BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-137D21
Chromosome9 (Build37)
Map Location 63,260,506 - 63,412,925
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIqch, LOC621763
Upstream geneCoro2b, Itga11, EG665478, Fem1b, Cln6, Calml4, Pias1, LOC100039976, Ppia-ps9_818.1, Lbxcor1, Map2k5, 2300009A05Rik
Downstream gene2310007F21Rik, Smad3, LOC100040009, Smad6, 2600006L11Rik, Lctl, Zwilch, Rpl4, Snapc5, Map2k1, Uchl4, Tipin, Dis3l, Megf11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-137D21.bB6Ng01-137D21.g
ACCDH936809DH936810
length8771,032
definitionDH936809|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-137D21, 5' end.DH936810|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-137D21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,412,048 - 63,412,925)(63,260,506 - 63,261,351)
sequence
gaattcaccccacactggcagctacctgctctcaggactagaccagtcct
ttaagtggcccactttcactctgagcatttgagtctatgctaagagatag
tatttctgacctcatatcatcattttgaagaaccaacaactaggtagatg
tagaggctgaagtctgtctctgtctctcgcatatgtgcatgtgtttgtgt
gtgtgtctagaggccgaagtctgtctctttctctctgtctctgtctctgt
ctctgtctctgtctctctgtctgtctgtctgtctgtctgtctctctttct
ctctctctctctctctctctctctctctctctcatgtgtgcacacacaca
cacacacacgggggtggggctgacatagatgataagtttaatgcacaaag
ggatgacagaattatattttagtataatcagcttctgtttattttatgtt
aaataattagtttgtttttaaggcagagtctggagtagcccaggctggcc
ttgaactcttaatcctcctgtctctatctcccaagtgctaggattacaga
tgtgcaccaccaaacctggtttgcctttccttgcattttacttcatacat
ctacaaaaattactctgagaaggggtgtcataggatttaccagactgctg
aaggggtgactcctctaagttagaactttcttgatcaatcttttctttca
caaaaatatctaccatgagacaaggaatgcattaaaacaaaagtctgcca
aagttgccacattgtgcgattgttttggtgcctaggatgaagctgtgttc
ttcatgtataaaacagtcactgcacttagttgatgacagaccttgtgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
gaattctagaagggaggaagaatggtacgcttagaattaaaacagtttcc
atagtgctgaggaacttggcattactctctggtagcatccttagccgctt
ggagctgggtggtggtgataaggttttcaggctgtcacccatagctcatt
atcacttgagatagtacaccttttatatgtttgtatgcatttctgtgtaa
acctttcccatacaattagattgtttcgtttttttccattaatgtcacac
aggttcattgtgcaacaggaaaaaacaaccaaacaaacaaaccatgatcc
catcgttaagaagtaggcattgttccaccatttcagtggtgttcctatag
cttcaacactggcttatgaggtctcaagcactgacattatctgtaaagct
caaggcttcatcctgtagagtccagcttcttaaactttgagttgtgaccc
caaatgaagttgcataatggaatatggcggtagcaaacctaaaccttaat
tcagaatcaagcacggactggcctgggtttctggcagtgcttgctcattg
catctcacagcctcactccactttggttctgagcacaagacactgtcaag
ctatgatgtgccagttaatccagcctggatcatccctgctcagattcaag
acgattgtatgttataagctgaagtatttttactatgtgtgcagagtttt
ctgttcttgcagaaacgtaagagtttaattactgaaaacaaagactttta
atgtcatactgtcatctatcaaatgtaagcaccaaattaatatctttaca
ttaaattgtgttacaagtatttggtttaaaaatagtttgaagtaaaacat
gtttgaattgcttacttaaatttcataaaaatcattcaataatttggctt
ggccattaggacagaatttccaacatctctgaaatgtcctaaatacactt
atgccattcagtactacaaatttataaaaaaaaattgacataaagtattt
gcctactttaaaatattgagatgtatgctttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_63412048_63412925
seq2: B6Ng01-137D21.b_41_917 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACACAAGGTCTTGTCATCAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACACAAGGTC-TGTCATCAAC  49

seq1  TAAGTGCAGTGACTGTTTTATACATGAAGAACACAGCTTCATCCTAGGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGCAGTGACTGTTTTATACATGAAGAACACAGCTTCATCCTAGGCA  99

seq1  CCAAAACAATCGCACAATGTGGCAACTTTGGCAGACTTTTGTTTTAATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAACAATCGCACAATGTGGCAACTTTGGCAGACTTTTGTTTTAATGC  149

seq1  ATTCCTTGTCTCATGGTAGATATTTTTGTGAAAGAAAAGATTGATCAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTTGTCTCATGGTAGATATTTTTGTGAAAGAAAAGATTGATCAAGA  199

seq1  AAGTTCTAACTTAGGGGAGTCACCCCTTCAGCAGTCTGGTAAATCCTATG  250
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCTAACTTAGAGGAGTCACCCCTTCAGCAGTCTGGTAAATCCTATG  249

seq1  ACACCCCTTCTCAGAGTAATTTTTGTAGATGTATGAAGTAAAATGCAAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCCTTCTCAGAGTAATTTTTGTAGATGTATGAAGTAAAATGCAAGG  299

seq1  AAAGGCAAACCAGGTTTGGTGGTGCACATCTGTAATCCTAGCACTTGGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCAAACCAGGTTTGGTGGTGCACATCTGTAATCCTAGCACTTGGGA  349

seq1  GATAGAGACAGGAGGATTAAGAGTTCAAGGCCAGCCTGGGCTACTCCAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGAGACAGGAGGATTAAGAGTTCAAGGCCAGCCTGGGCTACTCCAGA  399

seq1  CTCTGCCTTAAAAACAAACTAATTATTTAACATAAAATAAACAGAAGCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCTTAAAAACAAACTAATTATTTAACATAAAATAAACAGAAGCTG  449

seq1  ATTATACTAAAATATAATTCTGTCATCCCTTTGTGCATTAAACTTATCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATACTAAAATATAATTCTGTCATCCCTTTGTGCATTAAACTTATCAT  499

seq1  CTATGTCAGCCCCACCCCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCACACATGAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTCAGCCCCACCCCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCACACATGAGAG  549

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGACAGACAGACAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGACAGACAGACAG  599

seq1  ACAGACAGACAGAGAGACAGAGACAGAGACAGAGACAGAGACAGAGAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACAGACAGAGAGACAGAGACAGAGACAGAGACAGAGACAGAGAGAA  649

seq1  AGAGACAGACTTCGGCCTCTAGACACACACACAAACACATGCACATATGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAGACTTCGGCCTCTAGACACACACACAAACACATGCACATATGC  699

seq1  GAGAGACAGAGACAGACTTCAGCCTCTACATCTACCTAGTTGTTGGTTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGACAGAGACAGACTTCAGCCTCTACATCTACCTAGTTGTTGGTTCT  749

seq1  TCAAAATGATGATATGAGGTCAGAAATACTATCTCTTAGCATAGACTCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAATGATGATATGAGGTCAGAAATACTATCTCTTAGCATAGACTCAA  799

seq1  ATGCTCAGAGTGAAAGTGGGCCACTTAAAGGACTGGTCTAGTCCTGAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCAGAGTGAAAGTGGGCCACTTAAAGGACTGGTCTAGTCCTGAGAG  849

seq1  CAGGTAGCTGCCAGTGTGGGGTGAATTC  878
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAGCTGCCAGTGTGGGGTGAATTC  877

seq1: chr9_63260506_63261351
seq2: B6Ng01-137D21.g_65_910

seq1  GAATTCTAGAAGGGAGGAAGAATGGTACGCTTAGAATTAAAACAGTTTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGAAGGGAGGAAGAATGGTACGCTTAGAATTAAAACAGTTTCC  50

seq1  ATAGTGCTGAGGAACTTGGCATTACTCTCTGGTAGCATCCTTAGCCGCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGCTGAGGAACTTGGCATTACTCTCTGGTAGCATCCTTAGCCGCTT  100

seq1  GGAGCTGGGTGGTGGTGATAAGGTTTTCAGGCTGTCACCCATAGCTCATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTGGGTGGTGGTGATAAGGTTTTCAGGCTGTCACCCATAGCTCATT  150

seq1  ATCACTTGAGATAGTACACCTTTTATATGTTTGTATGCATTTCTGTGTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTTGAGATAGTACACCTTTTATATGTTTGTATGCATTTCTGTGTAA  200

seq1  ACCTTTCCCATACAATTAGATTGTTTCGTTTTTTTCCATTAATGTCACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTCCCATACAATTAGATTGTTTCGTTTTTTTCCATTAATGTCACAC  250

seq1  AGGTTCATTGTGCAACAGGAAAAAACAACCAAACAAACAAACCATGATCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCATTGTGCAACAGGAAAAAACAACCAAACAAACAAACCATGATCC  300

seq1  CATCGTTAAGAAGTAGGCATTGTTCCACCATTTCAGTGGTGTTCCTATAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCGTTAAGAAGTAGGCATTGTTCCACCATTTCAGTGGTGTTCCTATAG  350

seq1  CTTCAACACTGGCTTATGAGGTCTCAAGCACTGACATTATCTGTAAAGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAACACTGGCTTATGAGGTCTCAAGCACTGACATTATCTGTAAAGCT  400

seq1  CAAGGCTTCATCCTGTAGAGTCCAGCTTCTTAAACTTTGAGTTGTGACCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCTTCATCCTGTAGAGTCCAGCTTCTTAAACTTTGAGTTGTGACCC  450

seq1  CAAATGAAGTTGCATAATGGAATATGGCGGTAGCAAACCTAAACCTTAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGAAGTTGCATAATGGAATATGGCGGTAGCAAACCTAAACCTTAAT  500

seq1  TCAGAATCAAGCACGGACTGGCCTGGGTTTCTGGCAGTGCTTGCTCATTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAATCAAGCACGGACTGGCCTGGGTTTCTGGCAGTGCTTGCTCATTG  550

seq1  CATCTCACAGCCTCACTCCACTTTGGTTCTGAGCACAAGACACTGTCAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCACAGCCTCACTCCACTTTGGTTCTGAGCACAAGACACTGTCAAG  600

seq1  CTATGATGTGCCAGTTAATCCAGCCTGGATCATCCCTGCTCAGATTCAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGATGTGCCAGTTAATCCAGCCTGGATCATCCCTGCTCAGATTCAAG  650

seq1  ACGATTGTATGTTATAAGCTGAAGTATTTTTACTATGTGTGCAGAGTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGATTGTATGTTATAAGCTGAAGTATTTTTACTATGTGTGCAGAGTTTT  700

seq1  CTGTTCTTGCAGAAACGTAAGAGTTTAATTACTGAAAACAAAGACTTTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCTTGCAGAAACGTAAGAGTTTAATTACTGAAAACAAAGACTTTTA  750

seq1  ATGTCATACTGTCATCTATCAAATGTAAGCACCAAATTAATATCTTTACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCATACTGTCATCTATCAAATGTAAGCACCAAATTAATATCTTTACA  800

seq1  TTAAATTGTGTTACAAGTATTTGGTTTAAAAATAGTTTGAAGTAAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTGTGTTACAAGTATTTGGTTTAAAAATAGTTTGAAGTAAA  846