BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-124A20
Chromosome9 (Build37)
Map Location 89,931,989 - 90,085,356
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCtsh, Morf4l1, LOC621414, Adamts7
Upstream geneEG666747, LOC100039714, 4930579C12Rik, Bcl2a1b, Mthfs, AF529169, Tmed3, B230218L05Rik, Rasgrf1
Downstream geneTbc1d2b, LOC100039777, LOC100039925, EG434428
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-124A20.bB6Ng01-124A20.g
ACCDH927059DH927060
length9581,130
definitionDH927059|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-124A20, 5' end.DH927060|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-124A20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,931,989 - 89,932,746)(90,084,214 - 90,085,356)
sequence
gaattctccatcaaggagaccagattctagttaaacttggaaacaggcct
catcaagaatacaagagggaggaacctctgcactgtcttgcaccatcaca
gaataaaaggaggccctgaggagaaaactggaggcagatgtgttctgaag
ttctgaccttcctccgatgcagatgggcaaccagctgagactggataggt
tcccacacaatggagcagaaagaacttataggaatgtctataggttgatg
tatggtgatgagatcagggttagaaagagagccatgagccacaccagttg
caaaatttacgagaattcccactcagtggttaacactcgtcatattttaa
tgcagtggcttaagacacagacttaccccattggccttaaatgtctgata
tatcttctgcacctcccaagtgcttggattacaggtgtgcatcaccatac
ctggcttatgcaatacatatgagttgaggagaagtgttgaaacaatgtct
catgttgcccaggctgacccaaacttgccttggtcttgaaaggaaataaa
acttgagacctgtgattcatgtaatttatgtcaaatagcccaaagagttg
tttgtgagctttgaaacctggggctgagaacatagcagaacaggctagga
catgcccaggcaggcccattgttacatctccagactggcccggcatctcc
ctatctcccacccttctgacctaagttaaatgttaacaggctgctgatgt
ttaaatggaccaatcatgtgaaactgcaccaattcctcccccagccccac
cccttttctataaaaacccctagcttccaagcctcgtggtcgaatccact
gtctcctgtgtgagatacgtttcgaccctgagctccgccatttaaactac
ctcgtgttgttacatcaaggtgttgtgttctgttcgtgatcttggggagt
ttgagtgg
gaattctctttttccattaagcaaccctgttcttgggtgtgcccagcact
actccatgacataagacactgttgttagacccactttacagatgaggaaa
tgaagcactgaggtaggttagttgttccgcatagggctcctgtggggata
caagtcagccctaggaagaaatgcaaactgtggagcccagcagtatagcc
tcacagcctacctgccttacatgggcaggctgtaccacaagcttgcctct
agctgggattctcctcacccaatctctggagtcattcatcattaggctca
ttctccacgtcctatgagaagccttccctgatttccctgacttccctgac
ttcccaggtcagaccttctagcttggtgtttccttctctccctgaaatac
acagcctactgcctttgtcacagtgaagattctgtcacctgtaagctctt
cacctaggtgtccccccagagttaaatcacacagttggcacttaagcaat
atgtgtgactcagacctcaaggctgggacatggtactaaaacttcagaag
tcaacagccctcagaaaggactacccaccactcacagtcactcagaagaa
cccctaagagaacaggtctcacttgtgacaaggatttactgactgctgtg
aggattaggaccctggtcaaacaagggagtgctctgatgctatgtctagt
ctagacgaggacccgaggaccacaggggcaagcaacaggattacaagcat
acattcacagcccagcagccccaaccataccctggccttcagtctccttg
aaggtcctgctcacagtctggcaagtagagccatccccccggcacacgcc
acagcggtcctcctcagcaccagagtcatcacaaagtcgcagcccacgtt
ctgtaatagagagaggccctttgtgctggctgcaacccctgagtattgtg
ccagggctcagaagaaagacaatagagaggttaaagcctttgctgggtca
agtcccatcacagtcatctgctgatgactaagctcttttccctgatccta
gtttctctgaatgagaaggggtagagaggtacatcatttctatgcttaag
tgttagacattccaggagacagggaggcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_89931989_89932746
seq2: B6Ng01-124A20.b_42_799

seq1  GAATTCTCCATCAAGGAGACCAGATTCTAGTTAAACTTGGAAACAGGCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCATCAAGGAGACCAGATTCTAGTTAAACTTGGAAACAGGCCT  50

seq1  CATCAAGAATACAAGAGGGAGGAACCTCTGCACTGTCTTGCACCATCACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAGAATACAAGAGGGAGGAACCTCTGCACTGTCTTGCACCATCACA  100

seq1  GAATAAAAGGAGGCCCTGAGGAGAAAACTGGAGGCAGATGTGTTCTGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAAAGGAGGCCCTGAGGAGAAAACTGGAGGCAGATGTGTTCTGAAG  150

seq1  TTCTGACCTTCCTCCGATGCAGATGGGCAACCAGCTGAGACTGGATAGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGACCTTCCTCCGATGCAGATGGGCAACCAGCTGAGACTGGATAGGT  200

seq1  TCCCACACAATGGAGCAGAAAGAACTTATAGGAATGTCTATAGGTTGATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACACAATGGAGCAGAAAGAACTTATAGGAATGTCTATAGGTTGATG  250

seq1  TATGGTGATGAGATCAGGGTTAGAAAGAGAGCCATGAGCCACACCAGTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGTGATGAGATCAGGGTTAGAAAGAGAGCCATGAGCCACACCAGTTG  300

seq1  CAAAATTTACGAGAATTCCCACTCAGTGGTTAACACTCGTCATATTTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATTTACGAGAATTCCCACTCAGTGGTTAACACTCGTCATATTTTAA  350

seq1  TGCAGTGGCTTAAGACACAGACTTACCCCATTGGCCTTAAATGTCTGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTGGCTTAAGACACAGACTTACCCCATTGGCCTTAAATGTCTGATA  400

seq1  TATCTTCTGCACCTCCCAAGTGCTTGGATTACAGGTGTGCATCACCATAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTCTGCACCTCCCAAGTGCTTGGATTACAGGTGTGCATCACCATAC  450

seq1  CTGGCTTATGCAATACATATGAGTTGAGGAGAAGTGTTGAAACAATGTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTTATGCAATACATATGAGTTGAGGAGAAGTGTTGAAACAATGTCT  500

seq1  CATGTTGCCCAGGCTGACCCAAACTTGCCTTGGTCTTGAAAGGAAATAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTGCCCAGGCTGACCCAAACTTGCCTTGGTCTTGAAAGGAAATAAA  550

seq1  ACTTGAGACCTGTGATTCATGTAATTTATGTCAAATAGCCCAAAGAGTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAGACCTGTGATTCATGTAATTTATGTCAAATAGCCCAAAGAGTTG  600

seq1  TTTGTGAGCTTTGAAACCTGGGGCTGAGAACATAGCAGAACAGGCTAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGAGCTTTGAAACCTGGGGCTGAGAACATAGCAGAACAGGCTAGGA  650

seq1  CATGCCCAGGCAGGCCCATTGTTACATCTCCAGACTGGCCCGGCATCTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCCAGGCAGGCCCATTGTTACATCTCCAGACTGGCCCGGCATCTCC  700

seq1  CTATCTCCCACCCTTCTGACCTAAGTTAAATGTTAACAGGCTGCTGATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTCCCACCCTTCTGACCTAAGTTAAATGTTAACAGGCTGCTGATGT  750

seq1  TTAAATGG  758
      ||||||||
seq2  TTAAATGG  758

seq1: chr9_90084214_90085356
seq2: B6Ng01-124A20.g_66_1195 (reverse)

seq1  CTGCCT-CCTGTCTCCTGGGATGTTCTTAACACTCTTAAGGCAT-GAAAT  48
      |||||| |||||||||||| ||||   |||||  ||||| |||| |||||
seq2  CTGCCTCCCTGTCTCCTGGAATGT--CTAACA--CTTAA-GCATAGAAAT  45

seq1  GATGTCCCCCTC-CCCCCTTCTCATCTAGAGAAACTGAGGATCAGGGGAA  97
      ||||| || |||  |||||||||||  ||||||||| ||||||||||  |
seq2  GATGTACCTCTCTACCCCTTCTCATTCAGAGAAACT-AGGATCAGGG--A  92

seq1  AAAGAGCTTAGTCATCAGGCAGGATGACTGTGATGGGACTGGACCCAAGC  147
      ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||| |||
seq2  AAAGAGCTTAGTCATCA-GCA-GATGACTGTGATGGGACTTGACCC-AGC  139

seq1  AAAGGCTTTTGACCTCCTCCTATGGTCTCTCTCCTGAGCCCTGGCAC-AT  196
      |||||| ||| |||||   |||| |||| ||| |||||||||||||| ||
seq2  AAAGGC-TTTAACCTC--TCTATTGTCTTTCTTCTGAGCCCTGGCACAAT  186

seq1  ACTCAGGGGGTTGGCAGCCAGCACAAAGGGCCTCCTCTCTATTACAGAAC  246
      |||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ACTCAGGGG--TTGCAGCCAGCACAAAGGGCCT-CTCTCTATTACAGAAC  233

seq1  GTGGGCTGCGACTTTGTGATTGACTCTGGTGCTGAGGAGGACCGCTGTGG  296
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCTGCGACTTTGTGA-TGACTCTGGTGCTGAGGAGGACCGCTGTGG  282

seq1  CGTGTGCCGGGGGGATGGCTCTACTTGCCAGACTGTGAGCAGGACCTTCA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTGCCGGGGGGATGGCTCTACTTGCCAGACTGTGAGCAGGACCTTCA  332

seq1  AGGAGACTGAAGGCCAGGGTATGGTTGGGGCTGCTGGGCTGTGAATGTAT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGACTGAAGGCCAGGGTATGGTTGGGGCTGCTGGGCTGTGAATGTAT  382

seq1  GCTTGTAATCCTGTTGCTTGCCCCTGTGGTCCTCGGGTCCTCGTCTAGAC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTAATCCTGTTGCTTGCCCCTGTGGTCCTCGGGTCCTCGTCTAGAC  432

seq1  TAGACATAGCATCAGAGCACT-CCTTGTTTGACCAGGGTCCTAATCCTCA  495
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACATAGCATCAGAGCACTCCCTTGTTTGACCAGGGTCCTAATCCTCA  482

seq1  CAGCAGTCAGTAAATCCTTGTCACAAGTGAGACCTGTTCTCTTAGGGGTT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGTCAGTAAATCCTTGTCACAAGTGAGACCTGTTCTCTTAGGGGTT  532

seq1  CTTCTGAGTGACTGTGAGTGGTGGGTAGTCCTTTCTGAGGGCTGTTGACT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGAGTGACTGTGAGTGGTGGGTAGTCCTTTCTGAGGGCTGTTGACT  582

seq1  TCTGAAGTTTTAGTACCATGTCCCAGCCTTGAGGTCTGAGTCACACATAT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAGTTTTAGTACCATGTCCCAGCCTTGAGGTCTGAGTCACACATAT  632

seq1  TGCTTAAGTGCCAACTGTGTGATTTAACTCTGGGGGGACACCTAGGTGAA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTAAGTGCCAACTGTGTGATTTAACTCTGGGGGGACACCTAGGTGAA  682

seq1  GAGCTTACAGGTGACAGAATCTTCACTGTGACAAAGGCAGTAGGCTGTGT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTACAGGTGACAGAATCTTCACTGTGACAAAGGCAGTAGGCTGTGT  732

seq1  ATTTCAGGGAGAGAAGGAAACACCAAGCTAGAAGGTCTGACCTGGGAAGT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAGGGAGAGAAGGAAACACCAAGCTAGAAGGTCTGACCTGGGAAGT  782

seq1  CAGGGAAGTCAGGGAAATCAGGGAAGGCTTCTCATAGGACGTGGAGAATG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAAGTCAGGGAAATCAGGGAAGGCTTCTCATAGGACGTGGAGAATG  832

seq1  AGCCTAATGATGAATGACTCCAGAGATTGGGTGAGGAGAATCCCAGCTAG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTAATGATGAATGACTCCAGAGATTGGGTGAGGAGAATCCCAGCTAG  882

seq1  AGGCAAGCTTGTGGTACAGCCTGCCCATGTAAGGCAGGTAGGCTGTGAGG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAGCTTGTGGTACAGCCTGCCCATGTAAGGCAGGTAGGCTGTGAGG  932

seq1  CTATACTGCTGGGCTCCACAGTTTGCATTTCTTCCTAGGGCTGACTTGTA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACTGCTGGGCTCCACAGTTTGCATTTCTTCCTAGGGCTGACTTGTA  982

seq1  TCCCCACAGGAGCCCTATGCGGAACAACTAACCTACCTCAGTGCTTCATT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCACAGGAGCCCTATGCGGAACAACTAACCTACCTCAGTGCTTCATT  1032

seq1  TCCTCATCTGTAAAGTGGGTCTAACAACAGTGTCTTATGTCATGGAGTAG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCATCTGTAAAGTGGGTCTAACAACAGTGTCTTATGTCATGGAGTAG  1082

seq1  TGCTGGGCACACCCAAGAACAGGGTTGCTTAATGGAAAAAGAGAATTC  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGGCACACCCAAGAACAGGGTTGCTTAATGGAAAAAGAGAATTC  1130