttttagg
agctccatcctaaggattttgggaaagcttctgttaaacctgagggggaa
aaactccactgctgtctgactagagcatgtagtaatgtatgactagagca
tgtagtaatgtatgactagagcatgtagtaatgtatgactagagcatgta
gtaatgtatgactagagcatgtagtaatgtatgactaaagcatgtagtaa
tgtgtgactagagcatgtagtaatgtatgactaaagcatgtagtaatata
tgactagagcatgtagtaatgtgtgactagagtatgtagtaatgtatgac
tagagtatgtagtaatgtatgactagagcatatagtaatgtatgactaga
gcatgtagtaatgtatgactagagcatgtagtaatgtatgactagagcat
gtagcaatgtatgactagagcatgtagtaatatatgactagagcatgtag
taatgtatgactagagcatgtagtaatgaatgactagagcatgtagtaat
gtatgactaaagcatgtagtaatgtatgactagagcatgtagtaatgtat
gactagagcatgtagtaatgtatgactagagcatgtagtaatgaatgact
aaagcatgtagtaatgtatgactaaagcatgtagtaatgtatgactagag
catgtagtatgtatgactagagcatgtagtaatgtatgactagagcatgt
agtaatgtatgactaaagtatgtagtagtacatgagggtctggccagacg
accgcctccccctaaagtcagagtttcagagagcaacccctccctggctt
ttgaggaggtcccttttgttgggaagggtaagggttgcagaaaatagcgt
tgaagtcattggctgttagtactggaggagctccagcctcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_31047030_31048035
seq2: B6Ng01-122J14.b_47_1050

seq1  GAATTCAGTGTTACGTACATATCTTGTATCTCCTTCTACTGTTCTCTACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGTTACGTACATATCTTGTATCTCCTTCTACTGTTCTCTACC  50

seq1  TTTGTTTGATTATTTTTTGAGACAGGGTTTCTCCCTGAACCTGGGGCTCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTGATTATTTTTTGAGACAGGGTTTCTCCCTGAACCTGGGGCTCG  100

seq1  CCAATTGGCTGGATTGGCTGGAGAGCAAGCACCAGGAACCCTCCAATCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTGGCTGGATTGGCTGGAGAGCAAGCACCAGGAACCCTCCAATCTT  150

seq1  TATGTTCCCAAAGGACTTGAGGTCAACACTCACAATGTGAGGACCTCATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTCCCAAAGGACTTGAGGTCAACACTCACAATGTGAGGACCTCATG  200

seq1  CTGTGTCCAAACACTTTACCTGCTGAGATGTCCCCCCAGCCCACTCCCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTCCAAACACTTTACCTGCTGAGATGTCCCCCCAGCCCACTCCCAT  250

seq1  TAGCCTTTTAAAAAAGATTCACTTAATTTTATGTATGATATGAGGGCTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTTTTAAAAAAGATTCACTTAATTTTATGTATGATATGAGGGCTTT  300

seq1  GCCTGCATGCATGGATGTGCAGCACATGCAAGTCTGGTGCCCAAGGAGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCATGCATGGATGTGCAGCACATGCAAGTCTGGTGCCCAAGGAGGC  350

seq1  CAGAGGAGAGCATCGGTTCTCCTGGAGCTGCAGTTATAGATGGTTGTGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGAGAGCATCGGTTCTCCTGGAGCTGCAGTTATAGATGGTTGTGAA  400

seq1  CCATCATGTGGGTACTGGGTAGGTCCTGGAAATTGAACCTGGGTCCTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCATGTGGGTACTGGGTAGGTCCTGGAAATTGAACCTGGGTCCTCTG  450

seq1  AAAGAGCAGAAAGTGAGCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCGTCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGCAGAAAGTGAGCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCGTCTA  500

seq1  ATTGGCCTTTGATGCCCTCTGTGAGCGCCCGACTCACCAGCAAAGCAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCCTTTGATGCCCTCTGTGAGCGCCCGACTCACCAGCAAAGCAGAG  550

seq1  GCCACAACAGGATCCTTCTGCAACACGTTTATTGGGAGAGCACTTACTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACAACAGGATCCTTCTGCAACACGTTTATTGGGAGAGCACTTACTGC  600

seq1  GTAGGCAAGAAGACCCCGAGCCCAGAACTGGTGCTGCTTATATAGGCCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGCAAGAAGACCCCGAGCCCAGAACTGGTGCTGCTTATATAGGCCTA  650

seq1  GGAGAGGCGTGTCTCACACCCTGATTGGTTATGCATTCTACCTCATTTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGGCGTGTCTCACACCCTGATTGGTTATGCATTCTACCTCATTTGC  700

seq1  ATG-TTCCTCATCTGATTGGTTATTCTCTCTCAGTACCTTGCAGAGCCTC  749
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTCCTCATCTGATTGGTTATTCTCTCTCAGTACCTTGCAGAGCCTC  750

seq1  ATCATGCCCGGGCCAGGCAGTGACTTGGTGAAAAACTTTACTGCATATGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGCCCGGGCCAGGCAGTGACTTGGTGAAAAACTTTACTGCATATGT  800

seq1  ACACATTGGTTGTTTACCCAGAATTATGCGTGGTGGCCAGTGGTAGCCAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTGGTTGTTTACCCAGAATTATGCGTGGTGGCCAGTGGTAGCCAG  850

seq1  TGCCACCTTATAATGGCATATTTGGCTTCCCACAGCCCTCTGCTCTTCAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACCTTATAATGGCATATTTGGCTTCCCACAGCCCTCTGCTCTTCAG  900

seq1  TGGGACTCATACTATTCATTGACATGAAAGGGTCATCCCAGCTTGACTAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACTCATACTATTCATTGACATGAAAGGGTCATCCCAGCTTGACTAC  950

seq1  ATCAACTGTCCTAAGTTCCCATTTCCAGGGCCCACAACTAGAAATGTGTG  999
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
seq2  ATC-ACTGTCCTAAGTTCCCATTTCCAGGGCCCAC-ACTAGAAAT-TGTG  997

seq1  TGTGTGT  1006
      |||||||
seq2  TGTGTGT  1004

seq1: chr9_31250012_31250956
seq2: B6Ng01-122J14.g_69_1010 (reverse)

seq1  TTGAGGCCTGAGCTCCCCCAAGTACTAACAGCCAATGACCTCAACGGCTA  50
      |||||||  ||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||
seq2  TTGAGGCTGGAGCTCCTCC-AGTACTAACAGCCAATGACTTCAAC-GCTA  48

seq1  TTTTCTGCCAACCCTAACCCTTCCCCACAAAAGGGACCTCCTCAAAAGCC  100
      ||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTG-CAACCCTTACCCTTCCCAACAAAAGGGACCTCCTCAAAAGCC  97

seq1  AGGGAGGGGTTGCTCTCTGAAACTCTGAC-TTAGGGGGAGGCGGTCGTCT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGGGGTTGCTCTCTGAAACTCTGACTTTAGGGGGAGGCGGTCGTCT  147

seq1  GGCCAGACCCTCATGTACTACTACATACTTTAGTCATACATTACTACATG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGACCCTCATGTACTACTACATACTTTAGTCATACATTACTACATG  197

seq1  CTCTAGTCATACATTACTACATGCTCTAGTCATACATTACTACATGCTCT  249
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTCTAGTCATACATTACTACATGCTCTAGTCATACA-TACTACATGCTCT  246

seq1  AGTCATACATTACTACATGCTTTAGTCATACATTACTACATGCTTTAGTC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATACATTACTACATGCTTTAGTCATACATTACTACATGCTTTAGTC  296

seq1  ATTCATTACTACATGCTCTAGTCATACATTACTACATGCTCTAGTCATAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTACTACATGCTCTAGTCATACATTACTACATGCTCTAGTCATAC  346

seq1  ATTACTACATGCTCTAGTCATACATTACTACATGCTTTAGTCATACATTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTACATGCTCTAGTCATACATTACTACATGCTTTAGTCATACATTA  396

seq1  CTACATGCTCTAGTCATTCATTACTACATGCTCTAGTCATACATTACTAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATGCTCTAGTCATTCATTACTACATGCTCTAGTCATACATTACTAC  446

seq1  ATGCTCTAGTCATATATTACTACATGCTCTAGTCATACATTGCTACATGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCTAGTCATATATTACTACATGCTCTAGTCATACATTGCTACATGC  496

seq1  TCTAGTCATACATTACTACATGCTCTAGTCATACATTACTACATGCTCTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTCATACATTACTACATGCTCTAGTCATACATTACTACATGCTCTA  546

seq1  GTCATACATTACTATATGCTCTAGTCATACATTACTACATACTCTAGTCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATACATTACTATATGCTCTAGTCATACATTACTACATACTCTAGTCA  596

seq1  TACATTACTACATACTCTAGTCACACATTACTACATGCTCTAGTCATATA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTACTACATACTCTAGTCACACATTACTACATGCTCTAGTCATATA  646

seq1  TTACTACATGCTTTAGTCATACATTACTACATGCTCTAGTCACACATTAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTACATGCTTTAGTCATACATTACTACATGCTCTAGTCACACATTAC  696

seq1  TACATGCTTTAGTCATACATTACTACATGCTCTAGTCATACATTACTACA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGCTTTAGTCATACATTACTACATGCTCTAGTCATACATTACTACA  746

seq1  TGCTCTAGTCATACATTACTACATGCTCTAGTCATACATTACTACATGCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTAGTCATACATTACTACATGCTCTAGTCATACATTACTACATGCT  796

seq1  CTAGTCATACATTACTACATGCTCTAGTCAGACAGCAGTGGAGTTTTTCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTCATACATTACTACATGCTCTAGTCAGACAGCAGTGGAGTTTTTCC  846

seq1  CCCTCAGGTTTAACAGAAGCTTTCCCAAAATCCTTAGGATGGAGCTCCTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCAGGTTTAACAGAAGCTTTCCCAAAATCCTTAGGATGGAGCTCCTA  896

seq1  AAAACTCTTCTTGCACATTTATTGAGGAATCTCATACAGAGAATTC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTCTTCTTGCACATTTATTGAGGAATCTCATACAGAGAATTC  942