BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-150E03
Chromosome9 (Build37)
Map Location 116,548,850 - 116,680,284
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRbms3
Upstream geneGadl1, EG668829, Tgfbr2, LOC100043817, LOC100043819, D730003K21Rik
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-150E03.bB6Ng01-150E03.g
ACCDH946383DH946384
length1,1321,165
definitionDH946383|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-150E03, 5' end.DH946384|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-150E03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,548,850 - 116,549,974)(116,679,107 - 116,680,284)
sequence
gaattcttttctgcagtatagtcaagggtctggcttcatctgagtggagg
tcactaaaagggcagggaattccgctggctgcaggtggctgggctgggct
ctgtctccattgctgctgctgctgctgtgagcttcagtatttaaaactgg
acatcagagaaggatctcagtttgctgagcttctgctagtatttgaaatg
agtttgaaatctttgaaggttcattcatttcccgataaaatcatgggact
cttcacacccaacaaaacacaggcagtgccttgcactgaaagcacatact
gaactcgggtgtggggaaacaaactcaggtcccctggaagagcagcagga
gcgtgctcttaactgctgagccaccgctccagcgataaacaggagattga
gcaatgaccttcatttgtgctgctttgccattgttacagggcttggccct
ttgactgtgaatcatcacaatacaggacaacaaattcaaacaggccaagc
ctgtatctcacagaggtgaggcagggtaatttcctaaagaactaagccgc
tgattggtctcaaaacttccacgtgagcagctgagcattttagagccctt
tctacacacatttatataagtcccatgtttcaaatcgcaggactgacaaa
gtcaaaggtgagaagggcgtcagcaaagcataaagaaagaaaattactca
actgaatgaagggaaggaaggagaaccatggcccgcccccaccagcctgt
ctcctcctggtgtttcatgccaagacaaccaaggctcacactagatgttc
tatttcatagactatttatgcaactgagtttttaaataggaaccctttaa
cataacttttaaaaatataactgaaaggtcaatttttattttgtcctcaa
tctgtttttgtctttctgtcaccatcatatttttagaagaaatatcccct
tgagtttatttattttgaactatttttagcacagaagaacataagcggct
taaaagtcaaggcagttcttgtcatgactgacagcaatagtggaatgaat
gactgacagcatagtggagtgaccaacagcaacagtgaatgaccaacagc
atagggaatgacccactggtggtgtgtgtgtg
gaattcactatgcaagcctgcagaacagttcagatctgactcctgtgaag
ttgaatcccgttaagtaagtctgtaatctaagcgctcctgcagagagaag
ggaggtggagacaggagaatctctgtaaccatgggcactaaatagcctgg
catacacagcagggcacaggagacactgctttgaacaaggaagatgctaa
ggatggacatataaggttatcccctgacttctacctgcatgctctggtgt
acatatacttgaatgtgcaaaaattcatgggcacacacatctcacataca
cacacacacacacacacacgcacacacacacacacacacacacacacaca
cacacactgatacataaaaatctagtaagaatgagaaactaagaaactgt
tgacatatgggcttgacgctgaaacatggtagcaagtgtcactgtaagag
taacaaagccaccttctctctcctctctgcgaccaacctccaagctttcc
ttggctgttttcaatggagataaggattctagtgtattaacaaatgagaa
gtatgcttgctgtgaatccctcttagagggtagttttaaactgtattaaa
ttgaaagcgctcagggctggagggagagctccttagctaagagtaggtat
tgtctttcttgaggacccgagttcaatttcctgcactcatgctggatgga
tacatcacatccatctgcaaccgcagcaccaagggtctgatgctcttctc
tgacctctggggacactgtctgcatgagcacacactcacacagacacaca
cagacacataattaaagatgaaaacctttcaaattcagagtatgcataga
gccacattcagggctctgttctgtagaaacaatgggatatggacatacag
atgtgtctacaatgatgctcaacaatccaattagtaatataaaactgttg
gccctgcatctcaatgaaattccgttagaaatgaccagcgtgtcagctca
gtcccctgtaagaatgtcagaagcacccatgcaagtgtggatggtatcac
atttctttctctcttttttccaaaagtctagaacgtggactttttttttt
tttagtggaaaacaccactgtcaagcaaccatggtgcagctttattctac
taaagtctaggattg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_116548850_116549974
seq2: B6Ng01-150E03.b_46_1177

seq1  GAATTCTTTTCTGCAGTATAGTCAAGGGTCTGGCTTCATCTGAGTGGAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTCTGCAGTATAGTCAAGGGTCTGGCTTCATCTGAGTGGAGG  50

seq1  TCACTAAAAGGGCAGGGAATTCCGCTGGCTGCAGGTGGCTGGGCTGGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTAAAAGGGCAGGGAATTCCGCTGGCTGCAGGTGGCTGGGCTGGGCT  100

seq1  CTGTCTCCATTGCTGCTGCTGCTGCTGTGAGCTTCAGTATTTAAAACTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCCATTGCTGCTGCTGCTGCTGTGAGCTTCAGTATTTAAAACTGG  150

seq1  ACATCAGAGAAGGATCTCAGTTTGCTGAGCTTCTGCTAGTATTTGAAATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAGAGAAGGATCTCAGTTTGCTGAGCTTCTGCTAGTATTTGAAATG  200

seq1  AGTTTGAAATCTTTGAAGGTTCATTCATTTCCCGATAAAATCATGGGACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGAAATCTTTGAAGGTTCATTCATTTCCCGATAAAATCATGGGACT  250

seq1  CTTCACACCCAACAAAACACAGGCAGTGCCTTGCACTGAAAGCACATACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACACCCAACAAAACACAGGCAGTGCCTTGCACTGAAAGCACATACT  300

seq1  GAACTCGGGTGTGGGGAAACAAACTCAGGTCCCCTGGAAGAGCAGCAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCGGGTGTGGGGAAACAAACTCAGGTCCCCTGGAAGAGCAGCAGGA  350

seq1  GCGTGCTCTTAACTGCTGAGCCACCGCTCCAGCGATAAACAGGAGATTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGCTCTTAACTGCTGAGCCACCGCTCCAGCGATAAACAGGAGATTGA  400

seq1  GCAATGACCTTCATTTGTGCTGCTTTGCCATTGTTACAGGGCTTGGCCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGACCTTCATTTGTGCTGCTTTGCCATTGTTACAGGGCTTGGCCCT  450

seq1  TTGACTGTGAATCATCACAATACAGGACAACAAATTCAAACAGGCCAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTGTGAATCATCACAATACAGGACAACAAATTCAAACAGGCCAAGC  500

seq1  CTGTATCTCACAGAGGTGAGGCAGGGTAATTTCCTAAAGAACTAAGCCGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATCTCACAGAGGTGAGGCAGGGTAATTTCCTAAAGAACTAAGCCGC  550

seq1  TGATTGGTCTCAAAACTTCCACGTGAGCAGCTGAGCATTTTAGAGCCCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGGTCTCAAAACTTCCACGTGAGCAGCTGAGCATTTTAGAGCCCTT  600

seq1  TCTACACACATTTATATAAGTCCCATGTTTCAAATCGCAGGACTGACAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACACACATTTATATAAGTCCCATGTTTCAAATCGCAGGACTGACAAA  650

seq1  GTCAAAGGTGAGAAGGGCGTCAGCAAAGCATAAAGAAAGAAAATTACTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAGGTGAGAAGGGCGTCAGCAAAGCATAAAGAAAGAAAATTACTCA  700

seq1  ACTGAATGAAGGGAAGGAAGGAGAACCATGGCCCGCCCCCACCAGCCTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAATGAAGGGAAGGAAGGAGAACCATGGCCCGCCCCCACCAGCCTGT  750

seq1  CTCCTCCTGGTGTTTCATGCCAAGACAACCAAGGCTCACACTAGATGTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCTGGTGTTTCATGCCAAGACAACCAAGGCTCACACTAGATGTTC  800

seq1  TATTTCATAGACTATTTATGCAACTGAGTTTTTAAATAGGAACCCTTTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCATAGACTATTTATGCAACTGAGTTTTTAAATAGGAACCCTTTAA  850

seq1  CATAACTTTTAAAAATATAACTG-AAGGTCAATTTTTATTTTGTCCTCAA  899
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACTTTTAAAAATATAACTGAAAGGTCAATTTTTATTTTGTCCTCAA  900

seq1  TCTGTTTTTGTCTTTCTGTCACCATCATATTTTTAGAAGAAATATCCCCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTTTGTCTTTCTGTCACCATCATATTTTTAGAAGAAATATCCCCT  950

seq1  TGAGTTTATTTATATTGAACTATTTTTAGCACAG-AGAACATAAGCGGCT  998
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGAGTTTATTTATTTTGAACTATTTTTAGCACAGAAGAACATAAGCGGCT  1000

seq1  TAAAAGTC-AGGCAGTTCATGTCAATGACTGACAGCAATAGT-GAATGAA  1046
      |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||
seq2  TAAAAGTCAAGGCAGTTCTTGTC-ATGACTGACAGCAATAGTGGAATGAA  1049

seq1  TGACTGACAGCAATAGT-GAGTGACCAACAGCAACAGTGAATGACCAACA  1095
      ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGACAGC-ATAGTGGAGTGACCAACAGCAACAGTGAATGACCAACA  1098

seq1  GCAATAGTGAATGACCGAC-----GTGTGTGTGTG  1125
      || |||| |||||||| ||     |||||||||||
seq2  GC-ATAGGGAATGACCCACTGGTGGTGTGTGTGTG  1132

seq1: chr9_116679107_116680284
seq2: B6Ng01-150E03.g_66_1230 (reverse)

seq1  CAATCCTAGAACTTTAGTAAGGAATAAAGCTGCA-CATGGGTTTGCATGG  49
      ||||||||| |||||||||  ||||||||||||| |||||  |||| | |
seq2  CAATCCTAG-ACTTTAGTA--GAATAAAGCTGCACCATGG--TTGC-TTG  44

seq1  ACAGGTGTGGTTTCACTTAAAAAAAAAAAAAGAGTTCACG-TCTAGACTT  98
      ||||  ||| ||||   |||||||||||||  ||| |||| |||||||||
seq2  ACAGTGGTGTTTTCCACTAAAAAAAAAAAA--AGTCCACGTTCTAGACTT  92

seq1  TTGGAGAAAAAGAGGAAGAAAGAAATGTGATACCATCCACACTTGCATGG  148
      ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGA-AAAAAGAG--AGAAAGAAATGTGATACCATCCACACTTGCATGG  139

seq1  GTGCTTTCTGACATTCTTACAGGGGGACTGAGCTGACACCGCTGGTCATT  198
      |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GTGC-TTCTGACATTCTTACA-GGGGACTGAGCTGACA-CGCTGGTCATT  186

seq1  TCTAACGGAATTTCATTTGAGATGCAGGGCCAACAGTTTTATATTACTAA  248
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACGGAATTTCA-TTGAGATGCAGGGCCAACAGTTTTATATTACTAA  235

seq1  TTGGATTGTTGAGCATCATTGTAGACACATCTGTATGTCCATATCCCATT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATTGTTGAGCATCATTGTAGACACATCTGTATGTCCATATCCCATT  285

seq1  GTTTCTACAGAACAGAGCCCTGAATGTGGCTCTATGCATACTCTGAATTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTACAGAACAGAGCCCTGAATGTGGCTCTATGCATACTCTGAATTT  335

seq1  GAAAGGTTTTCATCTTTAATTATGTGTCTGTGTGTGTCTGTGTGAGTGTG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGTTTTCATCTTTAATTATGTGTCTGTGTGTGTCTGTGTGAGTGTG  385

seq1  TGCTCATGCAGACAGTGTCCCCAGAGGTCAGAGAAGAGCATCAGACCCTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCATGCAGACAGTGTCCCCAGAGGTCAGAGAAGAGCATCAGACCCTT  435

seq1  GGTGCTGCGGTTGCAGATGGATGTGATGTATCCATCCAGCATGAGTGCAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTGCGGTTGCAGATGGATGTGATGTATCCATCCAGCATGAGTGCAG  485

seq1  GAAATTGAACTCGGGTCCTCAAGAAAGACAATACCTACTCTTAGCTAAGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTGAACTCGGGTCCTCAAGAAAGACAATACCTACTCTTAGCTAAGG  535

seq1  AGCTCTCCCTCCAGCCCTGAGCGCTTTCAATTTAATACAGTTTAAAACTA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTCCCTCCAGCCCTGAGCGCTTTCAATTTAATACAGTTTAAAACTA  585

seq1  CCCTCTAAGAGGGATTCACAGCAAGCATACTTCTCATTTGTTAATACACT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTAAGAGGGATTCACAGCAAGCATACTTCTCATTTGTTAATACACT  635

seq1  AGAATCCTTATCTCCATTGAAAACAGCCAAGGAAAGCTTGGAGGTTGGTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCCTTATCTCCATTGAAAACAGCCAAGGAAAGCTTGGAGGTTGGTC  685

seq1  GCAGAGAGGAGAGAGAAGGTGGCTTTGTTACTCTTACAGTGACACTTGCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGAGGAGAGAGAAGGTGGCTTTGTTACTCTTACAGTGACACTTGCT  735

seq1  ACCATGTTTCAGCGTCAAGCCCATATGTCAACAGTTTCTTAGTTTCTCAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGTTTCAGCGTCAAGCCCATATGTCAACAGTTTCTTAGTTTCTCAT  785

seq1  TCTTACTAGATTTTTATGTATCAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACTAGATTTTTATGTATCAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  835

seq1  TGTGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGAGATGTGTGTGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGAGATGTGTGTGC  885

seq1  CCATGAATTTTTGCACATTCAAGTATATGTACACCAGAGCATGCAGGTAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAATTTTTGCACATTCAAGTATATGTACACCAGAGCATGCAGGTAG  935

seq1  AAGTCAGGGGATAACCTTATATGTCCATCCTTAGCATCTTCCTTGTTCAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAGGGGATAACCTTATATGTCCATCCTTAGCATCTTCCTTGTTCAA  985

seq1  AGCAGTGTCTCCTGTGCCCTGCTGTGTATGCCAGGCTATTTAGTGCCCAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTGTCTCCTGTGCCCTGCTGTGTATGCCAGGCTATTTAGTGCCCAT  1035

seq1  GGTTACAGAGATTCTCCTGTCTCCACCTCCCTTCTCTCTGCAGGAGCGCT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTACAGAGATTCTCCTGTCTCCACCTCCCTTCTCTCTGCAGGAGCGCT  1085

seq1  TAGATTACAGACTTACTTAACGGGATTCAACTTCACAGGAGTCAGATCTG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTACAGACTTACTTAACGGGATTCAACTTCACAGGAGTCAGATCTG  1135

seq1  AACTGTTCTGCAGGCTTGCATAGTGAATTC  1178
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTTCTGCAGGCTTGCATAGTGAATTC  1165