BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-169K12
Chromosome9 (Build37)
Map Location 28,563,716 - 28,658,400
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOpcml
Upstream genenone
Downstream geneHnt, LOC625222
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-169K12.bB6Ng01-169K12.g
ACCDH960576DH960577
length1,1771,005
definitionDH960576|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-169K12, 5' end.DH960577|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-169K12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,563,716 - 28,564,923)(28,657,731 - 28,658,400)
sequence
gaattctccattaacaggacagaaggacagactttggagaacataaacaa
gtagatttcatcagatgacacctgaggaggacatggatccccacatagtg
tcacaattttgtcatctcatctggattctttgtaataaacagataaaact
catcaggtcttgtcttgggcttcaaaatgattgaactagaagagggattt
tggaaacagtgattgatggaaggtccctaaaagcacaaataagctaaccc
tggacttcctattagtaccttcttgctgtagactgccaacttctgcatct
ctcactcaatgaagccaaccaataatctggtgatcaataactcaagtaca
gaatatactgctgctataccctgcagaaggctctcaaccctttctcttca
ttatgagtagcaggcaatgtgaaatgccatcttcctccccctacttttgg
gaagcaaagcaagcatgcattagactacggtatctctatttctctaatgg
ctgctggagagatatgctttgaagggtcggtttctcttctatggaataaa
cacatcttatcacagcctggaatagacgtgccatcctttgtttatctgtt
ctatttggcacagtgttattgatatatgaaataattatgatattctatag
actgtctaggtagtctatagtccttctgaatatgccacagctttggggca
aaccataaatgcatattctatgggaatgagaaaaacttctgattctcttt
tctgataggaagggaaatgatatattcactaatcacataccaagttccac
actctgttttaatctgcagtaacaaaagtgccacatctggcagagcagct
ggaatgagttactactcagttaagttcgtgccagtccactgtaatcagtc
atgatccatctggttttcatagagagaagactccgtagtatgtggggcta
gggaaaggaaactcagatatgcttcagtctctgaaagagtgaggtattta
ctttctattctgtttgatatgttgagcatgataagaattccattcggctt
ttctgttatactagctgtacataattaagagcatgtgcatgtgggtggtg
tgctgaggcacatggctcacctctggatttagactgataaaatgctgcat
gtggatgtagatctaggcatggaagag
gaattcctggtcctgtgacattacattgaggcttcaagtcaatggcacag
catctttatcctcctttgggaactgtcactggcattttgcccttgactta
ttcaattgtcttgacccttcacatctttctcaaaacaggacacagctaca
tacatagtcttgatttagtcagcatataggtagagcggtggtgtgttatt
aggattcattttgttgctatgcttatttagcagaataataatagccggtt
ttccttgagcccatggcttatctactgtcagttttggagtctcattaagc
atatcaggtgtgagctccatatctggaagtgagtcttaaatctactaaga
aaaagtagttggttatccccctactgtactagtgggcatttcttacaggc
aggttgttatcattactcacagagttcttagctgggtgagatcaatgact
cccttttgttagattttagttaggccaaatggctgatatacccacttaac
acatcaaagtggacaatggtctccaggtttccctgcatccctcagtctct
atgtattgacatcctctggcttccatatcccaacccataccctgaactct
ctagcccaggggactagtctggtcttccctatataatccaaccattttgg
ttagcatccctctttgtacctttgggcctcccgtctcctgtacctggttc
ccctctcttccttctccctttccctctctgcttctcctcacatgacatag
ctcagtctggttgtgtccactctggactgtcctaaatgtctctgattctg
gctatgctctctcacataaactttctcctccaccaaactagaaccagtca
tttcctttccccttaattattattatttttttaatttatctagtgccaaa
cctaagaccaattattttcctttacattttatttctgttttcattcactc
tctccacaattgtatgtatcatatgaacttcagcccgtaggtgagcttct
agctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_28563716_28564923
seq2: B6Ng01-169K12.b_44_1220

seq1  GAATTCTCCATTAACAGGACAGAAGGACAGACTTTGGAGAACATAAACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCATTAACAGGACAGAAGGACAGACTTTGGAGAACATAAACAA  50

seq1  GTAGATTTCATCAGATGACACCTGAGGAGGACATGGATCCCCACATAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATTTCATCAGATGACACCTGAGGAGGACATGGATCCCCACATAGTG  100

seq1  TCACAATTTTGTCATCTCATCTGGATTCTTTGTAATAAACAGATAAAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAATTTTGTCATCTCATCTGGATTCTTTGTAATAAACAGATAAAACT  150

seq1  CATCAGGTCTTGTCTTGGGCTTCAAAATGATTGAACTAGAAGAGGGATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGGTCTTGTCTTGGGCTTCAAAATGATTGAACTAGAAGAGGGATTT  200

seq1  TGGAAACAGTGATTGATGGAAGGTCCCTAAAAGCACAAATAAGCTAACCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAACAGTGATTGATGGAAGGTCCCTAAAAGCACAAATAAGCTAACCC  250

seq1  TGGACTTCCTATTAGTACCTTCTTGCTGTAGACTGCCAACTTCTGCATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTTCCTATTAGTACCTTCTTGCTGTAGACTGCCAACTTCTGCATCT  300

seq1  CTCACTCAATGAAGCCAACCAATAATCTGGTGATCAATAACTCAAGTACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTCAATGAAGCCAACCAATAATCTGGTGATCAATAACTCAAGTACA  350

seq1  GAATATACTGCTGCTATACCCTGCAGAAGGCTCTCAACCCTTTCTCTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATACTGCTGCTATACCCTGCAGAAGGCTCTCAACCCTTTCTCTTCA  400

seq1  TTATGAGTAGCAGGCAATGTGAAATGCCATCTTCCTCCCCCTACTTTTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAGTAGCAGGCAATGTGAAATGCCATCTTCCTCCCCCTACTTTTGG  450

seq1  GAAGCAAAGCAAGCATGCATTAGACTACGGTATCTCTATTTCTCTAATGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAAAGCAAGCATGCATTAGACTACGGTATCTCTATTTCTCTAATGG  500

seq1  CTGCTGGAGAGATATGCTTTGAAGGGTCGGTTTCTCTTCTATGGAATAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGGAGAGATATGCTTTGAAGGGTCGGTTTCTCTTCTATGGAATAAA  550

seq1  CACATCTTATCACAGCCTGGAATAGACGTGCCATCCTTTGTTTATCTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCTTATCACAGCCTGGAATAGACGTGCCATCCTTTGTTTATCTGTT  600

seq1  CTATTTGGCACAGTGTTATTGATATATGAAATAATTATGATATTCTATAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTGGCACAGTGTTATTGATATATGAAATAATTATGATATTCTATAG  650

seq1  ACTGTCTAGGTAGTCTATAGTCCTTCTGAATATGCCACAGCTTTGGGGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCTAGGTAGTCTATAGTCCTTCTGAATATGCCACAGCTTTGGGGCA  700

seq1  AACCATAAATGCATATTCTATGGGAATGAGAAAAACTTCTGATTCTCTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATAAATGCATATTCTATGGGAATGAGAAAAACTTCTGATTCTCTTT  750

seq1  TCTGATAGGAAGGGAAATGATATATTCACTAATCACATACCAAGTTCCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATAGGAAGGGAAATGATATATTCACTAATCACATACCAAGTTCCAC  800

seq1  ACTCTGTTTTAATCTGCAGTAACAAAAGTGCCACATCTGGCAGAGCAGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGTTTTAATCTGCAGTAACAAAAGTGCCACATCTGGCAGAGCAGCT  850

seq1  GGAATGAGTTACTACTCAGTTAAGTTCGTGCCAGTCCACTGTAATCAGTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGAGTTACTACTCAGTTAAGTTCGTGCCAGTCCACTGTAATCAGTC  900

seq1  ATGATCCATCTGGTTTTCATAGAGAGAAGACTCCGTAGTATGTGGGGCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCCATCTGGTTTTCATAGAGAGAAGACTCCGTAGTATGTGGGGCTA  950

seq1  GGGAAAGGAAACTCAGATATGCTTCAAGTCTCTGAAAGAGTGAGGTATTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
seq2  GGGAAAGGAAACTCAGATATGCTTC-AGTCTCTGAAAGAGTGAGGTA-TT  998

seq1  TACTTTCTATTCTGTTTGGAATTATGTTGGAGGCATGGATAAAGAATTCC  1050
      ||||||||||||||||||    |||||||   |||| ||| |||||||||
seq2  TACTTTCTATTCTGTTTG---ATATGTTG--AGCAT-GAT-AAGAATTCC  1041

seq1  ATTCGGCTTTTCTTGTTATACTAGCTGTACATAATTACAGAGGCCAATGT  1100
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    ||||
seq2  ATTCGGCTTTTC-TGTTATACTAGCTGTACATAATTA-AGAG---CATGT  1086

seq1  GCATGTGGGGTGTGTGTGCTGGAAGCCACCAGTGGCTCACCCTCTGGAAT  1150
      |||||| ||||| ||||||||  || |||   ||||||| ||||||||  
seq2  GCATGT-GGGTG-GTGTGCTG--AGGCAC--ATGGCTCA-CCTCTGGA--  1127

seq1  TTTTTAGGACTGATAAAATGGCTGCCATGTGGGTATGTAGATCTTAGGCA  1200
        |||| |||||||||||| |||| |||||||  ||||||||| ||||||
seq2  --TTTA-GACTGATAAAAT-GCTG-CATGTGG--ATGTAGATC-TAGGCA  1169

seq1  TGGGAGAG  1208
      ||| ||||
seq2  TGGAAGAG  1177

seq1: chr9_28657731_28658400
seq2: B6Ng01-169K12.g_66_735 (reverse)

seq1  GGTACAAAGAGGGATGCTAACCAAAATGGTTGGATTATATAGGGAAGACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACAAAGAGGGATGCTAACCAAAATGGTTGGATTATATAGGGAAGACC  50

seq1  AGACTAGTCCCCTGGGCTAGAGAGTTCAGGGTATGGGTTGGGATATGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTAGTCCCCTGGGCTAGAGAGTTCAGGGTATGGGTTGGGATATGGAA  100

seq1  GCCAGAGGATGTCAATACATAGAGACTGAGGGATGCAGGGAAACCTGGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAGGATGTCAATACATAGAGACTGAGGGATGCAGGGAAACCTGGAG  150

seq1  ACCATTGTCCACTTTGATGTGTTAAGTGGGTATATCAGCCATTTGGCCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTGTCCACTTTGATGTGTTAAGTGGGTATATCAGCCATTTGGCCTA  200

seq1  ACTAAAATCTAACAAAAGGGAGTCATTGATCTCACCCAGCTAAGAACTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAATCTAACAAAAGGGAGTCATTGATCTCACCCAGCTAAGAACTCT  250

seq1  GTGAGTAATGATAACAACCTGCCTGTAAGAAATGCCCACTAGTACAGTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTAATGATAACAACCTGCCTGTAAGAAATGCCCACTAGTACAGTAG  300

seq1  GGGGATAACCAACTACTTTTTCTTAGTAGATTTAAGACTCACTTCCAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATAACCAACTACTTTTTCTTAGTAGATTTAAGACTCACTTCCAGAT  350

seq1  ATGGAGCTCACACCTGATATGCTTAATGAGACTCCAAAACTGACAGTAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGCTCACACCTGATATGCTTAATGAGACTCCAAAACTGACAGTAGA  400

seq1  TAAGCCATGGGCTCAAGGAAAACCGGCTATTATTATTCTGCTAAATAAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCATGGGCTCAAGGAAAACCGGCTATTATTATTCTGCTAAATAAGC  450

seq1  ATAGCAACAAAATGAATCCTAATAACACACCACCGCTCTACCTATATGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAACAAAATGAATCCTAATAACACACCACCGCTCTACCTATATGCT  500

seq1  GACTAAATCAAGACTATGTATGTAGCTGTGTCCTGTTTTGAGAAAGATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAAATCAAGACTATGTATGTAGCTGTGTCCTGTTTTGAGAAAGATGT  550

seq1  GAAGGGTCAAGACAATTGAATAAGTCAAGGGCAAAATGCCAGTGACAGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGTCAAGACAATTGAATAAGTCAAGGGCAAAATGCCAGTGACAGTT  600

seq1  CCCAAAGGAGGATAAAGATGCTGTGCCATTGACTTGAAGCCTCAATGTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAGGAGGATAAAGATGCTGTGCCATTGACTTGAAGCCTCAATGTAA  650

seq1  TGTCACAGGACCAGGAATTC  670
      ||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACAGGACCAGGAATTC  670