BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-140G16
Chromosome9 (Build37)
Map Location 30,819,022 - 30,970,092
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZbtb44, BC038156, St14, Aplp2
Upstream geneSnx19, LOC666478, Adamts15, Adamts8
Downstream geneEG638580, EG666539, Prdm10, Nfrkb, Tmem45b, LOC666558, EG666576, Barx2, LOC100042266, Tpi-rs4, LOC666619, LOC666622
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-140G16.bB6Ng01-140G16.g
ACCDH939153DH939154
length1,082774
definitionDH939153|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140G16, 5' end.DH939154|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140G16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,819,022 - 30,820,111)(30,969,302 - 30,970,092)
sequence
gaattcttatgcatcagatgtcaataccttcaatgtcactgctgtcttgg
gctttctcccattcatcatttggagacattgacactgtattcacagatac
actaattctgtagcagcctaatttagtcaaggttctccagggagacagaa
cccaaaggatatacatgtagccagagagatatttatgttaaagagtcagc
tcacataagtgtggaggctgtcacgtctaaaatctgttgggcagaccagc
aggcaggatttctgtgttgcagtcttggagaggaatttcttccccttcag
gaaatgtggttttatccctggaggccttcctcctagttagcttcagctgt
caacttgacactgtccagggttatctgagtcagtcccagctgagggatag
cctggattctactggcctgtgaacaccactgtgaggcattttcttgattg
ctaactgatatagaaaggtccaccccattgtgggtggatccatccctagg
caatggatcctgaactgtacaaaaaaggtctgtctcctagtgctgggtta
taggtatagccatgccaagcttttcctgttttaatcaactatataaatat
aggatctggtgagatggcccagtcagtaaaatgtttgtttacaagcacga
ggacctgaatttggatcctacataaaaatctgtatatgtctgtaactgtg
gtggtggggaagagcaaagaaaggcagatccctgcatgtccatggctagc
cagccagcctagtctatctgtaaacaggtttagtaagagaccctgactta
aaaaaaaaaaaaaaaaaagtggagggctcggagatagctaagtgggtcag
agaacttgtttttcaaacatgaggatccgaatttcaaatctactgcaccc
atattaaaagcttggcatggctgtgagtacctgaaacctcagcactaggg
acagagacaggggatcttgagagctcctggtcagacaacatgcgttagca
gagactgtatctcagcaaatgtagggacagtgaggaagatgccagtgtcc
tctacattcatgcctagagatcatgttccaca
gaattcaactcaggacctctggaagagcagtcagtgcttttaacctctga
gccatctctccagctgagctttaattcttacacaaccaattttatctata
tggatatttgactgagcaaccttaaggtgccagtaaatgtggccaggcag
ctcacagataatgttcccttcacagctctagtaggtgcaactcagtgtga
gccagcatgtcactgaactgtgttttgttttaaaacatgtgccctgttgg
tcactggcttcgggatttagaagttggtatttttttagaacatggaaatg
atgattgtagacgttgaaaaaccagctgttgaaattgcaaacttagtaat
gtcagctatagaaacacgagagtctctctaacacagaaatttaatttgtt
tttttatgaatggaggcatcttaatagaaataagagattgtgtacctagc
ccttatgtcactgaatctgttactgtcttactgaagcacagaggcactag
gcaaagaaaagcactgggctcctaggtgtgagcttactagacttcctaca
gatgccacagattacctgttgttctctttcctcggcttagcatttccaag
ctatggttaaagctttagagaaagaagcagccagtgagagcagcagcttg
tggaaactcatctggcccgagtagagcatgctgaatgaccgcgaccctag
ctctggaaaatacttgctgcctgcagttgacccacctcggtgaatgggtc
agacagacatgacagtcatgttct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_30819022_30820111
seq2: B6Ng01-140G16.b_42_1123

seq1  GAATTCTTATGCATCAGATGTCAATACCTTCAATGTCACTGCTGTCTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTATGCATCAGATGTCAATACCTTCAATGTCACTGCTGTCTTGG  50

seq1  GCTTTCTCCCATTCATCATTTGGAGACATTGACACTGTATTCACAGATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCTCCCATTCATCATTTGGAGACATTGACACTGTATTCACAGATAC  100

seq1  ACTAATTCTGTAGCAGCCTAATTTAGTCAAGGTTCTCCAGGGAGACAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATTCTGTAGCAGCCTAATTTAGTCAAGGTTCTCCAGGGAGACAGAA  150

seq1  CCCAAAGGATATACATGTAGCCAGAGAGATATTTATGTTAAAGAGTCAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAGGATATACATGTAGCCAGAGAGATATTTATGTTAAAGAGTCAGC  200

seq1  TCACATAAGTGTGGAGGCTGTCACGTCTAAAATCTGTTGGGCAGACCAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATAAGTGTGGAGGCTGTCACGTCTAAAATCTGTTGGGCAGACCAGC  250

seq1  AGGCAGGATTTCTGTGTTGCAGTCTTGGAGAGGAATTTCTTCCCCTTCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGATTTCTGTGTTGCAGTCTTGGAGAGGAATTTCTTCCCCTTCAG  300

seq1  GAAATGTGGTTTTATCCCTGGAGGCCTTCCTCCTAGTTAGCTTCAGCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGTGGTTTTATCCCTGGAGGCCTTCCTCCTAGTTAGCTTCAGCTGT  350

seq1  CAACTTGACACTGTCCAGGGTTATCTGAGTCAGTCCCAGCTGAGGGATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTGACACTGTCCAGGGTTATCTGAGTCAGTCCCAGCTGAGGGATAG  400

seq1  CCTGGATTCTACTGGCCTGTGAACACCACTGTGAGGCATTTTCTTGATTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGATTCTACTGGCCTGTGAACACCACTGTGAGGCATTTTCTTGATTG  450

seq1  CTAACTGATATAGAAAGGTCCACCCCATTGTGGGTGGATCCATCCCTAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTGATATAGAAAGGTCCACCCCATTGTGGGTGGATCCATCCCTAGG  500

seq1  CAATGGATCCTGAACTGTACAAAAAAGGTCTGTCTCCTAGTGCTGGGTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGATCCTGAACTGTACAAAAAAGGTCTGTCTCCTAGTGCTGGGTTA  550

seq1  TAGGTATAGCCATGCCAAGCTTTTCCTGTTTTAATCAACTATATAAATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTATAGCCATGCCAAGCTTTTCCTGTTTTAATCAACTATATAAATAT  600

seq1  AGGATCTGGTGAGATGGCCCAGTCAGTAAAATGTTTGTTTACAAGCACGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCTGGTGAGATGGCCCAGTCAGTAAAATGTTTGTTTACAAGCACGA  650

seq1  GGACCTGAATTTGGATCCTACATAAAAATCTGTATATGTCTGTAACTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTGAATTTGGATCCTACATAAAAATCTGTATATGTCTGTAACTGTG  700

seq1  GTGGTGGGGAAGAGCAAAGAAAGGCAGATCCCTGCATGTCCATGGCTAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGGGGAAGAGCAAAGAAAGGCAGATCCCTGCATGTCCATGGCTAGC  750

seq1  CAGCCAGCCTAGTCTATCTGTAAACAGGTTTAGTAAGAGACCCTGACTT-  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CAGCCAGCCTAGTCTATCTGTAAACAGGTTTAGTAAGAGACCCTGACTTA  800

seq1  AAAAAAAAAAAAAAAAAAGTGGAGGGCTCGGAGATAGCTAAGTGGGTCAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAAAAAAAAGTGGAGGGCTCGGAGATAGCTAAGTGGGTCAG  850

seq1  AGAACTTGTTTTTCAAACATGAAGATCCGAA-TTCAAATCTACTGCACCC  898
      |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGAACTTGTTTTTCAAACATGAGGATCCGAATTTCAAATCTACTGCACCC  900

seq1  ATA-TAAAAGCTTGGCATGGCTGTGAGTACCTGAAACCCCAGCACTAGGG  947
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATATTAAAAGCTTGGCATGGCTGTGAGTACCTGAAACCTCAGCACTAGGG  950

seq1  AACAGAGACAGGGGGATCCTGAGAGCTCACTGGTCAGACAACATGCGTTA  997
       ||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  -ACAGAGACA-GGGGATCTTGAGAGCTC-CTGGTCAGACAACATGCGTTA  997

seq1  GCAAGAGACTGTATCTCAGGCAAAATGTAGGGGACAGTAGAGGAAGATGC  1047
      || ||||||||||||||||   ||||||| |||||||| |||||||||| 
seq2  GC-AGAGACTGTATCTCAG--CAAATGTA-GGGACAGT-GAGGAAGATG-  1041

seq1  CCAGTGTCCTCTACATTCATGCATAGAGATACATGTTTCCACA  1090
      |||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||
seq2  CCAGTGTCCTCTACATTCATGCCTAGAGAT-CATG-TTCCACA  1082

seq1: chr9_30969302_30970092
seq2: B6Ng01-140G16.g_67_840 (reverse)

seq1  AGAACATGACTTGTCTATGGTTCTGCTCTGACCCCAACTCACCCGAGGTG  50
      |||||||||| |||| |||  |||| ||||||||  | ||| ||||||||
seq2  AGAACATGAC-TGTC-ATG--TCTG-TCTGACCC--ATTCA-CCGAGGTG  42

seq1  GGTCAGACTGCAGGGCAGCCAGGTAATTTTCCAGAGCTATGCGTCGGCGG  100
      ||||| |||||| |||||| ||   |||||||||||||| | ||| ||||
seq2  GGTCA-ACTGCA-GGCAGCAAG--TATTTTCCAGAGCTA-GGGTC-GCGG  86

seq1  TCATTCAGCATGGCTTCTACTCGGGCCAGATGGGTTTCCACAAGCTGCTG  150
      ||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCATTCAGCATG--CTCTACTCGGGCCAGATGAGTTTCCACAAGCTGCTG  134

seq1  CTTCTCACTGGCTGCTTCTTTCTCTAAAGCTTTAACCATAGCTTGGAAAT  200
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-TCTCACTGGCTGCTTCTTTCTCTAAAGCTTTAACCATAGCTTGGAAAT  183

seq1  GCTAAGCCGAGGAAAGAGAACAACAGGTAATCTGTGGCATCTGTAGGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGCCGAGGAAAGAGAACAACAGGTAATCTGTGGCATCTGTAGGAAG  233

seq1  TCTAGTAAGCTCACACCTAGGAGCCCAGTGCTTTTCTTTGCCTAGTGCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTAAGCTCACACCTAGGAGCCCAGTGCTTTTCTTTGCCTAGTGCCT  283

seq1  CTGTGCTTCAGTAAGACAGTAACAGATTCAGTGACATAAGGGCTAGGTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTTCAGTAAGACAGTAACAGATTCAGTGACATAAGGGCTAGGTAC  333

seq1  ACAATCTCTTATTTCTATTAAGATGCCTCCATTCATAAAAAAACAAATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCTCTTATTTCTATTAAGATGCCTCCATTCATAAAAAAACAAATTA  383

seq1  AATTTCTGTGTTAGAGAGACTCTCGTGTTTCTATAGCTGACATTACTAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCTGTGTTAGAGAGACTCTCGTGTTTCTATAGCTGACATTACTAAG  433

seq1  TTTGCAATTTCAACAGCTGGTTTTTCAACGTCTACAATCATCATTTCCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAATTTCAACAGCTGGTTTTTCAACGTCTACAATCATCATTTCCAT  483

seq1  GTTCTAAAAAAATACCAACTTCTAAATCCCGAAGCCAGTGACCAACAGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTAAAAAAATACCAACTTCTAAATCCCGAAGCCAGTGACCAACAGGG  533

seq1  CACATGTTTTAAAACAAAACACAGTTCAGTGACATGCTGGCTCACACTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGTTTTAAAACAAAACACAGTTCAGTGACATGCTGGCTCACACTGA  583

seq1  GTTGCACCTACTAGAGCTGTGAAGGGAACATTATCTGTGAGCTGCCTGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCACCTACTAGAGCTGTGAAGGGAACATTATCTGTGAGCTGCCTGGC  633

seq1  CACATTTACTGGCACCTTAAGGTTGCTCAGTCAAATATCCATATAGATAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTTACTGGCACCTTAAGGTTGCTCAGTCAAATATCCATATAGATAA  683

seq1  AATTGGTTGTGTAAGAATTAAAGCTCAGCTGGAGAGATGGCTCAGAGGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGTTGTGTAAGAATTAAAGCTCAGCTGGAGAGATGGCTCAGAGGTT  733

seq1  AAAAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTGAATTC  791
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTGAATTC  774