BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-202A13
Chromosome9 (Build37)
Map Location 112,301,459 - 112,421,303
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043800
Upstream geneDclk3, LOC620615, Stac, 4930545L08Rik, Arpp21, LOC100039341, LOC620760
Downstream geneEG622110, LOC100039391, LOC100043801, LOC100043802
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-202A13.bB6Ng01-202A13.g
ACCGA022639GA022640
length4211,115
definitionB6Ng01-202A13.b B6Ng01-202A13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(112,420,877 - 112,421,303)(112,301,459 - 112,302,583)
sequence
ttaaagagagcttgtattttcttttttcaatttaacatatgaggttcatt
ttttaaaaattgacccagtctagttatgtaagtgtgtataaaattccagt
tcatttttatcaattttatgtcattttgttggaatcaacctcgccattta
acatagacatctcaatgccctttaacatttaacatcttaaagtatctttg
tactggtttggtttgggttttgtttttttgccacctggattctcccccaa
atgcttcatgatatgctgacatttcaatcagcatctcttcctgctaatcc
aaaaggttggttccttctagaatttctggacactagtcttctgatgagaa
agcttttagccataaactttttaattaagtggacaaagtccaccctaaga
gagccggggtggggggggggg

gaattcacacaaaataggctgtgaatcataatgtaactaaggacacatca
tttacgagctgagaaacaaggtaaaaacttcttggaaaaatggataacac
atttataaataagaaacataaatttaaaattctggagagacttaaaaata
ctttagtcaaatatagtcatgtataatttagtcatatatataaaattaaa
actatactaataggaggcattcaacacaatattcaatgagattcttagag
taatatgtgcatgttttggaaaataaaaattcaaaattgccaagaagcat
accactaaaattcttcaggaaactagaaaaaaagccaaaaaatgaagaag
aatgaaactaagagcataaattagtaaactttaagtgcaagaaataatta
agtaaatcaacaagtgtgcagagagatggctcggctattaagagaacttg
ccgctcctgcagaggatctgagttctggtctcagaaccatgttgggtggt
tcacaagcccctgtaactccagattcatgggatctgactctttacctgcc
tctacaggcatccttcacacattaaaattttaaaaaatcacagaagaaaa
tacatataatctcaatagaacacaacttactaaaacttagagcagtgcta
aggcaagtatactaatgaattctaccaagatttatctatctatctatcta
tctatctatctatctatctatctatctatctatctatcatctatctatct
atctatctatctatctatctatctatctatctatcatctatctctatcta
tttatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatc
tatctatctttaaggcttctttcagaaatggaaaaagagtagagtctcat
tccataaaggccaggatatccttatttctgcaactcatgaaaaacattac
agagaattagacaaaccaagttcttctgagcataactgcagaaaacataa
cagattgtgctgattagtgatgatatacagagagctacacatccgagctt
tctagggtgattataccgatcatatcgaaggtggaaatgccaagatacct
gcagtctcacagtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_112420877_112421303
seq2: B6Ng01-202A13.b_44_470 (reverse)

seq1  CCCCCCCCCCCACCCCGGCTCTCTTAGGGTGGACTTTGTCCACTTAATTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCCCCACCCCGGCTCTCTTAGGGTGGACTTTGTCCACTTAATTA  50

seq1  AAAAGTTTATGGCTAAAAGCTTTCTCATCAGAAGACTAGTGTCCAGAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTTTATGGCTAAAAGCTTTCTCATCAGAAGACTAGTGTCCAGAAAT  100

seq1  TCTAGAAGGAACCAACCTTTTGGATTAGCAGGAAGAGATGCTGATTGAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAAGGAACCAACCTTTTGGATTAGCAGGAAGAGATGCTGATTGAAA  150

seq1  TGTCAGCATATCATGAAGCATTTGGGGGAGAATCCAGGTGGCAAAAAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGCATATCATGAAGCATTTGGGGGAGAATCCAGGTGGCAAAAAAAC  200

seq1  AAAACCCAAACCAAACCAGTACAAAGATACTTTAAGATGTTAAATGTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCCAAACCAAACCAGTACAAAGATACTTTAAGATGTTAAATGTTAA  250

seq1  AGGGCATTGAGATGTCTATGTTAAATGGCGAGGTTGATTCCAACAAAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCATTGAGATGTCTATGTTAAATGGCGAGGTTGATTCCAACAAAATG  300

seq1  ACATAAAATTGATAAAAATGAACTGGAATTTTATACACACTTACATAACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAAATTGATAAAAATGAACTGGAATTTTATACACACTTACATAACT  350

seq1  AGACTGGGTCAATTTTTAAAAAATGAACCTCATATGTTAAATTGAAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGGGTCAATTTTTAAAAAATGAACCTCATATGTTAAATTGAAAAAA  400

seq1  GAAAATACAAGCTCTCTTTAAGAATTC  427
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATACAAGCTCTCTTTAAGAATTC  427


seq1: chr9_112301459_112302583
seq2: B6Ng01-202A13.g_63_1177

seq1  GAATTCACACAAAATAGGCTGTGAATCATAATGTAACTAAGGACACATCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACACAAAATAGGCTGTGAATCATAATGTAACTAAGGACACATCA  50

seq1  TTTACGAGCTGAGAAACAAGGTAAAAACTTCTTGGAAAAATGGATAACAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACGAGCTGAGAAACAAGGTAAAAACTTCTTGGAAAAATGGATAACAC  100

seq1  ATTTATAAATAAGAAACATAAATTTAAAATTCTGGAGAGACTTAAAAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATAAATAAGAAACATAAATTTAAAATTCTGGAGAGACTTAAAAATA  150

seq1  CTTTAGTCAAATATAGTCATGTATAATTTAGTCATATATATAAAATTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGTCAAATATAGTCATGTATAATTTAGTCATATATATAAAATTAAA  200

seq1  ACTATACTAATAGGAGGCATTCAACACAATATTCAATGAGATTCTTAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATACTAATAGGAGGCATTCAACACAATATTCAATGAGATTCTTAGAG  250

seq1  TAATATGTGCATGTTTTGGAAAATAAAAATTCAAAATTGCCAAGAAGCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATGTGCATGTTTTGGAAAATAAAAATTCAAAATTGCCAAGAAGCAT  300

seq1  ACCACTAAAATTCTTCAGGAAACTAGAAAAAAAGCCAAAAAATGAAGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTAAAATTCTTCAGGAAACTAGAAAAAAAGCCAAAAAATGAAGAAG  350

seq1  AATGAAACTAAGAGCATAAATTAGTAAACTTTAAGTGCAAGAAATAATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAACTAAGAGCATAAATTAGTAAACTTTAAGTGCAAGAAATAATTA  400

seq1  AGTAAATCAACAAGTGTGCAGAGAGATGGCTCGGCTATTAAGAGAACTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAATCAACAAGTGTGCAGAGAGATGGCTCGGCTATTAAGAGAACTTG  450

seq1  CCGCTCCTGCAGAGGATCTGAGTTCTGGTCTCAGAACCATGTTGGGTGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCTCCTGCAGAGGATCTGAGTTCTGGTCTCAGAACCATGTTGGGTGGT  500

seq1  TCACAAGCCCCTGTAACTCCAGATTCATGGGATCTGACTCTTTACCTGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAGCCCCTGTAACTCCAGATTCATGGGATCTGACTCTTTACCTGCC  550

seq1  TCTACAGGCATCCTTCACACATTAAAATTTTAAAAAATCACAGAAGAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAGGCATCCTTCACACATTAAAATTTTAAAAAATCACAGAAGAAAA  600

seq1  TACATATAATCTCAATAGAACACAACTTACTAAAACTTAGAGCAGTGCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATATAATCTCAATAGAACACAACTTACTAAAACTTAGAGCAGTGCTA  650

seq1  AGGCAAGTATACTAATGAATTCTACCAAGATTTATCTATCTATCTATCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAGTATACTAATGAATTCTACCAAGATTTATCTATCTATCTATCTA  700

seq1  TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCATCTATCTATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCATCTATCTATCT  750

seq1  ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCATCTATCTCTATCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCATCTATCTCTATCTA  800

seq1  TTTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC  850

seq1  TATCTATCTTTAAAGGCTTC-TTCAGAAATGGAAAAAGAGTAGAGTCTCA  899
      ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATCTTT-AAGGCTTCTTTCAGAAATGGAAAAAGAGTAGAGTCTCA  899

seq1  TTCCAT-AAGGCCAGGATATCC-TAATTCTGCAACTCAATGAAAAACATT  947
      |||||| ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTCCATAAAGGCCAGGATATCCTTATTTCTGCAACTC-ATGAAAAACATT  948

seq1  ACAAGAGAATTAGACAAACCAAAGTTCTTCTGAGCATAACTGCAGAAAAC  997
      || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AC-AGAGAATTAGACAAACC-AAGTTCTTCTGAGCATAACTGCAGAAAAC  996

seq1  ATAACAGAATTGTGCTGATTAGTGGTGATATACAGAGAGTTACACATCAG  1047
      ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |
seq2  ATAACAG-ATTGTGCTGATTAGTGATGATATACAGAGAGCTACACATCCG  1045

seq1  AGCTTTCTAGGGTTGATTATAACAGATCATATCCACAGGTTGAAATGCCC  1097
      |||||||||||| ||||||| || ||||||||| | |||| |||||||| 
seq2  AGCTTTCTAGGG-TGATTAT-ACCGATCATATCGA-AGGTGGAAATGCC-  1091

seq1  AAAGAATTACCTGCAGTCTCAACAGTGG  1125
       ||||  ||||||||||||| |||||||
seq2  -AAGA--TACCTGCAGTCTC-ACAGTGG  1115


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |