BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-138D06
Chromosome9 (Build37)
Map Location 115,627,093 - 115,778,900
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneDync1li1, Cmtm6, Cmtm7, Cmtm8, Gpd1l, LOC100043813, Osbpl10, LOC100043812, Stt3b, LOC100039567, LOC670467, EG546164
Downstream geneGadl1, EG668829, Tgfbr2, LOC100043817, LOC100043819, D730003K21Rik, Rbms3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-138D06.bB6Ng01-138D06.g
ACCDH937528DH937529
length1,0801,022
definitionDH937528|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138D06, 5' end.DH937529|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138D06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(115,627,093 - 115,628,180)(115,777,860 - 115,778,900)
sequence
gaattcaagattgataatgttcatatgtcccctccccccccccccccgtg
tgtgtattataccaaacatgttagtgtgtaaatttggaggagcctgagaa
aaaagtctggagtctgtacccaactctagtacctgccatgtgacagtaat
gacacattgtcctccctccagggctgtggctttttctttaaggcaattgt
ttctccaacattgagagattatcaggatagaaatctcccaggaaagttgt
tatatcatccctaccctcacaggccagtcaacaaatcaatacatttataa
aacttacaaaattcagtagaagaaactaaaatagaaggctaaatctctaa
aaataaaaatttaaaggtaggggaataaaaaccaatgtgcttgattcttg
tataggttcatgcaaacccaggcaggttcgttgtatttccacatctccca
tggttgcttgtgtgtattgactttaaacttgaaatcgatggcagatggtg
tagaagaatttgccttctatagcctggggccatgcctcagtgggttgtat
acttgctgcctaccatgagcaactgatttggattggcaactcctggatgg
aaagctggtctaattacagcactagagaggtgaatttaagtagttccttg
aagccagcctagatgagtctgtgatctcaggtttagtgaaagaccctggc
tcaagtcacacagtgacagagcggtaaaagaagatgcccaacatcaacct
ccagcctcaacaaactcactatcatacatcagagggttcgcgtgagtgcg
tgtgcacgcgcgcgcgcgcgcacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacatctgtgcttttttaggaaaaacatcacaacaattgataagac
tacaaatgagcataatttttcatgcgatgttagattttccagacttcatc
tttaatgggatgattcgatgggctaaggattgcaatacattttaagttat
ttttgttgattgctattattatgcatagtggcacagctatcttgaaacca
tttcacatcccaagggtgggaaatgggata
gaattcccttccctcctcttttctcttgccgcccctgttgcaccctaaag
cccacaattccctcagtgacagggctgagtggaatcatcatccacgttca
gtttcagcatggactctacttgatgtgagtcccctaacgtctggactttg
gtggctaatgctgtgtaccccctcagggactgcagccatctggagtccag
tgtgcctctgcagcccagggacctgcctgctcaggggacagagctagaag
gatccctagagcttgctggcgaaccagccggagctaaattggtgagcttc
cagctcagtgagcaaccctgtttaatacacttccttgactcttgtctgag
gctggcataaatcccttccttgtttcttccacacactcacccatctgcag
gaagagagtaagtatgtctgaaatctgacttcatgacttggggaggcatc
aaagagcttgcctgatggttcaccttcatctgtcagtttgactggatgca
aagtcaccacagaaacactcgcctggccatgtctatgaaggagttttcag
aaagagctcactgaggaaaaagccggacgctgagtgtgggcagcaccgcc
ccagagaagactgagatggagctgagcatagagaaagtgagtggatcacg
cgtgtccatctctctctgcctcctaaccacagactcagcgtgaccagctg
cctcaagctcctgcggccaagaaacctgagccctaataaacctttcctcc
ttacatttctttgtccggcattttgtcactgctgcaacaagggctgctag
cactaatctggatgggccacaagaaagagaagcaaccagtaccataactc
tcacaggggtgttttcccccattaagttgaaataaaattgaatcccatta
gaggtgtcaggtgactatacaggtaatagtgaagaaagtgtagatgaggg
tatttattggtagatcaatctcagaccctgagactctgtctgggtcatca
tgtatgtctctactacatgcac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_115627093_115628180
seq2: B6Ng01-138D06.b_42_1121

seq1  GAATTCAAGATTGATAATGTTCATATGTCCCCTCCCCCCCCCCCCCCGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGATTGATAATGTTCATATGTCCCCTCCCCCCCCCCCCCCGTG  50

seq1  TGTGTATTATACCAAACATGTTAGTGTGTAAATTTGGAGGAGCCTGAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATTATACCAAACATGTTAGTGTGTAAATTTGGAGGAGCCTGAGAA  100

seq1  AAAAGTCTGGAGTCTGTACCCAACTCTAGTACCTGCCATGTGACAGTAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTCTGGAGTCTGTACCCAACTCTAGTACCTGCCATGTGACAGTAAT  150

seq1  GACACATTGTCCTCCCTCCAGGGCTGTGGCTTTTTCTTTAAGGCAATTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACATTGTCCTCCCTCCAGGGCTGTGGCTTTTTCTTTAAGGCAATTGT  200

seq1  TTCTCCAACATTGAGAGATTATCAGGATAGAAATCTCCCAGGAAAGTTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCAACATTGAGAGATTATCAGGATAGAAATCTCCCAGGAAAGTTGT  250

seq1  TATATCATCCCTACCCTCACAGGCCAGTCAACAAATCAATACATTTATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCATCCCTACCCTCACAGGCCAGTCAACAAATCAATACATTTATAA  300

seq1  AACTTACAAAATTCAGTAGAAGAAACTAAAATAGAAGGCTAAATCTCTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTACAAAATTCAGTAGAAGAAACTAAAATAGAAGGCTAAATCTCTAA  350

seq1  AAATAAAAATTTAAAGGTAGGGGAATAAAAACCAATGTGCTTGATTCTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAAATTTAAAGGTAGGGGAATAAAAACCAATGTGCTTGATTCTTG  400

seq1  TATAGGTTCATGCAAACCCAGGCAGGTTCGTTGTATTTCCACATCTCCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGTTCATGCAAACCCAGGCAGGTTCGTTGTATTTCCACATCTCCCA  450

seq1  TGGTTGCTTGTGTGTATTGACTTTAAACTTGAAATCGATGGCAGATGGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGCTTGTGTGTATTGACTTTAAACTTGAAATCGATGGCAGATGGTG  500

seq1  TAGAAGAATTTGCCTTCTATAGCCTGGGGCCATGCCTCAGTGGGTTGTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGAATTTGCCTTCTATAGCCTGGGGCCATGCCTCAGTGGGTTGTAT  550

seq1  ACTTGCTGCCTACCATGAGCAACTGATTTGGATTGGCAACTCCTGGATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCTGCCTACCATGAGCAACTGATTTGGATTGGCAACTCCTGGATGG  600

seq1  AAAGCTGGTCTAATTACAGCACTAGAGAGGTGAATTTAAGTAGTTCCTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTGGTCTAATTACAGCACTAGAGAGGTGAATTTAAGTAGTTCCTTG  650

seq1  AAGCCAGCCTAGATGAGTCTGTGATCTCAGGTTTAGTGAAAGACCCTGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAGCCTAGATGAGTCTGTGATCTCAGGTTTAGTGAAAGACCCTGGC  700

seq1  TCAAGTCACACAGTGACAGAGCGGTAAAAGAAGATGCCCAACATCAACCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTCACACAGTGACAGAGCGGTAAAAGAAGATGCCCAACATCAACCT  750

seq1  CCAGCCTCAACAAACTCACTATCATACATCAGA-GGTTCGCGTGAGTGCG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CCAGCCTCAACAAACTCACTATCATACATCAGAGGGTTCGCGTGAGTGCG  800

seq1  TGTGCACGCGCGCGCGCGCGCACACACACACACACACACACACACACACA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCACGCGCGCGCGCGCGCACACACACACACACACACACACACACACA  850

seq1  CACACACATCTGTGCTTTTATAGGAAAAACATCACAACAATTGATAAGAC  899
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACATCTGTGCTTTTTTAGGAAAAACATCACAACAATTGATAAGAC  900

seq1  TACAAATGAGCATAAATATTTCATGCGATGTTAGATTTTTCCAGACTTCA  949
      ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TACAAATGAGCAT-AATTTTTCATGCGATGTTAGA-TTTTCCAGACTTCA  948

seq1  TCTTTAATGGGATGAATTCGATGGGCATAAAGGATTGCAAATACATTTTT  999
      |||||||||||||| |||||||||||   ||||||||| |||||| ||||
seq2  TCTTTAATGGGATG-ATTCGATGGGC--TAAGGATTGC-AATACA-TTTT  993

seq1  AAGTTTATTTTGTTGAATTGCTATTATTATGCATAGTTGGCACAGCTATC  1049
      |||||  |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AAGTTATTTTTGTTG-ATTGCTATTATTATGCATAG-TGGCACAGCTATC  1041

seq1  TTGAAACCATTTCACATCCATAGGGTGGGAAATTGGATA  1088
      |||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||
seq2  TTGAAACCATTTCACATCCCAAGGGTGGGAAATGGGATA  1080

seq1: chr9_115777860_115778900
seq2: B6Ng01-138D06.g_70_1091 (reverse)

seq1  GTGCATGGTTAGTAGAAGACATACATGATGACCCAGACAGAAGTTCTCCA  50
      |||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||   ||| ||
seq2  GTGCATG--TAGTAG-AGACATACATGATGACCCAGACAGA--GTCT-CA  44

seq1  GGGTCTTGGAGAATTGATCCTACCCAATAAATACCCTTCATTCTACACTT  100
      ||||||  ||| |||||| ||| ||||||||||||| ||| |||||||||
seq2  GGGTCT--GAG-ATTGAT-CTA-CCAATAAATACCC-TCA-TCTACACTT  87

seq1  TCTTTCACTATTTCCCTGTTATAGTCACCTGACACCTTCTAATGGGATTC  150
      || ||||||| || |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TC-TTCACTA-TTACCTG-TATAGTCACCTGACACC-TCTAATGGGATTC  133

seq1  AATTTTATTTCAACTTAATGGGGGGAAAACACCCCTGTGAGAGTTATGGT  200
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTATTTCAACTTAAT-GGGGGAAAACACCCCTGTGAGAGTTATGGT  182

seq1  ACTGGTTGCTTCTCTTTTCTTGTGGCCCATCCAGATTAGTGCTAGCAGCC  250
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTTGCTTCTC-TTTCTTGTGGCCCATCCAGATTAGTGCTAGCAGCC  231

seq1  CTTGTTGCAGCAGTGACAAAATGCCGGACAAAGAAATGTAAGGAGGAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTGCAGCAGTGACAAAATGCCGGACAAAGAAATGTAAGGAGGAAAG  281

seq1  GTTTATTAGGGCTCAGGTTTCTTGGCCGCAGGAGCTTGAGGCAGCTGGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATTAGGGCTCAGGTTTCTTGGCCGCAGGAGCTTGAGGCAGCTGGTC  331

seq1  ACGCTGAGTCTGTGGTTAGGAGGCAGAGAGAGATGGACACGCGTGATCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCTGAGTCTGTGGTTAGGAGGCAGAGAGAGATGGACACGCGTGATCCA  381

seq1  CTCACTTTCTCTATGCTCAGCTCCATCTCAGTCTTCTCTGGGGCGGTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTTTCTCTATGCTCAGCTCCATCTCAGTCTTCTCTGGGGCGGTGCT  431

seq1  GCCCACACTCAGCGTCCGGCTTTTTCCTCAGTGAGCTCTTTCTGAAAACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACACTCAGCGTCCGGCTTTTTCCTCAGTGAGCTCTTTCTGAAAACT  481

seq1  CCTTCATAGACATGGCCAGGCGAGTGTTTCTGTGGTGACTTTGCATCCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCATAGACATGGCCAGGCGAGTGTTTCTGTGGTGACTTTGCATCCAG  531

seq1  TCAAACTGACAGATGAAGGTGAACCATCAGGCAAGCTCTTTGATGCCTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACTGACAGATGAAGGTGAACCATCAGGCAAGCTCTTTGATGCCTCC  581

seq1  CCAAGTCATGAAGTCAGATTTCAGACATACTTACTCTCTTCCTGCAGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTCATGAAGTCAGATTTCAGACATACTTACTCTCTTCCTGCAGATG  631

seq1  GGTGAGTGTGTGGAAGAAACAAGGAAGGGATTTATGCCAGCCTCAGACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGTGTGTGGAAGAAACAAGGAAGGGATTTATGCCAGCCTCAGACAA  681

seq1  GAGTCAAGGAAGTGTATTAAACAGGGTTGCTCACTGAGCTGGAAGCTCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCAAGGAAGTGTATTAAACAGGGTTGCTCACTGAGCTGGAAGCTCAC  731

seq1  CAATTTAGCTCCGGCTGGTTCGCCAGCAAGCTCTAGGGATCCTTCTAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTAGCTCCGGCTGGTTCGCCAGCAAGCTCTAGGGATCCTTCTAGCT  781

seq1  CTGTCCCCTGAGCAGGCAGGTCCCTGGGCTGCAGAGGCACACTGGACTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCCCTGAGCAGGCAGGTCCCTGGGCTGCAGAGGCACACTGGACTCC  831

seq1  AGATGGCTGCAGTCCCTGAGGGGGTACACAGCATTAGCCACCAAAGTCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGCTGCAGTCCCTGAGGGGGTACACAGCATTAGCCACCAAAGTCCA  881

seq1  GACGTTAGGGGACTCACATCAAGTAGAGTCCATGCTGAAACTGAACGTGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGTTAGGGGACTCACATCAAGTAGAGTCCATGCTGAAACTGAACGTGG  931

seq1  ATGATGATTCCACTCAGCCCTGTCACTGAGGGAATTGTGGGCTTTAGGGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGATTCCACTCAGCCCTGTCACTGAGGGAATTGTGGGCTTTAGGGT  981

seq1  GCAACAGGGGCGGCAAGAGAAAAGAGGAGGGAAGGGAATTC  1041
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACAGGGGCGGCAAGAGAAAAGAGGAGGGAAGGGAATTC  1022