BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-136O22
Chromosome9 (Build37)
Map Location 35,318,649 - 35,448,850
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDdx25, Pus3, EG627480, LOC100042442, Svs7
Upstream geneKirrel3, St3gal4, Dcps, Tirap, Foxred1, Srpr, C030004A17Rik, Rpusd4, EG434394, Cdon
Downstream geneGm846, D730048I06Rik, 9230110F15Rik, LOC100041605, 9230113P08Rik, EG546123, LOC100041618, LOC100042485, EG639025, LOC671003, EG434396, A630095E13Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-136O22.bB6Ng01-136O22.g
ACCDH936577DH936578
length1,1601,072
definitionDH936577|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-136O22, 5' end.DH936578|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-136O22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,447,691 - 35,448,850)(35,318,649 - 35,319,730)
sequence
gaattcatatgacaagtgaaaaaaatttcccagtgcaagaggaagtttaa
gactcacaagttaaactaggcagccctattcaaaaagggtctggaagtca
atcctagtcacagagcagacccagaattctcacaattcttaatccaagtg
aaaacctgagtaacaagtcagagtggaagatacctactagggcattcctt
gttccttagataactatacccacgtaccatcttaagacaaggcatatttc
ttggcacagagcttctctagaaccctgaaaatgaaaaatcacagattaga
gagcctgaaggtatagagccatacaccctagatgggagctggcaacacaa
ggtagtcatggaaacaggagggcagaatgcagagatgcaaagaaactcag
atatacagaagctcagacaatgaagagctcgatggtggcttggtgggtaa
ctctaccttttggtgaataagagggtaatataagatggtgtccctgagac
agaagtcaggattcttcctggccatgcagttttcccattgtagaactgag
aatactaaggctcatatgaatggatactccccataggcaccacctttgca
cagtgtatatagtgttgagcagaattagaatgcactgagataagtcctct
agtaacagctctcagtgctctgcctcctctacaaccaacacacttgagat
acccttgaattagacattagttactccaatatgtacagtctggagcaact
gagatccatattggtccacctgctgcaaagctaatgtttgccagtagtgg
ttcctgatctgcaaagaaggtaggcctttaatgtaattgtaacactgttg
agcagctgacatttgagcacactgtggccctttgagatggctgaaacata
acagtctctaatttcaactcatcacacccaacacctgccaggctccaata
ttagaaaactcagggaaaaaagctgttcatttttcaatgagatatccaaa
gggttcaattgttttaagtataaagtactcctataaatcagttagaaaaa
tagtagccctcaaacataatataacatgatagagaatggggaggtcttta
ccctcaatattaaacacctggaggatcaggaaatgttaaacatgtagggc
ctgttcagtc
gaattctatgtgcctgtagtatttatgattccatcagattcatactctcc
tgacccatctggatcatgctctagaagatgcccaaattttggaaagagtt
acaaagccccccgcagccactgatcacctgtatctcttaccacaggggca
cacaaatcctttacactcactcaggacctccagcaacacactctggctgc
tgttgcccaaggcattgcgggccacacattggtaagtgcccctgtggtgt
gctgggtcagcatctcggacttgaaggcgcaagtgggtaccctcagggtg
tagtatgaatccaggagtacttccttccaactgctgttgctggggtccca
gccagaggagctgagcaggtggtgtaccccgctggagagcacagcccagc
caggcctcttcgccctccagtactgacactcggggttcagccactgtcag
ctgtgggacttctgcaaaaacagagagggtaagggtggtaagcagctggt
ccagctgttgggaaagtggtgtccccagctgttgggaaggtggtggcccc
agctattgggaaggtgatggcccaagtgaagagaggaggcagctcttctt
agtcaactcagctctcttgttcagacttcagatgtggtcttctctagggt
ctgctggtcattgcagtgttcctgaatgctctcccacctccccatcccag
cctctccaacttcaggcaggggtcatgcttactcatttccctaccagcac
ctagcaggtccttcctgcactggcctgacatctccttgctggtacagaac
aggaccatagaaggtactcagcttctgcaggcccccaatagtcaggtgcc
agtgaatttcttacaatggggtttctgaaactgatcaatgagaaaggtaa
tatttgcactgaggatctctttaatgcccccaaagtatgctagcctccag
gactttggagagcaaatgggagatcctttttgtgtgtgatactctgttgc
tctctgcatcttaatctttctgtattggattcttctttcagtgttcataa
gatgggaggggcaggttaagac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_35447691_35448850
seq2: B6Ng01-136O22.b_51_1210 (reverse)

seq1  GACTGAACA-GCCCTACATGTTTAACA-TTCCTGGTTCCTCAGGTGTTT-  47
      ||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | |  ||||||||| 
seq2  GACTGAACAGGCCCTACATGTTTAACATTTCCTGATCCTCCAGGTGTTTA  50

seq1  ATATGTGAGTGTAAAGGACCT-CCCATTCCTTCTATCATGTTTATA-TAT  95
      |||| |||| ||||| ||||| |||||||  ||||||||| ||||| |||
seq2  ATAT-TGAGGGTAAA-GACCTCCCCATTC--TCTATCATG-TTATATTAT  95

seq1  GTTTGAGGGCTACTA-TTTTCTAACTGATTTATAGGAGTACTTTATACTT  144
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAGGGCTACTATTTTTCTAACTGATTTATAGGAGTACTTTATACTT  145

seq1  AAAACAATTGAACCCTTTGGATATCTCATTGAAAAATGAACAGCTTTTTT  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAATTGAACCCTTTGGATATCTCATTGAAAAATGAACAGCTTTTTT  195

seq1  CCCCTGAGTTTTCTAATATTGGAGCCTGGCAGGTGTTGGGTGTGATGAGT  244
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -CCCTGAGTTTTCTAATATTGGAGCCTGGCAGGTGTTGGGTGTGATGAGT  244

seq1  TGAAATTAGAGACTGTTATGTTTCAGCCATCTCAAAGGGCCACAGTGTGC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTAGAGACTGTTATGTTTCAGCCATCTCAAAGGGCCACAGTGTGC  294

seq1  TCAAATGTCAGCTGCTCAACAGTGTTACAATTACATTAAAGGCCTACCTT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATGTCAGCTGCTCAACAGTGTTACAATTACATTAAAGGCCTACCTT  344

seq1  CTTTGCAGATCAGGAACCACTACTGGCAAACATTAGCTTTGCAGCAGGTG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCAGATCAGGAACCACTACTGGCAAACATTAGCTTTGCAGCAGGTG  394

seq1  GACCAATATGGATCTCAGTTGCTCCAGACTGTACATATTGGAGTAACTAA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAATATGGATCTCAGTTGCTCCAGACTGTACATATTGGAGTAACTAA  444

seq1  TGTCTAATTCAAGGGTATCTCAAGTGTGTTGGTTGTAGAGGAGGCAGAGC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTAATTCAAGGGTATCTCAAGTGTGTTGGTTGTAGAGGAGGCAGAGC  494

seq1  ACTGAGAGCTGTTACTAGAGGACTTATCTCAGTGCATTCTAATTCTGCTC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGAGCTGTTACTAGAGGACTTATCTCAGTGCATTCTAATTCTGCTC  544

seq1  AACACTATATACACTGTGCAAAGGTGGTGCCTATGGGGAGTATCCATTCA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTATATACACTGTGCAAAGGTGGTGCCTATGGGGAGTATCCATTCA  594

seq1  TATGAGCCTTAGTATTCTCAGTTCTACAATGGGAAAACTGCATGGCCAGG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGCCTTAGTATTCTCAGTTCTACAATGGGAAAACTGCATGGCCAGG  644

seq1  AAGAATCCTGACTTCTGTCTCAGGGACACCATCTTATATTACCCTCTTAT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATCCTGACTTCTGTCTCAGGGACACCATCTTATATTACCCTCTTAT  694

seq1  TCACCAAAAGGTAGAGTTACCCACCAAGCCACCATCGAGCTCTTCATTGT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAAAAGGTAGAGTTACCCACCAAGCCACCATCGAGCTCTTCATTGT  744

seq1  CTGAGCTTCTGTATATCTGAGTTTCTTTGCATCTCTGCATTCTGCCCTCC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCTTCTGTATATCTGAGTTTCTTTGCATCTCTGCATTCTGCCCTCC  794

seq1  TGTTTCCATGACTACCTTGTGTTGCCAGCTCCCATCTAGGGTGTATGGCT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCCATGACTACCTTGTGTTGCCAGCTCCCATCTAGGGTGTATGGCT  844

seq1  CTATACCTTCAGGCTCTCTAATCTGTGATTTTTCATTTTCAGGGTTCTAG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACCTTCAGGCTCTCTAATCTGTGATTTTTCATTTTCAGGGTTCTAG  894

seq1  AGAAGCTCTGTGCCAAGAAATATGCCTTGTCTTAAGATGGTACGTGGGTA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCTCTGTGCCAAGAAATATGCCTTGTCTTAAGATGGTACGTGGGTA  944

seq1  TAGTTATCTAAGGAACAAGGAATGCCCTAGTAGGTATCTTCCACTCTGAC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTATCTAAGGAACAAGGAATGCCCTAGTAGGTATCTTCCACTCTGAC  994

seq1  TTGTTACTCAGGTTTTCACTTGGATTAAGAATTGTGAGAATTCTGGGTCT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTACTCAGGTTTTCACTTGGATTAAGAATTGTGAGAATTCTGGGTCT  1044

seq1  GCTCTGTGACTAGGATTGACTTCCAGACCCTTTTTGAATAGGGCTGCCTA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGTGACTAGGATTGACTTCCAGACCCTTTTTGAATAGGGCTGCCTA  1094

seq1  GTTTAACTTGTGAGTCTTAAACTTCCTCTTGCACTGGGAAATTTTTTTCA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAACTTGTGAGTCTTAAACTTCCTCTTGCACTGGGAAATTTTTTTCA  1144

seq1  CTTGTCATATGAATTC  1160
      ||||||||||||||||
seq2  CTTGTCATATGAATTC  1160

seq1: chr9_35318649_35319730
seq2: B6Ng01-136O22.g_67_1138

seq1  GAATTCTATGTGCCTGTAGTATTTATGATTCCATCAGATTCATACTCTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATGTGCCTGTAGTATTTATGATTCCATCAGATTCATACTCTCC  50

seq1  TGACCCATCTGGATCATGCTCTAGAAGATGCCCAAATTTTGGAAAGAGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCATCTGGATCATGCTCTAGAAGATGCCCAAATTTTGGAAAGAGTT  100

seq1  ACAAAGCCCCCCGCAGCCACTGATCACCTGTATCTCTTACCACAGGGGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGCCCCCCGCAGCCACTGATCACCTGTATCTCTTACCACAGGGGCA  150

seq1  CACAAATCCTTTACACTCACTCAGGACCTCCAGCAACACACTCTGGCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAATCCTTTACACTCACTCAGGACCTCCAGCAACACACTCTGGCTGC  200

seq1  TGTTGCCCAAGGCATTGCGGGCCACACATTGGTAAGTGCCCCTGTGGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCCCAAGGCATTGCGGGCCACACATTGGTAAGTGCCCCTGTGGTGT  250

seq1  GCTGGGTCAGCATCTCGGACTTGAAGGCGCAAGTGGGTACCCTCAGGGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGTCAGCATCTCGGACTTGAAGGCGCAAGTGGGTACCCTCAGGGTG  300

seq1  TAGTATGAATCCAGGAGTACTTCCTTCCAACTGCTGTTGCTGGGGTCCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATGAATCCAGGAGTACTTCCTTCCAACTGCTGTTGCTGGGGTCCCA  350

seq1  GCCAGAGGAGCTGAGCAGGTGGTGTACCCCGCTGGAGAGCACAGCCCAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAGGAGCTGAGCAGGTGGTGTACCCCGCTGGAGAGCACAGCCCAGC  400

seq1  CAGGCCTCTTCGCCCTCCAGTACTGACACTCGGGGTTCAGCCACTGTCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCCTCTTCGCCCTCCAGTACTGACACTCGGGGTTCAGCCACTGTCAG  450

seq1  CTGTGGGACTTCTGCAAAAACAGAGAGGGTAAGGGTGGTAAGCAGCTGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGGACTTCTGCAAAAACAGAGAGGGTAAGGGTGGTAAGCAGCTGGT  500

seq1  CCAGCTGTTGGGAAAGTGGTGTCCCCAGCTGTTGGGAAGGTGGTGGCCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTGTTGGGAAAGTGGTGTCCCCAGCTGTTGGGAAGGTGGTGGCCCC  550

seq1  AGCTATTGGGAAGGTGATGGCCCAAGTGAAGAGAGGAGGCAGCTCTTCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATTGGGAAGGTGATGGCCCAAGTGAAGAGAGGAGGCAGCTCTTCTT  600

seq1  AGTCAACTCAGCTCTCTTGTTCAGACTTCAGATGTGGTCTTCTCTAGGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAACTCAGCTCTCTTGTTCAGACTTCAGATGTGGTCTTCTCTAGGGT  650

seq1  CTGCTGGTCATTGCAGTGTTCCTGAATGCTCTCCCACCTCCCCATCCCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGGTCATTGCAGTGTTCCTGAATGCTCTCCCACCTCCCCATCCCAG  700

seq1  CCTCTCCAACTTCAGGCAGGGGTCATGCTTACTCATTTCCCTACCAGCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCAACTTCAGGCAGGGGTCATGCTTACTCATTTCCCTACCAGCAC  750

seq1  CTAGCAGGTCCTTCCTGCACTGGCCTGACATCTCCTTGCTGGTACAGAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCAGGTCCTTCCTGCACTGGCCTGACATCTCCTTGCTGGTACAGAAC  800

seq1  AGGACCATAGAAGGTACTCAGCTTCTGCAGGCCCCCAATAGTCAGGTGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCATAGAAGGTACTCAGCTTCTGCAGGCCCCCAATAGTCAGGTGCC  850

seq1  AGTGAATTTCTTACAATGGGGTTTCTGAAACTGATCAATGAGAAAGGTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAATTTCTTACAATGGGGTTTCTGAAACTGATCAATGAGAAAGGTAA  900

seq1  TATTTTGCACTGAGGATCTCTTTAATGCCCCCAAAGTATGCTAGCCTCCA  950
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TA-TTTGCACTGAGGATCTCTTTAATGCCCCCAAAGTATGCTAGCCTCCA  949

seq1  GGACTTTGGAGAGCAAATGGGAGATCC-TTTTGTGTGTGATAACTCCTGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| 
seq2  GGACTTTGGAGAGCAAATGGGAGATCCTTTTTGTGTGTGAT-ACT-CTG-  996

seq1  TTGCTCTCCTGGCATCTTAAATCTTTCTGTATTGGATTCTTTCTTTTCAG  1049
      ||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||
seq2  TTGCTCTC--TGCATCTT-AATCTTTCTGTATTGGATTCTT--CTTTCAG  1041

seq1  TTGTTCATAGATTGGGAGGGGGCAGGTGAAGAC  1082
       ||||||||   ||||| ||||||||| |||||
seq2  -TGTTCATAAGATGGGA-GGGGCAGGTTAAGAC  1072