BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-188L19
Chromosome9 (Build37)
Map Location 66,031,255 - 66,149,689
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDapk2
Upstream genePunc, Parp16, Cilp, Clpx, Pdcd7, Gm514, 5430433E21Rik, Rasl12, Ostb, Mtfmt, Spg21, Ankdd1a, Plekhq1, Pif1, LOC100041121, Rbpms2, Oaz2, Zfp609, LOC100041180, Trip4, 2810417H13Rik, Csnk1g1, Ppib, Snx22, Snx1, 5730536A07Rik
Downstream geneHerc1, Fbxl22, Usp3, Car12, Aph1b, LOC623488, Aph1c, Rab8b, Rps27l, Lactb, Tpm1, Tln2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-188L19.bB6Ng01-188L19.g
ACCGA012957GA012958
length1,124681
definitionB6Ng01-188L19.b B6Ng01-188L19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,148,559 - 66,149,689)(66,031,255 - 66,031,935)
sequence
gaattcagcatagcgacacactagacacactattggcttattcaaacatt
aacagaaagattacatgtcagcaaaagggcatcaggactttgttcctgtg
ggctgggggcttatcttgttcacatagcaaccagttgatgtatgacttta
cccggcgtcaaggggcagtagacagaggggaggttccggccaggtggtgt
tgacccagacaagatagccctgcttgtccttgtattttttcatttttaca
gtcaagctgttcttaggaatgtcttaacaacagccctgtctgttctgctt
tgttcttgtccccaggctgcgggctcatagacaactcttttacatgaatc
acaagttacaaaatctcattttccttcactatgaatgaatagcatcatct
ctgcatttctggagtgtaatgtttagtgggtgcttgtaaaccttttccct
ggactgattgggttacagaacctagtcaacctttggactgtcttgtttcc
ctgtgaaggtggctgaggagaaactgtacctcctctgatacagggtctgt
ctggtgaggtattacatgaagaaaagtctgaggtagtgttaccagataag
tatcattatttttcctaacccaatatccccagaaccagagtgtctacaag
tgtgccagctttcctgactttgtaagttctgctcttcacctcatggaaga
ctgaaaagcttcccatcaatcaaggtgttaatcaacctggaaacactccg
gttaattctagtatgatgtaactgtttaccaaatagttctgggtgagcag
tcttatattctaatgtcgaaaaccatttatcttcttggtggttattgtgg
cttaagtgagaaatttcttccacaggctcttatatttgatcacttggtcc
tggttgctgagggcattgtttggggagactatagaaccttttaggaagta
agaggatgtatgtcacagtgggcggactttgagagtttaataccttgccc
acttcctgcttgctcactcatgctttccactcatgtgctaacaaatgtga
ccatccagcttcttgttctgctaacagtcatgaatgaactcagcttctgg
gaggtgtgaggcaaaacaactatt
gaattcctgccccgacttctctcgatgaaggactgtgatctggaaatgta
agatgaaataaaccctttcctctcccaagttggtattagtcatggtgttt
atcccagcaagagaaagtaaactagaacagggtttagtgtctgctgagtg
agggtcctggagatgagccatgctatgtaacttcaccgttgcatcaagac
taagaagactatggccattactgcagggtgcttttgttatgatgtaaacc
atgacaataataattgccagcacttattatgggtctactgtgtagaccca
cacgctggatattttacatgtgctatatctaataacataaccctgtgagg
cagccgttgttggccttagttggcagaagagatgcaactcatgttctaag
tcaccctatggttatagttggagtactattgactacaaatccagaacagt
ttttgctgaaccatatcacctctctttgatgatgagctttgagtaacccc
atagagaacgatggatgattctagcatcttctggaagcttctagtgaaaa
cgggtcaggtatgacagggctcaggtatgtggattagaccatggctctgg
cagagaaactgagaggtttttataccctgccagttggcagcagatacctg
agagagagagagagaggagggtgtgtggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_66148559_66149689
seq2: B6Ng01-188L19.b_51_1174 (reverse)

seq1  AATAGTTGGTTTTGCCTCACA-CTCCCAGAAGGCTGGAGTCCA-TCATGG  48
      ||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||| |||| || ||||| 
seq2  AATAGTT-GTTTTGCCTCACACCTCCCAGAA-GCT-GAGTTCATTCATGA  47

seq1  CTTGTTAGCAGGAAACAGGAAGCTGGATGGTCACATTTTGTTAGCACATG  98
      | |||||||||  |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  C-TGTTAGCAG--AACAAGAAGCTGGATGGTCACA-TTTGTTAGCACATG  93

seq1  GAGGTGGGAAGCATGAGTGAGCAAGCAGGAAGTGGGGCAAGGTTATAAAC  148
         |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||
seq2  --AGTGGAAAGCATGAGTGAGCAAGCAGGAAGT-GGGCAAGGTATTAAAC  140

seq1  TCTCAAAGTCCGCCCACTGTGACATACATCCTCTTACTTCCT-AAAGGTT  197
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TCTCAAAGTCCGCCCACTGTGACATACATCCTCTTACTTCCTAAAAGGTT  190

seq1  CTATAGTCTCCCCAAACAATGCCCTCAGCAACCAGGACCAAGTGATCAAA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGTCTCCCCAAACAATGCCCTCAGCAACCAGGACCAAGTGATCAAA  240

seq1  TATAAGAGCCTGTGGAAGAAATTTCTCACTTAAGCCACAATAACCACCAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGAGCCTGTGGAAGAAATTTCTCACTTAAGCCACAATAACCACCAA  290

seq1  GAAGATAAATGGTTTTCGACATTAGAATATAAGACTGCTCACCCAGAACT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATAAATGGTTTTCGACATTAGAATATAAGACTGCTCACCCAGAACT  340

seq1  ATTTGGTAAACAGTTACATCATACTAGAATTAACCGGAGTGTTTCCAGGT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGTAAACAGTTACATCATACTAGAATTAACCGGAGTGTTTCCAGGT  390

seq1  TGATTAACACCTTGATTGATGGGAAGCTTTTCAGTCTTCCATGAGGTGAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTAACACCTTGATTGATGGGAAGCTTTTCAGTCTTCCATGAGGTGAA  440

seq1  GAGCAGAACTTACAAAGTCAGGAAAGCTGGCACACTTGTAGACACTCTGG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGAACTTACAAAGTCAGGAAAGCTGGCACACTTGTAGACACTCTGG  490

seq1  TTCTGGGGATATTGGGTTAGGAAAAATAATGATACTTATCTGGTAACACT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGGGATATTGGGTTAGGAAAAATAATGATACTTATCTGGTAACACT  540

seq1  ACCTCAGACTTTTCTTCATGTAATACCTCACCAGACAGACCCTGTATCAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCAGACTTTTCTTCATGTAATACCTCACCAGACAGACCCTGTATCAG  590

seq1  AGGAGGTACAGTTTCTCCTCAGCCACCTTCACAGGGAAACAAGACAGTCC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGTACAGTTTCTCCTCAGCCACCTTCACAGGGAAACAAGACAGTCC  640

seq1  AAAGGTTGACTAGGTTCTGTAACCCAATCAGTCCAGGGAAAAGGTTTACA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTTGACTAGGTTCTGTAACCCAATCAGTCCAGGGAAAAGGTTTACA  690

seq1  AGCACCCACTAAACATTACACTCCAGAAATGCAGAGATGATGCTATTCAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCCACTAAACATTACACTCCAGAAATGCAGAGATGATGCTATTCAT  740

seq1  TCATAGTGAAGGAAAATGAGATTTTGTAACTTGTGATTCATGTAAAAGAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGTGAAGGAAAATGAGATTTTGTAACTTGTGATTCATGTAAAAGAG  790

seq1  TTGTCTATGAGCCCGCAGCCTGGGGACAAGAACAAAGCAGAACAGACAGG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTATGAGCCCGCAGCCTGGGGACAAGAACAAAGCAGAACAGACAGG  840

seq1  GCTGTTGTTAAGACATTCCTAAGAACAGCTTGACTGTAAAAATGAAAAAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTGTTAAGACATTCCTAAGAACAGCTTGACTGTAAAAATGAAAAAA  890

seq1  TACAAGGACAAGCAGGGCTATCTTGTCTGGGTCAACACCACCTGGCCGGA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGGACAAGCAGGGCTATCTTGTCTGGGTCAACACCACCTGGCCGGA  940

seq1  ACCTCCCCTCTGTCTACTGCCCCTTGACGCCGGGTAAAGTCATACATCAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCCCTCTGTCTACTGCCCCTTGACGCCGGGTAAAGTCATACATCAA  990

seq1  CTGGTTGCTATGTGAACAAGATAAGCCCCCAGCCCACAGGAACAAAGTCC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTGCTATGTGAACAAGATAAGCCCCCAGCCCACAGGAACAAAGTCC  1040

seq1  TGATGCCCTTTTGCTGACATGTAATCTTTCTGTTAATGTTTGAATAAGCC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCCCTTTTGCTGACATGTAATCTTTCTGTTAATGTTTGAATAAGCC  1090

seq1  AATAGTGTGTCTAGTGTGTCGCTATGCTGAATTC  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTGTGTCTAGTGTGTCGCTATGCTGAATTC  1124

seq1: chr9_66031255_66031935
seq2: B6Ng01-188L19.g_66_746

seq1  GAATTCCTGCCCCGACTTCTCTCGATGAAGGACTGTGATCTGGAAATGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCCCCGACTTCTCTCGATGAAGGACTGTGATCTGGAAATGTA  50

seq1  AGATGAAATAAACCCTTTCCTCTCCCAAGTTGGTATTAGTCATGGTGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAAATAAACCCTTTCCTCTCCCAAGTTGGTATTAGTCATGGTGTTT  100

seq1  ATCCCAGCAAGAGAAAGTAAACTAGAACAGGGTTTAGTGTCTGCTGAGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAGCAAGAGAAAGTAAACTAGAACAGGGTTTAGTGTCTGCTGAGTG  150

seq1  AGGGTCCTGGAGATGAGCCATGCTATGTAACTTCACCGTTGCATCAAGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCCTGGAGATGAGCCATGCTATGTAACTTCACCGTTGCATCAAGAC  200

seq1  TAAGAAGACTATGGCCATTACTGCAGGGTGCTTTTGTTATGATGTAAACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAGACTATGGCCATTACTGCAGGGTGCTTTTGTTATGATGTAAACC  250

seq1  ATGACAATAATAATTGCCAGCACTTATTATGGGTCTACTGTGTAGACCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAATAATAATTGCCAGCACTTATTATGGGTCTACTGTGTAGACCCA  300

seq1  CACGCTGGATATTTTACATGTGCTATATCTAATAACATAACCCTGTGAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCTGGATATTTTACATGTGCTATATCTAATAACATAACCCTGTGAGG  350

seq1  CAGCCGTTGTTGGCCTTAGTTGGCAGAAGAGATGCAACTCATGTTCTAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCGTTGTTGGCCTTAGTTGGCAGAAGAGATGCAACTCATGTTCTAAG  400

seq1  TCACCCTATGGTTATAGTTGGAGTACTATTGACTACAAATCCAGAACAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCTATGGTTATAGTTGGAGTACTATTGACTACAAATCCAGAACAGT  450

seq1  TTTTGCTGAACCATATCACCTCTCTTTGATGATGAGCTTTGAGTAACCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTGAACCATATCACCTCTCTTTGATGATGAGCTTTGAGTAACCCC  500

seq1  ATAGAGAACGATGGATGATTCTAGCATCTTCTGGAAGCTTCTAGTGAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGAACGATGGATGATTCTAGCATCTTCTGGAAGCTTCTAGTGAAAA  550

seq1  CGGGTCAGGTATGACAGGGCTCAGGTATGTGGATTAGACCATGGCTCTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGTCAGGTATGACAGGGCTCAGGTATGTGGATTAGACCATGGCTCTGG  600

seq1  CAGAGAAACTGAGAGGTTTTTATACCCTGCCAGTTGGCAGCAGATACCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAAACTGAGAGGTTTTTATACCCTGCCAGTTGGCAGCAGATACCTG  650

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGGAGGGTGTGTGGGGG  681
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGGAGGGTGTGTGGGGG  681