BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-203O11
Chromosome9 (Build37)
Map Location 20,409,876 - 20,567,757
singlet/doubletdoublet
Overlap gene5730577I03Rik, Fbxl12, Ubl5, Pin1, Olfm2
Upstream geneZfp75, EG624341, LOC665751, Olfr857, Olfr858-ps1, Olfr58, Olfr859, Olfr860, GA_x5J8B7W6RL5-13004417-13003354, Olfr862, Olfr77, EG665823, Olfr863-ps1, Olfr864-ps1, Olfr865-ps1, Olfr866, Olfr867, Olfr868, Olfr869, Olfr870, Olfr871, Olfr872, Olfr39, Olfr873, Olfr18, Zfp560, 4921534A09Rik, EG624824, Zfp26, Zfp426, 5730601F06Rik, 7030419G21Rik, LOC100041205, 2210010B09Rik
Downstream geneCol5a3, Rdh8, A230050P20Rik, Angptl6, Ppan, Eif3s4, Dnmt1, Edg5, Mrpl4, Icam1, Icam4, Icam5, Glp1, B230118G17Rik, Raver1, Tyk2, Cdc37, Pde4a, Keap1, Edg8, Atg4d, BC021438, Cdkn2d, Ap1m2, Slc44a2, Ilf3, Qtrt1, Dnm2, Tmed1, AB124611, Carm1, Yipf2, 1810026J23Rik, EG666043, Smarca4, Ldlr, Spc24
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-203O11.bB6Ng01-203O11.g
ACCGA023995GA023996
length1,1401,061
definitionB6Ng01-203O11.b B6Ng01-203O11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,409,876 - 20,411,023)(20,566,698 - 20,567,757)
sequence
gaattcctttatatgtgtgggtatttccctatatgtatgtgtgtgtacca
catgaatgcctgatgcctgtggaggtcagaagagggcacaggattcccta
ggactggaggtgcagatagttgtaagccatcgtgtaggtactagaaatgg
aacccaggtcctctgggagagcagccatctctccaacccctcatgagaat
tcttgataaaatgtgttggtaaatcagtgttaaaaaataattttttgaag
ccggagagatgacttggcagttaagagtggatggttttgcagaaaatcag
agtttagttcccagcacccacacagtggcttacaaccatctgtaattcca
gttccagggaatcttatgccctcttctggcctctctggatatgtgtacac
tgcacatacttatgtataggtaaaattccacaaaattatacaaaagttaa
ctgctaagaaccctaacacatgaggatgtattaagactggagcaatggct
cagcagttcttccagaggacctaggtttaactcccaccacccatatactg
gctaacaaaccatctttaactccagttctatggaatctgaaacctttttt
gtcctcagtaggtacacagtacacagttggtacacagacttacatgcaga
caatacacacacacacacacacacacactcacaaagaatcttaacaaatg
tgaataaatctgtagtttttaattaataaataaagaatgtcagatgtcaa
tgccattttacaagctacaggaggcgctgaatcatttggtaagaacctag
aaacaaaaacattgatatttgaaaacaaaatatgttcacagggctggtga
gatggctcagtgggccaaggtacttgccaccaagtgacaacctcagttgg
atttctaaagccagcaaggtgaaagaggagaacaggttcccacaggttgc
cttcttggttctccatatatatctcccttatgagacaggatctcacagtg
tagcactgctgccgtgaagtcacagagacccacctgtctctgctatcaag
tgctagcatgaaaggccagtgcaccacatcaagtgtacaatgttatgtct
tcaaacttaattcatgagagctacatgtataagctcaata
gaattctggaacttggtggccagccagcctagcctacttggcagtctcca
ggccgatgaaagaccctgacacagagagcaagatggatgattgaggaatg
accatggaggttgtcctccagccttcacatgaaggtgcatgtgaatccat
gagctacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacttaaacctgccagcacacaagaagaaatacagttatc
tcattgggcccaactcttcagctccattctctttgagagcctcatgtagt
ccaggctaacgtcttacttggtgaggaccctcctgcctctacctcccaag
tgctgggatgacagctatgtatttccatgattttctgatcttccttggtt
ttgctgttcaatcccaatctcttctcggctttgtgcagtgctaaagacag
gctccttgagtttgtgcatgctaggcaagcgctctacccagcgagccagg
tctgcactcctggggcccagggtctgagggcagatcttccttggttttgc
agtcccacctcacataccccaaggcttgccttttggatagaagggatgat
tagtatatagcttaatgaggatgctttaatcagccaggagcttgttaatg
aatgagcaactcaaccctgtaaatttcaggttaattgacaaaggtgtgag
gagggaattccattctgagatcggctcagcttttactggcgtcattgcca
gcactctggtggctgttgggagagcccccagctgattttgcatattcagc
agctctaattaattgttttgtttcctctgaatctactgatagcccttgtt
cccagctgaggtgcagaggccaacaaggggctgccctgggctgcataggg
agccatttgtgggggatgaccagcaggggttgtgcacctgggcatgcaga
agctgcagcacttcaggcacacacgttgacccatagggagctgggacaca
ttcaacttgtcattgtgcagctgtctgtctgtccatccactcatcgttca
tcaatctgtct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_20409876_20411023
seq2: B6Ng01-203O11.b_45_1184

seq1  GAATTCCTTTATATGTGTGGGTATTTCCCTATATGTATGTGTGTGTACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTATATGTGTGGGTATTTCCCTATATGTATGTGTGTGTACCA  50

seq1  CATGAATGCCTGATGCCTGTGGAGGTCAGAAGAGGGCACAGGATTCCCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAATGCCTGATGCCTGTGGAGGTCAGAAGAGGGCACAGGATTCCCTA  100

seq1  GGACTGGAGGTGCAGATAGTTGTAAGCCATCGTGTAGGTACTAGAAATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGGAGGTGCAGATAGTTGTAAGCCATCGTGTAGGTACTAGAAATGG  150

seq1  AACCCAGGTCCTCTGGGAGAGCAGCCATCTCTCCAACCCCTCATGAGAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAGGTCCTCTGGGAGAGCAGCCATCTCTCCAACCCCTCATGAGAAT  200

seq1  TCTTGATAAAATGTGTTGGTAAATCAGTGTTAAAAAATAATTTTTTGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGATAAAATGTGTTGGTAAATCAGTGTTAAAAAATAATTTTTTGAAG  250

seq1  CCGGAGAGATGACTTGGCAGTTAAGAGTGGATGGTTTTGCAGAAAATCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGAGAGATGACTTGGCAGTTAAGAGTGGATGGTTTTGCAGAAAATCAG  300

seq1  AGTTTAGTTCCCAGCACCCACACAGTGGCTTACAACCATCTGTAATTCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAGTTCCCAGCACCCACACAGTGGCTTACAACCATCTGTAATTCCA  350

seq1  GTTCCAGGGAATCTTATGCCCTCTTCTGGCCTCTCTGGATATGTGTACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCAGGGAATCTTATGCCCTCTTCTGGCCTCTCTGGATATGTGTACAC  400

seq1  TGCACATACTTATGTATAGGTAAAATTCCACAAAATTATACAAAAGTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACATACTTATGTATAGGTAAAATTCCACAAAATTATACAAAAGTTAA  450

seq1  CTGCTAAGAACCCTAACACATGAGGATGTATTAAGACTGGAGCAATGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAAGAACCCTAACACATGAGGATGTATTAAGACTGGAGCAATGGCT  500

seq1  CAGCAGTTCTTCCAGAGGACCTAGGTTTAACTCCCACCACCCATATACTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGTTCTTCCAGAGGACCTAGGTTTAACTCCCACCACCCATATACTG  550

seq1  GCTAACAAACCATCTTTAACTCCAGTTCTATGGAATCTGAAACCTTTTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACAAACCATCTTTAACTCCAGTTCTATGGAATCTGAAACCTTTTTT  600

seq1  GTCCTCAGTAGGTACACAGTACACAGTTGGTACACAGACTTACATGCAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCAGTAGGTACACAGTACACAGTTGGTACACAGACTTACATGCAGA  650

seq1  CAATACACACACACACACACACACACACTCACAAAGAATCTTAACAAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACACACACACACACACACACACACTCACAAAGAATCTTAACAAATG  700

seq1  TGAATAAATCTGTAGTTTTTAATTAATAAATAAAGAATGTCAGATGTCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAAATCTGTAGTTTTTAATTAATAAATAAAGAATGTCAGATGTCAA  750

seq1  TGCCATTTTACAAGCTACAGGAGGCGCTGAATCATTTGGTAAGAACCTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATTTTACAAGCTACAGGAGGCGCTGAATCATTTGGTAAGAACCTAG  800

seq1  AAACAAAAACATTGATATTTGAAAACAAAATATGTTCACAGGGCTGGTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAAACATTGATATTTGAAAACAAAATATGTTCACAGGGCTGGTGA  850

seq1  GATGGCTCAGTGGGCCAAGGTACTTGCCACCAAGTGACAACCTCAGTTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCTCAGTGGGCCAAGGTACTTGCCACCAAGTGACAACCTCAGTTGG  900

seq1  ATTTCTAAAGCCAGCAAGGTGAAAGAGGAGAACAGGTTCCCACAGGTTGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTAAAGCCAGCAAGGTGAAAGAGGAGAACAGGTTCCCACAGGTTGC  950

seq1  CTTCT--GGTCTCCATATATATCTCCCTTATTGGAGACAGGATCTCACAG  998
      |||||  | ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||
seq2  CTTCTTGGTTCTCCATATATATCTCCCTTAT--GAGACAGGATCTCACAG  998

seq1  TGTAGCACTGCCTGGCCGTGAAGTCACAGAGACCCACCTGTCTCTGCTTA  1048
      |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGTAGCACTGC--TGCCGTGAAGTCACAGAGACCCACCTGTCTCTGC-TA  1045

seq1  TCAAGTGCTAGCATGAAAGGCCAGTGCCACCACATCCAAAGTGTACATTG  1098
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| ||
seq2  TCAAGTGCTAGCATGAAAGGCCAGTG-CACCACATC--AAGTGTACAATG  1092

seq1  TTTTAATGTC-TCAAAATTATATCATTGAGAGCTACATGTAT-AGCTCAA  1146
      ||   ||||| ||||| |||  ||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  TT---ATGTCTTCAAACTTAATTCA-TGAGAGCTACATGTATAAGCTCAA  1138

seq1  TA  1148
      ||
seq2  TA  1140

seq1: chr9_20566698_20567757
seq2: B6Ng01-203O11.g_66_1126 (reverse)

seq1  AGACAGATGGATGGACGAATGAGTGGATGGACAGACAGACAGGCTGCAAC  50
      |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||
seq2  AGACAGATTGATGAACG-ATGAGTGGATGGACAGACAGACA-GCTGC-AC  47

seq1  AATGACAAGTTGAATGTGTCCCAGCTCCCTATGTGTCAACGTGTGTGCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AATGACAAGTTGAATGTGTCCCAGCTCCCTATGGGTCAACGTGTGTGCCT  97

seq1  GAAGTGCTGCAGC-TCTGCATGCCCAGGTGCACAACCCCTGCTGGTCAT-  148
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GAAGTGCTGCAGCTTCTGCATGCCCAGGTGCACAACCCCTGCTGGTCATC  147

seq1  CCCCACAAATGGCTCCCTATGCAGCCCA-GGCAGCCCCTTGTTGGCCTCT  197
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACAAATGGCTCCCTATGCAGCCCAGGGCAGCCCCTTGTTGGCCTCT  197

seq1  GCACCTCAGCTGGGAACAAGGGCTATCAGTAGATTCAGAGGAAACAAAAC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTCAGCTGGGAACAAGGGCTATCAGTAGATTCAGAGGAAACAAAAC  247

seq1  AATTAATTAGAGCTGCTGAATATGC-AAATCAGCTGGGGGCTCTCCCAAC  296
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAATTAGAGCTGCTGAATATGCAAAATCAGCTGGGGGCTCTCCCAAC  297

seq1  AGCCACCAGAGTGCTGGCAATGACGCCAGTAAAAGCTGAGCCGATCTCAG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACCAGAGTGCTGGCAATGACGCCAGTAAAAGCTGAGCCGATCTCAG  347

seq1  AATGGAATTCCCTCCTCACACCTTTGTCAATTAACCTGAAATTTACAGGG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAATTCCCTCCTCACACCTTTGTCAATTAACCTGAAATTTACAGGG  397

seq1  TTGAGTTGCTCATTCATTAACAAGCTCCTGGCTGATTAAAGCATCCTCAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTTGCTCATTCATTAACAAGCTCCTGGCTGATTAAAGCATCCTCAT  447

seq1  TAAGCTATATACTAATCATCCCTTCTATCCAAAAGGCAAGCCTTGGGGTA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTATATACTAATCATCCCTTCTATCCAAAAGGCAAGCCTTGGGGTA  497

seq1  TGTGAGGTGGGACTGCAAAACCAAGGAAGATCTGCCCTCAGACCCTGGGC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGGTGGGACTGCAAAACCAAGGAAGATCTGCCCTCAGACCCTGGGC  547

seq1  CCCAGGAGTGCAGACCTGGCTCGCTGGGTAGAGCGCTTGCCTAGCATGCA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGAGTGCAGACCTGGCTCGCTGGGTAGAGCGCTTGCCTAGCATGCA  597

seq1  CAAACTCAAGGAGCCTGTCTTTAGCACTGCACAAAGCCGAGAAGAGATTG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTCAAGGAGCCTGTCTTTAGCACTGCACAAAGCCGAGAAGAGATTG  647

seq1  GGATTGAACAGCAAAACCAAGGAAGATCAGAAAATCATGGAAATACATAG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGAACAGCAAAACCAAGGAAGATCAGAAAATCATGGAAATACATAG  697

seq1  CTGTCATCCCAGCACTTGGGAGGTAGAGGCAGGAGGGTCCTCACCAAGTA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCATCCCAGCACTTGGGAGGTAGAGGCAGGAGGGTCCTCACCAAGTA  747

seq1  AGACGTTAGCCTGGACTACATGAGGCTCTCAAAGAGAATGGAGCTGAAGA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGTTAGCCTGGACTACATGAGGCTCTCAAAGAGAATGGAGCTGAAGA  797

seq1  GTTGGGCCCAATGAGATAACTGTATTTCTTCTTGTGTGCTGGCAGGTTTA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGCCCAATGAGATAACTGTATTTCTTCTTGTGTGCTGGCAGGTTTA  847

seq1  AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  897

seq1  TGTGTGTGTAGCTCATGGATTCACATGCACCTTCATGTGAAGGCTGGAGG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTAGCTCATGGATTCACATGCACCTTCATGTGAAGGCTGGAGG  947

seq1  ACAACCTCCATGGTCATTCCTCAATCATCCATCTTGCTCTCTGTGTCAGG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCTCCATGGTCATTCCTCAATCATCCATCTTGCTCTCTGTGTCAGG  997

seq1  GTCTTTCATCGGCCTGGAGACTGCCAAGTAGGCTAGGCTGGCTGGCCACC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTCATCGGCCTGGAGACTGCCAAGTAGGCTAGGCTGGCTGGCCACC  1047

seq1  AAGTTCCAGAATTC  1060
      ||||||||||||||
seq2  AAGTTCCAGAATTC  1061