BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-183G03
Chromosome9 (Build37)
Map Location 90,951,160 - 91,080,002
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG434428
Upstream geneCtsh, Morf4l1, LOC621414, Adamts7, Tbc1d2b, LOC100039777, LOC100039925
Downstream geneLOC621576, Zic1, Zic4
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-183G03.bB6Ng01-183G03.g
ACCGA009022GA009023
length1,175958
definitionB6Ng01-183G03.b B6Ng01-183G03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(91,078,820 - 91,080,002)(90,951,160 - 90,952,117)
sequence
gaattcttggggcttaaagattgtctctgacgttggaaagtttatcatct
acagtgatataagacatataaaaccaaaatctttgaatagcacatgatgt
aggattgcctatgaatgactgggtatttgacactactaaagttattaaag
tgtaccaaacgtatgcaagaccataataaagacactggttttgtcctatg
cctctgataggaagatttatgcatgaaggctcagggccttttaatggagg
ctatgtgtgccaaactcagcaggaagctgctgtgcagtttccattaaatt
tgatatactgcaaatacaacttgatctttaaaatcttcttcatggagttc
tgtagcacttaccctattataaaatactatttaatcttttcgatttagcg
cacacactactaaaatatcctataaaagtgtttatttcttctctctaaat
tttaatagtagcatatcatttaggatcaggtcagagtcctgtgacggaat
cacacttccttgctaccctgtgctaatagtctagataagcaatgtcagtg
tttattttttcaaacaatatgctcttaactaaaacaggcttatttatttt
attttattttattttattttattttattttattttattttattttattgg
tgattttagctttcagatttgattgaaaactgaaatagttgcttataatc
ctgaccatcttgctcatgttctggaagttaagagggagcaccagagcctt
cctaagaatttatactaacagcttttactcccatttcatcaacaataaca
tcacacacacacatattagctgaaaagccatttctaattctatatgtggt
tgagaactgtgcaaacccatgagacagactgatgacattaagaagaaagg
aaacctaggcacagcatgggtagctgtgagtctccaacacagcacagttt
agcatgtcatgtgggacattcattattttcttctggttgttattgtctac
taggctttaatattttgatgggtggtccacagtttgtagtgttaaaagga
aaaaagtttgaacatcaacctcctgtagctagatttccagaatatactta
aatagagttctttaccacttaacctctcttctagctcagcaactaaggtg
ggggagaaaaagatagtagacaagg

gaattccttgttctatgattccaaatgcaccaccatatctatctaaactc
caagttactcttaatgcaaatagcatgaactttgatttgagattcagttt
tgaatagagactccctagttttcattgatatatgaaaactaaacaaactg
ggtatttaattcactgtgtacttattaggtatccatattgaatgcacata
cctgccctgcactatggatttccattccattatccctgtccatgattaca
tataaactccttgagaataaagaacaatatcttattttgcattgccggct
ctccattagccacgattctttagttaggggaaagttgagatttaactgtt
catataactaaacagccaaaatgaccttcctgctctttcttacaactggt
gattaagctctgactaatggcaggcagatggaaattatggctgaaatgtg
tattgtgatttattcacaaatattcattccaagtaatttaggtaaaaaat
taaaataaagcaatcaaacaaataataaaacaatttataagtgagatgct
cattgaagtggggcttccaaaaaccaagagctgtgatcattccaaaagga
aaaggaaatccttctggtgtgtctcatgaaaggcctgatctcttgtgaga
ctaggctggtgcctagcaaacagagaagtggatgctcacagtcaactatt
ggatggatcacagggcccccaatggaggagctagagaaagtatccaagga
gctaaagagatctgcaactctgtaagtgcaacattatgaactaaccagta
ccctggagctcttgactctagctgcatatgtatcaaaagatggcctagta
ggccatcactggaaagagaggcccattgtacacacaaactttatatgccc
cagtacaggggaacgccagggccaaaaaatgggaattggtgggtagggaa
gtgggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_91078820_91080002
seq2: B6Ng01-183G03.b_42_1216 (reverse)

seq1  CCTTGTCTTACTA-ATCTTTCTCCCCAACCTTTGGTTTGCTGAGCTAGAA  49
      ||||||| |||||  | ||||||||| ||||| |  ||||||||||||||
seq2  CCTTGTC-TACTATCTTTTTCTCCCCCACCTTAG--TTGCTGAGCTAGAA  47

seq1  GAGAGGTTAAAGTGTGTAAGAACTCTAATTAAAGTATATTCTGGAAAATC  99
      |||||||| |||||   ||||||||| ||| ||||||||||||| |||||
seq2  GAGAGGTT-AAGTGGTAAAGAACTCT-ATTTAAGTATATTCTGG-AAATC  94

seq1  TAAGCCTACAGGA-GTTGATGTTCAAACTTTTTTCTTTTAAACACTTACA  148
      ||   |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||
seq2  TA--GCTACAGGAGGTTGATGTTCAAACTTTTTTCCTTTTAACAC-TACA  141

seq1  AACTGT-GACCACCCATCAAAATATTAAAGCCTAGTAAGACAAATAACAA  197
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
seq2  AACTGTGGACCACCCATCAAAATATTAAAGCCTAGT-AGAC-AATAACAA  189

seq1  CCAGAAGAAAATAATGAATGTCCCACATGACATGCTAAACTGTGCTGTGT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAGAAAATAATGAATGTCCCACATGACATGCTAAACTGTGCTGTGT  239

seq1  TGGAGACTCACAGCTACCCATGCTGTGCCTAGGTTTCCTTTCTTCTTAAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGACTCACAGCTACCCATGCTGTGCCTAGGTTTCCTTTCTTCTTAAT  289

seq1  GTCATCAGTCTGTCTCATGGGTTTGCACAGTTCTCAACCACATATAGAAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCAGTCTGTCTCATGGGTTTGCACAGTTCTCAACCACATATAGAAT  339

seq1  TAGAAATGGCTTTTCAGCTAATATGTGTGTGTGTGATGTTATTGTTGATG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATGGCTTTTCAGCTAATATGTGTGTGTGTGATGTTATTGTTGATG  389

seq1  AAATGGGAGTAAAAGCTGTTAGTATAAATTCTTAGGAAGGCTCTGGTGCT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGGAGTAAAAGCTGTTAGTATAAATTCTTAGGAAGGCTCTGGTGCT  439

seq1  CCCTCTTAACTTCCAGAACATGAGCAAGATGGTCAGGATTATAAGCAACT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTTAACTTCCAGAACATGAGCAAGATGGTCAGGATTATAAGCAACT  489

seq1  ATTTCAGTTTTCAATCAAATCTGAAAGCTAAAATCACCAATAAAATAAAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAGTTTTCAATCAAATCTGAAAGCTAAAATCACCAATAAAATAAAA  539

seq1  TAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAATAAGCC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAATAAGCC  589

seq1  TGTTTTAGTTAAGAGCATATTGTTTGAAAAAATAAACACTGACATTGCTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTAGTTAAGAGCATATTGTTTGAAAAAATAAACACTGACATTGCTT  639

seq1  ATCTAGACTATTAGCACAGGGTAGCAAGGAAGTGTGATTCCGTCACAGGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGACTATTAGCACAGGGTAGCAAGGAAGTGTGATTCCGTCACAGGA  689

seq1  CTCTGACCTGATCCTAAATGATATGCTACTATTAAAATTTAGAGAGAAGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGACCTGATCCTAAATGATATGCTACTATTAAAATTTAGAGAGAAGA  739

seq1  AATAAACACTTTTATAGGATATTTTAGTAGTGTGTGCGCTAAATCGAAAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAACACTTTTATAGGATATTTTAGTAGTGTGTGCGCTAAATCGAAAA  789

seq1  GATTAAATAGTATTTTATAATAGGGTAAGTGCTACAGAACTCCATGAAGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAATAGTATTTTATAATAGGGTAAGTGCTACAGAACTCCATGAAGA  839

seq1  AGATTTTAAAGATCAAGTTGTATTTGCAGTATATCAAATTTAATGGAAAC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTTAAAGATCAAGTTGTATTTGCAGTATATCAAATTTAATGGAAAC  889

seq1  TGCACAGCAGCTTCCTGCTGAGTTTGGCACACATAGCCTCCATTAAAAGG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAGCAGCTTCCTGCTGAGTTTGGCACACATAGCCTCCATTAAAAGG  939

seq1  CCCTGAGCCTTCATGCATAAATCTTCCTATCAGAGGCATAGGACAAAACC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAGCCTTCATGCATAAATCTTCCTATCAGAGGCATAGGACAAAACC  989

seq1  AGTGTCTTTATTATGGTCTTGCATACGTTTGGTACACTTTAATAACTTTA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCTTTATTATGGTCTTGCATACGTTTGGTACACTTTAATAACTTTA  1039

seq1  GTAGTGTCAAATACCCAGTCATTCATAGGCAATCCTACATCATGTGCTAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGTCAAATACCCAGTCATTCATAGGCAATCCTACATCATGTGCTAT  1089

seq1  TCAAAGATTTTGGTTTTATATGTCTTATATCACTGTAGATGATAAACTTT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGATTTTGGTTTTATATGTCTTATATCACTGTAGATGATAAACTTT  1139

seq1  CCAACGTCAGAGACAATCTTTAAGCCCCAAGAATTC  1183
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACGTCAGAGACAATCTTTAAGCCCCAAGAATTC  1175


seq1: chr9_90951160_90952117
seq2: B6Ng01-183G03.g_65_1022

seq1  GAATTCCTTGTTCTATGATTCCAAATGCACCACCATATCTATCTAAACTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGTTCTATGATTCCAAATGCACCACCATATCTATCTAAACTC  50

seq1  CAAGTTACTCTTAATGCAAATAGCATGAACTTTGATTTGAGATTCAGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTACTCTTAATGCAAATAGCATGAACTTTGATTTGAGATTCAGTTT  100

seq1  TGAATAGAGACTCCCTAGTTTTCATTGATATATGAAAACTAAACAAACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAGAGACTCCCTAGTTTTCATTGATATATGAAAACTAAACAAACTG  150

seq1  GGTATTTAATTCACTGTGTACTTATTAGGTATCCATATTGAATGCACATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATTTAATTCACTGTGTACTTATTAGGTATCCATATTGAATGCACATA  200

seq1  CCTGCCCTGCACTATGGATTTCCATTCCATTATCCCTGTCCATGATTACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCCTGCACTATGGATTTCCATTCCATTATCCCTGTCCATGATTACA  250

seq1  TATAAACTCCTTGAGAATAAAGAACAATATCTTATTTTGCATTGCCGGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAACTCCTTGAGAATAAAGAACAATATCTTATTTTGCATTGCCGGCT  300

seq1  CTCCATTAGCCACGATTCTTTAGTTAGGGGAAAGTTGAGATTTAACTGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATTAGCCACGATTCTTTAGTTAGGGGAAAGTTGAGATTTAACTGTT  350

seq1  CATATAACTAAACAGCCAAAATGACCTTCCTGCTCTTTCTTACAACTGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAACTAAACAGCCAAAATGACCTTCCTGCTCTTTCTTACAACTGGT  400

seq1  GATTAAGCTCTGACTAATGGCAGGCAGATGGAAATTATGGCTGAAATGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAGCTCTGACTAATGGCAGGCAGATGGAAATTATGGCTGAAATGTG  450

seq1  TATTGTGATTTATTCACAAATATTCATTCCAAGTAATTTAGGTAAAAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTGATTTATTCACAAATATTCATTCCAAGTAATTTAGGTAAAAAAT  500

seq1  TAAAATAAAGCAATCAAACAAATAATAAAACAATTTATAAGTGAGATGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAAAGCAATCAAACAAATAATAAAACAATTTATAAGTGAGATGCT  550

seq1  CATTGAAGTGGGGCTTCCAAAAACCAAGAGCTGTGATCATTCCAAAAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAAGTGGGGCTTCCAAAAACCAAGAGCTGTGATCATTCCAAAAGGA  600

seq1  AAAGGAAATCCTTCTGGTGTGTCTCATGAAAGGCCTGATCTCTTGTGAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAAATCCTTCTGGTGTGTCTCATGAAAGGCCTGATCTCTTGTGAGA  650

seq1  CTAGGCTGGTGCCTAGCAAACAGAGAAGTGGATGCTCACAGTCAACTATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCTGGTGCCTAGCAAACAGAGAAGTGGATGCTCACAGTCAACTATT  700

seq1  GGATGGATCACAGGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTATCCAAGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGATCACAGGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTATCCAAGGA  750

seq1  GCTAAAGAGATCTGCAACTCTGTAAGTGCAACATTATGAACTAACCAGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAAGAGATCTGCAACTCTGTAAGTGCAACATTATGAACTAACCAGTA  800

seq1  CCCTGGAGCTCTTGACTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGAGCTCTTGACTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTA  850

seq1  GGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCATTGTACACACAAACTTTATATGCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCATTGTACACACAAACTTTATATGCCC  900

seq1  CAGTACAGGGGAACGCCAGGGCCAAAAAATGGGAATTGGTGGGTAGGGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTACAGGGGAACGCCAGGGCCAAAAAATGGGAATTGGTGGGTAGGGAA  950

seq1  GTGGGGGG  958
      ||||||||
seq2  GTGGGGGG  958


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |