BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-189A03
Chromosome9 (Build37)
Map Location 14,732,057 - 14,871,688
singlet/doubletdoublet
Overlap genePanx1, Hephl1
Upstream geneSesn3, Endod1, LOC665351, EG547035, Jmjd2d, 0610040D20Rik, Amotl1, EG665374, Piwil4, Fut4, 1700012B09Rik, Ankrd49, Mre11a, LOC100040259, Gpr83, Folr4
Downstream gene2200002K05Rik, Crsp6, 4931406C07Rik, Josd3, 5830418K08Rik, LOC100040375, LOC100039955, BC017612, Ccdc67, LOC665461, LOC330891, Slc36a4, Mtnr1b, Fat3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-189A03.bB6Ng01-189A03.g
ACCGA013145GA013146
length1,0741,029
definitionB6Ng01-189A03.b B6Ng01-189A03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(14,732,057 - 14,732,806)(14,870,666 - 14,871,688)
sequence
gaattccttagctctcaccaggaacagattataggcacatccttgggcct
tccctggcttctctctagagacaatagtgctgactgtagaatgaagaaga
ggatggatggatggtggggctcacagggacaagctaagcagtcacatccc
ttcccacagtttcatctttctttacccaaagatgaatcacgaggcctatt
ggtcactatatcaacttttgggcttctttgccccacacacctaaaatgtg
gatctttttttttaaaattaggtattttcttcatttacatttcaaatgct
atcccaaaagtccctcataccctccccccctccactcccctgcccaccta
ctctcacttcttggccctgacgttcccctgtactgaggcatataaagttt
gcaagaccaaggggcctctcttcccaatgatggccaactaggccttcttc
tgctacatatgcagctagagacacaagctccgggggtaccggttagttca
tattgttgttccacctatagggttgcagacccctttagctccttgggtac
tttctctagctcctccattgggggccctgtgttccatccaatagctgact
gtgagcatccacttctgtgtttgccaggcactggcatagcctcacaagag
acaggtatatcagagtccttccagcaaaatcttgctggcatatgcaatgg
tgtcagtgtttggaggctgattatgggatggatccctgggtgtggcagtc
tctagatggtccatccttttcgtctcagctccaaactttgtctctgtaac
tccttccatgggtgttttgttcccaattctaagaaagggtaaagtgccca
aactttggtcttcattcttcttgagtttcacctgttttgtaaattatatc
ttgtatcttgggtattctaagtttctgggctaatatccacttatcagtga
gtaaattatcatgtgagttctttggtgattgaatacctcactcaggatga
taccctccaggtccattccattttgcctaggaatttcataaatcatttct
tttatagctgagtagtacctccat
gaattcaggctggtcagcaaagcatggcacagtatttgtgatatacctgg
ttgtattttgtctttaggaccaatgattcatgctgaggtgggggactcca
ttctcattatctttaagaacaaagccagccggccctactccattgcagcc
caaggtgtggaggactcaaacaatggaaaactccttaatgtgcctgtcac
aaagccaggtaagtcacaccaaagtctgtcccatcctgatgagacaccag
gatctcctcttctggtctctgagggcctgggagagctgtcctccatgagt
ctctctgcctagtctcggggtataagctccttatctatccaatgacccag
tactagaaatagagccctgtcccagacctcacagtgtagtcaggagtact
catgacaaacacacgctgagtgctcccttgtggcagaaatcatgttctac
atttgaaattaaaaagaaacaactaaaacccttaatcgatccgtacaaca
atccaacaatgcagacatatttcaccagttctgaagtcattaattgactt
cattgagtccattgttgagttatgttactaaaaaaaaagaaaagaaatac
accatccattgaactatatataacatgttacaaatttagtgatgcatcct
aacttcagatatgtttaaatgtgataattttacccttagagctgatgaaa
tatgtctggttctgtcacttaacaaatgatgaagccacagaatagcagat
gactaggcagggccctggagaatgatgacggaaaccctgtttatttgact
ccaggatccgacctcttcatcacgtatttctctgaagtgactaagataag
ttgaggggtgagaagggagacaagatgaacaattttgattgctaacatag
gttgtacatgataattctaaatgggtggtcaggtttttaaaaaaatagtt
caccatgaaggtttattgtatagtcataatattcaacttctttgaataac
atactaagaccctcgtcacttggattgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_14732057_14732806
seq2: B6Ng01-189A03.b_40_789

seq1  GAATTCCTTAGCTCTCACCAGGAACAGATTATAGGCACATCCTTGGGCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTAGCTCTCACCAGGAACAGATTATAGGCACATCCTTGGGCCT  50

seq1  TCCCTGGCTTCTCTCTAGAGACAATAGTGCTGACTGTAGAATGAAGAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGGCTTCTCTCTAGAGACAATAGTGCTGACTGTAGAATGAAGAAGA  100

seq1  GGATGGATGGATGGTGGGGCTCACAGGGACAAGCTAAGCAGTCACATCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGATGGATGGTGGGGCTCACAGGGACAAGCTAAGCAGTCACATCCC  150

seq1  TTCCCACAGTTTCATCTTTCTTTACCCAAAGATGAATCACGAGGCCTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCACAGTTTCATCTTTCTTTACCCAAAGATGAATCACGAGGCCTATT  200

seq1  GGTCACTATATCAACTTTTGGGCTTCTTTGCCCCACACACCTAAAATGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACTATATCAACTTTTGGGCTTCTTTGCCCCACACACCTAAAATGTG  250

seq1  GATCTTTTTTTTTAAAATTAGGTATTTTCTTCATTTACATTTCAAATGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTTTTTTTTAAAATTAGGTATTTTCTTCATTTACATTTCAAATGCT  300

seq1  ATCCCAAAAGTCCCTCATACCCTCCCCCCCTCCACTCCCCTGCCCACCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAAAAGTCCCTCATACCCTCCCCCCCTCCACTCCCCTGCCCACCTA  350

seq1  CTCTCACTTCTTGGCCCTGACGTTCCCCTGTACTGAGGCATATAAAGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCACTTCTTGGCCCTGACGTTCCCCTGTACTGAGGCATATAAAGTTT  400

seq1  GCAAGACCAAGGGGCCTCTCTTCCCAATGATGGCCAACTAGGCCTTCTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGACCAAGGGGCCTCTCTTCCCAATGATGGCCAACTAGGCCTTCTTC  450

seq1  TGCTACATATGCAGCTAGAGACACAAGCTCCGGGGGTACCGGTTAGTTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACATATGCAGCTAGAGACACAAGCTCCGGGGGTACCGGTTAGTTCA  500

seq1  TATTGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGACCCCTTTAGCTCCTTGGGTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGACCCCTTTAGCTCCTTGGGTAC  550

seq1  TTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGGGCCCTGTGTTCCATCCAATAGCTGACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGGGCCCTGTGTTCCATCCAATAGCTGACT  600

seq1  GTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCCAGGCACTGGCATAGCCTCACAAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCCAGGCACTGGCATAGCCTCACAAGAG  650

seq1  ACAGGTATATCAGAGTCCTTCCAGCAAAATCTTGCTGGCATATGCAATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTATATCAGAGTCCTTCCAGCAAAATCTTGCTGGCATATGCAATGG  700

seq1  TGTCAGTGTTTGGAGGCTGATTATGGGATGGATCCCTGGGTGTGGCAGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGTGTTTGGAGGCTGATTATGGGATGGATCCCTGGGTGTGGCAGTC  750

seq1: chr9_14870666_14871688
seq2: B6Ng01-189A03.g_67_1095 (reverse)

seq1  CACAATCC-AGTGACGAGGGTTCTTAGTATG-TATTCAAAGGAGTTGAAT  48
      |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  CACAATCCAAGTGACGAGGG-TCTTAGTATGTTATTCAAAGAAGTTGAAT  49

seq1  ATTTATGACTATACAAT-AACCTTCAT-GTG-ACTATTTTTTTAAAAACC  95
      | ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||
seq2  A-TTATGACTATACAATAAACCTTCATGGTGAACTATTTTTTTAAAAACC  98

seq1  TGACCA-CCATTTAGAATTATCATGTACAACCTATGTTAGC-ATCAAAAT  143
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGACCACCCATTTAGAATTATCATGTACAACCTATGTTAGCAATCAAAAT  148

seq1  TGTTCATCTTGTCTCCCTTCTCACCCCTCAACTTATCTTAGTCACTTCAG  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCATCTTGTCTCCCTTCTCACCCCTCAACTTATCTTAGTCACTTCAG  198

seq1  AGAAATACGTGATGAAGAGGTCGGATCCTGGAGTCAAATAAACAGGGTTT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATACGTGATGAAGAGGTCGGATCCTGGAGTCAAATAAACAGGGTTT  248

seq1  CCGTCATCATTCTCCAGGGCCCTGCCTAGTCATCTGCTATTCTGTGGCTT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTCATCATTCTCCAGGGCCCTGCCTAGTCATCTGCTATTCTGTGGCTT  298

seq1  CATCATTTGTTAAGTGACAGAACCAGACATATTTCATCAGCTCTAAGGGT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATTTGTTAAGTGACAGAACCAGACATATTTCATCAGCTCTAAGGGT  348

seq1  AAAATTATCACATTT-AACATATCTGAAGTTAGGATGCATCACTAAATTT  392
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTATCACATTTAAACATATCTGAAGTTAGGATGCATCACTAAATTT  398

seq1  GTAACATGTTATATATAGTTCAATGGATGGTGTATTTCTTTTCTTTTTTT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACATGTTATATATAGTTCAATGGATGGTGTATTTCTTTTCTTTTTTT  448

seq1  TTAGTAACATAACTCAACAATGGACTCAATGAAGTCAATTAATGACTTCA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTAACATAACTCAACAATGGACTCAATGAAGTCAATTAATGACTTCA  498

seq1  GAACTGGTGAAATATGTCTGCATTGTTGGATTGTTGTACGGATCGATTAA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGGTGAAATATGTCTGCATTGTTGGATTGTTGTACGGATCGATTAA  548

seq1  GGGTTTTAGTTGTTTCTTTTTAATTTCAAATGTAGAACATGATTTCTGCC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTTAGTTGTTTCTTTTTAATTTCAAATGTAGAACATGATTTCTGCC  598

seq1  ACAAGGGAGCACTCAGCGTGTGTTTGTCATGAGTACTCCTGACTACACTG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGGAGCACTCAGCGTGTGTTTGTCATGAGTACTCCTGACTACACTG  648

seq1  TGAGGTCTGGGACAGGGCTCTATTTCTAGTACTGGGTCATTGGATAGATA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTCTGGGACAGGGCTCTATTTCTAGTACTGGGTCATTGGATAGATA  698

seq1  AGGAGCTTATACCCCGAGACTAGGCAGAGAGACTCATGGAGGACAGCTCT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCTTATACCCCGAGACTAGGCAGAGAGACTCATGGAGGACAGCTCT  748

seq1  CCCAGGCCCTCAGAGACCAGAAGAGGAGATCCTGGTGTCTCATCAGGATG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGCCCTCAGAGACCAGAAGAGGAGATCCTGGTGTCTCATCAGGATG  798

seq1  GGACAGACTTTGGTGTGACTTACCTGGCTTTGTGACAGGCACATTAAGGA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGACTTTGGTGTGACTTACCTGGCTTTGTGACAGGCACATTAAGGA  848

seq1  GTTTTCCATTGTTTGAGTCCTCCACACCTTGGGCTGCAATGGAGTAGGGC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCCATTGTTTGAGTCCTCCACACCTTGGGCTGCAATGGAGTAGGGC  898

seq1  CGGCTGGCTTTGTTCTTAAAGATAATGAGAATGGAGTCCCCCACCTCAGC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCTGGCTTTGTTCTTAAAGATAATGAGAATGGAGTCCCCCACCTCAGC  948

seq1  ATGAATCATTGGTCCTAAAGACAAAATACAACCAGGTATATCACAAATAC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATCATTGGTCCTAAAGACAAAATACAACCAGGTATATCACAAATAC  998

seq1  TGTGCCATGCTTTGCTGACCAGCCTGAATTC  1023
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCATGCTTTGCTGACCAGCCTGAATTC  1029