BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-209I19
Chromosome9 (Build37)
Map Location 72,067,684 - 72,185,514
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSuhw4
Upstream geneAldh1a2, Grinl1a, AA407270, LOC547043, LOC100040537, Cgnl1, Tcf12, EG666001, LOC665959, EG665964, LOC665970
Downstream geneLOC100041760, Mns1, LOC666007, Tex9, 4930509E16Rik, Rfxdc2, Nedd4, EG639396, Prtg, LOC100040694, Pygo1, Dyx1c1, EG546143, Ccpg1, LOC100041896, Pigb, Rab27a, 2410004A20Rik, BC003885, EG436081
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-209I19.bB6Ng01-209I19.g
ACCGA028138GA028139
length1,0481,158
definitionB6Ng01-209I19.b B6Ng01-209I19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,184,463 - 72,185,514)(72,067,684 - 72,068,820)
sequence
gaattctttagaatctctttaataaattattttgcttatggttaaaaaaa
ttatcatgcaatgtaagcactgttacagtcagtttaacaacaaaatatgc
atgtttgaagatgggaaatagccagccatgggggcacaagcctttaattc
cagcactcaagagacagaggcaggtggatctgaattcaaggtcagtgtgg
tcttcattgcaagttccaggacagccatcactacacagagaaaccctgcc
ttagaaaacaaacaaacaaaaaatttaaagtaaaaaaatatgaagctagg
ggcaggagagatagcttagcaagagtactggttgctcttctggaggatcc
agattcaatacctaacactcatatggaggctcacaaccatctataaaacc
agtttcaaaggtgcagacaccatcttccggtatctgcaagcatgaggcat
gaaacatggtacatatatggaatgtgtgaaggtaaaacacccatacacat
aataaagtactaatatttttggatgtaaaagtaggctatctcatactatc
tcccctgaaactctactatattgtgtattttcatctacaggctatactaa
taaaacaaactaaaagttcccaaattagtatcctctcagctcatcttttt
taatgccatttcacctgattttgaggctccaactagtctgattctcttct
ttcttaaaacagttgctgttaagcacttcacaatatcatagtagagcagt
aagtctttgtatagctggtttcagacatcattatcttatctaaattgtac
aataattaaaagtagatgctataattagcatccctttagctagaattagc
ttaattattctacttaagacaaagcttgtaaaatcagaattaggtatgag
ataatcccatgttcagtgtattaattcaagttcttacagattagtcctaa
ctacctgacagtttcgagctatgcagctgattcacctacaactcagccag
ggctatacgagaaaccctgcctcaaaaaaacacaaacaagaccaaaaa
gaattcctaatttggcatgctctcagacaaacagaaggaaccctctctaa
gttcgaggcaattaagaaagccgctaacagattttatgaagactgctgtt
tcaagtatgaagttctgagtgatcaggcgtgaaagcctaggaggtttctg
aaactagttttcaaagccttgcggcaaagcatcccggcagagtcctgtgg
aaatatgagcggggtaagactcagcagaaggtggcaggtagcccagagcg
gcattgaagaaagtcagcagctgcacaggacaaggacccttcctagccac
tcctagcccaggggactcacgggtctcccacaaacagaaccacagggccc
gcttactcagttacgagtagatactgcactcgtggtttcacgtatggaca
gctcaagaatatacagtaggaaaccctactgtttattcgggtcctgtcta
gacacgtccagagacaactaacgctaccaaaatcttatacacccttcagt
gcaatactcatgaatatgtgcttactttatgctacgctctatacatgcta
gcttgtttttcactaaacgatatttggaacttattattattatttagcag
ttaagaaaagaaaaggtgggctgaaggaagggctccatggttaagagcag
tatctgttcttccacaggacccgtgttcagttctcagcacccacatggca
gctcacaactgtctgtaactccagctccaggggatccgacaccctcccac
agtcatgcatgcaagcaaaactatgcacataagataaaattaattatttt
tataaaagaaagaaaggaagggaaattatccccattccttagcagatgag
tggctatgtgataatttatttaacccaggctgatattaatagatatttaa
gtgatttctaagctttggcttttatatacagtgcttcaaagactggctct
ctacctccacacagtttgcaacatattttttaaattagttccactggatt
aaatttcctagagtaaaaattaccaaatgcaagagtggtgtgctcacaac
tttgactggatgaaccacaccttcaagatctcctttgccttaccacagtg
cccaccggaggcttgggcattcttatcctacatgcttgggcttgagggtt
ggatttgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_72184463_72185514
seq2: B6Ng01-209I19.b_40_1087 (reverse)

seq1  TTTTTGGTTTTGTTTTTGTTTTTTTGAGGCAGGGTTTCTCTGTATAGCCC  50
      |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTTTTGGTCTTGTTTGTGTTTTTTTGAGGCAGGGTTTCTC-GTATAGCCC  49

seq1  TGGCTGAGTTGTAGGTGAATCAGCTGCATAGCTTGAAACTGTCAGGTAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TGGCTGAGTTGTAGGTGAATCAGCTGCATAGCTCGAAACTGTCAGGTAGT  99

seq1  TAGGACTAATCTTGTAAGAACTTGAATTAATACACTGAACATGGGATTTA  150
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TAGGACTAATC-TGTAAGAACTTGAATTAATACACTGAACATGGGA-TTA  147

seq1  TTTCATACCTAATTCTGATTTTTACAAGCTTTGTCTTAAGTAGAATAATT  200
      | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATACCTAATTCTGA-TTTTACAAGCTTTGTCTTAAGTAGAATAATT  196

seq1  AAGCTAATTCTAGCTAAAGGGATGCTAATTATAGCATCTACTTTTAATTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTAATTCTAGCTAAAGGGATGCTAATTATAGCATCTACTTTTAATTA  246

seq1  TTGTACAATTTAGATAAGATAATGATGTCTGAAACCAGCTATACAAAGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACAATTTAGATAAGATAATGATGTCTGAAACCAGCTATACAAAGAC  296

seq1  TTACTGCTTTACTATGATATTGTGAAGTGCTTAACAGCAACTGTTTTAAG  350
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGCTCTACTATGATATTGTGAAGTGCTTAACAGCAACTGTTTTAAG  346

seq1  AAAGAAGAGAATCAGACTAGTTGGAGCCTCAAAATCAGGTGAAATGGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAGAGAATCAGACTAGTTGGAGCCTCAAAATCAGGTGAAATGGCAT  396

seq1  TAAAAAAGATGAGCTGAGAGGATACTAATTTGGGAACTTTTAGTTTGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAGATGAGCTGAGAGGATACTAATTTGGGAACTTTTAGTTTGTTT  446

seq1  TATTAGTATAGCCTGTAGATGAAAATACACAATATAGTAGAGTTTCAGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGTATAGCCTGTAGATGAAAATACACAATATAGTAGAGTTTCAGGG  496

seq1  GAGATAGTATGAGATAGCCTACTTTTACATCCAAAAATATTAGTACTTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAGTATGAGATAGCCTACTTTTACATCCAAAAATATTAGTACTTTA  546

seq1  TTATGTGTATGGGTGTTTTACCTTCACACATTCCATATATGTACCATGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTGTATGGGTGTTTTACCTTCACACATTCCATATATGTACCATGTT  596

seq1  TCATGCCTCATGCTTGCAGATACCGGAAGATGGTGTCTGCACCTTTGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCCTCATGCTTGCAGATACCGGAAGATGGTGTCTGCACCTTTGAAA  646

seq1  CTGGTTTTATAGATGGTTGTGAGCCTCCATATGAGTGTTAGGTATTGAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTTTATAGATGGTTGTGAGCCTCCATATGAGTGTTAGGTATTGAAT  696

seq1  CTGGATCCTCCAGAAGAGCAACCAGTACTCTTGCTAAGCTATCTCTCCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATCCTCCAGAAGAGCAACCAGTACTCTTGCTAAGCTATCTCTCCTG  746

seq1  CCCCTAGCTTCATATTTTTTTACTTTAAATTTTTTGTTTGTTTGTTTTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTAGCTTCATATTTTTTTACTTTAAATTTTTTGTTTGTTTGTTTTCT  796

seq1  AAGGCAGGGTTTCTCTGTGTAGTGATGGCTGTCCTGGAACTTGCAATGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAGGGTTTCTCTGTGTAGTGATGGCTGTCCTGGAACTTGCAATGAA  846

seq1  GACCACACTGACCTTGAATTCAGATCCACCTGCCTCTGTCTCTTGAGTGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACACTGACCTTGAATTCAGATCCACCTGCCTCTGTCTCTTGAGTGC  896

seq1  TGGAATTAAAGGCTTGTGCCCCCATGGCTGGCTATTTCCCATCTTCAAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATTAAAGGCTTGTGCCCCCATGGCTGGCTATTTCCCATCTTCAAAC  946

seq1  ATGCATATTTTGTTGTTAAACTGACTGTAACAGTGCTTACATTGCATGAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATATTTTGTTGTTAAACTGACTGTAACAGTGCTTACATTGCATGAT  996

seq1  AATTTTTTTAACCATAAGCAAAATAATTTATTAAAGAGATTCTAAAGAAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTTTAACCATAAGCAAAATAATTTATTAAAGAGATTCTAAAGAAT  1046

seq1  TC  1052
      ||
seq2  TC  1048

seq1: chr9_72067684_72068820
seq2: B6Ng01-209I19.g_65_1222

seq1  GAATTCCTAATTTGGCATGCTCTCAGACAAACAGAAGGAACCCTCTCTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAATTTGGCATGCTCTCAGACAAACAGAAGGAACCCTCTCTAA  50

seq1  GTTCGAGGCAATTAAGAAAGCCGCTAACAGATTTTATGAAGACTGCTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCGAGGCAATTAAGAAAGCCGCTAACAGATTTTATGAAGACTGCTGTT  100

seq1  TCAAGTATGAAGTTCTGAGTGATCAGGCGTGAAAGCCTAGGAGGTTTCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTATGAAGTTCTGAGTGATCAGGCGTGAAAGCCTAGGAGGTTTCTG  150

seq1  AAACTAGTTTTCAAAGCCTTGCGGCAAAGCATCCCGGCAGAGTCCTGTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAGTTTTCAAAGCCTTGCGGCAAAGCATCCCGGCAGAGTCCTGTGG  200

seq1  AAATATGAGCGGGGTAAGACTCAGCAGAAGGTGGCAGGTAGCCCAGAGCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGAGCGGGGTAAGACTCAGCAGAAGGTGGCAGGTAGCCCAGAGCG  250

seq1  GCATTGAAGAAAGTCAGCAGCTGCACAGGACAAGGACCCTTCCTAGCCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGAAGAAAGTCAGCAGCTGCACAGGACAAGGACCCTTCCTAGCCAC  300

seq1  TCCTAGCCCAGGGGACTCACGGGTCTCCCACAAACAGAACCACAGGGCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGCCCAGGGGACTCACGGGTCTCCCACAAACAGAACCACAGGGCCC  350

seq1  GCTTACTCAGTTACGAGTAGATACTGCACTCGTGGTTTCACGTATGGACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTACTCAGTTACGAGTAGATACTGCACTCGTGGTTTCACGTATGGACA  400

seq1  GCTCAAGAATATACAGTAGGAAACCCTACTGTTTATTCGGGTCCTGTCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAAGAATATACAGTAGGAAACCCTACTGTTTATTCGGGTCCTGTCTA  450

seq1  GACACGTCCAGAGACAACTAACGCTACCAAAATCTTATACACCCTTCAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACGTCCAGAGACAACTAACGCTACCAAAATCTTATACACCCTTCAGT  500

seq1  GCAATACTCATGAATATGTGCTTACTTTATGCTACGCTCTATACATGCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATACTCATGAATATGTGCTTACTTTATGCTACGCTCTATACATGCTA  550

seq1  GCTTGTTTTTCACTAAACGATATTTGGAACTTATTATTATTATTTAGCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTTTTTCACTAAACGATATTTGGAACTTATTATTATTATTTAGCAG  600

seq1  TTAAGAAAAGAAAAGGTGGGCTGAAGGAAGGGCTCCATGGTTAAGAGCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAAAAGAAAAGGTGGGCTGAAGGAAGGGCTCCATGGTTAAGAGCAG  650

seq1  TATCTGTTCTTCCACAGGACCCGTGTTCAGTTCTCAGCACCCACATGGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGTTCTTCCACAGGACCCGTGTTCAGTTCTCAGCACCCACATGGCA  700

seq1  GCTCACAACTGTCTGTAACTCCAGCTCCAGGGGATCCGACACCCTCCCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACAACTGTCTGTAACTCCAGCTCCAGGGGATCCGACACCCTCCCAC  750

seq1  AGTCATGCATGCAAGCAAAACTATGCACATAAGATAAAATTAATTATTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATGCATGCAAGCAAAACTATGCACATAAGATAAAATTAATTATTTT  800

seq1  TATAAAAGAAAGAAAGGAAGGGAAATTATCCCCATTCCTTAGCAGATGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAAGAAAGAAAGGAAGGGAAATTATCCCCATTCCTTAGCAGATGAG  850

seq1  TGGCTATGTGATAATTTATTTAA-CCAGGCTGATATTAATAGATATTTAA  899
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTATGTGATAATTTATTTAACCCAGGCTGATATTAATAGATATTTAA  900

seq1  GTGATTTCTAAGCTTTGGCTTTTATATACAGTGCTTCAAAGACTGGCTCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTTCTAAGCTTTGGCTTTTATATACAGTGCTTCAAAGACTGGCTCT  950

seq1  CTA-CTCACAACAGTTTGC-ACATATTTT---AAATAG-TCCACTGGAT-  992
      ||| |||   ||||||||| |||||||||   || ||| |||||||||| 
seq2  CTACCTCCACACAGTTTGCAACATATTTTTTAAATTAGTTCCACTGGATT  1000

seq1  -AAATTCCTAGAGGTAAAAATTA-CAAATGCAAAGAGT-GTGTGCTCACA  1039
       || |||||||| |||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||
seq2  AAATTTCCTAGA-GTAAAAATTACCAAATGC-AAGAGTGGTGTGCTCACA  1048

seq1  ACTTTGA-TGGATGAA-CACACCTTCCAAGATCTC--TTG-CTTA-CACA  1083
      ||||||| |||||||| |||||||| |||||||||  ||| |||| ||||
seq2  ACTTTGACTGGATGAACCACACCTT-CAAGATCTCCTTTGCCTTACCACA  1097

seq1  GTGCCAAC--GA-GCTTGGGTA-TCTTTTCCTACATGC-TGGGC-TGGGG  1127
      ||||| ||  || ||||||| | |||| |||||||||| ||||| || ||
seq2  GTGCCCACCGGAGGCTTGGGCATTCTTATCCTACATGCTTGGGCTTGAGG  1147

seq1  GTTGG-TTTGT  1137
      ||||| |||||
seq2  GTTGGATTTGT  1158