BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-183L19
Chromosome9 (Build37)
Map Location 9,504,944 - 9,639,281
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTrpc6, Pgr, 9030420J04Rik
Downstream geneCntn5, LOC665154, LOC100039970
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-183L19.bB6Ng01-183L19.g
ACCGA009287GA009288
length1,1491,123
definitionB6Ng01-183L19.b B6Ng01-183L19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,504,944 - 9,506,081)(9,638,159 - 9,639,281)
sequence
gaattccttgtctggttttatcgagtcccattttgtcttgcattaaatat
ttattttctccactccctcaaagggaggaaaggggaagcctaataataat
ttgtaggcatcttccttccatctctccatgctgtggcattgcctctaacg
aaggtgattcgtcttcatccttcattagaggatgtgatttactgaggtgg
tttatggccaaatagagttgctggccttgcagattctctttggggtggtg
ttgaatcaaatgtgttcctgctgcctgtgtaaatcatgccccagatgttt
ttggttgaatctgtgttaatttccaatgctaactgtcaaagagatgaagg
tctttctagcaaaacacactgatgtgtggccactctgattcagttttcca
ttaaagacatcgtaccttgcatgcagacatcaaataaataatgaaagtac
tttattttcatcaatactaaaactcaaaagctatggaaagacaggcacat
gtctttgatggcaaaactctgaaaactttatacaggagaataaagcagat
gcaggagagtatgaaggccaggatggccaattaaaaccagcagtaaccag
ctctaggatgtctgacaaattgtgtatatttgacaaattgtatgcattta
tatagactatatatggttttcttttcttctcaggatcatttagacacagt
tagcaagcaaaaattaagtaagtagtaaagtaacattttatctgtgatct
atctatctgtctgtctgtctatctatttatttatctatctatcttagata
tagatctccatataggtatacactgaaaatgattagcaacaacaagtgga
ttaatatactcaaccaatcgaatggctgttgatttttttgggggtgtctg
tgcagcaagaacactgaagatgtactatcattataaatctcaagtgtggc
acacatttatttatctgaaatcatccgggatgtagttagtgcttctagag
atcccctgggactgggaactgggaactgaaactgctccatagcttagtgt
cttactatgctatgggtgctcatcaaggacctccccagcagcccttggtg
gtgctaatgtgctcatgaagggttatcctcattgactattagttgggat

gaattcaattagaccagatccatttttatcatttaattattttgatggga
gtcccaatagcctctaaggaaatagacagccttggctgtaactcacagga
gaatgtccttgtttagtgagtcaaagaagaagcagggtcagaatgaacct
gcagcattagcacctgtgtgtcacttgggttcatgccatcagatcctggg
caagagaatttcattatttctaaatcatgcttgacaaattgatatcaaat
ttctcctcaagcatgtcacacaacaacttgctttcacaaaggtattaagt
aagcgtgcataaaatagagatgtaggaacagcccatggtcattgtaatca
atggctgacctccaaaaatctgaagtatagtaatatcttgcttagatgag
ttccttgtgtacaactaaagtttttcaatatgccaaactttccaatatca
ccaaaattggggccatgtgtgagtttatcaagtatgcactaaacacaccg
agaaaagcgttctctgtgactcacatcagaggacaaagtagacataactc
tggtgacagcctacgtcgaaaatcatgtatacaacatttgtgacaaagca
aaggaatcagtatttccaaggtctctgtgagtcaggtaatataatctaca
ttttcaaatcatcattcaaacatccatgtctacagcctagctacatatac
atactcacaggcactaccaagcccatttcaaatacagccagcatgtataa
tctaccagacactccttagagtacttaaaaataaaaatctattatgatct
tctgataattccagccctcaactgggtttcagagctcttttcctgtatct
tatgaaattataaaagaggatgatttgtttcattaaaatttaatatttat
ggccttaccaattttccaaggactacaaaaatgtgtaatcgtcaaatctg
tgataacttggaataccactctctcatgacttgctctaggacctttactt
ttgggaatcgatgcatcctgtaccttgtcactatctgtcacgtgcacaga
cacaaatgtccttctactctatatacttccctggtaagaatccctagcag
ctggactaaatggtttctgtatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_9504944_9506081
seq2: B6Ng01-183L19.b_48_1196

seq1  GAATTCCTTGTCTGGTTTTATCGAGTCCCATTTTGTCTTGCATTAAATAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGTCTGGTTTTATCGAGTCCCATTTTGTCTTGCATTAAATAT  50

seq1  TTATTTTCTCCACTCCCTCAAAGGGAGGAAAGGGGAAGCCTAATAATAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTCTCCACTCCCTCAAAGGGAGGAAAGGGGAAGCCTAATAATAAT  100

seq1  TTGTAGGCATCTTCCTTCCATCTCTCCATGCTGTGGCATTGCCTCTAACG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGGCATCTTCCTTCCATCTCTCCATGCTGTGGCATTGCCTCTAACG  150

seq1  AAGGTGATTCGTCTTCATCCTTCATTAGAGGATGTGATTTACTGAGGTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGATTCGTCTTCATCCTTCATTAGAGGATGTGATTTACTGAGGTGG  200

seq1  TTTATGGCCAAATAGAGTTGCTGGCCTTGCAGATTCTCTTTGGGGTGGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGGCCAAATAGAGTTGCTGGCCTTGCAGATTCTCTTTGGGGTGGTG  250

seq1  TTGAATCAAATGTGTTCCTGCTGCCTGTGTAAATCATGCCCCAGATGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATCAAATGTGTTCCTGCTGCCTGTGTAAATCATGCCCCAGATGTTT  300

seq1  TTGGTTGAATCTGTGTTAATTTCCAATGCTAACTGTCAAAGAGATGAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTGAATCTGTGTTAATTTCCAATGCTAACTGTCAAAGAGATGAAGG  350

seq1  TCTTTCTAGCAAAACACACTGATGTGTGGCCACTCTGATTCAGTTTTCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTAGCAAAACACACTGATGTGTGGCCACTCTGATTCAGTTTTCCA  400

seq1  TTAAAGACATCGTACCTTGCATGCAGACATCAAATAAATAATGAAAGTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGACATCGTACCTTGCATGCAGACATCAAATAAATAATGAAAGTAC  450

seq1  TTTATTTTCATCAATACTAAAACTCAAAAGCTATGGAAAGACAGGCACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTCATCAATACTAAAACTCAAAAGCTATGGAAAGACAGGCACAT  500

seq1  GTCTTTGATGGCAAAACTCTGAAAACTTTATACAGGAGAATAAAGCAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTGATGGCAAAACTCTGAAAACTTTATACAGGAGAATAAAGCAGAT  550

seq1  GCAGGAGAGTATGAAGGCCAGGATGGCCAATTAAAACCAGCAGTAACCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAGAGTATGAAGGCCAGGATGGCCAATTAAAACCAGCAGTAACCAG  600

seq1  CTCTAGGATGTCTGACAAATTGTGTATATTTGACAAATTGTATGCATTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGGATGTCTGACAAATTGTGTATATTTGACAAATTGTATGCATTTA  650

seq1  TATAGACTATATATGGTTTTCTTTTCTTCTCAGGATCATTTAGACACAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGACTATATATGGTTTTCTTTTCTTCTCAGGATCATTTAGACACAGT  700

seq1  TAGCAAGCAAAAATTAAGTAAGTAGTAAAGTAACATTTTATCTGTGATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAGCAAAAATTAAGTAAGTAGTAAAGTAACATTTTATCTGTGATCT  750

seq1  ATCTATCTGTCTGTCTGTCTATCTATTTA-TTATCTATCTATCTTAGATA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCTGTCTGTCTGTCTATCTATTTATTTATCTATCTATCTTAGATA  800

seq1  TAGATCTCCATATAGGTATACACTG-AAATGATTAGCAACAACAAGTGGA  848
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCTCCATATAGGTATACACTGAAAATGATTAGCAACAACAAGTGGA  850

seq1  TTAATATACTCAACCAATCGAATGGCTGTTGA-TTTTTTGGGGGTGTCTG  897
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTAATATACTCAACCAATCGAATGGCTGTTGATTTTTTTGGGGGTGTCTG  900

seq1  TGCAGCAAGAACACTGAAGATGTACTATCATTATAAATCTCAAGTGTGGC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCAAGAACACTGAAGATGTACTATCATTATAAATCTCAAGTGTGGC  950

seq1  ACACATT--ATTATCTGAAATCATCC-GGATGTAAGTTAGTGC-TCTAGA  993
      |||||||   |||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||| 
seq2  ACACATTTATTTATCTGAAATCATCCGGGATGT-AGTTAGTGCTTCTAG-  998

seq1  AGATCCCCTGGAACT-GGAACT-GGAACTGAAACTGCTCCATAGCTTAGT  1041
      ||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCCCTGGGACTGGGAACTGGGAACTGAAACTGCTCCATAGCTTAGT  1048

seq1  GTCTTACTATGCTAT-GGTGCTCATCAGGGTCCTCCCCAGCAGCCCTTGG  1090
      ||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||
seq2  GTCTTACTATGCTATGGGTGCTCATCAAGGACCTCCCCAGCAGCCCTTGG  1098

seq1  T-GTGCTATAGTGCTCATGA--GGGTATCTCCATTGACCAATAGTTGGGA  1137
      | ||||||  ||||||||||  || ||||  ||||||| | |||||||||
seq2  TGGTGCTAATGTGCTCATGAAGGGTTATCCTCATTGACTATTAGTTGGGA  1148

seq1  T  1138
      |
seq2  T  1149


seq1: chr9_9638159_9639281
seq2: B6Ng01-183L19.g_67_1189 (reverse)

seq1  AATACAGAAA-CATTTAGTCAGGTTGCTAGG--ATCTTTCCAGGG-AGTA  46
      |||||||||| |||||||||  | |||||||   |||| |||||| ||||
seq2  AATACAGAAACCATTTAGTCCAGCTGCTAGGGATTCTTACCAGGGAAGTA  50

seq1  TATAGAGTAGGAGGACA-TTGTGTCCTGTGCACGTGACCAGGATAGTGAC  95
      |||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||   |||||||||
seq2  TATAGAGTAGAAGGACATTTGTGT-CTGTGCACGTGAC--AGATAGTGAC  97

seq1  AAGGTACAGGATGCATCGATTTCCCAAAAGTAAAGGTCCTAAGAGCAAAG  145
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||
seq2  AAGGTACAGGATGCATCGA-TTCCCAAAAGTAAAGGTCCT-AGAGC-AAG  144

seq1  TCATGAGAGAAGTGGTATTCCAAGTTATCACAGATTTGACGATTACACAT  195
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAGAG-AGTGGTATTCCAAGTTATCACAGATTTGACGATTACACAT  193

seq1  TTTTGTAGTCCTTGGAAAATTGGTAA-GCCATAAATATTAAATTTTAATG  244
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTAGTCCTTGGAAAATTGGTAAGGCCATAAATATTAAATTTTAATG  243

seq1  AAACAAATCATCCTCTTTTATAATTTCATAAGATACAGGAAAAGAGCTCT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAATCATCCTCTTTTATAATTTCATAAGATACAGGAAAAGAGCTCT  293

seq1  GAAA-CCAGTTGAGGGCTGGAATTATCAGAAGATCATAATAGATTTTTAT  343
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCCAGTTGAGGGCTGGAATTATCAGAAGATCATAATAGATTTTTAT  343

seq1  TTTTAAGTACTCTAAGGAGTGTCTGGTAGATTATACATGCTGGCTGTATT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAGTACTCTAAGGAGTGTCTGGTAGATTATACATGCTGGCTGTATT  393

seq1  TGAAATGGGCTTGGTAGTGCCTGTGAGTATGTATATGTAGCTAGGCTGTA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATGGGCTTGGTAGTGCCTGTGAGTATGTATATGTAGCTAGGCTGTA  443

seq1  GACATGGATGTTTGAATGATGATTTGAAAATGTAGATTATATTACCTGAC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGGATGTTTGAATGATGATTTGAAAATGTAGATTATATTACCTGAC  493

seq1  TCACAGAGACCTTGGAAATACTGATTCCTTTGCTTTGTCACAAATGTTGT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGAGACCTTGGAAATACTGATTCCTTTGCTTTGTCACAAATGTTGT  543

seq1  ATACATGATTTTCGACGTAGGCTGTCACCAGAGTTATGTCTACTTTGTCC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGATTTTCGACGTAGGCTGTCACCAGAGTTATGTCTACTTTGTCC  593

seq1  TCTGATGTGAGTCACAGAGAACGCTTTTCTCGGTGTGTTTAGTGCATACT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATGTGAGTCACAGAGAACGCTTTTCTCGGTGTGTTTAGTGCATACT  643

seq1  TGATAAACTCACACATGGCCCCAATTTTGGTGATATTGGAAAGTTTGGCA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAAACTCACACATGGCCCCAATTTTGGTGATATTGGAAAGTTTGGCA  693

seq1  TATTGAAAAACTTTAGTTGTACACAAGGAACTCATCTAAGCAAGATATTA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAAAAACTTTAGTTGTACACAAGGAACTCATCTAAGCAAGATATTA  743

seq1  CTATACTTCAGATTTTTGGAGGTCAGCCATTGATTACAATGACCATGGGC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACTTCAGATTTTTGGAGGTCAGCCATTGATTACAATGACCATGGGC  793

seq1  TGTTCCTACATCTCTATTTTATGCACGCTTACTTAATACCTTTGTGAAAG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCTACATCTCTATTTTATGCACGCTTACTTAATACCTTTGTGAAAG  843

seq1  CAAGTTGTTGTGTGACATGCTTGAGGAGAAATTTGATATCAATTTGTCAA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTGTTGTGTGACATGCTTGAGGAGAAATTTGATATCAATTTGTCAA  893

seq1  GCATGATTTAGAAATAATGAAATTCTCTTGCCCAGGATCTGATGGCATGA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGATTTAGAAATAATGAAATTCTCTTGCCCAGGATCTGATGGCATGA  943

seq1  ACCCAAGTGACACACAGGTGCTAATGCTGCAGGTTCATTCTGACCCTGCT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAAGTGACACACAGGTGCTAATGCTGCAGGTTCATTCTGACCCTGCT  993

seq1  TCTTCTTTGACTCACTAAACAAGGACATTCTCCTGTGAGTTACAGCCAAG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTTGACTCACTAAACAAGGACATTCTCCTGTGAGTTACAGCCAAG  1043

seq1  GCTGTCTATTTCCTTAGAGGCTATTGGGACTCCCATCAAAATAATTAAAT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCTATTTCCTTAGAGGCTATTGGGACTCCCATCAAAATAATTAAAT  1093

seq1  GATAAAAATGGATCTGGTCTAATTGAATTC  1123
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAAATGGATCTGGTCTAATTGAATTC  1123


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |