BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-149E21
Chromosome9 (Build37)
Map Location 47,572,452 - 47,722,431
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCadm1
Upstream gene2900052N01Rik, D930036J05
Downstream geneLOC100043303, D930028F11Rik, 4432416J03Rik, EG640268, EG434401, LOC667933, Rexo2, Rbm7, EG434402, Nnmt, Zbtb16, Htr3a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-149E21.bB6Ng01-149E21.g
ACCDH945677DH945678
length987751
definitionDH945677|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-149E21, 5' end.DH945678|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-149E21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,572,452 - 47,573,438)(47,721,873 - 47,722,431)
sequence
gaattccttttctggccaacagtagactttcagccatattcccacctagt
caggctacctcttgtttttaaatgtgaaagctgggtaagaaaggcaatca
ttagcataacatttctggaaccttcagaagctcagcacagtcattgtctc
ttttaacccccaaatcagccatctggagccattcttaaagtctcatagat
gacaagatgggggtgaagttagagaattgactcaaggtcatagagccatg
caagtcgaaccagggtttaagcttacctccttcaacaccccgttagggtt
ccattgttactgggaacagccttgcctaggagccctcagtacctctagat
aaaactgagggcctgaaaaccttggttttacaaagcctgtttgtctgatg
tctcaagatagggtacacctgtccttggtcactacaatgaaagacagaga
tggaagtgactgttttagacttgaatatgctatccctttgtcatagaaag
gaaacatttttttttgaatgtttgtttttcctaattgtgtgtgttaagta
aagtgattggacaaacagccctctcctccagcctggtgatctgtcataaa
tcaaccttcagatgttaataaaacaagtcagggctgacaaaggaagctcc
atttgtattttcaactcccaattcatcagggtcccctccttcagatcttc
tgcgagagtgtccttggtcttaatgtagctgcaagataaaacgcagataa
aagagccattgtctcagaagagcattaataaaaaatgagtgttgatccta
attgaggagtatttaaacatacggatggaagcccggagtctgtgggagca
tctgagcctgttagaatttgactgtctcgtcttcctcctcttactacact
gccctcactgtgcagataacttgtgagactgtaagtgtcacagtgaaacc
agaaagtgtgtgcatgtgcgcgcgcgcgcgcgtgtgt
gaattccatgttgttgagagaccttgttttaaagacaaggtagatggtat
ctgtggcggtttgaataggaatgctccccatagattcactgttttgaatt
cttggtccatagggagtggcactattaggaggtgtggccttgttggtgca
tgtgtggcctttttggaggaagtgtgtcattgtaggggcagactttgagg
tttcatatgttcatgcagtttggcacacagtctccttctgctgcctaggg
atcatgatgtagaactctcaaatcctccaacaccatgtctgcttgcatat
caccatgttctcacaatgacaatagactagacctccgaaactataagcca
gcctcagttaaatcttatatgttatgagttgcagtggtcatggtgtctct
tcacagcaataaaaccctaactaagacagtacctgaggaatggcacccaa
ggttgatctctggtcctcacacacacatgttaatacatgtgaacctatac
atacatgaacacaagtgcacaaacacacactcagacacacagtgacagtg
ttgtgtggggaacagggtctcatagtgcccagtctgatctcaagctcact
atgtagctgaaggtgactttcaactctcgttcccttgtttttacctccca
ggtgctgtgactacaggtgtgaattacaatgctcaacaacaacgtcaaag
acatttattgggtcttatggggtgtagtggggggtatctttatagagatg
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_47572452_47573438
seq2: B6Ng01-149E21.b_46_1032

seq1  GAATTCCTTTTCTGGCCAACAGTAGACTTTCAGCCATATTCCCACCTAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTTCTGGCCAACAGTAGACTTTCAGCCATATTCCCACCTAGT  50

seq1  CAGGCTACCTCTTGTTTTTAAATGTGAAAGCTGGGTAAGAAAGGCAATCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTACCTCTTGTTTTTAAATGTGAAAGCTGGGTAAGAAAGGCAATCA  100

seq1  TTAGCATAACATTTCTGGAACCTTCAGAAGCTCAGCACAGTCATTGTCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCATAACATTTCTGGAACCTTCAGAAGCTCAGCACAGTCATTGTCTC  150

seq1  TTTTAACCCCCAAATCAGCCATCTGGAGCCATTCTTAAAGTCTCATAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAACCCCCAAATCAGCCATCTGGAGCCATTCTTAAAGTCTCATAGAT  200

seq1  GACAAGATGGGGGTGAAGTTAGAGAATTGACTCAAGGTCATAGAGCCATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGATGGGGGTGAAGTTAGAGAATTGACTCAAGGTCATAGAGCCATG  250

seq1  CAAGTCGAACCAGGGTTTAAGCTTACCTCCTTCAACACCCCGTTAGGGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCGAACCAGGGTTTAAGCTTACCTCCTTCAACACCCCGTTAGGGTT  300

seq1  CCATTGTTACTGGGAACAGCCTTGCCTAGGAGCCCTCAGTACCTCTAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGTTACTGGGAACAGCCTTGCCTAGGAGCCCTCAGTACCTCTAGAT  350

seq1  AAAACTGAGGGCCTGAAAACCTTGGTTTTACAAAGCCTGTTTGTCTGATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTGAGGGCCTGAAAACCTTGGTTTTACAAAGCCTGTTTGTCTGATG  400

seq1  TCTCAAGATAGGGTACACCTGTCCTTGGTCACTACAATGAAAGACAGAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAGATAGGGTACACCTGTCCTTGGTCACTACAATGAAAGACAGAGA  450

seq1  TGGAAGTGACTGTTTTAGACTTGAATATGCTATCCCTTTGTCATAGAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGTGACTGTTTTAGACTTGAATATGCTATCCCTTTGTCATAGAAAG  500

seq1  GAAACATTTTTTTTTGAATGTTTGTTTTTCCTAATTGTGTGTGTTAAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACATTTTTTTTTGAATGTTTGTTTTTCCTAATTGTGTGTGTTAAGTA  550

seq1  AAGTGATTGGACAAACAGCCCTCTCCTCCAGCCTGGTGATCTGTCATAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGATTGGACAAACAGCCCTCTCCTCCAGCCTGGTGATCTGTCATAAA  600

seq1  TCAACCTTCAGATGTTAATAAAACAAGTCAGGGCTGACAAAGGAAGCTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCTTCAGATGTTAATAAAACAAGTCAGGGCTGACAAAGGAAGCTCC  650

seq1  ATTTGTATTTTCAACTCCCAATTCATCAGGGTCCCCTCCTTCAGATCTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTATTTTCAACTCCCAATTCATCAGGGTCCCCTCCTTCAGATCTTC  700

seq1  TGCGAGAGTGTCCTTGGTCTTAATGTAGCTGCAAGATAAAACGCAGATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGAGAGTGTCCTTGGTCTTAATGTAGCTGCAAGATAAAACGCAGATAA  750

seq1  AAGAGCCATTGTCTCAGAAGAGCATTAATAAAAAATGAGTGTTGATCCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCCATTGTCTCAGAAGAGCATTAATAAAAAATGAGTGTTGATCCTA  800

seq1  ATTGAGGAGTATTTAAACATACGGATGGAAG-CCGGAGTCTGTGGGGAGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  ATTGAGGAGTATTTAAACATACGGATGGAAGCCCGGAGTCTGT-GGGAGC  849

seq1  ATCTGAGCCTGTTAGAATTTGACTGTCTCGTCTTCCTCCTCTTACTACAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAGCCTGTTAGAATTTGACTGTCTCGTCTTCCTCCTCTTACTACAC  899

seq1  TGCCCTCACTGTGCAGATAACTTGTGAGACTGTAAGTGTCACAGTGAAAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTCACTGTGCAGATAACTTGTGAGACTGTAAGTGTCACAGTGAAAC  949

seq1  CAGAAAGTGTGTGCATGTGCGCGCGCGCGCGCGTGTGT  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGTGTGTGCATGTGCGCGCGCGCGCGCGTGTGT  987

seq1: chr9_47721873_47722431
seq2: B6Ng01-149E21.g_258_818 (reverse)

seq1  CCATCTCTAT-AAGATA-CCCCCACTACACCCCATAAGGCCCAATAAATG  48
      |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CCATCTCTATAAAGATACCCCCCACTACACCCCATAAGACCCAATAAATG  50

seq1  TCTTTGACGTTGTTGTTGAGCATTGTAATTCACACCTGTAGTCACAGCAC  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGACGTTGTTGTTGAGCATTGTAATTCACACCTGTAGTCACAGCAC  100

seq1  CTGGGAGGTAAAAACAAGGGAACGAGAGTTGAAAGTCACCTTCAGCTACA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAGGTAAAAACAAGGGAACGAGAGTTGAAAGTCACCTTCAGCTACA  150

seq1  TAGTGAGCTTGAGATCAGACTGGGCACTATGAGACCCTGTTCCCCACACA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAGCTTGAGATCAGACTGGGCACTATGAGACCCTGTTCCCCACACA  200

seq1  ACACTGTCACTGTGTGTCTGAGTGTGTGTTTGTGCACTTGTGTTCATGTA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGTCACTGTGTGTCTGAGTGTGTGTTTGTGCACTTGTGTTCATGTA  250

seq1  TGTATAGGTTCACATGTATTAACATGTGTGTGTGAGGACCAGAGATCAAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAGGTTCACATGTATTAACATGTGTGTGTGAGGACCAGAGATCAAC  300

seq1  CTTGGGTGCCATTCCTCAGGTACTGTCTTAGTTAGGGTTTTATTGCTGTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGTGCCATTCCTCAGGTACTGTCTTAGTTAGGGTTTTATTGCTGTG  350

seq1  AAGAGACACCATGACCACTGCAACTCATAACATATAAGATTTAACTGAGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGACACCATGACCACTGCAACTCATAACATATAAGATTTAACTGAGG  400

seq1  CTGGCTTATAGTTTCGGAGGTCTAGTCTATTGTCATTGTGAGAACATGGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTTATAGTTTCGGAGGTCTAGTCTATTGTCATTGTGAGAACATGGT  450

seq1  GATATGCAAGCAGACATGGTGTTGGAGGATTTGAGAGTTCTACATCATGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGCAAGCAGACATGGTGTTGGAGGATTTGAGAGTTCTACATCATGA  500

seq1  TCCCTAGGCAGCAGAAGGAGACTGTGTGCCAAACTGCATGAACATATGAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTAGGCAGCAGAAGGAGACTGTGTGCCAAACTGCATGAACATATGAA  550

seq1  ACCTCAAAGTC  559
      |||||||||||
seq2  ACCTCAAAGTC  561