BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-202K09
Chromosome9 (Build37)
Map Location 118,430,193 - 118,600,820
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGolga4, Itga9
Upstream geneLOC665840, LOC100039650, LOC100039681, Azi2, 2010110K16Rik, Eomes
Downstream geneLOC100039768, Ctdspl, Vill, Plcd1, Dlec1, Acaa1b, EG546165, Slc22a14, Slc22a13, 9330176C04Rik, Oxsr1, Myd88, Acaa1a, Xylb, Acvr2b, Endogl1, Scn5a, Scn10a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-202K09.bB6Ng01-202K09.g
ACCGA023086GA023087
length1,193993
definitionB6Ng01-202K09.b B6Ng01-202K09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,599,644 - 118,600,820)(118,430,193 - 118,431,185)
sequence
gaattcattccctaaagggatgtaaatgaaagcctaccccttttctagag
gggttcaagggccaagcaaagtccagaacaaactatgatcccctaaagtc
cagcttggggagagaaccaattcccaacagggaaccaggaggattgttgg
gctaacttacagagcatgaaagaatggttcttgcaggagtgtgggtgatc
ccagaacagccactctggaaagtgtcaccccagcatagatgacaacttcc
ccacagctgcatggtcctcacctctccagtgacctcccacggccactcca
gcgtgccagagactgtgaggccaagcgcaattagggcagaatgacataca
aatggctaagaggtatggacgcaaatggctggagtctcaggtgagtccag
tgacttccctcttcttccttctatgagggaacagacaacaacctcatctc
aggggccttgagtagttcctgctattcagatgaagtgatggtggttgtcc
ccggagggcagcatcttacaaaaacaagtgaggggacttctccttactgc
cctatcaatttcaatatcgtccacacgtgaatcttagttcttccatgtgt
gcacatacatgtgcttctgggggttgaattctgggtctcacacatgttaa
gcactttctttaagactcagctataactcaagccccaacctggttgctaa
tggcaaagattcctagagagccgcagagtacaaagggacatttgtcttca
gtgactcatgtgacagaggctagggaagtgacctgaatggagaatgcaca
ggggtcaaacacccaccactgaccactgcccaggtggctcctcagcctgc
ctttccacaacctttcaatactttaaggaccatggtcaagctcagaccct
ccccgccctccgcaagctgttgtgtgactgtgggcccggaaagggtcacc
gggttgagaaagcatagggctccaccccatctcctcactcagcccttgga
gtctcacgctctgagccttcttgcccttaaacctcacttcttcggtttct
cccgctctcccaaatgccacctcatttttattgtttctccgaccgaaatc
attaacctattaaaagtgggtggtcaaccacactattcaggaacaagagc
aacgagaaactctcccacagcctgtgcagctcggaacctgttc
gaattctaggctggaaccagcactgggtgtcagcacagggcacaggagat
tgtggcctgccctctgggagctgctgctttagtgtggggacagagatgcc
caggtatatgtacagcacaaaggcatctaaacgttggagaagaaaatatg
tggcatagagggtgttgactctgcaggtgagccagatggggattgaaagc
tgagcatggagcacagcagaaaggaggactctgtagatagtggcaaaaat
ctcaggctctgctgactcaagtttacatggtgtagtaaccagtgctcctt
agctaaactctacatactcagcttccaacttgcacacacatcccccactt
tggacattttcaggaacttaaatcctaaagctggagtggtggtgctatgg
agtggtggtgctatggcaggagagggtcctttgaactgaggagttttaag
actagcctgggcagttcagcgaggccctgtttcataaaactagaataccg
aagaaatccttcatttgtaaatattttgctttctttcctgaaaataaggt
taaatcatatggtacaataaatttataataccaaagattaacctagttta
tcttgagaaacttgagaatacgttagacaagcattcatttctcctttgat
cttcccttgggctacctgtaaaggcagaggaggctaccatgccagactac
agaggccgtgactcctgctgtgcatgcctggtgcagttctgctgtgattt
tcccatgagccccttctgtgggtgatgaaaggtagagcagtgctcagaca
gagctccgaagctccgaggttcctagggcggctctgcagtcgcagcatga
ggtagccagtgagcggtcttccttggagcactccgctcaccaacacaagg
aaacagaaagccagtatgtgtggaagaaattttcactaacattttttcct
caaatgttgacacttgctttcatttagttgctggcctaaagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_118599644_118600820
seq2: B6Ng01-202K09.b_46_1238 (reverse)

seq1  GAACA-GTTCCGAGCTGCA-GGCCTGTGGG-GAG-TTCTCGTTGCTC-TG  45
      ||||| |||||||||||||  | ||||||| ||| |||||||||||| ||
seq2  GAACAGGTTCCGAGCTGCACAGGCTGTGGGAGAGTTTCTCGTTGCTCTTG  50

seq1  TTCCTG-ATGTGGTGGTGGAC--ACCACTTTT-ATAG--TTATGATTTCG  89
      |||||| ||   ||||| |||   |||||||| ||||  | |||||||||
seq2  TTCCTGAATAGTGTGGTTGACCACCCACTTTTAATAGGTTAATGATTTCG  100

seq1  GTTCTGTAGAA--CATTAAAATGA-GTGGCATTTGGGAGAGC-GGAGAAA  135
      ||   | ||||   || ||||||| ||||||||||||||||| |||||||
seq2  GT--CGGAGAAACAATAAAAATGAGGTGGCATTTGGGAGAGCGGGAGAAA  148

seq1  CCG-AGAAGTGA-GTTTAAGGGCAAGAAGGCTCAGAGCGTGAGACTCC-A  182
      ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CCGAAGAAGTGAGGTTTAAGGGCAAGAAGGCTCAGAGCGTGAGACTCCAA  198

seq1  GGGCTGAGTGAGGAGATGGGGTGGAGCCCCTATGCTTTCTCAA-CCGGTG  231
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  GGGCTGAGTGAGGAGATGGGGTGGAG-CCCTATGCTTTCTCAACCCGGTG  247

seq1  ACCCTTTCCGGGGCCACAGTCACACAACAGCTTTTCACAGACCACTAGGG  281
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||      | |    ||||
seq2  ACCCTTTCCGGGCCCACAGTCACACAACAGCTTGCGGAGGGCGGGGAGGG  297

seq1  TCTGAGCTTGACCATGGTCCTTAAAGTATTGAAAGGTTGTGGAAAGGCAG  331
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGCTTGACCATGGTCCTTAAAGTATTGAAAGGTTGTGGAAAGGCAG  347

seq1  GCTGAGGAGCCACCTGGGCAGTGGTCAGTGGTGGGTGTTTGACCCCTGTG  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGGAGCCACCTGGGCAGTGGTCAGTGGTGGGTGTTTGACCCCTGTG  397

seq1  CATTCTCCATTCAGGTCACTTCCCTAGCCTCTGTCACATGAGTCACTGAA  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTCCATTCAGGTCACTTCCCTAGCCTCTGTCACATGAGTCACTGAA  447

seq1  GACAAATGTCCCTTTGTACTCTGCGGCTCTCTAGGAATCTTTGCCATTAG  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAATGTCCCTTTGTACTCTGCGGCTCTCTAGGAATCTTTGCCATTAG  497

seq1  CAACCAGGTTGGGGCTTGAGTTATAGCTGAGTCTTAAAGAAAGTGCTTAA  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAGGTTGGGGCTTGAGTTATAGCTGAGTCTTAAAGAAAGTGCTTAA  547

seq1  CATGTGTGAGACCCAGAATTCAACCCCCAGAAGCACATGTATGTGCACAC  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTGAGACCCAGAATTCAACCCCCAGAAGCACATGTATGTGCACAC  597

seq1  ATGGAAGAACTAAGATTCACGTGTGGACGATATTGAAATTGATAGGGCAG  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAGAACTAAGATTCACGTGTGGACGATATTGAAATTGATAGGGCAG  647

seq1  TAAGGAGAAGTCCCCTCACTTGTTTTTGTAAGATGCTGCCCTCCGGGGAC  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGAGAAGTCCCCTCACTTGTTTTTGTAAGATGCTGCCCTCCGGGGAC  697

seq1  AACCACCATCACTTCATCTGAATAGCAGGAACTACTCAAGGCCCCTGAGA  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACCATCACTTCATCTGAATAGCAGGAACTACTCAAGGCCCCTGAGA  747

seq1  TGAGGTTGTTGTCTGTTCCCTCATAGAAGGAAGAAGAGGGAAGTCACTGG  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTTGTTGTCTGTTCCCTCATAGAAGGAAGAAGAGGGAAGTCACTGG  797

seq1  ACTCACCTGAGACTCCAGCCATTTGCGTCCATACCTCTTAGCCATTTGTA  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACCTGAGACTCCAGCCATTTGCGTCCATACCTCTTAGCCATTTGTA  847

seq1  TGTCATTCTGCCCTAATTGCGCTTGGCCTCACAGTCTCTGGCACGCTGGA  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATTCTGCCCTAATTGCGCTTGGCCTCACAGTCTCTGGCACGCTGGA  897

seq1  GTGGCCGTGGGAGGTCACTGGAGAGGTGAGGACCATGCAGCTGTGGGGAA  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCGTGGGAGGTCACTGGAGAGGTGAGGACCATGCAGCTGTGGGGAA  947

seq1  GTTGTCATCTATGCTGGGGTGACACTTTCCAGAGTGGCTGTTCTGGGATC  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTCATCTATGCTGGGGTGACACTTTCCAGAGTGGCTGTTCTGGGATC  997

seq1  ACCCACACTCCTGCAAGAACCATTCTTTCATGCTCTGTAAGTTAGCCCAA  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACACTCCTGCAAGAACCATTCTTTCATGCTCTGTAAGTTAGCCCAA  1047

seq1  CAATCCTCCTGGTTCCCTGTTGGGAATTGGTTCTCTCCCCAAGCTGGACT  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCTCCTGGTTCCCTGTTGGGAATTGGTTCTCTCCCCAAGCTGGACT  1097

seq1  TTAGGGGATCATAGTTTGTTCTGGACTTTGCTTGGCCCTTGAACCCCTCT  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGGGATCATAGTTTGTTCTGGACTTTGCTTGGCCCTTGAACCCCTCT  1147

seq1  AGAAAAGGGGTAGGCTTTCATTTACATCCCTTTAGGGAATGAATTC  1177
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGGGGTAGGCTTTCATTTACATCCCTTTAGGGAATGAATTC  1193

seq1: chr9_118430193_118431185
seq2: B6Ng01-202K09.g_65_1057

seq1  GAATTCTAGGCTGGAACCAGCACTGGGTGTCAGCACAGGGCACAGGAGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGCTGGAACCAGCACTGGGTGTCAGCACAGGGCACAGGAGAT  50

seq1  TGTGGCCTGCCCTCTGGGAGCTGCTGCTTTAGTGTGGGGACAGAGATGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCCTGCCCTCTGGGAGCTGCTGCTTTAGTGTGGGGACAGAGATGCC  100

seq1  CAGGTATATGTACAGCACAAAGGCATCTAAACGTTGGAGAAGAAAATATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTATATGTACAGCACAAAGGCATCTAAACGTTGGAGAAGAAAATATG  150

seq1  TGGCATAGAGGGTGTTGACTCTGCAGGTGAGCCAGATGGGGATTGAAAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATAGAGGGTGTTGACTCTGCAGGTGAGCCAGATGGGGATTGAAAGC  200

seq1  TGAGCATGGAGCACAGCAGAAAGGAGGACTCTGTAGATAGTGGCAAAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCATGGAGCACAGCAGAAAGGAGGACTCTGTAGATAGTGGCAAAAAT  250

seq1  CTCAGGCTCTGCTGACTCAAGTTTACATGGTGTAGTAACCAGTGCTCCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGCTCTGCTGACTCAAGTTTACATGGTGTAGTAACCAGTGCTCCTT  300

seq1  AGCTAAACTCTACATACTCAGCTTCCAACTTGCACACACATCCCCCACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAACTCTACATACTCAGCTTCCAACTTGCACACACATCCCCCACTT  350

seq1  TGGACATTTTCAGGAACTTAAATCCTAAAGCTGGAGTGGTGGTGCTATGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACATTTTCAGGAACTTAAATCCTAAAGCTGGAGTGGTGGTGCTATGG  400

seq1  AGTGGTGGTGCTATGGCAGGAGAGGGTCCTTTGAACTGAGGAGTTTTAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTGGTGCTATGGCAGGAGAGGGTCCTTTGAACTGAGGAGTTTTAAG  450

seq1  ACTAGCCTGGGCAGTTCAGCGAGGCCCTGTTTCATAAAACTAGAATACCG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGCCTGGGCAGTTCAGCGAGGCCCTGTTTCATAAAACTAGAATACCG  500

seq1  AAGAAATCCTTCATTTGTAAATATTTTGCTTTCTTTCCTGAAAATAAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATCCTTCATTTGTAAATATTTTGCTTTCTTTCCTGAAAATAAGGT  550

seq1  TAAATCATATGGTACAATAAATTTATAATACCAAAGATTAACCTAGTTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCATATGGTACAATAAATTTATAATACCAAAGATTAACCTAGTTTA  600

seq1  TCTTGAGAAACTTGAGAATACGTTAGACAAGCATTCATTTCTCCTTTGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAGAAACTTGAGAATACGTTAGACAAGCATTCATTTCTCCTTTGAT  650

seq1  CTTCCCTTGGGCTACCTGTAAAGGCAGAGGAGGCTACCATGCCAGACTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCTTGGGCTACCTGTAAAGGCAGAGGAGGCTACCATGCCAGACTAC  700

seq1  AGAGGCCGTGACTCCTGCTGTGCATGCCTGGTGCAGTTCTGCTGTGATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCCGTGACTCCTGCTGTGCATGCCTGGTGCAGTTCTGCTGTGATTT  750

seq1  TCCCATGAGCCCCTTCTGTGGGTGATGAAAGGTAGAGCAGTGCTCAGGAC  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCCCATGAGCCCCTTCTGTGGGTGATGAAAGGTAGAGCAGTGCTCA-GAC  799

seq1  AGAGCTCCGAAGCTCCGAGGTTCCTAGGGCGGCTCTGCAGTCGCAGCAGG  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGAGCTCCGAAGCTCCGAGGTTCCTAGGGCGGCTCTGCAGTCGCAGCATG  849

seq1  AGGTAGCCAGTGAGCGGTCTTCCTTGGAGCACTCCGCTCACCAACACAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGCCAGTGAGCGGTCTTCCTTGGAGCACTCCGCTCACCAACACAAG  899

seq1  GAAACAGAAAGCCAGTATGTGTGGAAGAAATTTTCACTAACATTTTT--C  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |
seq2  GAAACAGAAAGCCAGTATGTGTGGAAGAAATTTTCACTAACATTTTTTCC  949

seq1  TCAAAATGTTGACAC-TGGTTTCATTTAAGTTGCTGGCTTAAAGTG  993
      || |||||||||||| || |||||||| |||||||||| |||||||
seq2  TC-AAATGTTGACACTTGCTTTCATTT-AGTTGCTGGCCTAAAGTG  993